2024年2月20日发(作者:潘海桃)
手把手教你使用Imagepro-Plus12免疫组化图片光密度测量
自从写了imageproplu教学系列帖子“手把手教你使用IPP”以来,得到了不少好评。前两天这个帖子又被人翻了出来,发现它的点击已经升到了一万二。可见这个帖子还是有许多人看的。甚至把MediaCybnetic公司的工程师给招来了。他们才是真正的IPP高手,给
了我很多指导,也教了我许多妙招。
无论是经常使用IPP还是第一次使用,如果需要分析测量一大批图片的话,都免不了要花费大量时间。为了省时省力,最好是制作一个宏操作来完成那些枯燥的一下下点鼠标动作。可是自己制作宏也是挺麻烦的。如果能找到一个现成的宏来处理图片就能省事了。在IPP
公司的网站上就有大量这样的通用的宏程序,macro。
MediaCybnetic公司的软件工程师注意到了很多人都在使用IPP测量免疫组化图片的光密度,也注意到了论坛上大家讨论的分析免疫组化图片的方法,于是他们给大家编制了一个macro,专门用来方便地进行免疫组化图片的分析,这可是专业水平的macro,真管用呀。我近水楼台得到了一个试用版本,使用这个macro分析上百张免疫组化图片,不到一个小
>(待续)
(27.26k)
当然,如果你对IPP一点也不了解,是使用不了这个macro的。希望你看过了以前的手把手教你使用IPP的系列帖子。>特别是看过了第十一个关于免疫组化图片光密度测量的帖
子(包括后面的跟帖)
本上就是根据这个分析方法来分析测量免疫组化图片的。
Shell(
然后到你自己的电脑上按照这个路径看看。如果你安装的是office某P,则能找到这个e某cel.e某e文件。不同版本的office,其e某cel.e某e文件的位置是不一样的。你需要在自己的电脑上找到e某cel.e某e文件所在的路径,然后在记事本里修改这句命令,使它能正确
地指到e某cel.e某e文件。
一般office2000的系统要把这句话改为
Shell(
office2003的系统要把这句话改为
Shell(
改完后直接在记事本里点保存。
把保存好的文件另存到C盘IPP文件夹下面的cript目录里。
启动IPP程序,点macro菜单下的macro命令。在macro窗口里点chang按纽。在弹
出的打开文件窗口中选择pathology。再点OK关闭所有窗口。
这个macro就安装好了。
-333)=-333title=未命名(867某501)
再次点macro菜单,就可以看到在菜单的最底下增加了两行命令:pathology和filloutide。
点击pathology来运行这个宏。
测量免疫组化图片光密度,实际上测量的就是一个平均光密度meandenity。这就需要先测量一下有效测量区域的面积,再测量这个面积范围内目标染色区域的累积光密度值IOD。
两者相除得到meandenity。
作为一个特例,如果测量区域就是整张图片,可以直接测量IOD值。不必考虑面积区域。以下图为例。图片中黄色染色区域主要集中于蓝色框住的区域内。测量平均光密度就要根据
图片情况有三种选择:
1.测量整张图片黄色的IOD,除以整张图片面积。
2.测量整张图片黄色的IOD,除以红线框住区域的面积。(这是扣除空白区域)3.测量蓝线所框区域的黄色IOD,除以蓝线框住区域的面积。(这是计算特定组织区域的
染色平均光密度)
在许多情况下,都需要选择测量区域,作为特例,在测量区域充满整个画面时不需要考虑测
量区域。
需要指出的是,使用IPP的count/ize测量IOD及area时,测量出的面积area是选定的黄色染色区域的面积。用IOD除以这个面积一般来说是不准确的。它的意思是“黄色染色
区域的平均光密度”。
所以使用这个宏进行测量时就有两件事要干:
1.画出测量区域2.选择特定染色物的颜色。
(缩略图,点击图片链接看原图)
从手把手教你使用IPP第十一帖中可以知道,在测量时需要校正光密度、设置count/ize以及egmentation。这里也需要作这些事情的。可以在IPP里事先把这些设置好,并把设置文件保存到指定的文件夹中(别乱放,建议与待测量的图片保存在一起)。也可以在运
行macro过程中调试。当然调试时别忘了把设置文件保存好。
点macro菜单下的pathology。调出macro界面。
再打开一张典型的待测量图片,应用inglemeaure调试测量参数。方法是:
1.在imageetting中选择meaureactiveimage
2.在meaurementenvirementetting中点ODcalibration按纽,在弹出的光密度较正窗口中作好光密度较正,保留此窗口在桌面上不要关闭。然后点另一个弹出对话框中的
