2024年4月22日发(作者:康泰宁)
Code No. RR036A
研究用
PrimeScript™
RT Master Mix
(Perfect Real Time)
说明书
v201605Da
目 录
内 容
● 制品说明
● 制品内容
● 试剂盒外必备材料
● 保 存
● 特 长
● 使用注意
● 操作方法
● Real Time PCR
● 实验例
● 附录
● 关联产品
页 码
1
1
1
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1
2
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2
5
5
7
● 制品说明
本制品是2 Step Real Time RT-PCR用的理想反转录反应试剂。5×PrimeScript RT Master Mix中
含有定量RT-PCR的反转录反应所需的所有试剂(PrimeScript RTase、RNase Inhibitor、Random 6 mers、
Oligo dT Primer、dNTP Mixture、反应Buffer),加入模板RNA和水即可迅速进行反应。使用具有较
强延伸能力的PrimeScript RTase,与制品PrimeScript RT reagent Kit(Perfect Real Time)(Code
No. RR037Q/A/B)相同,可以在较短时间内高效合成Real Time PCR用模板cDNA。
本制品合成的cDNA可以用于SYBR
®
Green qPCR分析法和探针分析法,可以根据实验目的与SYBR
Premix Ex Taq
™
II (Tli RNaseH Plus)(Code No. RR820Q/A/B)、SYBR Fast qPCR Mix(Code No.
RR430S/A/B)和Probe qPCR Mix(Code No. RR391S/A/B)等定量试剂配合使用,能够进行高性能
的基因表达分析。
注意:Takara Bio使用SYBR Green I作为研究试剂已得到Molecular Probes Inc.的许可。
● 制品内容
(10 μl反应×200次)
1. 5×PrimeScript RT Master Mix(for Real Time)
*1
400 μl
2. RNase Free dH
2
O
3. EASY Dilution(for Real Time PCR)
*2
Mixture、反应Buffer(含有Mg
2+
)。
*2:制作标准曲线时梯度稀释cDNA或RNA标准品的稀释液。模板DNA或RNA如果用水或TE
Buffer稀释时,由于受Microtube吸附作用等的影响,往往不能准确地进行稀释,导致实验
结果精度降低。使用本制品时,即使稀释至低浓度也能够进行准确地稀释,容易在宽广范围
内获得准确定量的标准曲线。本制品不影响反转录和PCR反应,用其稀释后的样品可直接使
用。EASY Dilution(for Real Time PCR)也可以单独购买(Code No. 9160/9160Q)。
注意:EASY Dilution请与本公司Real Time PCR试剂组合使用,对于其他公司的同类制品
的适用性本公司尚未进行确认。
1 ml×2支
1 ml
*1:含有PrimeScript RTase、RNase Inhibitor、Random 6 mers、Oligo dT Primer、dNTP
● 试剂盒外必备材料
热循环仪(或37℃水浴和85℃加热块)
反转录反应所用0.2 ml和1.5 ml的微量反应管
微量移液器和枪头(高压灭菌)
● 保 存:
-20℃。
● 特 长
1. 制品为预先混好的Premix形式,只需加入模板RNA和水便可以开始反应。
2. 可以在较短时间内高效合成Real Time PCR用cDNA,是进行2 Step Real Time RT-PCR反应的
理想试剂。
3. 使用了Random 6 mers和Oligo dT Primer 2种反转录引物,可以合成适合Real Time PCR用cDNA。
4. Real-time RT PCR定量需要建立标准曲线,建立标准曲线的条件就是需要将总RNA和反转录cDNA
稀释到较低的浓度。如果用水或TE Buffer稀释时,由于模板浓度低不稳定,因而会缩小曲线范围,结
果精度降低。本制品中附加了标准曲线制作用稀释液EASY Dilution(for Real Time PCR),将Total
RNA或cDNA稀释至低浓度时也能够进行准确稀释,容易在宽广范围内获得准确定量的标准曲线。
- 1 -
● 使用注意
以下为使用本试剂盒时的注意事项,使用前一定认真阅读。
1. 5×PrimeScript RT Master Mix在使用前要小心地离心收集到反应管底部。由于5×PrimeScript RT
Master Mix粘度高,用移液枪慢慢反复吸打充分混匀后使用。
2. 分装试剂时务必使用新的枪头(Tip),以防止样品间污染。
3. 本制品中已经加入了反转录Primer(Oligo dT Primer 和Random 6 mers),如果要使用Gene Specific
Primer进行反转录反应,则不能使用本制品。
● 操作方法
反转录反应
RNA的制备方法参见“附录”。
1. 按下列组份配制RT反应液(反应液配制请在冰上进行)。
试剂
5×PrimeScript RT Master Mix(Perfect Real Time)
Total RNA
RNase Free dH
2
O
2. 轻柔混匀后进行反转录反应,条件如下:
37℃ 15 min(反转录反应)
85℃ 5 sec(反转录酶的失活反应)
4℃
注意:得到的RT反应液加入到下一步的Real Time PCR反应体系中,其加入量不要超过Real
Time PCR反应体积的1/10(V/V)量。
使用量
2 μl
*
终浓度
1×
up to 10 μl
* 反应体系可按需求相应放大,10 μl反应体系可最大使用500 ng的Total RNA。
● Real Time PCR
以下是使用本制品进行反转录反应后,选择SYBR
Premix Ex Taq
II(Tli RNaseH Plus)(Code No.
