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用RI-MP2、RIJCOSX-MP2方法计算分子间相互作用能

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2024年4月26日发(作者:剑嘉歆)

用RI-MP2、RIJCOSX-MP2方法计算分子间相互作用能

王畅;王一波

【摘 要】研究RI-MP2、RIJCOSX-MP2 2种快速MP2方法用于分子间相互作用

能计算时的大小一致性和基函数重叠误差(BSSE)的均衡校正问题.选择H2O…H2O、

CH4…CH4、CH4…C6H6 、C6 H6… C6H6和Guanine… Cytosine 5个典型体

系,在Def2TZVPPD基函数水平下进行计算,结果表明这两种快速MP2方法满足大

小一致性,CP(CounterPoise,method)均衡校正法进行BSSE校正时,与传统MP2

相比较,RI-MP2最大相对误差仅有0.6%,RIJCOSX-MP2达10.3%.说明RI-MP2

方法的BSSE可以用CP方法校正,RIJCOSX-MP2用CP校正BSSE应慎重.

【期刊名称】《贵州科学》

【年(卷),期】2015(033)006

【总页数】5页(P9-13)

【关键词】MP2;RI-MP2;RIJCOSXMP2;大小一致性;基函数重叠误差

【作 者】王畅;王一波

【作者单位】贵州省高性能计算化学重点实验室,贵州大学化学系,贵阳550025;贵

州省高性能计算化学重点实验室,贵州大学化学系,贵阳550025

【正文语种】中 文

【中图分类】O413

引言

MP2 方法是1934 年Mφller 和Plesset 提出的基于波函数最重要和最有效的电子

相关能计算方法之一。尽管CCSD(T)和QCI 两种方法在精确计算小体系的相关能

上取得了成功达到实验值标准,但是在较大体系时其储存、计算量都比较大,所以

MP2 在精确研究较大体系电子相关能上仍然具有很强的生命力,同时MP2 方法

也不断的在计算精度上进行完善,比如2003 年Grimme 的SCS-MP2 方法

(Grimme et al,2003)、2009 年Neese 和Schwabe 的OO-MP2 方法(Neese

et al,2009)以及CCSD(T)/CBS(Dabkowska et al,2005)中的基函数递推也依

赖于MP2 方法。说明MP2 方法在相关能计算方面仍然扮演着重要的角色。

但是,因为传统的MP2 方法其计算量正比于ON4(O 表示占据轨道数,N 表示基

函数数目)(Head-Gordon et al,1988)。使得在使用大的基函数时会产生很大的

计算量,近几十年来人们就针对这一问题对MP2 进行了改进近似。1993 年

Martin Feyereisen 等人提出了一种近似的MP2 方法RIMP2(resolution of the

identity)这种方法用三指数的双积分取代了传统MP2 中的四指数双电子积分,把

计算量从N4 减少到了N2 m,(其中m 是辅助基函数的数目)从而提高计算效率

(Feyereisen et al,1993)。在2010 年Simone Kossman 和Frank

Neese(Kossman et al,2010)提出另外一种近似的MP2 方法RIJCOSX-MP2,

这种方法是在它在MP2 库仑矩阵中采用RI 近似,在SCF 交换矩阵中用

COSX(chain-ofspheres)算法进行了半数值交换处理和SCF 库仑矩阵中采用

Split-RI-J,把计算的效率提高了7~8 倍,又MP2 发展到了一个新的高度。因此

他们也称为快速的MP2 方法。除此之外还有1990 年r和

nigg 的MP2-R12 方 法(Klopper et al,1900)、2002 年

r 和 的(ABS)MP2-R12 方法(Klopper et al,

2002),2003 年Frederick 和 的DF-MP2-R12 方法(Frederick et al,

2003)等快速的MP2 方法。

MP2 方法计算结果的大小一致性、基函数重叠误差的均衡校正校正都是经过从理

论到实践的证明的,这些近似方法都是通过计算技术来进行改进的,那么这些计算

技术会不会影响这些MP2 方法的大小一致性,而且他们的基函数重叠误差(BSSE)

的校正能否用均衡校正法(CounterPoise,method)来校正,都是尚未研究过的问

题,同时我们也评估了这3种方法在计算效率上的差异。基于这些考虑本文用

H2O…H2O、CH4…CH4、CH4…C6H6、C6H6…C6H6和Guanine…Cytosine

作为代表在Def2-TZVPPD 水平下对这两种方法用于分子间相互作用的进行探讨。

1 计算方法

MP2 方法的能量表示为:

