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手把手教你使用Imagepro-Plus(12.免疫组化图片光密度测量

IT圈 admin 33浏览 0评论

2024年9月20日发(作者:祖若枫)

自从写了imagepro plus教学系列帖子“手把手教你使用IPP”以来,得到了不少好评。前

两天这个帖子又被人翻了出来,发现它的点击已经升到了一万二。可见这个帖子还是有许多

人看的。甚至把Media Cybnetics公司的工程师给招来了。他们才是真正的IPP高手,给

了我很多指导,也教了我许多妙招。

无论是经常使用IPP还是第一次使用,如果需要分析测量一大批图片的话,都免不了要花

费大量时间。为了省时省力,最好是制作一个宏操作来完成那些枯燥的一下下点鼠标动作。

可是自己制作宏也是挺麻烦的。如果能找到一个现成的宏来处理图片就能省事了。在IPP

公司的网站上就有大量这样的通用的宏程序,macro。

Media Cybnetics公司的软件工程师注意到了很多人都在使用IPP测量免疫组化图片的光

密度,也注意到了论坛上大家讨论的分析免疫组化图片的方法,于是他们给大家编制了一个

macro,专门用来方便地进行免疫组化图片的分析,这可是专业水平的macro,真管用呀。

我近水楼台得到了一个试用版本,使用这个macro分析上百张免疫组化图片,不到一个小

时就能全部搞定。好东西要大家分享,再写一篇“手把手教你使用IPP"。

先把这个试用版本传给大家,正式版本则需到Media Cybnetics网站上下载。

>

(待续)

(27.26k)

当然,如果你对IPP一点也不了解,是使用不了这个macro的。希望你看过了以前的手把

手教你使用IPP的系列帖子。 > 特别是看过了第十一个关于免疫组化图片光密度测量的帖

子(包括后面的跟帖) 。这个macro基本上就是根据这个分析方法来分析测量免疫组化

图片的。

下载了这个macro后,首先用记事本打开这个文件,在第三十几行上找到这句话:

Shell("c:program filesmicrosoft ")

然后到你自己的电脑上按照 这个路径看看。如果你安装的是officeXP,则能找到这个

文件。不同版本的office,其文件的位置是不一样的。你需要在自

己的电脑上找到文件所在的路径,然后在记事本里修改这句命令,使它能正确

地指到文件。

一般office2000的系统要把这句话改为

Shell("c:program filesmicrosoft ")

office2003的系统要把这句话改为

Shell("c:program filesmicrosoft ")

改完后直接在记事本里点保存。

把保存好的文件另存到C盘IPP文件夹下面的scripts目录里。

启动IPP程序,点macro菜单下的macro命令。在macro窗口里点chang按纽。在弹

出的打开文件窗口中选择pathology。再点OK关闭所有窗口。

这个macro就安装好了。

1

-333)=-333" width=640 height=369

title="Click to view full 未命名 (867 X 501)" border=0 align=absmiddle>

再次点macro菜单,就可以看到在菜单的最底下增加了两行命令:pathology和filloutside。

点击pathology来运行这个宏。

测量免疫组化图片光密度,实际上测量的就是一个平均光密度mean density。这就需要先

测量一下有效测量区域的面积,再测量这个面积范围内目标染色区域的累积光密度值IOD。

两者相除得到mean density。

作为一个特例,如果测量区域就是整张图片,可以直接测量IOD值。不必考虑面积区域。

以下图为例。图片中黄色染色区域主要集中于蓝色框住的区域内。测量平均光密度就要根据

图片情况有三种选择:

1.测量整张图片黄色的IOD,除以整张图片面积。

2.测量整张图片黄色的IOD,除以红线框住区域的面积。(这是扣除空白区域)

3.测量蓝线所框区域的黄色IOD,除以蓝线框住区域的面积。(这是计算特定组织区域的

染色平均光密度)