RR820A)进行Real Time PCR反应的操作方法。
◆ 应用Applied Biosystems 7300/7500/7500 Fast Real-Time PCR System和StepOnePlus Real-Time
PCR System的操作方法
*请按照仪器使用说明书要求进行实验操作。
1. 按下列组份配制PCR反应液(反应液配制请在冰上进行)。
试剂
SYBR
Premix Ex Taq
II(Tli RNaseH Plus)(2×)
PCR Forward Primer(10 μM)
PCR Reverse Primer(10 μM)
ROX Reference Dye or Dye II(50×)
*2
RT反应液(cDNA溶液)
*3
dH
2
O(灭菌蒸馏水)
Total
整引物浓度。
- 2 -
使用量
10 μl
0.8 μl
0.8 μl
0.4 μl
2 μl
6 μl
20 μl
*4
使用量
25 μl
2 μl
2 μl
1
4 μl
16 μl
50 μl
*4
终浓度
1×
0.4 μM
*1
0.4 μM
*1
1×
*1 通常引物终浓度为0.4 μM可以得到较好结果。反应性能较差时,可以在0.2~1.0 μM范围内调
*2 ROX Reference Dye II(50×)比ROX Reference Dye(50×)浓度低,使用7500 Real-Time
PCR System 和7500 Fast Real-Time PCR System时,请使用ROX Reference Dye II(50×)。
使用StepOnePlus Real-Time PCR System和7300 Real-Time PCR System时,请使用ROX
Reference Dye(50×)。
*3 建议在20 μl反应液中使用相当于10 pg~100 ng Total RNA量的cDNA为模板。反转录反应
液的加入量不能超过PCR反应液总体积的10%。
2. 进行Real Time PCR反应
建议采用下列图表显示的两步法PCR反应程序,如果该程序得不到良好的实验结果时,再进行PCR
条件的优化。当使用Tm值较低的引物或两步法PCR反应扩增性能较差时,可以尝试进行三步法PCR
扩增反应。
< Applied Biosystems 7300/7500 Real-Time PCR System , StepOnePlus>
< Applied Biosystems 7500 Fast Real-Time PCR System >
两步法PCR扩增标准程序:
Stage 1:预变性
◆特别提示:
本制品中使用的
TaKaRa Ex Taq
®
HS是利用抗
Taq
抗体的Hot Start用DNA聚合酶,在PCR
*4 按不同仪器的要求确定反应液的体积。
两步法PCR扩增标准程序:
Stage 1:预变性
Reps:1
95℃ 30秒
Stage 2:PCR反应
Reps:40
95℃ 5秒
60℃ 30~34秒
*
Dissociation Stage
* 使用StepOnePlus时请设定在30秒。
使用7300时请设定在31秒。
使用7500时请设定在34秒。
Reps:1
95℃ 30秒
Reps:40
95℃ 3秒
60℃ 30秒
Stage 2:PCR反应
Dissociation Stage
反应前进行模板的预变性,通常设定为95℃、30秒。如果高温处理时间过长,会使酶的活性下降,
其PCR的扩增效率、定量精度等都会受到影响。
- 3 -
3. 实验结果分析
反应结束后确认Real Time PCR的扩增曲线和融解曲线,进行PCR定量时制作标准曲线等。分析方
法参见仪器的操作手册。
◆ 应用Thermal Cycler Dice™Real Time System
II
扩增仪的操作方法
1. 按下列组份配制PCR反应液(反应液配制请在冰上进行)。
试剂
SYBR
Premix Ex Taq
II(Tli RNaseH Plus)(2×)
使用量
12.5 μl
1.0 μl
1.0 μl
2 μl
*2
8.5 μl
25 μl
终浓度
1×
0.4 μM
*1
0.4 μM
*1
PCR Forward Primer(10 μM)
PCR Reverse Primer(10 μM)
RT反应液(cDNA溶液)
dH
2
O(灭菌蒸馏水)
Total
μM范围内调整引物浓度。
*1 通常引物终浓度为0.4 μM可以得到较好结果。反应性能较差时,可以在0.2~1.0
*2 建议在25 μl反应液中使用相当于10 pg~100 ng Total RNA量的cDNA为模