其中εi 是Fock 算符能量本征值,C 是分子轨道的系数矩阵,(ij/kl)是原子轨道双

电子排斥积分。

RI-MP2 的能量公式为(Feyereisen et al,1993):

RIJCOSX-MP2 这种方法在它在MP2 库仑矩阵中采用RI 近似,在SCF 交换矩阵

中用COSX(chainof-spheres)算法进行了半数值交换处理和SCF 库仑矩阵中采用

Split-RI-J. 其能量的公式为:

其中P 表示密度矩阵,h 是一个电子的导数,(μv|K)是三指数两中心的排斥积分,

X、A 是交换矩阵近似中的重要项。R 是响应算符,Γ'Rμvi 表示三指数双粒子的

密度。

大小一致性(徐光宪等,2009),若体系由不相互作用的子体系组成,则其总能量

等于这些子体系的能量之和。本文为了验证快速MP2 方法的大小一致性,在2 个

子体系相距50Å4 无相互作用的情况下进行计算,用其总能量和2 个子体系的能

量做差值η(η=EDimer -Emonomer1 -EMonomer2)来判断其是否满足大小一致

性。

对体系和子体系采用相同的标准基组进行计算,不存在基组不一致的问题。但在有

限基组下,由于体系是由组成其2 个子体系的基组重叠所形成的更大基组所描述,

从而不可避免地影响体系的总能量,这种由于体系和子体系计算时所用基组不等所

引起的体系总能量的变化称为基组重叠误差(BSSE)(Ransil,1961),解决基函数重

叠误差通常采用的是Boys 和Bernardi 提出的均衡校正法(CounterPoise

method,CP)(Boys et al,1970)。这种方法的公式可表示为:

式中表示单体A 优化的结构在单体A 基函数下的能量表示单体B 在单体B 基函数

下的能量是复合物优化得到的A 的结构在复合物基函数下的能量是复合物优化得

到的B 的结构在复合物基函数下的能量。在计算时,把复合物中B 的核电荷数和

电子数设为零,则单体B 是虚原子,反之计算时A 用虚原子代替。经过BSSE校

正后的相互作用能可表示为:

用这种方法校正计算MP2、RI-MP2、RIJCOSXMP2 的结合能并比较其数值,并

与传统的MP2 方法做比较,用相对误差δ 来表示它们计算结果的差异。其中δ

计算公式为:

所有计算以H2O…H2O、CH4…CH4、CH4 …C6H6、C6H6. …C6H6、

Guanine…Cytosine 体系为例子,在贵州大学云计算平台上完成,使用计算节点

的CPU 为Intel Core2 Q6600 2.40GHz,计算程序为ORCA 3.0.3。

2 结果与讨论

2.1 大小一致性

使用MP2、RI-MP2、RIJCOSX-MP2 3 种方法对

H2O…H2O CH4…CH4、CH4…C6H6 C6H6. …C6H6

体系在Def2-TZVPPD 水平下分别计算复合物在距离50 时和单体的时能量,并做

差值η 比较,具体数据见表1。计算结果表明RI-MP2、RIJCOSX-MP2 两种快速

的MP2 方法能量的差值和传统MP2 数量级一致且都小它们满足大小一致性,可

以用于分子相互作用的计算。

表1 3 种方法计算各体系的能量(Hartree)Tab.1 Energies of various systems

using three methods(Hartree)Complex Monomer1 Monomer2 Dimer H

MP2 H2O…H2O -76.327 253 -76.327 224 -152.654 477 0.000 000

CH4…CH4 -40.412 775 -40.412 775 -80.825 551 0.000 001 CH4…C6H6 -

40.412 805 -231.737 366 -272.150 170 0.000 001 C6H6…C6H6 -231.737

358 -231.737 358 -463.474 717 0.000 001 Guanine…Cytosine -541.608 580

-394.230 798 -935.839 383 0.000 005 RI-MP2 H2O…H2O -76.327 208 -

76.327 179 -152.654 387 0.000 000 CH4…CH4 -40.412 775 -40.412 775 -

80.825 551 0.000 001 CH4…C6H6 -40.412 769 -231.737 200 -272.149 969

0.000 000 C6H6…C6H6 -231.737 193 -231.737 193 -463.474 386 0.000 000

Guanine…Cytosine -541.608 366 -394.230 626 -935.838 997 0.000 005

RIJCOSX-MP2 H2O…H2O -76.327 445 -76.327 226 -152.654 669 0.000 002

CH4…CH4 -40.412 862 -40.412 862 -80.825 724 0.000 000 CH4…C6H6 -

40.412 884 -231.737 831 -272.150 717 0.000 002 C6H6…C6H6 -231.737

412 -231.737 412 -463.474 824 0.000 000 Guanine…Cytosine -541.608 534

-394.230 817 -935.859 3 57 0.000 006

2.2 基函数重叠误差(BSSE)及其校正

上述计算表明RI-MP2、RIJCOSX-MP2 可以用于分子间相互作用的计算,因为研

究分子间相互作用必须考虑基函数重叠误差的问题。所以我们用CP 法计算其

BSSE 和校正后的结合能,具体数据见表2。

表2 3 种方法计算各体系能量数值和结合能的数值Tab.2 Binding energies and

energies of various systems using three methodsComplex

Monomer1(Hartree)Monomer2(Hartree)Dimer(Hartree)△E(kcal/mol)△Ecp(k

cal/mol)BSSE(kcal/mol) δ%MP2 H2O…H2O -76.327 249 -76.327 249 -

152.662 422 -4.97 -4.56 0.41 CH4….CH4 -40.412 805 -40.412 805 -80.826

453 -0.53 -0.37 0.16 CH4…C6H6 -40.412 805 -231.737 367 -272.154 002 -

2.40 -1.62 0.78 C6H6…C6H6 -231.737 367 -231.737 367 -463.484 548 -6.16

-4.36 1.80 Guanine…Cytosine -541.607 319 -394.229 959 -935.863 360 -

16.37 -12.74 3.63 RI-MP2 H2O…H2O -76.327 204 -76.327 204 -152.662 337

-4.98 -4.56 0.41 0.0 CH4…CH4 -40.412 769 -40.412 769 -80.826 382 -0.53 -

0.37 0.16 0.0 CH4…C6H6 -40.412 769 -231.737 201 -272.153 810 -2.41 -

1.63 0.78 0.0 C6H6…C6H6 -231.737 201 -231.737 201 -463.484 236 -6.18 -

4.37 1.81 0.6 Guanine…Cytosine -541.607 101 -394.229 785 -935.863 010 -

16.40 -12.76 3.64 0.3 RIJCOSX-MP2 H2O…H2O -76.327 278 -76.327 278 -

152.662 576 -5.03 -4.66 0.37 9.8 CH4…CH4 -40.412 787 -40.412 787 -

80.826 665 -0.69 -0.51 0.17 6.3 CH4…C6H6 -40.412 787 -231.737 973 -

272.154 398 -2.29 -1.59 0.70 10.3 C6H6…C6H6 -231.737 973 -231.737 973

-463.484 648 -5.46 -3.67 1.79 0.6 Guanine…Cytosine -541.607 123 -394.229

792 -935.863 2 09 -16.55 -12.83 3.72 2.5

计算2 种方法的δ 得到:RI-MP2 方法用CP 校正的BSSE 与传统的MP2 的BSSE

的δ 在0.6 %以内,而且BSSE 的绝对误差最高在0.01 kcal/mol 说明RI-MP2 的

结果很接近于传统的MP2 方法,它的BSSE 可以用CP 方法进行校正。RIJCOSX-

MP2 的BSSE 的δ 高达10.3 %,但是其BSSE 的绝对误差在0.08 kca/mol,而

且对于作用较强的Guanine…Cytosine 体系其相对误差为2.5 %。所以

RIJCOSX-MP2方法用CP 方法校正其BSSE 时误差控制需要谨慎。

2.3 计算效率比较