在许多情况下,都需要选择测量区域,作为特例,在测量区域充满整个画面时不需要考虑测

量区域。

需要指出的是,使用IPP的count/size测量IOD及area时,测量出的面积area是选定

的黄色染色区域的面积。用IOD除以这个面积一般来说是不准确的。它的意思是“黄色染色

区域的平均光密度”。

所以使用这个宏进行测量时就有两件事要干:

1.画出测量区域

2.选择特定染色物的颜色。

(缩略图,点击图片链接看原图)

从手把手教你使用IPP第十一帖中可以知道,在测量时需要校正光密度、设置count/size

以及segmentation。这里也需要作这些事情的。可以在IPP里事先把这些设置好,并把

设置文件保存到指定的文件夹中(别乱放,建议与待测量的图片保存在一起)。也可以在运

行macro过程中调试。当然调试时别忘了把设置文件保存好。

点macro菜单下的pathology。调出macro界面。

再打开一张典型的待测量图片,应用single measure调试测量参数。方法是:

1.在image setting中选择measure active image

2.在measurement envirement setting中点OD calibration按纽,在弹出的光密度较

正窗口中作好光密度较正,保留此窗口在桌面上不要关闭。然后点另一个弹出对话框中的

continue按纽返回。

3.选中manually select color range与user define area。

点single measure开始测量。

2

(缩略图,点击图片链接看原图)

如果选择了manually select color range,测量时会弹出segmentation窗口,此时可

以调试HSI,然后保存这个颜色设置到指定的文件夹中,同时还要保存count/size的设置

文件到同一个文件中。如果事先已经有保存的设置文件,可以把它调出来。

完成后必须点一下count/size窗口的count按纽,测个数看看(必须点,否则后面的计算

可能会出错)。

在保存了count与segmentation的设置文件后,点setting folder按纽,到保存设置文

件的文件夹里随便找个文件点一下,再点OK返回,就可以看到指定文件夹的路径已经显示

在界面上了,而且文件夹里设置文件的文件名也会出现在下拉框里。

这些调试也可以另外单独进行,只要保存好设置文件就可以,但是必须要在macro运行之

前或者运行中测量一次IOD,看看效果。

(缩略图,点击图片链接看原图)

如果选择了user define area,就还会弹出一个area select的对话框,此功能是方便选

择测量区域的。要使用手动选择AOI工具把图象上需要测量的区域一个个的圈出来。有两

种选择方式,怎么方便怎么用。

如果图片上大部分是需要测量的区域,只有一小块区域需要扣掉,就选择下面一项:填充

AOI内部为白色,测量AOI外面区域。此时只要用irregular AOI工具把需要扣除的小块

区域给圈上就行了,程序在测量时会扣掉这一小块区域。有多个小区域要扣掉时则把这几个

区域都圈出来。

如果图片上需要测量的区域更容易圈出,就选择上面一项:fill outside of AOI and

measure area inside of AOI.

如果测量区域就是整张图片,就啥也不要选。

下图是扣除小块区域的例子。

(缩略图,点击图片链接看原图)

选择完测量区域后程序就会测量出这个区域的面积与IOD,并且把测量数据送入excel。

可以到excel中看测量结果了:

Optical desity measurements report

Macro started at Date/Time: 06-10-31 / 9:04:25

3

Image Name / Folder IOD(SUM) AREA(SUM) Mean Density

/Active 5785.524 290570 0.019911

在excel中的数据,第一列为图片文件名,第二列为IOD测量值,第三列是选择区域的面

积(单位为象素)。第四列就是IOD/area。

此时一定要检查一下测量值是不是正确。常见的错误是:

光密度较正没有应用上,导致IOD测量值特别大。

选色文件没有调用上,测量出的IOD值几乎等于0甚至就等于0。

测量单幅图片是一定要先作一次的,主要是检查一下整个测量过程是否正确,各个测量设置

文件是否正常应用了。当然如果需要测量的图片很少,就这样一幅幅测下去也是可以的。

在analysis and report框中还有两个选项,一个是在测量时创建一幅带有标记的图片,

需要的话就可以选上。另一个是调试程序时需要看看中间过渡图片的,一般不必选它。

调试好各项设置文件之后,下面就可以对所有图片进行批量处理了。不过有一件事是没法自

动处理的,就是每张图片的测量区域都不一样。还是需要一张张地画。

可以这样作,在photoshop中或者在IPP里先把所有图片中测量区域以外的地方都填上白

色。然后再回到这个macro里进行批量测量。在批量测量时,程序会自动把测量区域定为

非白色的区域。

如果测量区域就是整张图片,就不必进行测量区域的选择。

在image setting框中选择 measure all images in forlder。再点旁边的image folder

按纽,到保存图片的文件夹中随便找个文件点一下。返回。

再到下面的analysis and report框中,可以看到single measure点不动了,而另一个

batch measure却变黑了,点这个按纽,程序就开始一幅幅地测量指定文件夹中的所有图

片文件了。上百张图片一会就能测完。真省事呀。

批量测量图片时如果把segmentation与count的设置文件中所有的预览选项都设为

none。那么测量的速度就会飞飞地快。我试过测量了300张图片,点了一支烟还没抽完,

它就结束了。测量的数据都保存在excel表格中。

这个macro是试用版,适用于IPP4.0到IPP5.1的各版本,不能用于IPP6。也许里面会

有一些bug。如果你也试用了,请回帖说说效果。特别是使用不成功的情况,一定要提出

来。能让工程师进行修改。

正式版本,包括适用于IPP6的版本很快就能在IPP的网站上下载了。

学习中,谢谢hbchendl

4

安装出现问题,我的是OFFICE2003,IPP5。1,在D盘,按照上面的装后,运行出现了

下面的显示:

-333)=-333" width=591 height=288

title="Click to view full (591 X 288)" border=0

align=absmiddle>

就是文件的位置需要调整。

一个方法是用记事本打开文件,把第三十四行的命令:

Shell("c:program filesmicrosoft ")

中的office10改为office11。

另一个方法是复制一个的快捷方式,并改名为。到C盘上依次进入

program files -- microsoft office -- office10。如果没有这个文件夹就新建一个这个文

件名的文件夹,最后粘贴入。

用这个macro来处理免疫组化图片,即使是一张张处理图片,也是很方便的。

hbchendl wrote:

就是文件的位置需要调整。

一个方法是用记事本打开文件,把第三十四行的命令:

Shell("c:program filesmicrosoft ")

中的office10改为office11。

另一个方法是复制一个的快捷方式,并改名为。到C盘上依次进入

program files -- microsoft office -- office10。如果没有这个文件夹就新建一个这个文

件名的文件夹,最后粘贴入。

用这个macro来处理免疫组化图片,即使是一张张处理图片,也是很方便的。

谢谢!

回家后再试试.

按照上述方法没有搞定。不过自己琢磨了一下搞定。因为我的OFFICE2003也是在D盘安

装,所以把第三十四行的命令:

Shell("c:program filesmicrosoft ")

改成:

把第三十四行的命令:

Shell("D:program filesmicrosoft ")

就搞定了。

5

我用的是IPP6.0PJ,WORD2003,按照上面操作后出现下面情况,请问是怎么回事,谢谢!

(缩略图,点击图片链接看原图)

我提供的macro只适用于IPP4.与IPP5。IPP6请到medicy网站上下载正式版本。

陈老师又友新作了,支持!

您的讲解很精彩能把邮箱告诉我吗!不情之请!

,可以用于v6.0

谢谢各位,一定好好学习.