板。反转录反应液的加入量不能超过PCR反应液总体积的10%。
2. 进行Real Time PCR反应。
建议采用下列图表显示的两步法PCR反应程序。如果该程序得不到良好的实验结果时,再进行PCR
条件的优化。当使用Tm值较低的引物或两步法PCR反应扩增性能较差时,可以尝试进行三步法PCR
扩增反应。
◆特别提示:
本制品中使用的
TaKaRa Ex Taq
HS是利用抗
Taq
抗体的Hot Start用DNA聚合酶,在PCR反应
两步法PCR扩增标准程序:
Stage 1:预变性
Repeat:1
95℃ 30秒
Stage 2:PCR反应
95℃ 5秒
60℃ 30秒
Stage 3:Dissociation
Repeat:40
前进行模板的预变性,通常设定为95℃、30秒。如果高温处理时间过长,会使酶的活性下降,其PCR
的扩增效率、定量精度等都会受到影响。
3. 实验结果分析。
反应结束后确认Real Time PCR的扩增曲线和融解曲线,进行PCR定量时制作标准曲线等。分析方法
参见仪器的操作手册。
- 4 -
● 实验例
反转录反应时间和cDNA合成量的研讨实验
[方法]
1. 反转录反应
试 剂:
模 板:
PrimeScript RT Master Mix(Perfect Real Time)
Human Placenta Total RNA 2 pg~2 μg
20 μl 反应体积:
反应条件: 37℃ 15、30、60 min反应后85℃ 5 sec热变性,4℃保存
2. Real Time PCR反应
试 剂:
模 板:
反应体积:
反应条件:
[结果]
Real Time PCR扩增曲线图及标准曲线图如下:
标准曲线图
15 min(紫色) Rsq: 0.999 Eff=99% Y=-3.346LOG(X)+34.52
30 min(红色) Rsq: 1.000 Eff=98.9% Y=-3.349LOG(X)+34.46
60 min(黄色) Rsq: 0.999 Eff=100.9% Y=-3.301LOG(X)+34.24
以上Real Time RT-PCR扩增结果显示,不同反转录反应时间(15、30、60 min)在宽广模板浓度
范围内都可以得到同等的扩增效率。
扩增曲线图
15 min(紫色)
30 min(红色)
60 min(黄色)
SYBR
Premix Ex Taq
II(Perfect Real Time)
上述反转录反应液2 μl
25 μl
Thermal Cycler Dice Real Time System 标准反应条件
Target Gene:
ACTB
● 附 录
RNA样品制备
本制品是将RNA反转录成cDNA的专用试剂。RNA的纯度会影响cDNA的合成量,而制备RNA的关键
是要抑制细胞中的RNA分解酶和防止所用器具及试剂中的RNA分解酶的污染。因此,在实验中必须采
取以下措施:戴一次性干净手套;使用RNA操作专用实验台;在操作过程中避免讲话等等。通过以上办
法可以防止实验者的汗液、唾液中的RNA分解酶的污染。
- 5 -
【使用器具】
尽量使用一次性塑料器皿,若用玻璃器皿,应在使用前按下列(1)或者(2)方法进行处理。
(1) 干热灭菌(180℃,60 min)
(2) 用0.1% DEPC(焦碳酸二乙酯)水溶液在37℃下处理12小时。然后在120℃下高压灭菌30分钟除
去残留的DEPC。
RNA实验用的器具和仪器建议专门使用,不要用于其它实验。
【试剂配制】
用于RNA实验的试剂,需使用干热灭菌(180℃,60 min)或用上述方法进行DEPC水处理灭菌后的玻
璃容器盛装(也可使用RNA实验用的一次性塑料容器),使用的无菌水需用0.1%的DEPC处理后进行高
温高压灭菌。
RNA实验用的试剂和无菌水都应专用,避免混用后交叉污染。
【制备方法】
使用简单的RNA纯化方法即可获得满足于RT-PCR反应的RNA(只需少量的RNA便可进行RT-PCR
反应)。但为了保证实验的成功率,建议使用GTC法(异硫氰酸胍法)制备的高纯度RNA。
从培养细胞、组织中提取时,使用RNAiso Plus(Code No. 9108/9109)。纯化的RNA用灭菌蒸馏水或
灭菌的TE缓冲液溶解。
【Total RNA中混有基因组DNA的对策】
提取的Total RNA中常常混有基因组DNA,而基因组DNA可以直接作为PCR模板进行扩增,造成解析
结果不准确。为了避免这种情况发生,我们必须采取如下两种措施:1、引物设计时避免基因组DNA扩
增;2、使用DNase I处理除去基因组DNA。
1、引物设计时避免基因组DNA扩增
我们可以利用基因组DNA具有外显子和内含子的结构,在引物设计上下工夫,使PCR反应时不能扩增