因为2 种方法称为快速的MP2 方法,在计算单体的时候有很大的效率提高,下面

对它们在计算分子间相互作用时的计算效率进行评估。为了比较时间效率,这3

种方法在相同的条件下单核计算。其CPU 单核时间和系统等待时间见表3(由于计

算Guanine…Cytosine 体系时用的Gaussian 程序,所以以下就不做比较,但是

计算也同样是快速的),可以明显的看出2 种方法对于小体系时并没有很大的优势,

但是在较大体系时RI-MP2 方法相对于MP2 方法有时间上的优势,有的可明显提

高1 倍,RIJCOSXMP2 时间优势就比较明显,效率提高了18 倍。为了方便比较,

我们根据基函数和CPU 时间、等待时间分别作了图1 和图2。

表3 3 种方法的CPU 时间和等待时间(min)Tab.3 CPU time and wall time of

three methods(min)测试机器CPU 为Intel Core2 Q6600 2.40GHzComplex

CPU time Wall time MP2 RI-MP2 RIJCOSX-MP2 MP2 RI-MP2 RIJCOSX-MP2

H2O…H2O 1 0.95 0.5 3.2 3 2 CH4…CH4 3.4 2.8 1 8.6 7.2 3.6 CH4C6H6 51 42

8 214 152 30 C6H6…C6H6 513 215 28 1 454 550 84

图1 基函数-CPU 时间图Fig.1 Basis sets-CPU time

图2 基函数-等待时间图Fig.2 Basis sets -wall time

图1、图2 中可以明确看出:随着体系的增大RIMP2、RIJCOSX-MP2 效率提高了

很多,而且对于CPU时间和等待时间都是统一的,说明这2 种方法不仅减少了

CPU 时间同时也减少了I/O 的传输时间。随着基函数的增多,计算效率的提高更

加的明显。

3 结论

通过比较各体系能量差值的结果可以看出,RIMP2、RIJCOSX-MP2 方法满足大

小一致性,可以用于分子间相互作用的研究。在用CP 做BSSE 校正时,RI-MP2

的计算结果很接近传统的MP2,相对误差在0.6 %以内,其BSSE 可以用CP 方法

进行校正。RIJCOSX-MP2 在较弱作用的体系时达到了10.3 %的相对误差,用CP

校正BSSE 时需要谨慎。从计算效率上,这2 种方法不仅减少CPU 时间,还减少

了I/O的传输量,随着体系的增大,提高计算效率增长更加明显。

[REFERENCES]

Boys SF,Bernardi F, calculation of small molecular interactions

by the differences of separate total energies,some proeedures with

redueed error[J].s,19:553-566.

Dabkowska I,Jurecka P,Hobza P, geometries of stack ed and

H-bonded nucleic acid base pairsdetermined at various DFT,MP2,and

CCSD(T)levelsup to the CCSD(T)/complete basis set limit level

[J].s,122:204322.

Feyereisen M,Fitzgerald G,Komornicki, of approxima te

integral in ab initio application in MP2 energy calculations

[J] .s, 208:359-363.

Head-Gordon M,Pople JA,Frisch M,2 Energy evaluation by

direct methods[J].Journal of Chemical Physics Letters,153:503.

Gremme S,ed second-order Mller-plesset perturbati on

theory by separate scaling of parallel-and antiparallelspin pair correlation

energies[J].Journal of Chemical Phy sics,118:9095-9102.

Klopper W,Kutzelnigg,2-R12 calculations on the relative

stability of carbocations[J].Journal of Chemical Physics,94(14):5635-

5630.

Klopper W,Samson CCM,itly correlated second-order Mller-

Plesset methods with auxiliary basis sets[J].

Journal of Chemical Physics,116:6397.

Kossmann S,Neese F,ent structure optimization with second-

Order many-body perturbation theory:the Rijcosxmp2 method

[J].Journal of Chemical Theory and Computation,6:2325-2338.

Manby F R,y fitting in second-order linear-r12 Mller-plesset

perturbation theory[J].Journal of Chemi cal Physics,119:4607.

Neese F,Schwab T,Kossmann S,Schirmer B et al., sment of

orbital optimized,spin-component scaled second order many body

perturbation theory for thermochem-istry and kinetics[J].Journal of

Chemical Theory and Computation,5:3060-3070.

Ransil BJ,s in moleeular ial curve for the

interaetion of two Helium atoms in single-configuration LCAO-MO-SCF

aPProximation[J].Journal of Chemical Physics,34:2109-2118.

Xu Gx,Ni ML,Wang DM, Basic Pirinciple of Qucntum

Chemistry and Ab Inition Algorithm[M]. Beijing:Science Press(in

Chinese).

[附中文参考文献]

徐光宪,黎民乐,王德民,2009. 量子化学基本原理和从头计算法(中)[M]. 北

京:科学出版社.