走后门弄来一个可以用在IPP6.0的版本,大家回去试一下吧。希望无论好不好用都回来说

一声。

(31.86k)

hbchendl老师,这个5.1版本的macro使用后,我感觉就是数据输出时一目了然,每个

图片只有一行,速度稍微快一些,也没有发现其它的优点。还有一些问题提出:

1.输出到EXCEL的AREA(SUM)没有多少意义,因为在测量整张图片时该数据是已知的(图

片长宽像素的乘积),倒不如给出阳性区域的AREA(SUM)。

2.在该macro的运行中,IOD(SUM)的测定是把图片转换为灰度8位进行计算的,与我重

新制作的macro(相同的文件设置、背景校正),将图片也转换为灰度8位,得到的结果

有少量偏差(有2%左右)。不知该macro转换为灰度图片是如何处理的,从Keep

Grayscales image选项中看到的图片没有将非阳性区域转化为白色,也就是没有将背景

进行校正。

如果只测量一几张图片,当然是用不着宏操作的。

使用宏操作的优势是测量几十张、上百张图片时能大大节省时间与精力。

在测量免疫组化图片时,结果一般是一个“平均光密度”, 这个平均值是IOD除以特定面积

计算出来的。在不同情况下,“特定面积”有不同的算法,只有很少的情况下这个面积就是整

张照片的面积。有时候,阳性区域的面积也是有意义的。但那毕竟是较少的情况。想把它列

出来倒也不难。

这个宏操作的过程是先将阳性区域记录到一个蒙板上,然后再测量灰度图片上蒙板区域的

IOD。与第十一帖上的方法略有不同。背景较正则是在intensity cal窗口中事先设定。至

于两种方法的偏差来自何方,还得拿照片测一下才能判断。

6

这样作的因素是IPP的工程师考虑得更专业,它可以分析十二位灰度的照片。照我第十一

帖上的那个作法,十二位灰度的照片给降成八位灰度照片了。

谢谢hbchendl老师的回复。

顺便问几个问题:

1.我们实验室配置的Zeiss imagerA1显微镜(我头像中的图片)和Nikon DXM1200F

数码CCD,接口是1.0×的。与我们原先的国产采集系统(C接口为0.5×)比较,该系统

采集的图片只是目镜视野中心的很小的部分,20×物镜下的采集视野几乎相当于国产采集

设备40×的采集面积。开始不太习惯,现在发现有一个很大的好处,就是在20×下采集图

片定位更加容易。而且由于该显微镜物镜镜头非常优秀,图片效果也很好。这种情况应该对

图像分析没有影响吧?

2.使用Nikon DXM1200F数码CCD附带软件中的auto white balance,实际上就是国

产软件的背景校正,没有使用自动曝光。这种情况批量采集的图片也可以进行光密度的分析

吗?

1. CCD接口一般都使用0.5X的,但我认为1.0X的接口更好。参见下面的讨论:

>

就你这台显微镜的情况,还是应该使用40X物镜,这里有一个分辨率的区别。分析图象时

只能对同一个镜头下的照片进行分析对比。

2.分析光密度时拍摄照片就是不能使用auto white balance.会引入负面的误差。

要注意,可以使用甚至应该使用白平衡校正,但是不能使用“自动”白平衡校正。如果实在不

知该怎么操作,就干脆把白平衡较正关闭好了。拍摄照片对于光密度分析非常关键,不能乱

来的。

进行一些微调,在IPP6下也可以用了。

(27.28k)

hbchendl wrote:

走后门弄来一个可以用在IPP6.0的版本,大家回去试一下吧。希望无论好不好用都回来说

一声。

附件中的文件,也要对execl路径进行修改。

hbchendl老师您好:

谢谢您的好贴让我受益匪浅,我用的是Version 4.0 for windows 95/NT/98版本的

MicroImage,下载安装软件后出现这个错误,是不是版本不对不能用啊?我该怎么办?谢

谢!

出错.doc (45.0k)

7

不是同一个软件,不能用。

hbchendl老师

我是yuly1,谢谢您的回复,我按照您的帖子操作还是可以的,我们这个软件是好几年以前

买的,IPP软件下载的网站您能提供吗?4.0,5.0,6.0都可以,不胜感激,.