基因组DNA。此时我们首先应确认目的基因的基因组结构,选择较长的内含子。然后,在这个内含子两
侧的外显子上分别设计上、下游引物。Real Time PCR反应时通常扩增的目的DNA片段长度都比较短,
设置的条件也是适合短片段DNA的扩增。所以,当内含子足够长时,基因组DNA来源的扩增就不能发
生;当内含子较短时,基因组DNA来源的扩增可能发生,但基因组DNA来源的扩增产物比mRNA来源
的扩增产物长,可通过分析融解曲线的方法加以区分。但是,此种方法不适合具有单个外显子的基因、或
者不具有内含子的生物种以及基因组情报没被解析的生物种等,此时必须采取2、的方法解决。
2、使用DNase I处理除去基因组DNA
使用常规方法提取Total RNA后,再使用DNase I(RNase-free)(Code No. 2270A)分解混入的基因组
DNA,最后进行苯酚/氯仿抽提、乙醇沉淀等纯化Total RNA。
◆ 操作流程
① 按下列组份配制反应液。
试剂
Total RNA
10×DNase I Buffer
RNase Inhibitor
DNase I(RNase-free)
DEPC处理水
② 37℃ 20 min。
③ 使用以下两种方法使DNase I失活。
A.热处理
(1)加入2.5 μl 0.5 M EDTA 80℃ 2 min。
(2)用DEPC处理水定容至100 μl。
- 6 -
使用量
20~50 μg
5 μl
20 U
2 μl(10 U)
up to 50 μl
B.苯酚/氯仿抽提
(1)用50 μl DEPC处理水定容至100 μl后加入等体积的苯酚/氯仿/异戊醇(25:24:1)混匀。
(2)室温,15,000 rpm 5 min离心,取上清。
(3)加入等体积的氯仿/异戊醇(24:1)混匀。
(4)室温,15,000 rpm 5 min离心,取上清。
④ 加入10 μl 3 M醋酸钠,250 μl冷乙醇,冰上放置10 min。
⑤ 4℃,15,000 rpm 15 min离心,弃上清。
⑥ 加入70%冷乙醇洗净,4℃,15,000 rpm 5 min离心,弃上清。
⑦ 沉淀干燥。
⑧ 加入适量DEPC处理水溶解。
【基因组DNA确认方法】
不进行反转录反应,通过Real Time PCR确认基因组DNA混入量。此实验使用从基因组DNA和mRNA
中都能进行扩增的Primer。DNase I处理后的基因组DNA处理情况也可以通过此方法进行确认。另外,
使用跨内含子对基因组DNA不能进行扩增的Primer也有扩增产物时,怀疑有伪基因存在,这种情况也
● 关联产品
可以用此方法进行确认。
SYBR
®
Premix Ex Taq
™ II (Tli RNaseH Plus) (Code No. RR820Q/A/B)
SYBR
®
Fast qPCR Mix (Code No. RR430S/A/B)
SYBR
®
Premix Ex Taq
™ (Tli RNaseH Plus) (Code No. RR420Q/A/B)
Probe qPCR Mix (Code No. RR391S/A/B)
EASY Dilution (for Real Time PCR) (Code No. 9160/9160Q)
Thermal Cycler Dice™ Real Time System III (Code No. TP950/TP970/TP980/TP990)
Thermal Cycler Dice™ Real Time System
II
(Code No. TP900/TP960)
Thermal Cycler Dice™ Real Time System
Lite
(Code No. TP700/TP760)
PrimeScript™ RT Reagent Kit (Perfect Real Time) (Code No. RR037Q/A/B)
PrimeScript™ RT reagent Kit with gDNA Eraser (Perfect Real Time) (Code No. RR047Q/A/B)
RNAiso Plus (Code No. 9108/9109)
TaKaRa Ex Taq
is a registered trademarks of TAKARA BIO INC.
SYBR is a registered trademark of Molecular Probes,Inc.
PrimeScript、Thermal Cycler Dice 、
Premix Ex Taq
are trademarks of TAKARA BIO INC.