2024年4月26日发(作者:剑嘉歆)

用RI-MP2、RIJCOSX-MP2方法计算分子间相互作用能

王畅;王一波

【摘 要】研究RI-MP2、RIJCOSX-MP2 2种快速MP2方法用于分子间相互作用

能计算时的大小一致性和基函数重叠误差(BSSE)的均衡校正问题.选择H2O…H2O、

CH4…CH4、CH4…C6H6 、C6 H6… C6H6和Guanine… Cytosine 5个典型体

系,在Def2TZVPPD基函数水平下进行计算,结果表明这两种快速MP2方法满足大

小一致性,CP(CounterPoise,method)均衡校正法进行BSSE校正时,与传统MP2

相比较,RI-MP2最大相对误差仅有0.6%,RIJCOSX-MP2达10.3%.说明RI-MP2

方法的BSSE可以用CP方法校正,RIJCOSX-MP2用CP校正BSSE应慎重.

【期刊名称】《贵州科学》

【年(卷),期】2015(033)006

【总页数】5页(P9-13)

【关键词】MP2;RI-MP2;RIJCOSXMP2;大小一致性;基函数重叠误差

【作 者】王畅;王一波

【作者单位】贵州省高性能计算化学重点实验室,贵州大学化学系,贵阳550025;贵

州省高性能计算化学重点实验室,贵州大学化学系,贵阳550025

【正文语种】中 文

【中图分类】O413

引言

MP2 方法是1934 年Mφller 和Plesset 提出的基于波函数最重要和最有效的电子

相关能计算方法之一。尽管CCSD(T)和QCI 两种方法在精确计算小体系的相关能

上取得了成功达到实验值标准,但是在较大体系时其储存、计算量都比较大,所以

MP2 在精确研究较大体系电子相关能上仍然具有很强的生命力,同时MP2 方法

也不断的在计算精度上进行完善,比如2003 年Grimme 的SCS-MP2 方法

(Grimme et al,2003)、2009 年Neese 和Schwabe 的OO-MP2 方法(Neese

et al,2009)以及CCSD(T)/CBS(Dabkowska et al,2005)中的基函数递推也依

赖于MP2 方法。说明MP2 方法在相关能计算方面仍然扮演着重要的角色。

但是,因为传统的MP2 方法其计算量正比于ON4(O 表示占据轨道数,N 表示基

函数数目)(Head-Gordon et al,1988)。使得在使用大的基函数时会产生很大的

计算量,近几十年来人们就针对这一问题对MP2 进行了改进近似。1993 年

Martin Feyereisen 等人提出了一种近似的MP2 方法RIMP2(resolution of the

identity)这种方法用三指数的双积分取代了传统MP2 中的四指数双电子积分,把

计算量从N4 减少到了N2 m,(其中m 是辅助基函数的数目)从而提高计算效率

(Feyereisen et al,1993)。在2010 年Simone Kossman 和Frank

Neese(Kossman et al,2010)提出另外一种近似的MP2 方法RIJCOSX-MP2,

这种方法是在它在MP2 库仑矩阵中采用RI 近似,在SCF 交换矩阵中用

COSX(chain-ofspheres)算法进行了半数值交换处理和SCF 库仑矩阵中采用

Split-RI-J,把计算的效率提高了7~8 倍,又MP2 发展到了一个新的高度。因此

他们也称为快速的MP2 方法。除此之外还有1990 年r和

nigg 的MP2-R12 方 法(Klopper et al,1900)、2002 年

r 和 的(ABS)MP2-R12 方法(Klopper et al,

2002),2003 年Frederick 和 的DF-MP2-R12 方法(Frederick et al,

2003)等快速的MP2 方法。

MP2 方法计算结果的大小一致性、基函数重叠误差的均衡校正校正都是经过从理

论到实践的证明的,这些近似方法都是通过计算技术来进行改进的,那么这些计算

技术会不会影响这些MP2 方法的大小一致性,而且他们的基函数重叠误差(BSSE)

的校正能否用均衡校正法(CounterPoise,method)来校正,都是尚未研究过的问

题,同时我们也评估了这3种方法在计算效率上的差异。基于这些考虑本文用

H2O…H2O、CH4…CH4、CH4…C6H6、C6H6…C6H6和Guanine…Cytosine

作为代表在Def2-TZVPPD 水平下对这两种方法用于分子间相互作用的进行探讨。

1 计算方法

MP2 方法的能量表示为:

其中εi 是Fock 算符能量本征值,C 是分子轨道的系数矩阵,(ij/kl)是原子轨道双

电子排斥积分。

RI-MP2 的能量公式为(Feyereisen et al,1993):

RIJCOSX-MP2 这种方法在它在MP2 库仑矩阵中采用RI 近似,在SCF 交换矩阵

中用COSX(chainof-spheres)算法进行了半数值交换处理和SCF 库仑矩阵中采用

Split-RI-J. 其能量的公式为:

其中P 表示密度矩阵,h 是一个电子的导数,(μv|K)是三指数两中心的排斥积分,

X、A 是交换矩阵近似中的重要项。R 是响应算符,Γ'Rμvi 表示三指数双粒子的

密度。

大小一致性(徐光宪等,2009),若体系由不相互作用的子体系组成,则其总能量

等于这些子体系的能量之和。本文为了验证快速MP2 方法的大小一致性,在2 个

子体系相距50Å4 无相互作用的情况下进行计算,用其总能量和2 个子体系的能

量做差值η(η=EDimer -Emonomer1 -EMonomer2)来判断其是否满足大小一致

性。

对体系和子体系采用相同的标准基组进行计算,不存在基组不一致的问题。但在有

限基组下,由于体系是由组成其2 个子体系的基组重叠所形成的更大基组所描述,

从而不可避免地影响体系的总能量,这种由于体系和子体系计算时所用基组不等所

引起的体系总能量的变化称为基组重叠误差(BSSE)(Ransil,1961),解决基函数重

叠误差通常采用的是Boys 和Bernardi 提出的均衡校正法(CounterPoise

method,CP)(Boys et al,1970)。这种方法的公式可表示为:

式中表示单体A 优化的结构在单体A 基函数下的能量表示单体B 在单体B 基函数

下的能量是复合物优化得到的A 的结构在复合物基函数下的能量是复合物优化得

到的B 的结构在复合物基函数下的能量。在计算时,把复合物中B 的核电荷数和

电子数设为零,则单体B 是虚原子,反之计算时A 用虚原子代替。经过BSSE校

正后的相互作用能可表示为:

用这种方法校正计算MP2、RI-MP2、RIJCOSXMP2 的结合能并比较其数值,并

与传统的MP2 方法做比较,用相对误差δ 来表示它们计算结果的差异。其中δ

计算公式为:

所有计算以H2O…H2O、CH4…CH4、CH4 …C6H6、C6H6. …C6H6、

Guanine…Cytosine 体系为例子,在贵州大学云计算平台上完成,使用计算节点

的CPU 为Intel Core2 Q6600 2.40GHz,计算程序为ORCA 3.0.3。

2 结果与讨论

2.1 大小一致性

使用MP2、RI-MP2、RIJCOSX-MP2 3 种方法对

H2O…H2O CH4…CH4、CH4…C6H6 C6H6. …C6H6

体系在Def2-TZVPPD 水平下分别计算复合物在距离50 时和单体的时能量,并做

差值η 比较,具体数据见表1。计算结果表明RI-MP2、RIJCOSX-MP2 两种快速

的MP2 方法能量的差值和传统MP2 数量级一致且都小它们满足大小一致性,可

以用于分子相互作用的计算。

表1 3 种方法计算各体系的能量(Hartree)Tab.1 Energies of various systems

using three methods(Hartree)Complex Monomer1 Monomer2 Dimer H

MP2 H2O…H2O -76.327 253 -76.327 224 -152.654 477 0.000 000

CH4…CH4 -40.412 775 -40.412 775 -80.825 551 0.000 001 CH4…C6H6 -

40.412 805 -231.737 366 -272.150 170 0.000 001 C6H6…C6H6 -231.737

358 -231.737 358 -463.474 717 0.000 001 Guanine…Cytosine -541.608 580

-394.230 798 -935.839 383 0.000 005 RI-MP2 H2O…H2O -76.327 208 -

76.327 179 -152.654 387 0.000 000 CH4…CH4 -40.412 775 -40.412 775 -

80.825 551 0.000 001 CH4…C6H6 -40.412 769 -231.737 200 -272.149 969

0.000 000 C6H6…C6H6 -231.737 193 -231.737 193 -463.474 386 0.000 000

Guanine…Cytosine -541.608 366 -394.230 626 -935.838 997 0.000 005

RIJCOSX-MP2 H2O…H2O -76.327 445 -76.327 226 -152.654 669 0.000 002

CH4…CH4 -40.412 862 -40.412 862 -80.825 724 0.000 000 CH4…C6H6 -

40.412 884 -231.737 831 -272.150 717 0.000 002 C6H6…C6H6 -231.737

412 -231.737 412 -463.474 824 0.000 000 Guanine…Cytosine -541.608 534

-394.230 817 -935.859 3 57 0.000 006

2.2 基函数重叠误差(BSSE)及其校正

上述计算表明RI-MP2、RIJCOSX-MP2 可以用于分子间相互作用的计算,因为研

究分子间相互作用必须考虑基函数重叠误差的问题。所以我们用CP 法计算其

BSSE 和校正后的结合能,具体数据见表2。

表2 3 种方法计算各体系能量数值和结合能的数值Tab.2 Binding energies and

energies of various systems using three methodsComplex

Monomer1(Hartree)Monomer2(Hartree)Dimer(Hartree)△E(kcal/mol)△Ecp(k

cal/mol)BSSE(kcal/mol) δ%MP2 H2O…H2O -76.327 249 -76.327 249 -

152.662 422 -4.97 -4.56 0.41 CH4….CH4 -40.412 805 -40.412 805 -80.826

453 -0.53 -0.37 0.16 CH4…C6H6 -40.412 805 -231.737 367 -272.154 002 -

2.40 -1.62 0.78 C6H6…C6H6 -231.737 367 -231.737 367 -463.484 548 -6.16

-4.36 1.80 Guanine…Cytosine -541.607 319 -394.229 959 -935.863 360 -

16.37 -12.74 3.63 RI-MP2 H2O…H2O -76.327 204 -76.327 204 -152.662 337

-4.98 -4.56 0.41 0.0 CH4…CH4 -40.412 769 -40.412 769 -80.826 382 -0.53 -

0.37 0.16 0.0 CH4…C6H6 -40.412 769 -231.737 201 -272.153 810 -2.41 -

1.63 0.78 0.0 C6H6…C6H6 -231.737 201 -231.737 201 -463.484 236 -6.18 -

4.37 1.81 0.6 Guanine…Cytosine -541.607 101 -394.229 785 -935.863 010 -

16.40 -12.76 3.64 0.3 RIJCOSX-MP2 H2O…H2O -76.327 278 -76.327 278 -

152.662 576 -5.03 -4.66 0.37 9.8 CH4…CH4 -40.412 787 -40.412 787 -

80.826 665 -0.69 -0.51 0.17 6.3 CH4…C6H6 -40.412 787 -231.737 973 -

272.154 398 -2.29 -1.59 0.70 10.3 C6H6…C6H6 -231.737 973 -231.737 973

-463.484 648 -5.46 -3.67 1.79 0.6 Guanine…Cytosine -541.607 123 -394.229

792 -935.863 2 09 -16.55 -12.83 3.72 2.5

计算2 种方法的δ 得到:RI-MP2 方法用CP 校正的BSSE 与传统的MP2 的BSSE

的δ 在0.6 %以内,而且BSSE 的绝对误差最高在0.01 kcal/mol 说明RI-MP2 的

结果很接近于传统的MP2 方法,它的BSSE 可以用CP 方法进行校正。RIJCOSX-

MP2 的BSSE 的δ 高达10.3 %,但是其BSSE 的绝对误差在0.08 kca/mol,而

且对于作用较强的Guanine…Cytosine 体系其相对误差为2.5 %。所以

RIJCOSX-MP2方法用CP 方法校正其BSSE 时误差控制需要谨慎。

2.3 计算效率比较

因为2 种方法称为快速的MP2 方法,在计算单体的时候有很大的效率提高,下面