谢谢

hbchendl老师,一直拜读您的系列贴,获益非浅,同楼上,您能提供个下载网址吗,试用

版的也可以,谢谢您了!

thank you very much

陈老师好,我刚接触到IPP软件,要分析一批免疫组化的片子,请问一张片子要分析几个视野

比较合适?有没有已发表的外文文献?多谢了!!

hbchendl wrote:

走后门弄来一个可以用在IPP6.0的版本,大家回去试一下吧。希望无论好不好用都回来说

一声。

请问这个macro测量时 怎么所有的照片的area(sum)都一样呢?

是整张照片的面积,而不是阳性面积。

烦请老师解决一下啊

能不能在这个宏里加上这一项?

在测量时,先选择“user define area”这个选项,再点击single measure,会立即弹出

“area select”,对话框。此时别着急点OK。先使用irregular工具在图上画出测量区域的

边界,点右键使边界线变成绿色。再回头点area select对话框里的OK。就能继续下去了。

为了能批量自动处理这类图片。可是先把图片中不需测量的区域填上纯白色。就能自动扣除

这些白色区域的面积。

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2024年9月20日发(作者:祖若枫)

自从写了imagepro plus教学系列帖子“手把手教你使用IPP”以来,得到了不少好评。前

两天这个帖子又被人翻了出来,发现它的点击已经升到了一万二。可见这个帖子还是有许多

人看的。甚至把Media Cybnetics公司的工程师给招来了。他们才是真正的IPP高手,给

了我很多指导,也教了我许多妙招。

无论是经常使用IPP还是第一次使用,如果需要分析测量一大批图片的话,都免不了要花

费大量时间。为了省时省力,最好是制作一个宏操作来完成那些枯燥的一下下点鼠标动作。

可是自己制作宏也是挺麻烦的。如果能找到一个现成的宏来处理图片就能省事了。在IPP

公司的网站上就有大量这样的通用的宏程序,macro。

Media Cybnetics公司的软件工程师注意到了很多人都在使用IPP测量免疫组化图片的光

密度,也注意到了论坛上大家讨论的分析免疫组化图片的方法,于是他们给大家编制了一个

macro,专门用来方便地进行免疫组化图片的分析,这可是专业水平的macro,真管用呀。

我近水楼台得到了一个试用版本,使用这个macro分析上百张免疫组化图片,不到一个小

时就能全部搞定。好东西要大家分享,再写一篇“手把手教你使用IPP"。

先把这个试用版本传给大家,正式版本则需到Media Cybnetics网站上下载。

>

(待续)

(27.26k)

当然,如果你对IPP一点也不了解,是使用不了这个macro的。希望你看过了以前的手把

手教你使用IPP的系列帖子。 > 特别是看过了第十一个关于免疫组化图片光密度测量的帖

子(包括后面的跟帖) 。这个macro基本上就是根据这个分析方法来分析测量免疫组化

图片的。

下载了这个macro后,首先用记事本打开这个文件,在第三十几行上找到这句话:

Shell("c:program filesmicrosoft ")

然后到你自己的电脑上按照 这个路径看看。如果你安装的是officeXP,则能找到这个

文件。不同版本的office,其文件的位置是不一样的。你需要在自

己的电脑上找到文件所在的路径,然后在记事本里修改这句命令,使它能正确

地指到文件。

一般office2000的系统要把这句话改为

Shell("c:program filesmicrosoft ")

office2003的系统要把这句话改为

Shell("c:program filesmicrosoft ")

改完后直接在记事本里点保存。

把保存好的文件另存到C盘IPP文件夹下面的scripts目录里。

启动IPP程序,点macro菜单下的macro命令。在macro窗口里点chang按纽。在弹

出的打开文件窗口中选择pathology。再点OK关闭所有窗口。

这个macro就安装好了。

1

-333)=-333" width=640 height=369

title="Click to view full 未命名 (867 X 501)" border=0 align=absmiddle>

再次点macro菜单,就可以看到在菜单的最底下增加了两行命令:pathology和filloutside。

点击pathology来运行这个宏。

测量免疫组化图片光密度,实际上测量的就是一个平均光密度mean density。这就需要先

测量一下有效测量区域的面积,再测量这个面积范围内目标染色区域的累积光密度值IOD。

两者相除得到mean density。

作为一个特例,如果测量区域就是整张图片,可以直接测量IOD值。不必考虑面积区域。

以下图为例。图片中黄色染色区域主要集中于蓝色框住的区域内。测量平均光密度就要根据

图片情况有三种选择:

1.测量整张图片黄色的IOD,除以整张图片面积。

2.测量整张图片黄色的IOD,除以红线框住区域的面积。(这是扣除空白区域)

3.测量蓝线所框区域的黄色IOD,除以蓝线框住区域的面积。(这是计算特定组织区域的

染色平均光密度)

在许多情况下,都需要选择测量区域,作为特例,在测量区域充满整个画面时不需要考虑测

量区域。

需要指出的是,使用IPP的count/size测量IOD及area时,测量出的面积area是选定

的黄色染色区域的面积。用IOD除以这个面积一般来说是不准确的。它的意思是“黄色染色

区域的平均光密度”。

所以使用这个宏进行测量时就有两件事要干:

1.画出测量区域

2.选择特定染色物的颜色。

(缩略图,点击图片链接看原图)

从手把手教你使用IPP第十一帖中可以知道,在测量时需要校正光密度、设置count/size

以及segmentation。这里也需要作这些事情的。可以在IPP里事先把这些设置好,并把

设置文件保存到指定的文件夹中(别乱放,建议与待测量的图片保存在一起)。也可以在运

行macro过程中调试。当然调试时别忘了把设置文件保存好。

点macro菜单下的pathology。调出macro界面。

再打开一张典型的待测量图片,应用single measure调试测量参数。方法是:

1.在image setting中选择measure active image

2.在measurement envirement setting中点OD calibration按纽,在弹出的光密度较

正窗口中作好光密度较正,保留此窗口在桌面上不要关闭。然后点另一个弹出对话框中的

continue按纽返回。

3.选中manually select color range与user define area。

点single measure开始测量。

2

(缩略图,点击图片链接看原图)

如果选择了manually select color range,测量时会弹出segmentation窗口,此时可

以调试HSI,然后保存这个颜色设置到指定的文件夹中,同时还要保存count/size的设置

文件到同一个文件中。如果事先已经有保存的设置文件,可以把它调出来。

完成后必须点一下count/size窗口的count按纽,测个数看看(必须点,否则后面的计算

可能会出错)。

在保存了count与segmentation的设置文件后,点setting folder按纽,到保存设置文

件的文件夹里随便找个文件点一下,再点OK返回,就可以看到指定文件夹的路径已经显示

在界面上了,而且文件夹里设置文件的文件名也会出现在下拉框里。

这些调试也可以另外单独进行,只要保存好设置文件就可以,但是必须要在macro运行之

前或者运行中测量一次IOD,看看效果。

(缩略图,点击图片链接看原图)

如果选择了user define area,就还会弹出一个area select的对话框,此功能是方便选

择测量区域的。要使用手动选择AOI工具把图象上需要测量的区域一个个的圈出来。有两

种选择方式,怎么方便怎么用。

如果图片上大部分是需要测量的区域,只有一小块区域需要扣掉,就选择下面一项:填充

AOI内部为白色,测量AOI外面区域。此时只要用irregular AOI工具把需要扣除的小块

区域给圈上就行了,程序在测量时会扣掉这一小块区域。有多个小区域要扣掉时则把这几个

区域都圈出来。

如果图片上需要测量的区域更容易圈出,就选择上面一项:fill outside of AOI and

measure area inside of AOI.