注意
本产品仅供科学研究使用,不能用于人、动物的医疗或诊断程序,不能使用本产品作为食品、化妆品或
家庭用品等。
TAKARA BIO INC.书面许可授权或批准,不得制造、许诺销售、销售、进口Takara产品,或者使未经
用
Takara产品所有的相关专利及相关商标。
如果您需要其他用途的许可授权,请联络我们,或访问我们网站。
您使用本产品必须遵守产品网页上适用的全部许可要求。阅读、了解并遵守此类声明的所有限制性条款
是您的责任。
所有商标均属于各自商标所有者的财产。某些商标并未在全部行政区注册。
本文件由宝生物工程 (大连) 有限公司翻译制作,最新版本文件请参考TAKARA BIO INC.网站。为正确使
用Takara产品,您应当掌握本产品的相关知识和使用说明。
- 7 -
技术咨询热线:
*************,87641686
4006518761,4006518769
URL:
v201605Da
2024年4月22日发(作者:康泰宁)
Code No. RR036A
研究用
PrimeScript™
RT Master Mix
(Perfect Real Time)
说明书
v201605Da
目 录
内 容
● 制品说明
● 制品内容
● 试剂盒外必备材料
● 保 存
● 特 长
● 使用注意
● 操作方法
● Real Time PCR
● 实验例
● 附录
● 关联产品
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7
● 制品说明
本制品是2 Step Real Time RT-PCR用的理想反转录反应试剂。5×PrimeScript RT Master Mix中
含有定量RT-PCR的反转录反应所需的所有试剂(PrimeScript RTase、RNase Inhibitor、Random 6 mers、
Oligo dT Primer、dNTP Mixture、反应Buffer),加入模板RNA和水即可迅速进行反应。使用具有较
强延伸能力的PrimeScript RTase,与制品PrimeScript RT reagent Kit(Perfect Real Time)(Code
No. RR037Q/A/B)相同,可以在较短时间内高效合成Real Time PCR用模板cDNA。
本制品合成的cDNA可以用于SYBR
®
Green qPCR分析法和探针分析法,可以根据实验目的与SYBR
Premix Ex Taq
™
II (Tli RNaseH Plus)(Code No. RR820Q/A/B)、SYBR Fast qPCR Mix(Code No.
RR430S/A/B)和Probe qPCR Mix(Code No. RR391S/A/B)等定量试剂配合使用,能够进行高性能
的基因表达分析。
注意:Takara Bio使用SYBR Green I作为研究试剂已得到Molecular Probes Inc.的许可。
● 制品内容
(10 μl反应×200次)
1. 5×PrimeScript RT Master Mix(for Real Time)
*1
400 μl
2. RNase Free dH
2
O
3. EASY Dilution(for Real Time PCR)
*2
Mixture、反应Buffer(含有Mg
2+
)。
*2:制作标准曲线时梯度稀释cDNA或RNA标准品的稀释液。模板DNA或RNA如果用水或TE
Buffer稀释时,由于受Microtube吸附作用等的影响,往往不能准确地进行稀释,导致实验
结果精度降低。使用本制品时,即使稀释至低浓度也能够进行准确地稀释,容易在宽广范围
内获得准确定量的标准曲线。本制品不影响反转录和PCR反应,用其稀释后的样品可直接使
用。EASY Dilution(for Real Time PCR)也可以单独购买(Code No. 9160/9160Q)。
注意:EASY Dilution请与本公司Real Time PCR试剂组合使用,对于其他公司的同类制品
的适用性本公司尚未进行确认。
1 ml×2支
1 ml
*1:含有PrimeScript RTase、RNase Inhibitor、Random 6 mers、Oligo dT Primer、dNTP
● 试剂盒外必备材料
热循环仪(或37℃水浴和85℃加热块)
反转录反应所用0.2 ml和1.5 ml的微量反应管
微量移液器和枪头(高压灭菌)
● 保 存:
-20℃。
● 特 长
1. 制品为预先混好的Premix形式,只需加入模板RNA和水便可以开始反应。
2. 可以在较短时间内高效合成Real Time PCR用cDNA,是进行2 Step Real Time RT-PCR反应的
理想试剂。
3. 使用了Random 6 mers和Oligo dT Primer 2种反转录引物,可以合成适合Real Time PCR用cDNA。
4. Real-time RT PCR定量需要建立标准曲线,建立标准曲线的条件就是需要将总RNA和反转录cDNA
稀释到较低的浓度。如果用水或TE Buffer稀释时,由于模板浓度低不稳定,因而会缩小曲线范围,结
果精度降低。本制品中附加了标准曲线制作用稀释液EASY Dilution(for Real Time PCR),将Total
RNA或cDNA稀释至低浓度时也能够进行准确稀释,容易在宽广范围内获得准确定量的标准曲线。
- 1 -
● 使用注意
以下为使用本试剂盒时的注意事项,使用前一定认真阅读。
1. 5×PrimeScript RT Master Mix在使用前要小心地离心收集到反应管底部。由于5×PrimeScript RT
Master Mix粘度高,用移液枪慢慢反复吸打充分混匀后使用。
2. 分装试剂时务必使用新的枪头(Tip),以防止样品间污染。
3. 本制品中已经加入了反转录Primer(Oligo dT Primer 和Random 6 mers),如果要使用Gene Specific
Primer进行反转录反应,则不能使用本制品。
● 操作方法
反转录反应
RNA的制备方法参见“附录”。
1. 按下列组份配制RT反应液(反应液配制请在冰上进行)。
试剂
5×PrimeScript RT Master Mix(Perfect Real Time)
Total RNA
RNase Free dH
2
O
2. 轻柔混匀后进行反转录反应,条件如下:
37℃ 15 min(反转录反应)
85℃ 5 sec(反转录酶的失活反应)
4℃
注意:得到的RT反应液加入到下一步的Real Time PCR反应体系中,其加入量不要超过Real
Time PCR反应体积的1/10(V/V)量。
使用量
2 μl
*
终浓度
1×
up to 10 μl
* 反应体系可按需求相应放大,10 μl反应体系可最大使用500 ng的Total RNA。
● Real Time PCR
以下是使用本制品进行反转录反应后,选择SYBR
Premix Ex Taq
II(Tli RNaseH Plus)(Code No.