对它们在计算分子间相互作用时的计算效率进行评估。为了比较时间效率,这3

种方法在相同的条件下单核计算。其CPU 单核时间和系统等待时间见表3(由于计

算Guanine…Cytosine 体系时用的Gaussian 程序,所以以下就不做比较,但是

计算也同样是快速的),可以明显的看出2 种方法对于小体系时并没有很大的优势,

但是在较大体系时RI-MP2 方法相对于MP2 方法有时间上的优势,有的可明显提

高1 倍,RIJCOSXMP2 时间优势就比较明显,效率提高了18 倍。为了方便比较,

我们根据基函数和CPU 时间、等待时间分别作了图1 和图2。

表3 3 种方法的CPU 时间和等待时间(min)Tab.3 CPU time and wall time of

three methods(min)测试机器CPU 为Intel Core2 Q6600 2.40GHzComplex

CPU time Wall time MP2 RI-MP2 RIJCOSX-MP2 MP2 RI-MP2 RIJCOSX-MP2

H2O…H2O 1 0.95 0.5 3.2 3 2 CH4…CH4 3.4 2.8 1 8.6 7.2 3.6 CH4C6H6 51 42

8 214 152 30 C6H6…C6H6 513 215 28 1 454 550 84

图1 基函数-CPU 时间图Fig.1 Basis sets-CPU time

图2 基函数-等待时间图Fig.2 Basis sets -wall time

图1、图2 中可以明确看出:随着体系的增大RIMP2、RIJCOSX-MP2 效率提高了

很多,而且对于CPU时间和等待时间都是统一的,说明这2 种方法不仅减少了

CPU 时间同时也减少了I/O 的传输时间。随着基函数的增多,计算效率的提高更

加的明显。

3 结论

通过比较各体系能量差值的结果可以看出,RIMP2、RIJCOSX-MP2 方法满足大

小一致性,可以用于分子间相互作用的研究。在用CP 做BSSE 校正时,RI-MP2

的计算结果很接近传统的MP2,相对误差在0.6 %以内,其BSSE 可以用CP 方法

进行校正。RIJCOSX-MP2 在较弱作用的体系时达到了10.3 %的相对误差,用CP

校正BSSE 时需要谨慎。从计算效率上,这2 种方法不仅减少CPU 时间,还减少

了I/O的传输量,随着体系的增大,提高计算效率增长更加明显。

[REFERENCES]

Boys SF,Bernardi F, calculation of small molecular interactions

by the differences of separate total energies,some proeedures with

redueed error[J].s,19:553-566.

Dabkowska I,Jurecka P,Hobza P, geometries of stack ed and

H-bonded nucleic acid base pairsdetermined at various DFT,MP2,and

CCSD(T)levelsup to the CCSD(T)/complete basis set limit level

[J].s,122:204322.

Feyereisen M,Fitzgerald G,Komornicki, of approxima te

integral in ab initio application in MP2 energy calculations

[J] .s, 208:359-363.

Head-Gordon M,Pople JA,Frisch M,2 Energy evaluation by

direct methods[J].Journal of Chemical Physics Letters,153:503.

Gremme S,ed second-order Mller-plesset perturbati on

theory by separate scaling of parallel-and antiparallelspin pair correlation

energies[J].Journal of Chemical Phy sics,118:9095-9102.

Klopper W,Kutzelnigg,2-R12 calculations on the relative

stability of carbocations[J].Journal of Chemical Physics,94(14):5635-

5630.

Klopper W,Samson CCM,itly correlated second-order Mller-

Plesset methods with auxiliary basis sets[J].

Journal of Chemical Physics,116:6397.

Kossmann S,Neese F,ent structure optimization with second-

Order many-body perturbation theory:the Rijcosxmp2 method

[J].Journal of Chemical Theory and Computation,6:2325-2338.

Manby F R,y fitting in second-order linear-r12 Mller-plesset

perturbation theory[J].Journal of Chemi cal Physics,119:4607.

Neese F,Schwab T,Kossmann S,Schirmer B et al., sment of

orbital optimized,spin-component scaled second order many body

perturbation theory for thermochem-istry and kinetics[J].Journal of

Chemical Theory and Computation,5:3060-3070.

Ransil BJ,s in moleeular ial curve for the

interaetion of two Helium atoms in single-configuration LCAO-MO-SCF

aPProximation[J].Journal of Chemical Physics,34:2109-2118.

Xu Gx,Ni ML,Wang DM, Basic Pirinciple of Qucntum

Chemistry and Ab Inition Algorithm[M]. Beijing:Science Press(in

Chinese).

[附中文参考文献]

徐光宪,黎民乐,王德民,2009. 量子化学基本原理和从头计算法(中)[M]. 北

京:科学出版社.

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