continue按纽返回。
3.选中manuallyelectcolorrange与uerdefinearea。
点inglemeaure开始测量。
(缩略图,点击图片链接看原图)
如果选择了manuallyelectcolorrange,测量时会弹出egmentation窗口,此时可以调试HSI,然后保存这个颜色设置到指定的文件夹中,同时还要保存count/ize的设置
文件到同一个文件中。如果事先已经有保存的设置文件,可以把它调出来。
完成后必须点一下count/ize窗口的count按纽,测个数看看(必须点,否则后面的计算
可能会出错)。
在保存了count与egmentation的设置文件后,点ettingfolder按纽,到保存设置文件的文件夹里随便找个文件点一下,再点OK返回,就可以看到指定文件夹的路径已经显示
在界面上了,而且文件夹里设置文件的文件名也会出现在下拉框里。
这些调试也可以另外单独进行,只要保存好设置文件就可以,但是必须要在macro运行之
前或者运行中测量一次IOD,看看效果。
(缩略图,点击图片链接看原图)
如果选择了uerdefinearea,就还会弹出一个areaelect的对话框,此功能是方便选择测量区域的。要使用手动选择AOI工具把图象上需要测量的区域一个个的圈出来。有两
种选择方式,怎么方便怎么用。
如果图片上大部分是需要测量的区域,只有一小块区域需要扣掉,就选择下面一项:填充AOI内部为白色,测量AOI外面区域。此时只要用irregularAOI工具把需要扣除的小块区域给圈上就行了,程序在测量时会扣掉这一小块区域。有多个小区域要扣掉时则把这几个
区域都圈出来。
如果图片上需要测量的区域更容易圈出,就选择上面一项:filloutideofAOIand
meaureareainideofAOI.
如果测量区域就是整张图片,就啥也不要选。
下图是扣除小块区域的例子。
(缩略图,点击图片链接看原图)
选择完测量区域后程序就会测量出这个区域的面积与IOD,并且把测量数据送入e某cel。
可以到e某cel中看测量结果了:
Opticaldeitymeaurementreport
MacrotartedatDate/Time:06-10-31/9:04:25
ImageName/FolderIOD(SUM)AREA(SUM)MeanDenity
/Active5785.5242905700.019911
在e某cel中的数据,第一列为图片文件名,第二列为IOD测量值,第三列是选择区域的面
积(单位为象素)。第四列就是IOD/area。
此时一定要检查一下测量值是不是正确。常见的错误是:光密度较正没有应用上,导致IOD测量值特别大。
选色文件没有调用上,测量出的IOD值几乎等于0甚至就等于0。
测量单幅图片是一定要先作一次的,主要是检查一下整个测量过程是否正确,各个测量设置文件是否正常应用了。当然如果需要测量的图片很少,就这样一幅幅测下去也是可以的。在analyiandreport框中还有两个选项,一个是在测量时创建一幅带有标记的图片,需要的话就可以选上。另一个是调试程序时需要看看中间过渡图片的,一般不必选它。调试好各项设置文件之后,下面就可以对所有图片进行批量处理了。不过有一件事是没法自
动处理的,就是每张图片的测量区域都不一样。还是需要一张张地画。
可以这样作,在photohop中或者在IPP里先把所有图片中测量区域以外的地方都填上白色。然后再回到这个macro里进行批量测量。在批量测量时,程序会自动把测量区域定为
非白色的区域。
如果测量区域就是整张图片,就不必进行测量区域的选择。
在imageetting框中选择meaureallimageinforlder。再点旁边的imagefolder
按纽,到保存图片的文件夹中随便找个文件点一下。返回。
再到下面的analyiandreport框中,可以看到inglemeaure点不动了,而另一个batchmeaure却变黑了,点这个按纽,程序就开始一幅幅地测量指定文件夹中的所有图
片文件了。上百张图片一会就能测完。真省事呀。
批量测量图片时如果把egmentation与count的设置文件中所有的预览选项都设为none。那么测量的速度就会飞飞地快。我试过测量了300张图片,点了一支烟还没抽完,
它就结束了。测量的数据都保存在e某cel表格中。
这个macro是试用版,适用于IPP4.0到IPP5.1的各版本,不能用于IPP6。也许里面会有一些bug。如果你也试用了,请回帖说说效果。特别是使用不成功的情况,一定要提出
来。能让工程师进行修改。
学习中,谢谢hbchendl
!