RR820A)进行Real Time PCR反应的操作方法。
◆ 应用Applied Biosystems 7300/7500/7500 Fast Real-Time PCR System和StepOnePlus Real-Time
PCR System的操作方法
*请按照仪器使用说明书要求进行实验操作。
1. 按下列组份配制PCR反应液(反应液配制请在冰上进行)。
试剂
SYBR
Premix Ex Taq
II(Tli RNaseH Plus)(2×)
PCR Forward Primer(10 μM)
PCR Reverse Primer(10 μM)
ROX Reference Dye or Dye II(50×)
*2
RT反应液(cDNA溶液)
*3
dH
2
O(灭菌蒸馏水)
Total
整引物浓度。
- 2 -
使用量
10 μl
0.8 μl
0.8 μl
0.4 μl
2 μl
6 μl
20 μl
*4
使用量
25 μl
2 μl
2 μl
1
4 μl
16 μl
50 μl
*4
终浓度
1×
0.4 μM
*1
0.4 μM
*1
1×
*1 通常引物终浓度为0.4 μM可以得到较好结果。反应性能较差时,可以在0.2~1.0 μM范围内调
*2 ROX Reference Dye II(50×)比ROX Reference Dye(50×)浓度低,使用7500 Real-Time
PCR System 和7500 Fast Real-Time PCR System时,请使用ROX Reference Dye II(50×)。
使用StepOnePlus Real-Time PCR System和7300 Real-Time PCR System时,请使用ROX
Reference Dye(50×)。
*3 建议在20 μl反应液中使用相当于10 pg~100 ng Total RNA量的cDNA为模板。反转录反应
液的加入量不能超过PCR反应液总体积的10%。
2. 进行Real Time PCR反应
建议采用下列图表显示的两步法PCR反应程序,如果该程序得不到良好的实验结果时,再进行PCR
条件的优化。当使用Tm值较低的引物或两步法PCR反应扩增性能较差时,可以尝试进行三步法PCR
扩增反应。
< Applied Biosystems 7300/7500 Real-Time PCR System , StepOnePlus>
< Applied Biosystems 7500 Fast Real-Time PCR System >
两步法PCR扩增标准程序:
Stage 1:预变性
◆特别提示:
本制品中使用的
TaKaRa Ex Taq
®
HS是利用抗
Taq
抗体的Hot Start用DNA聚合酶,在PCR
*4 按不同仪器的要求确定反应液的体积。
两步法PCR扩增标准程序:
Stage 1:预变性
Reps:1
95℃ 30秒
Stage 2:PCR反应
Reps:40
95℃ 5秒
60℃ 30~34秒
*
Dissociation Stage
* 使用StepOnePlus时请设定在30秒。
使用7300时请设定在31秒。
使用7500时请设定在34秒。
Reps:1
95℃ 30秒
Reps:40
95℃ 3秒
60℃ 30秒
Stage 2:PCR反应
Dissociation Stage
反应前进行模板的预变性,通常设定为95℃、30秒。如果高温处理时间过长,会使酶的活性下降,
其PCR的扩增效率、定量精度等都会受到影响。
- 3 -
3. 实验结果分析
反应结束后确认Real Time PCR的扩增曲线和融解曲线,进行PCR定量时制作标准曲线等。分析方
法参见仪器的操作手册。
◆ 应用Thermal Cycler Dice™Real Time System
II
扩增仪的操作方法
1. 按下列组份配制PCR反应液(反应液配制请在冰上进行)。
试剂
SYBR
Premix Ex Taq
II(Tli RNaseH Plus)(2×)
使用量
12.5 μl
1.0 μl
1.0 μl
2 μl
*2
8.5 μl
25 μl
终浓度
1×
0.4 μM
*1
0.4 μM
*1
PCR Forward Primer(10 μM)
PCR Reverse Primer(10 μM)
RT反应液(cDNA溶液)
dH
2
O(灭菌蒸馏水)
Total
μM范围内调整引物浓度。
*1 通常引物终浓度为0.4 μM可以得到较好结果。反应性能较差时,可以在0.2~1.0
*2 建议在25 μl反应液中使用相当于10 pg~100 ng Total RNA量的cDNA为模
板。反转录反应液的加入量不能超过PCR反应液总体积的10%。