如果测量区域就是整张图片,就啥也不要选。

下图是扣除小块区域的例子。

(缩略图,点击图片链接看原图)

选择完测量区域后程序就会测量出这个区域的面积与IOD,并且把测量数据送入excel。

可以到excel中看测量结果了:

Optical desity measurements report

Macro started at Date/Time: 06-10-31 / 9:04:25

3

Image Name / Folder IOD(SUM) AREA(SUM) Mean Density

/Active 5785.524 290570 0.019911

在excel中的数据,第一列为图片文件名,第二列为IOD测量值,第三列是选择区域的面

积(单位为象素)。第四列就是IOD/area。

此时一定要检查一下测量值是不是正确。常见的错误是:

光密度较正没有应用上,导致IOD测量值特别大。

选色文件没有调用上,测量出的IOD值几乎等于0甚至就等于0。

测量单幅图片是一定要先作一次的,主要是检查一下整个测量过程是否正确,各个测量设置

文件是否正常应用了。当然如果需要测量的图片很少,就这样一幅幅测下去也是可以的。

在analysis and report框中还有两个选项,一个是在测量时创建一幅带有标记的图片,

需要的话就可以选上。另一个是调试程序时需要看看中间过渡图片的,一般不必选它。

调试好各项设置文件之后,下面就可以对所有图片进行批量处理了。不过有一件事是没法自

动处理的,就是每张图片的测量区域都不一样。还是需要一张张地画。

可以这样作,在photoshop中或者在IPP里先把所有图片中测量区域以外的地方都填上白

色。然后再回到这个macro里进行批量测量。在批量测量时,程序会自动把测量区域定为

非白色的区域。

如果测量区域就是整张图片,就不必进行测量区域的选择。

在image setting框中选择 measure all images in forlder。再点旁边的image folder

按纽,到保存图片的文件夹中随便找个文件点一下。返回。

再到下面的analysis and report框中,可以看到single measure点不动了,而另一个

batch measure却变黑了,点这个按纽,程序就开始一幅幅地测量指定文件夹中的所有图

片文件了。上百张图片一会就能测完。真省事呀。

批量测量图片时如果把segmentation与count的设置文件中所有的预览选项都设为

none。那么测量的速度就会飞飞地快。我试过测量了300张图片,点了一支烟还没抽完,

它就结束了。测量的数据都保存在excel表格中。

这个macro是试用版,适用于IPP4.0到IPP5.1的各版本,不能用于IPP6。也许里面会

有一些bug。如果你也试用了,请回帖说说效果。特别是使用不成功的情况,一定要提出

来。能让工程师进行修改。

正式版本,包括适用于IPP6的版本很快就能在IPP的网站上下载了。

学习中,谢谢hbchendl

4

安装出现问题,我的是OFFICE2003,IPP5。1,在D盘,按照上面的装后,运行出现了

下面的显示:

-333)=-333" width=591 height=288

title="Click to view full (591 X 288)" border=0

align=absmiddle>

就是文件的位置需要调整。

一个方法是用记事本打开文件,把第三十四行的命令:

Shell("c:program filesmicrosoft ")

中的office10改为office11。

另一个方法是复制一个的快捷方式,并改名为。到C盘上依次进入

program files -- microsoft office -- office10。如果没有这个文件夹就新建一个这个文

件名的文件夹,最后粘贴入。

用这个macro来处理免疫组化图片,即使是一张张处理图片,也是很方便的。

hbchendl wrote:

就是文件的位置需要调整。

一个方法是用记事本打开文件,把第三十四行的命令:

Shell("c:program filesmicrosoft ")

中的office10改为office11。

另一个方法是复制一个的快捷方式,并改名为。到C盘上依次进入

program files -- microsoft office -- office10。如果没有这个文件夹就新建一个这个文

件名的文件夹,最后粘贴入。

用这个macro来处理免疫组化图片,即使是一张张处理图片,也是很方便的。

谢谢!

回家后再试试.

按照上述方法没有搞定。不过自己琢磨了一下搞定。因为我的OFFICE2003也是在D盘安

装,所以把第三十四行的命令:

Shell("c:program filesmicrosoft ")

改成:

把第三十四行的命令:

Shell("D:program filesmicrosoft ")

就搞定了。

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我用的是IPP6.0PJ,WORD2003,按照上面操作后出现下面情况,请问是怎么回事,谢谢!

