2024年3月19日发(作者：幸祺福)
附录3分子生态学统计软件介绍
分子生态学是研究生命系统与环境系统相互作用的分子基础与分子机理的崭新的分子
生物学与生态学的交叉学科，是从基因、蛋白质、酶等生物分子活动规律来阐释生态规律
进化、生态过程、适应和演变历程(Burke et al，1992; Bachmann et al，1994)。这些研
究通常会产生大量而复杂的分子数据，选择合适的统计方法对正确的解释科学现象是非常
重要的。以下就介绍几类常用的分子生态学软件。
3.1 遗传多样性与遗传结构分析软件
遗传多样性是生物多样性的基础，丰富的遗传多样性可以提供很多宝贵的遗传资
源。因此为了对天然群体的遗传多样性研究，分子生态学专家开发出了一系列的
评估软件，用于计算和检测生物群体基因变异的度量和遗传指标，其中用得比较
广泛的有POPGENE、STRUCTURES、GENEPOP、GenAlEx 6、NTSYSpc、
FSTAT等。
POPGENE是由Francis Yeh等人开发的用共显性和显性标记来研究群体内和群
体间的遗传多样性。这个软件操作较简单，功能也比较全，主要包括计算广泛的
遗传学数据如等位基因频率、遗传多样性、遗传距离、G-statistics、F-statistics
等以及复杂的遗传学数据基因流、中性检测、连锁不平衡、多位点结构等。新版
本的POPGENE还可用来分析数量遗传变异以及提供更高质量的系统聚类图。
POPGENE下载地址：
/~fyeh/
FSTAT 软件包是Jérôme Goudet开发的用于计算共显性标记的遗传多样性和遗
传分化参数。主要功能如下：检测样本和总体水平上的基因频率，观察和期望基
因型，等位基因数，基因丰富度；检测整体水平上以及每个样本或位点是否处于
哈温平衡； Nei's (1987)的遗传多样性和遗传分化的估计值和 Weir &
Cockerham (1984)每个等位基因，每个位点以及总体上的Capf (Fit)， theta
(Fst)和smallf (Fis)的估计值；检测R- statistics (Slatkin， 1995)，5 将原始
数据转化成Genepop的格式等。
FSTAT下载地址：
/popgen/softwares/
ARLEQUIN软件是由Excoffier等开发出来的群体遗传学软件，能提供大量的基础方法
和统计学检测。由于Arlequin有大量的选项，所以认真阅读说明来使用。Arlequin的主要
功能有以下几个方面。在群体内，包括计算多态位点、群体内遗传多样性、单倍体频率、
连锁不平衡、哈温平衡、Tajima’s中性检测、Fu's
F
S
中性检测、Ewens-Watterson中性
检测等。在群体间，包括寻找共显的单倍型、分子方差分析、成对的群体间遗传距离、基
因型的指派分析等。
ARLEQUIN下载地址：
/software/arlequin3/
2024年3月19日发(作者：幸祺福)
附录3分子生态学统计软件介绍
分子生态学是研究生命系统与环境系统相互作用的分子基础与分子机理的崭新的分子
生物学与生态学的交叉学科，是从基因、蛋白质、酶等生物分子活动规律来阐释生态规律
进化、生态过程、适应和演变历程(Burke et al，1992; Bachmann et al，1994)。这些研
究通常会产生大量而复杂的分子数据，选择合适的统计方法对正确的解释科学现象是非常
重要的。以下就介绍几类常用的分子生态学软件。
3.1 遗传多样性与遗传结构分析软件
遗传多样性是生物多样性的基础，丰富的遗传多样性可以提供很多宝贵的遗传资
源。因此为了对天然群体的遗传多样性研究，分子生态学专家开发出了一系列的
评估软件，用于计算和检测生物群体基因变异的度量和遗传指标，其中用得比较
广泛的有POPGENE、STRUCTURES、GENEPOP、GenAlEx 6、NTSYSpc、
FSTAT等。
POPGENE是由Francis Yeh等人开发的用共显性和显性标记来研究群体内和群
体间的遗传多样性。这个软件操作较简单，功能也比较全，主要包括计算广泛的
遗传学数据如等位基因频率、遗传多样性、遗传距离、G-statistics、F-statistics
等以及复杂的遗传学数据基因流、中性检测、连锁不平衡、多位点结构等。新版
本的POPGENE还可用来分析数量遗传变异以及提供更高质量的系统聚类图。
POPGENE下载地址：
/~fyeh/
FSTAT 软件包是Jérôme Goudet开发的用于计算共显性标记的遗传多样性和遗
传分化参数。主要功能如下：检测样本和总体水平上的基因频率，观察和期望基
因型，等位基因数，基因丰富度；检测整体水平上以及每个样本或位点是否处于
哈温平衡； Nei's (1987)的遗传多样性和遗传分化的估计值和 Weir &
Cockerham (1984)每个等位基因，每个位点以及总体上的Capf (Fit)， theta
(Fst)和smallf (Fis)的估计值；检测R- statistics (Slatkin， 1995)，5 将原始
数据转化成Genepop的格式等。
FSTAT下载地址：
/popgen/softwares/
ARLEQUIN软件是由Excoffier等开发出来的群体遗传学软件，能提供大量的基础方法
和统计学检测。由于Arlequin有大量的选项，所以认真阅读说明来使用。Arlequin的主要
功能有以下几个方面。在群体内，包括计算多态位点、群体内遗传多样性、单倍体频率、
连锁不平衡、哈温平衡、Tajima’s中性检测、Fu's
F
S
中性检测、Ewens-Watterson中性
检测等。在群体间，包括寻找共显的单倍型、分子方差分析、成对的群体间遗传距离、基
因型的指派分析等。
ARLEQUIN下载地址：
/software/arlequin3/