2. 进行Real Time PCR反应。
建议采用下列图表显示的两步法PCR反应程序。如果该程序得不到良好的实验结果时,再进行PCR
条件的优化。当使用Tm值较低的引物或两步法PCR反应扩增性能较差时,可以尝试进行三步法PCR
扩增反应。
◆特别提示:
本制品中使用的
TaKaRa Ex Taq
HS是利用抗
Taq
抗体的Hot Start用DNA聚合酶,在PCR反应
两步法PCR扩增标准程序:
Stage 1:预变性
Repeat:1
95℃ 30秒
Stage 2:PCR反应
95℃ 5秒
60℃ 30秒
Stage 3:Dissociation
Repeat:40
前进行模板的预变性,通常设定为95℃、30秒。如果高温处理时间过长,会使酶的活性下降,其PCR
的扩增效率、定量精度等都会受到影响。
3. 实验结果分析。
反应结束后确认Real Time PCR的扩增曲线和融解曲线,进行PCR定量时制作标准曲线等。分析方法
参见仪器的操作手册。
- 4 -
● 实验例
反转录反应时间和cDNA合成量的研讨实验
[方法]
1. 反转录反应
试 剂:
模 板:
PrimeScript RT Master Mix(Perfect Real Time)
Human Placenta Total RNA 2 pg~2 μg
20 μl 反应体积:
反应条件: 37℃ 15、30、60 min反应后85℃ 5 sec热变性,4℃保存
2. Real Time PCR反应
试 剂:
模 板:
反应体积:
反应条件:
[结果]
Real Time PCR扩增曲线图及标准曲线图如下:
标准曲线图
15 min(紫色) Rsq: 0.999 Eff=99% Y=-3.346LOG(X)+34.52
30 min(红色) Rsq: 1.000 Eff=98.9% Y=-3.349LOG(X)+34.46
60 min(黄色) Rsq: 0.999 Eff=100.9% Y=-3.301LOG(X)+34.24
以上Real Time RT-PCR扩增结果显示,不同反转录反应时间(15、30、60 min)在宽广模板浓度
范围内都可以得到同等的扩增效率。
扩增曲线图
15 min(紫色)
30 min(红色)
60 min(黄色)
SYBR
Premix Ex Taq
II(Perfect Real Time)
上述反转录反应液2 μl
25 μl
Thermal Cycler Dice Real Time System 标准反应条件
Target Gene:
ACTB
● 附 录
RNA样品制备
本制品是将RNA反转录成cDNA的专用试剂。RNA的纯度会影响cDNA的合成量,而制备RNA的关键
是要抑制细胞中的RNA分解酶和防止所用器具及试剂中的RNA分解酶的污染。因此,在实验中必须采
取以下措施:戴一次性干净手套;使用RNA操作专用实验台;在操作过程中避免讲话等等。通过以上办
法可以防止实验者的汗液、唾液中的RNA分解酶的污染。
- 5 -
【使用器具】
尽量使用一次性塑料器皿,若用玻璃器皿,应在使用前按下列(1)或者(2)方法进行处理。
(1) 干热灭菌(180℃,60 min)
(2) 用0.1% DEPC(焦碳酸二乙酯)水溶液在37℃下处理12小时。然后在120℃下高压灭菌30分钟除
去残留的DEPC。
RNA实验用的器具和仪器建议专门使用,不要用于其它实验。
【试剂配制】
用于RNA实验的试剂,需使用干热灭菌(180℃,60 min)或用上述方法进行DEPC水处理灭菌后的玻
璃容器盛装(也可使用RNA实验用的一次性塑料容器),使用的无菌水需用0.1%的DEPC处理后进行高
温高压灭菌。
RNA实验用的试剂和无菌水都应专用,避免混用后交叉污染。
【制备方法】
使用简单的RNA纯化方法即可获得满足于RT-PCR反应的RNA(只需少量的RNA便可进行RT-PCR
反应)。但为了保证实验的成功率,建议使用GTC法(异硫氰酸胍法)制备的高纯度RNA。
从培养细胞、组织中提取时,使用RNAiso Plus(Code No. 9108/9109)。纯化的RNA用灭菌蒸馏水或
灭菌的TE缓冲液溶解。
【Total RNA中混有基因组DNA的对策】
提取的Total RNA中常常混有基因组DNA,而基因组DNA可以直接作为PCR模板进行扩增,造成解析
结果不准确。为了避免这种情况发生,我们必须采取如下两种措施:1、引物设计时避免基因组DNA扩
增;2、使用DNase I处理除去基因组DNA。
1、引物设计时避免基因组DNA扩增
我们可以利用基因组DNA具有外显子和内含子的结构,在引物设计上下工夫,使PCR反应时不能扩增
基因组DNA。此时我们首先应确认目的基因的基因组结构,选择较长的内含子。然后,在这个内含子两