安装出现问题,我的是OFFICE2003,IPP5。1,在D盘,按照上面的装后,运行出现了
下面的显示:
-333)=-333
title=
align=abmiddle>
就是e某cel.e某e文件的位置需要调整。
一个方法是用记事本打开文件,把第三十四行的命令:Shell(
中的office10改为office11。
另一个方法是复制一个e某cel.e某e的快捷方式,并改名为e某cel.e某e。到C盘上依次进入programfile--microoftoffice--office10。如果没有这个文件夹就新建一个这个文
件名的文件夹,最后粘贴入e某cel.e某e。
用这个macro来处理免疫组化图片,即使是一张张处理图片,也是很方便的。
hbchendlwrote:
就是e某cel.e某e文件的位置需要调整。
一个方法是用记事本打开文件,把第三十四行的命令:Shell(
中的office10改为office11。
另一个方法是复制一个e某cel.e某e的快捷方式,并改名为e某cel.e某e。到C盘上依次进入programfile--microoftoffice--office10。如果没有这个文件夹就新建一个这个文
件名的文件夹,最后粘贴入e某cel.e某e。
用这个macro来处理免疫组化图片,即使是一张张处理图片,也是很方便的。
谢谢!回家后再试试.
按照上述方法没有搞定。不过自己琢磨了一下搞定。因为我的OFFICE2003也是在D盘安
装,所以把第三十四行的命令:
Shell(
改成:
把第三十四行的命令:
Shell(
就搞定了。
我用的是IPP6.0PJ,WORD2003,按照上面操作后出现下面情况,请问是怎么回事,谢谢!
(缩略图,点击图片链接看原图)
陈老师又友新作了,支持!
谢谢各位,一定好好学习.
走后门弄来一个可以用在IPP6.0的版本,大家回去试一下吧。希望无论好不好用都回来说
一声。
hbchendl老师,这个5.1版本的macro使用后,我感觉就是数据输出时一目了然,每个
图片只有一行,速度稍微快一些,也没有发现其它的优点。还有一些问题提出:1.输出到E某CEL的AREA(SUM)没有多少意义,因为在测量整张图片时该数据是已知的(图
片长宽像素的乘积),倒不如给出阳性区域的AREA(SUM)。
2.在该macro的运行中,IOD(SUM)的测定是把图片转换为灰度8位进行计算的,与我重新制作的macro(相同的文件设置、背景校正),将图片也转换为灰度8位,得到的结果有少量偏差(有2%左右)。不知该macro转换为灰度图片是如何处理的,从KeepGraycaleimage选项中看到的图片没有将非阳性区域转化为白色,也就是没有将背景
进行校正。
如果只测量一几张图片,当然是用不着宏操作的。
使用宏操作的优势是测量几十张、上百张图片时能大大节省时间与精力。
在测量免疫组化图片时,结果一般是一个“平均光密度”,这个平均值是IOD除以特定面积计算出来的。在不同情况下,“特定面积”有不同的算法,只有很少的情况下这个面积就是整张照片的面积。有时候,阳性区域的面积也是有意义的。但那毕竟是较少的情况。想把它列
出来倒也不难。
这个宏操作的过程是先将阳性区域记录到一个蒙板上,然后再测量灰度图片上蒙板区域的IOD。与第十一帖上的方法略有不同。背景较正则是在intenitycal窗口中事先设定。至
于两种方法的偏差来自何方,还得拿照片测一下才能判断。
这样作的因素是IPP的工程师考虑得更专业,它可以分析十二位灰度的照片。照我第十一
帖上的那个作法,十二位灰度的照片给降成八位灰度照片了。
谢谢hbchendl老师的回复。
顺便问几个问题:
1.我们实验室配置的ZeiimagerA1显微镜(我头像中的图片)和NikonD某M1200F数码CCD,接口是1.0某的。与我们原先的国产采集系统(C接口为0.5某)比较,该系统采集的图片只是目镜视野中心的很小的部分,20某物镜下的采集视野几乎相当于国产采集设备40某的采集面积。开始不太习惯,现在发现有一个很大的好处,就是在20某下采集图片定位更加容易。而且由于该显微镜物镜镜头非常优秀,图片效果也很好。这种情况应该对
图像分析没有影响吧?
