2024年8月14日发(作者：礼平心)
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Drug Design Center, Peking University
CDOCKER分子对接操作
*此手册中底色为绿的为需提交的文件，其中截图放到word文档中与其他文件一
起打包提交至ftp的相应文件夹。
I.对接计算软件:
Discovery Studio Client v2.5.0.9164 (Copyright 2005-09, Accelrys
Software Inc.)
II.进入方法
开始菜单>Accelrys DiscoveryStudio 2.5>Discovery Studio Client
III.设置路径（方便查找文件）
Edit-Preferences-
以下操作涉及的文件均在Molecules文件夹内
IV.文件准备
i.蛋白文件
将文件拖入软件窗口，按ctrl+H组合键，删除左边窗口的两个B
和Water。第二个A中删掉NAG600,只保留BTN400. (保留蛋白质A链和配体
A中的BTN400.)
HU J.
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Drug Design Center, Peking University
Protocol：General Purpose | Prepare Protein
点图标栏绿色箭头运行，结束打开1AVD_，保存为1AVD_
此窗口不用关
ii.对接小分子文件
把小分子文件BTN1_拖拽到新窗口。
优化分子结构作为对接初始构象：protocol：General Purpose | Prepare
Ligand
Input Ligands: BTN1_7: All
Generate Tautomers: False
Generate Isomers: False
Lipinski Filter: False
其它参数默认
另存为BTN1_，不要关闭子窗口。
V.活性部位的确定
切换到1AVD_prep窗口；
定义受体：选中蛋白质A链，变成黄色
Tools | Define and Edit Binding Site | Define Selected
Molecule as Receptor；系统视图中出现SBD_Receptor。
定义活性部位：选中配体A链，变成黄色
Tools | Define and Edit Binding Site | Define Sphere from
Selection；系统视图中出现SBD_Site_Sphere。
调整活性球参数：在左侧选中球球（会变成黄金球球），在分子的3d窗口右
键attributesof SBD_Site_Sphere，会显示有坐标和半径等参数(注意记录，
需写入实验报告)
定义完口袋后，将原始配体A链删除。然后截图保存为
HU J.
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Drug Design Center, Peking University
Site_
VI.对接参数的确定及计算
Protocol：Receptor-Ligand Interactions | Dock Ligands(CDOCKER)
设置受体为1AVD_prep:1AVD、配体为BTN1_7:All、结合位点信息
选择自动识别的那个球球（Input Site Sphere）
在Advanced中可以设置力场，这里按默认力场就可以。
其他参数默认
VII.对接结果观察
Job Explorer中双击相应Job名称，ViewResults，向下浏览构象
只显示配体周围的氨基酸残基：Tools | Define and Edit Binding Site |
Show/Hide Residues Outsite Sphere
显示氢键相互作用：Tools | Visualize Receptor-Ligand Interactions |
Receptor-Ligand Hydrogen Bonds
把蛋白的 Visibility locked 的勾去掉，隐藏红球，再把勾重新勾上。
调整配体显示模式：Display Style（球棍式，按元素分颜色）
显示氨基酸名称：Label>add>AminoAcid>3-Letter & ID#
VIII.对接结果的分析
构象能量曲线：Table窗口中按住ctrl选中Index和-CDOCKER ENERGY两列
数据
Chart | Line Plot
截图Cdocker_
对接构象的形成氢键数目以及Van der Waals碰撞数目分析：
Protocol：Receptor-Ligand Interactions | Analyze Ligand Poses
Input Ligands：All
Input Receptor展开，
Hydrogen Bonds: true展开Scope: residue
Contacts: true展开Scope: residue
RMSD: true 展开，Reference: first pose;
ViewResults,选中Table窗口中HBONDCount1：1AVDALYS3 到HBOND
Count 123：1AVD A THR125 的所有列（跟氢键有关），
chart | Heat Map
截图Hbond_
同样方法对列表中所有跟Contacts相关的列作热图
截图Contacts_
综合考虑能量和氢键，选出最优分子构象，复制新窗口存为2
按步骤VII展示最优分子与周围氨基酸残基的结合模式，截图
HU J.
