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使用MEGA6软件建树

IT圈 admin 46浏览 0评论

2024年3月1日发(作者:郎骞泽)

使用MEGA6.0软件构建系统发育树

所有序列可以在Bioedit里整理成为一个FASTA文件

将FASTA格式的文件在MEGA软件里打开

1

2

3

点击Open A File/Session,打开FASTA格式的文件

4点击Align

5

6点击Edit,Select All

7点击W图标,或者

8 点击OK(默认参数)

9

10 删除头尾有空缺的地方

11 点击Data,选择phylogenetic Analysis,将这个窗口最小化

12 MEGA软件窗口增加了两个方框

13 点击Phylogeny,选择需要建树的类型,以NJ树为例

14 询问是否使用当前数据继续建树,点击Yes

15 数值设置好后,点击Compute

16 表示程序正在运行

17 原始结果显示如下,可以根据自己的需求进行调整

18 View里可以调整数值宽度等

19

20 图片导出,点击Image,选择Copy to Clipboard,粘贴到word文档

21

AAG51164.1Arabidopsis thaliana AAL35328.1 Oryza sativa CAA43142.1 Malus domestica NP 001281081.1 Zea mays GAQ91141.1Klebsormidium flaccidum AAA34144.1 Solanum lycopersicum ADD85140.1 Triticum aestivum NP 031615.1 Mus musculus NP 001286337.1Drosophila melanogaster AES82664.1 Medicago truncatula CAA55612.1 Saccharomyces cerevisiae

21 选中图片,点击编辑图片,对字体大小及内容能够进行调整与修改

2024年3月1日发(作者:郎骞泽)

使用MEGA6.0软件构建系统发育树

所有序列可以在Bioedit里整理成为一个FASTA文件

将FASTA格式的文件在MEGA软件里打开

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2

3

点击Open A File/Session,打开FASTA格式的文件

4点击Align

5

6点击Edit,Select All

7点击W图标,或者

8 点击OK(默认参数)

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10 删除头尾有空缺的地方

11 点击Data,选择phylogenetic Analysis,将这个窗口最小化

12 MEGA软件窗口增加了两个方框

13 点击Phylogeny,选择需要建树的类型,以NJ树为例

14 询问是否使用当前数据继续建树,点击Yes

15 数值设置好后,点击Compute

16 表示程序正在运行

17 原始结果显示如下,可以根据自己的需求进行调整

18 View里可以调整数值宽度等

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AAG51164.1Arabidopsis thaliana AAL35328.1 Oryza sativa CAA43142.1 Malus domestica NP 001281081.1 Zea mays GAQ91141.1Klebsormidium flaccidum AAA34144.1 Solanum lycopersicum ADD85140.1 Triticum aestivum NP 031615.1 Mus musculus NP 001286337.1Drosophila melanogaster AES82664.1 Medicago truncatula CAA55612.1 Saccharomyces cerevisiae

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