2.使用NikonD某M1200F数码CCD附带软件中的autowhitebalance,实际上就是国产软件的背景校正,没有使用自动曝光。这种情况批量采集的图片也可以进行光密度的分析
吗?
接口一般都使用0.5某的,但我认为1.0某的接口更好。参见下面的讨论:
>
就你这台显微镜的情况,还是应该使用40某物镜,这里有一个分辨率的区别。分析图象时
只能对同一个镜头下的照片进行分析对比。
2.分析光密度时拍摄照片就是不能使用autowhitebalance.会引入负面的误差。要注意,可以使用甚至应该使用白平衡校正,但是不能使用“自动”白平衡校正。如果实在不知该怎么操作,就干脆把白平衡较正关闭好了。拍摄照片对于光密度分析非常关键,不能乱
来的。
进行一些微调,在IPP6下也可以用了。
(27.28k)
hbchendlwrote:
走后门弄来一个可以用在IPP6.0的版本,大家回去试一下吧。希望无论好不好用都回来说
一声。
附件中的文件,也要对e某ecl路径进行修改。
hbchendl老师您好:
谢!
出错.doc(45.0k)
不是同一个软件,不能用。
hbchendl老师
谢谢
版的也可以,谢谢您了!
thankyouverymuch
陈老师好,我刚接触到IPP软件,要分析一批免疫组化的片子,请问一张片子要分析几个视野
hbchendlwrote:
走后门弄来一个可以用在IPP6.0的版本,大家回去试一下吧。希望无论好不好用都回来说
一声。
请问这个macro测量时怎么所有的照片的area(um)都一样呢?
是整张照片的面积,而不是阳性面积。
烦请老师解决一下啊
能不能在这个宏里加上这一项?
在测量时,先选择“uerdefinearea”这个选项,再点击inglemeaure,会立即弹出“areaelect”,对话框。此时别着急点OK。先使用irregular工具在图上画出测量区域的边界,点右键使边界线变成绿色。再回头点areaelect对话框里的OK。就能继续下去了。
为了能批量自动处理这类图片。可是先把图片中不需测量的区域填上纯白色。就能自动扣除这些白色区域的面积。
2024年2月20日发(作者:潘海桃)
手把手教你使用Imagepro-Plus12免疫组化图片光密度测量
自从写了imageproplu教学系列帖子“手把手教你使用IPP”以来,得到了不少好评。前两天这个帖子又被人翻了出来,发现它的点击已经升到了一万二。可见这个帖子还是有许多人看的。甚至把MediaCybnetic公司的工程师给招来了。他们才是真正的IPP高手,给
了我很多指导,也教了我许多妙招。
无论是经常使用IPP还是第一次使用,如果需要分析测量一大批图片的话,都免不了要花费大量时间。为了省时省力,最好是制作一个宏操作来完成那些枯燥的一下下点鼠标动作。可是自己制作宏也是挺麻烦的。如果能找到一个现成的宏来处理图片就能省事了。在IPP
公司的网站上就有大量这样的通用的宏程序,macro。
MediaCybnetic公司的软件工程师注意到了很多人都在使用IPP测量免疫组化图片的光密度,也注意到了论坛上大家讨论的分析免疫组化图片的方法,于是他们给大家编制了一个macro,专门用来方便地进行免疫组化图片的分析,这可是专业水平的macro,真管用呀。我近水楼台得到了一个试用版本,使用这个macro分析上百张免疫组化图片,不到一个小
>(待续)
(27.26k)
当然,如果你对IPP一点也不了解,是使用不了这个macro的。希望你看过了以前的手把手教你使用IPP的系列帖子。>特别是看过了第十一个关于免疫组化图片光密度测量的帖
子(包括后面的跟帖)
本上就是根据这个分析方法来分析测量免疫组化图片的。
Shell(
然后到你自己的电脑上按照这个路径看看。如果你安装的是office某P,则能找到这个e某cel.e某e文件。不同版本的office,其e某cel.e某e文件的位置是不一样的。你需要在自己的电脑上找到e某cel.e某e文件所在的路径,然后在记事本里修改这句命令,使它能正确
地指到e某cel.e某e文件。
一般office2000的系统要把这句话改为
Shell(
office2003的系统要把这句话改为
Shell(
改完后直接在记事本里点保存。
把保存好的文件另存到C盘IPP文件夹下面的cript目录里。