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2024年8月14日发(作者：礼平心)
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Drug Design Center, Peking University
CDOCKER分子对接操作
*此手册中底色为绿的为需提交的文件，其中截图放到word文档中与其他文件一
起打包提交至ftp的相应文件夹。
I.对接计算软件:
Discovery Studio Client v2.5.0.9164 (Copyright 2005-09, Accelrys
Software Inc.)
II.进入方法
开始菜单>Accelrys DiscoveryStudio 2.5>Discovery Studio Client
III.设置路径（方便查找文件）
Edit-Preferences-
以下操作涉及的文件均在Molecules文件夹内
IV.文件准备
i.蛋白文件
将文件拖入软件窗口，按ctrl+H组合键，删除左边窗口的两个B
和Water。第二个A中删掉NAG600,只保留BTN400. (保留蛋白质A链和配体
A中的BTN400.)
HU J.
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Drug Design Center, Peking University
Protocol：General Purpose | Prepare Protein
点图标栏绿色箭头运行，结束打开1AVD_，保存为1AVD_
此窗口不用关
ii.对接小分子文件
把小分子文件BTN1_拖拽到新窗口。
优化分子结构作为对接初始构象：protocol：General Purpose | Prepare
Ligand
Input Ligands: BTN1_7: All
Generate Tautomers: False
Generate Isomers: False
Lipinski Filter: False
其它参数默认
另存为BTN1_，不要关闭子窗口。
V.活性部位的确定
切换到1AVD_prep窗口；
定义受体：选中蛋白质A链，变成黄色
Tools | Define and Edit Binding Site | Define Selected
Molecule as Receptor；系统视图中出现SBD_Receptor。
定义活性部位：选中配体A链，变成黄色
Tools | Define and Edit Binding Site | Define Sphere from
Selection；系统视图中出现SBD_Site_Sphere。
调整活性球参数：在左侧选中球球（会变成黄金球球），在分子的3d窗口右
键attributesof SBD_Site_Sphere，会显示有坐标和半径等参数(注意记录，
需写入实验报告)
定义完口袋后，将原始配体A链删除。然后截图保存为
HU J.
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Site_
VI.对接参数的确定及计算
Protocol：Receptor-Ligand Interactions | Dock Ligands(CDOCKER)
设置受体为1AVD_prep:1AVD、配体为BTN1_7:All、结合位点信息
选择自动识别的那个球球（Input Site Sphere）
在Advanced中可以设置力场，这里按默认力场就可以。
其他参数默认
VII.对接结果观察
Job Explorer中双击相应Job名称，ViewResults，向下浏览构象
只显示配体周围的氨基酸残基：Tools | Define and Edit Binding Site |
Show/Hide Residues Outsite Sphere
显示氢键相互作用：Tools | Visualize Receptor-Ligand Interactions |
Receptor-Ligand Hydrogen Bonds
把蛋白的 Visibility locked 的勾去掉，隐藏红球，再把勾重新勾上。
调整配体显示模式：Display Style（球棍式，按元素分颜色）
显示氨基酸名称：Label>add>AminoAcid>3-Letter & ID#
VIII.对接结果的分析
构象能量曲线：Table窗口中按住ctrl选中Index和-CDOCKER ENERGY两列
数据
Chart | Line Plot
截图Cdocker_
对接构象的形成氢键数目以及Van der Waals碰撞数目分析：
Protocol：Receptor-Ligand Interactions | Analyze Ligand Poses
Input Ligands：All
Input Receptor展开，
Hydrogen Bonds: true展开Scope: residue
Contacts: true展开Scope: residue
RMSD: true 展开，Reference: first pose;
ViewResults,选中Table窗口中HBONDCount1：1AVDALYS3 到HBOND
Count 123：1AVD A THR125 的所有列（跟氢键有关），
chart | Heat Map
截图Hbond_
同样方法对列表中所有跟Contacts相关的列作热图
截图Contacts_
综合考虑能量和氢键，选出最优分子构象，复制新窗口存为2
按步骤VII展示最优分子与周围氨基酸残基的结合模式，截图
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