侧的外显子上分别设计上、下游引物。Real Time PCR反应时通常扩增的目的DNA片段长度都比较短,
设置的条件也是适合短片段DNA的扩增。所以,当内含子足够长时,基因组DNA来源的扩增就不能发
生;当内含子较短时,基因组DNA来源的扩增可能发生,但基因组DNA来源的扩增产物比mRNA来源
的扩增产物长,可通过分析融解曲线的方法加以区分。但是,此种方法不适合具有单个外显子的基因、或
者不具有内含子的生物种以及基因组情报没被解析的生物种等,此时必须采取2、的方法解决。
2、使用DNase I处理除去基因组DNA
使用常规方法提取Total RNA后,再使用DNase I(RNase-free)(Code No. 2270A)分解混入的基因组
DNA,最后进行苯酚/氯仿抽提、乙醇沉淀等纯化Total RNA。
◆ 操作流程
① 按下列组份配制反应液。
试剂
Total RNA
10×DNase I Buffer
RNase Inhibitor
DNase I(RNase-free)
DEPC处理水
② 37℃ 20 min。
③ 使用以下两种方法使DNase I失活。
A.热处理
(1)加入2.5 μl 0.5 M EDTA 80℃ 2 min。
(2)用DEPC处理水定容至100 μl。
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使用量
20~50 μg
5 μl
20 U
2 μl(10 U)
up to 50 μl
B.苯酚/氯仿抽提
(1)用50 μl DEPC处理水定容至100 μl后加入等体积的苯酚/氯仿/异戊醇(25:24:1)混匀。
(2)室温,15,000 rpm 5 min离心,取上清。
(3)加入等体积的氯仿/异戊醇(24:1)混匀。
(4)室温,15,000 rpm 5 min离心,取上清。
④ 加入10 μl 3 M醋酸钠,250 μl冷乙醇,冰上放置10 min。
⑤ 4℃,15,000 rpm 15 min离心,弃上清。
⑥ 加入70%冷乙醇洗净,4℃,15,000 rpm 5 min离心,弃上清。
⑦ 沉淀干燥。
⑧ 加入适量DEPC处理水溶解。
【基因组DNA确认方法】
不进行反转录反应,通过Real Time PCR确认基因组DNA混入量。此实验使用从基因组DNA和mRNA
中都能进行扩增的Primer。DNase I处理后的基因组DNA处理情况也可以通过此方法进行确认。另外,
使用跨内含子对基因组DNA不能进行扩增的Primer也有扩增产物时,怀疑有伪基因存在,这种情况也
● 关联产品
可以用此方法进行确认。
SYBR
®
Premix Ex Taq
™ II (Tli RNaseH Plus) (Code No. RR820Q/A/B)
SYBR
®
Fast qPCR Mix (Code No. RR430S/A/B)
SYBR
®
Premix Ex Taq
™ (Tli RNaseH Plus) (Code No. RR420Q/A/B)
Probe qPCR Mix (Code No. RR391S/A/B)
EASY Dilution (for Real Time PCR) (Code No. 9160/9160Q)
Thermal Cycler Dice™ Real Time System III (Code No. TP950/TP970/TP980/TP990)
Thermal Cycler Dice™ Real Time System
II
(Code No. TP900/TP960)
Thermal Cycler Dice™ Real Time System
Lite
(Code No. TP700/TP760)
PrimeScript™ RT Reagent Kit (Perfect Real Time) (Code No. RR037Q/A/B)
PrimeScript™ RT reagent Kit with gDNA Eraser (Perfect Real Time) (Code No. RR047Q/A/B)
RNAiso Plus (Code No. 9108/9109)
TaKaRa Ex Taq
is a registered trademarks of TAKARA BIO INC.
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PrimeScript、Thermal Cycler Dice 、
Premix Ex Taq
are trademarks of TAKARA BIO INC.
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