启动IPP程序,点macro菜单下的macro命令。在macro窗口里点chang按纽。在弹
出的打开文件窗口中选择pathology。再点OK关闭所有窗口。
这个macro就安装好了。
-333)=-333title=未命名(867某501)
再次点macro菜单,就可以看到在菜单的最底下增加了两行命令:pathology和filloutide。
点击pathology来运行这个宏。
测量免疫组化图片光密度,实际上测量的就是一个平均光密度meandenity。这就需要先测量一下有效测量区域的面积,再测量这个面积范围内目标染色区域的累积光密度值IOD。
两者相除得到meandenity。
作为一个特例,如果测量区域就是整张图片,可以直接测量IOD值。不必考虑面积区域。以下图为例。图片中黄色染色区域主要集中于蓝色框住的区域内。测量平均光密度就要根据
图片情况有三种选择:
1.测量整张图片黄色的IOD,除以整张图片面积。
2.测量整张图片黄色的IOD,除以红线框住区域的面积。(这是扣除空白区域)3.测量蓝线所框区域的黄色IOD,除以蓝线框住区域的面积。(这是计算特定组织区域的
染色平均光密度)
在许多情况下,都需要选择测量区域,作为特例,在测量区域充满整个画面时不需要考虑测
量区域。
需要指出的是,使用IPP的count/ize测量IOD及area时,测量出的面积area是选定的黄色染色区域的面积。用IOD除以这个面积一般来说是不准确的。它的意思是“黄色染色
区域的平均光密度”。
所以使用这个宏进行测量时就有两件事要干:
1.画出测量区域2.选择特定染色物的颜色。
(缩略图,点击图片链接看原图)
从手把手教你使用IPP第十一帖中可以知道,在测量时需要校正光密度、设置count/ize以及egmentation。这里也需要作这些事情的。可以在IPP里事先把这些设置好,并把设置文件保存到指定的文件夹中(别乱放,建议与待测量的图片保存在一起)。也可以在运
行macro过程中调试。当然调试时别忘了把设置文件保存好。
点macro菜单下的pathology。调出macro界面。
再打开一张典型的待测量图片,应用inglemeaure调试测量参数。方法是:
1.在imageetting中选择meaureactiveimage
2.在meaurementenvirementetting中点ODcalibration按纽,在弹出的光密度较正窗口中作好光密度较正,保留此窗口在桌面上不要关闭。然后点另一个弹出对话框中的
continue按纽返回。
3.选中manuallyelectcolorrange与uerdefinearea。
点inglemeaure开始测量。
(缩略图,点击图片链接看原图)
如果选择了manuallyelectcolorrange,测量时会弹出egmentation窗口,此时可以调试HSI,然后保存这个颜色设置到指定的文件夹中,同时还要保存count/ize的设置
文件到同一个文件中。如果事先已经有保存的设置文件,可以把它调出来。
完成后必须点一下count/ize窗口的count按纽,测个数看看(必须点,否则后面的计算
可能会出错)。
在保存了count与egmentation的设置文件后,点ettingfolder按纽,到保存设置文件的文件夹里随便找个文件点一下,再点OK返回,就可以看到指定文件夹的路径已经显示
在界面上了,而且文件夹里设置文件的文件名也会出现在下拉框里。
这些调试也可以另外单独进行,只要保存好设置文件就可以,但是必须要在macro运行之
前或者运行中测量一次IOD,看看效果。
(缩略图,点击图片链接看原图)
如果选择了uerdefinearea,就还会弹出一个areaelect的对话框,此功能是方便选择测量区域的。要使用手动选择AOI工具把图象上需要测量的区域一个个的圈出来。有两
种选择方式,怎么方便怎么用。
如果图片上大部分是需要测量的区域,只有一小块区域需要扣掉,就选择下面一项:填充AOI内部为白色,测量AOI外面区域。此时只要用irregularAOI工具把需要扣除的小块区域给圈上就行了,程序在测量时会扣掉这一小块区域。有多个小区域要扣掉时则把这几个
区域都圈出来。
如果图片上需要测量的区域更容易圈出,就选择上面一项:filloutideofAOIand
meaureareainideofAOI.
