2024年4月23日发(作者：兰凝心)
1. SSR数据格式
(9 0 0 6 3 2
0
ind Loc1 Loc2 Loc3 Loc4 Loc5 Loc6
1 160150 163163 178176 102102 147139 118114
2 152152 163163 176176 102102 147139 116116
3 166158 161153 176174 102102 149137 116116
4 158158 163163 174168 102098 147147 116112
5 168164 163153 176166 102102 149141 116112
6 158158 163153 178176 102098 147147 116114
7 158158 163163 176176 102102 149139 116114
8 158152 163163 176174 102102 149137 116112
9 150150 163163 176174 102098 149141 116116
END)
括弧内为完整的数据输入格式，注意有空格。第一排（9 0 0 6 3 2）： 9表示9个个体
（individuals），第一个0表示无categories，第二个0表示无spatial coordinates，6表示6
个loci，3表示digits数（共显性标记digit值在1到3之间），2表示二倍体（diploid）。第二
排0表示无distance intervals。后面大家应该都懂的。注意最后一排必须要写上“END”。保
存为txt文档。
2. 显性标记格式
(6 3 0 16 -1 2
0
ind pop d1 d2 d3 d4 d5 d6 d7 d8 d9 d10 d11 d12 d13 d14 d15 d16
ah1 G1 1 1 1 0 0 1 1 0 1 1 0 1 1 1 0 1
ah2 G1 1 0 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
ah3 G2 1 0 1 1 1 1 1 0 1 1 0 0 0 1 0 1
ah4 G2 1 0 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1
ah5 G3 1 1 0 0 0 1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1
ah6 G3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 0 1
END)
括弧内为完整的数据输入格式，注意有空格。第一排（6 3 0 16 -1 2）： 6表示6
个个体（individuals），第一个3表示3个categories（就是pop所在列G1、G2、G3，也可以
不要），第二个0表示无spatial coordinates，16表示16个loci，-1是digits数（显性标记digit<=0,
我设的为-1，也可设为-2等），2表示二倍体（diploid）。第二排0表示无distance intervals。
后面大家应该都懂的。注意最后一排必须要写上“END”。保存为txt文档。
运行SPAGeDi-1.3d
Google一搜就有得下载，有无需安装版。
1.打开后的界面
2. 将文件拖入到刚才的界面回车之后可见
3. 在“Results file：”一排输入结果输出文件名。我设为“”
4. 回车进入下一步，继续回车进入下面的界面，并输入“1”。
5. 回车之后进入COMPUTATIONAL OPTIONS界面，我是直接回车跳过直到进入OUTPUT
OPTIONS界面，填“3”
6. 回车之后进入下面的界面，输入“3”
回车之后进入下面的界面
关闭窗口，在结果文件“”中有“Pairwise KINSHIP coefficients (Loiselle et al., 1995)”
项。
恭喜你！你已经得到K matrix了。
第5步填“3”很重要，第6步，填入其他值会有不同的结果。第4步也可以填入其他值试
一下。如果大家有兴趣可以试一下。
我就知道这些了。希望大家共同进步！呵呵！
2024年4月23日发(作者：兰凝心)
1. SSR数据格式
(9 0 0 6 3 2
0
ind Loc1 Loc2 Loc3 Loc4 Loc5 Loc6
1 160150 163163 178176 102102 147139 118114
2 152152 163163 176176 102102 147139 116116
3 166158 161153 176174 102102 149137 116116
4 158158 163163 174168 102098 147147 116112
5 168164 163153 176166 102102 149141 116112
6 158158 163153 178176 102098 147147 116114
7 158158 163163 176176 102102 149139 116114
8 158152 163163 176174 102102 149137 116112
9 150150 163163 176174 102098 149141 116116
END)
括弧内为完整的数据输入格式，注意有空格。第一排（9 0 0 6 3 2）： 9表示9个个体
（individuals），第一个0表示无categories，第二个0表示无spatial coordinates，6表示6
个loci，3表示digits数（共显性标记digit值在1到3之间），2表示二倍体（diploid）。第二
排0表示无distance intervals。后面大家应该都懂的。注意最后一排必须要写上“END”。保
存为txt文档。
2. 显性标记格式
(6 3 0 16 -1 2
0
ind pop d1 d2 d3 d4 d5 d6 d7 d8 d9 d10 d11 d12 d13 d14 d15 d16
ah1 G1 1 1 1 0 0 1 1 0 1 1 0 1 1 1 0 1
ah2 G1 1 0 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
ah3 G2 1 0 1 1 1 1 1 0 1 1 0 0 0 1 0 1
ah4 G2 1 0 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1
ah5 G3 1 1 0 0 0 1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1
ah6 G3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 0 1
END)
括弧内为完整的数据输入格式，注意有空格。第一排（6 3 0 16 -1 2）： 6表示6
个个体（individuals），第一个3表示3个categories（就是pop所在列G1、G2、G3，也可以
不要），第二个0表示无spatial coordinates，16表示16个loci，-1是digits数（显性标记digit<=0,
我设的为-1，也可设为-2等），2表示二倍体（diploid）。第二排0表示无distance intervals。
后面大家应该都懂的。注意最后一排必须要写上“END”。保存为txt文档。
运行SPAGeDi-1.3d
Google一搜就有得下载，有无需安装版。
1.打开后的界面
2. 将文件拖入到刚才的界面回车之后可见
3. 在“Results file：”一排输入结果输出文件名。我设为“”
4. 回车进入下一步，继续回车进入下面的界面，并输入“1”。
5. 回车之后进入COMPUTATIONAL OPTIONS界面，我是直接回车跳过直到进入OUTPUT
OPTIONS界面，填“3”
6. 回车之后进入下面的界面，输入“3”
回车之后进入下面的界面
关闭窗口，在结果文件“”中有“Pairwise KINSHIP coefficients (Loiselle et al., 1995)”
项。
恭喜你！你已经得到K matrix了。
第5步填“3”很重要，第6步，填入其他值会有不同的结果。第4步也可以填入其他值试
一下。如果大家有兴趣可以试一下。
我就知道这些了。希望大家共同进步！呵呵！