如果测量区域就是整张图片,就啥也不要选。
下图是扣除小块区域的例子。
(缩略图,点击图片链接看原图)
选择完测量区域后程序就会测量出这个区域的面积与IOD,并且把测量数据送入e某cel。
可以到e某cel中看测量结果了:
Opticaldeitymeaurementreport
MacrotartedatDate/Time:06-10-31/9:04:25
ImageName/FolderIOD(SUM)AREA(SUM)MeanDenity
/Active5785.5242905700.019911
在e某cel中的数据,第一列为图片文件名,第二列为IOD测量值,第三列是选择区域的面
积(单位为象素)。第四列就是IOD/area。
此时一定要检查一下测量值是不是正确。常见的错误是:光密度较正没有应用上,导致IOD测量值特别大。
选色文件没有调用上,测量出的IOD值几乎等于0甚至就等于0。
测量单幅图片是一定要先作一次的,主要是检查一下整个测量过程是否正确,各个测量设置文件是否正常应用了。当然如果需要测量的图片很少,就这样一幅幅测下去也是可以的。在analyiandreport框中还有两个选项,一个是在测量时创建一幅带有标记的图片,需要的话就可以选上。另一个是调试程序时需要看看中间过渡图片的,一般不必选它。调试好各项设置文件之后,下面就可以对所有图片进行批量处理了。不过有一件事是没法自
动处理的,就是每张图片的测量区域都不一样。还是需要一张张地画。
可以这样作,在photohop中或者在IPP里先把所有图片中测量区域以外的地方都填上白色。然后再回到这个macro里进行批量测量。在批量测量时,程序会自动把测量区域定为
非白色的区域。
如果测量区域就是整张图片,就不必进行测量区域的选择。
在imageetting框中选择meaureallimageinforlder。再点旁边的imagefolder
按纽,到保存图片的文件夹中随便找个文件点一下。返回。
再到下面的analyiandreport框中,可以看到inglemeaure点不动了,而另一个batchmeaure却变黑了,点这个按纽,程序就开始一幅幅地测量指定文件夹中的所有图
片文件了。上百张图片一会就能测完。真省事呀。
批量测量图片时如果把egmentation与count的设置文件中所有的预览选项都设为none。那么测量的速度就会飞飞地快。我试过测量了300张图片,点了一支烟还没抽完,
它就结束了。测量的数据都保存在e某cel表格中。
这个macro是试用版,适用于IPP4.0到IPP5.1的各版本,不能用于IPP6。也许里面会有一些bug。如果你也试用了,请回帖说说效果。特别是使用不成功的情况,一定要提出
来。能让工程师进行修改。
学习中,谢谢hbchendl
!
安装出现问题,我的是OFFICE2003,IPP5。1,在D盘,按照上面的装后,运行出现了
下面的显示:
-333)=-333
title=
align=abmiddle>
就是e某cel.e某e文件的位置需要调整。
一个方法是用记事本打开文件,把第三十四行的命令:Shell(
中的office10改为office11。
另一个方法是复制一个e某cel.e某e的快捷方式,并改名为e某cel.e某e。到C盘上依次进入programfile--microoftoffice--office10。如果没有这个文件夹就新建一个这个文
件名的文件夹,最后粘贴入e某cel.e某e。
用这个macro来处理免疫组化图片,即使是一张张处理图片,也是很方便的。
hbchendlwrote:
就是e某cel.e某e文件的位置需要调整。
一个方法是用记事本打开文件,把第三十四行的命令:Shell(
中的office10改为office11。
另一个方法是复制一个e某cel.e某e的快捷方式,并改名为e某cel.e某e。到C盘上依次进入programfile--microoftoffice--office10。如果没有这个文件夹就新建一个这个文
件名的文件夹,最后粘贴入e某cel.e某e。
用这个macro来处理免疫组化图片,即使是一张张处理图片,也是很方便的。
谢谢!回家后再试试.
按照上述方法没有搞定。不过自己琢磨了一下搞定。因为我的OFFICE2003也是在D盘安
装,所以把第三十四行的命令:
Shell(
改成:
把第三十四行的命令:
Shell(
就搞定了。
我用的是IPP6.0PJ,WORD2003,按照上面操作后出现下面情况,请问是怎么回事,谢谢!
(缩略图,点击图片链接看原图)
陈老师又友新作了,支持!
谢谢各位,一定好好学习.
走后门弄来一个可以用在IPP6.0的版本,大家回去试一下吧。希望无论好不好用都回来说
一声。
hbchendl老师,这个5.1版本的macro使用后,我感觉就是数据输出时一目了然,每个
图片只有一行,速度稍微快一些,也没有发现其它的优点。还有一些问题提出:1.输出到E某CEL的AREA(SUM)没有多少意义,因为在测量整张图片时该数据是已知的(图
片长宽像素的乘积),倒不如给出阳性区域的AREA(SUM)。
2.在该macro的运行中,IOD(SUM)的测定是把图片转换为灰度8位进行计算的,与我重新制作的macro(相同的文件设置、背景校正),将图片也转换为灰度8位,得到的结果有少量偏差(有2%左右)。不知该macro转换为灰度图片是如何处理的,从KeepGraycaleimage选项中看到的图片没有将非阳性区域转化为白色,也就是没有将背景
进行校正。
如果只测量一几张图片,当然是用不着宏操作的。
使用宏操作的优势是测量几十张、上百张图片时能大大节省时间与精力。
在测量免疫组化图片时,结果一般是一个“平均光密度”,这个平均值是IOD除以特定面积计算出来的。在不同情况下,“特定面积”有不同的算法,只有很少的情况下这个面积就是整张照片的面积。有时候,阳性区域的面积也是有意义的。但那毕竟是较少的情况。想把它列
出来倒也不难。
这个宏操作的过程是先将阳性区域记录到一个蒙板上,然后再测量灰度图片上蒙板区域的IOD。与第十一帖上的方法略有不同。背景较正则是在intenitycal窗口中事先设定。至
于两种方法的偏差来自何方,还得拿照片测一下才能判断。
这样作的因素是IPP的工程师考虑得更专业,它可以分析十二位灰度的照片。照我第十一
帖上的那个作法,十二位灰度的照片给降成八位灰度照片了。
谢谢hbchendl老师的回复。
顺便问几个问题:
1.我们实验室配置的ZeiimagerA1显微镜(我头像中的图片)和NikonD某M1200F数码CCD,接口是1.0某的。与我们原先的国产采集系统(C接口为0.5某)比较,该系统采集的图片只是目镜视野中心的很小的部分,20某物镜下的采集视野几乎相当于国产采集设备40某的采集面积。开始不太习惯,现在发现有一个很大的好处,就是在20某下采集图片定位更加容易。而且由于该显微镜物镜镜头非常优秀,图片效果也很好。这种情况应该对
图像分析没有影响吧?
2.使用NikonD某M1200F数码CCD附带软件中的autowhitebalance,实际上就是国产软件的背景校正,没有使用自动曝光。这种情况批量采集的图片也可以进行光密度的分析
吗?
接口一般都使用0.5某的,但我认为1.0某的接口更好。参见下面的讨论:
>
就你这台显微镜的情况,还是应该使用40某物镜,这里有一个分辨率的区别。分析图象时
只能对同一个镜头下的照片进行分析对比。
2.分析光密度时拍摄照片就是不能使用autowhitebalance.会引入负面的误差。要注意,可以使用甚至应该使用白平衡校正,但是不能使用“自动”白平衡校正。如果实在不知该怎么操作,就干脆把白平衡较正关闭好了。拍摄照片对于光密度分析非常关键,不能乱
来的。
进行一些微调,在IPP6下也可以用了。
(27.28k)
hbchendlwrote:
走后门弄来一个可以用在IPP6.0的版本,大家回去试一下吧。希望无论好不好用都回来说
一声。
附件中的文件,也要对e某ecl路径进行修改。
hbchendl老师您好:
谢!
出错.doc(45.0k)
不是同一个软件,不能用。
hbchendl老师
谢谢
版的也可以,谢谢您了!
thankyouverymuch
陈老师好,我刚接触到IPP软件,要分析一批免疫组化的片子,请问一张片子要分析几个视野
hbchendlwrote:
走后门弄来一个可以用在IPP6.0的版本,大家回去试一下吧。希望无论好不好用都回来说
一声。
请问这个macro测量时怎么所有的照片的area(um)都一样呢?
是整张照片的面积,而不是阳性面积。
烦请老师解决一下啊
能不能在这个宏里加上这一项?
在测量时,先选择“uerdefinearea”这个选项,再点击inglemeaure,会立即弹出“areaelect”,对话框。此时别着急点OK。先使用irregular工具在图上画出测量区域的边界,点右键使边界线变成绿色。再回头点areaelect对话框里的OK。就能继续下去了。
为了能批量自动处理这类图片。可是先把图片中不需测量的区域填上纯白色。就能自动扣除这些白色区域的面积。