(缩略图,点击图片链接看原图)

我提供的macro只适用于IPP4.与IPP5。IPP6请到medicy网站上下载正式版本。

陈老师又友新作了,支持!

您的讲解很精彩能把邮箱告诉我吗!不情之请!

,可以用于v6.0

谢谢各位,一定好好学习.

走后门弄来一个可以用在IPP6.0的版本,大家回去试一下吧。希望无论好不好用都回来说

一声。

(31.86k)

hbchendl老师,这个5.1版本的macro使用后,我感觉就是数据输出时一目了然,每个

图片只有一行,速度稍微快一些,也没有发现其它的优点。还有一些问题提出:

1.输出到EXCEL的AREA(SUM)没有多少意义,因为在测量整张图片时该数据是已知的(图

片长宽像素的乘积),倒不如给出阳性区域的AREA(SUM)。

2.在该macro的运行中,IOD(SUM)的测定是把图片转换为灰度8位进行计算的,与我重

新制作的macro(相同的文件设置、背景校正),将图片也转换为灰度8位,得到的结果

有少量偏差(有2%左右)。不知该macro转换为灰度图片是如何处理的,从Keep

Grayscales image选项中看到的图片没有将非阳性区域转化为白色,也就是没有将背景

进行校正。

如果只测量一几张图片,当然是用不着宏操作的。

使用宏操作的优势是测量几十张、上百张图片时能大大节省时间与精力。

在测量免疫组化图片时,结果一般是一个“平均光密度”, 这个平均值是IOD除以特定面积

计算出来的。在不同情况下,“特定面积”有不同的算法,只有很少的情况下这个面积就是整

张照片的面积。有时候,阳性区域的面积也是有意义的。但那毕竟是较少的情况。想把它列

出来倒也不难。

这个宏操作的过程是先将阳性区域记录到一个蒙板上,然后再测量灰度图片上蒙板区域的

IOD。与第十一帖上的方法略有不同。背景较正则是在intensity cal窗口中事先设定。至

于两种方法的偏差来自何方,还得拿照片测一下才能判断。

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这样作的因素是IPP的工程师考虑得更专业,它可以分析十二位灰度的照片。照我第十一

帖上的那个作法,十二位灰度的照片给降成八位灰度照片了。

谢谢hbchendl老师的回复。

顺便问几个问题:

1.我们实验室配置的Zeiss imagerA1显微镜(我头像中的图片)和Nikon DXM1200F

数码CCD,接口是1.0×的。与我们原先的国产采集系统(C接口为0.5×)比较,该系统

采集的图片只是目镜视野中心的很小的部分,20×物镜下的采集视野几乎相当于国产采集

设备40×的采集面积。开始不太习惯,现在发现有一个很大的好处,就是在20×下采集图

片定位更加容易。而且由于该显微镜物镜镜头非常优秀,图片效果也很好。这种情况应该对

图像分析没有影响吧?

2.使用Nikon DXM1200F数码CCD附带软件中的auto white balance,实际上就是国

产软件的背景校正,没有使用自动曝光。这种情况批量采集的图片也可以进行光密度的分析

吗?

1. CCD接口一般都使用0.5X的,但我认为1.0X的接口更好。参见下面的讨论:

>

就你这台显微镜的情况,还是应该使用40X物镜,这里有一个分辨率的区别。分析图象时

只能对同一个镜头下的照片进行分析对比。

2.分析光密度时拍摄照片就是不能使用auto white balance.会引入负面的误差。

要注意,可以使用甚至应该使用白平衡校正,但是不能使用“自动”白平衡校正。如果实在不

知该怎么操作,就干脆把白平衡较正关闭好了。拍摄照片对于光密度分析非常关键,不能乱

来的。

进行一些微调,在IPP6下也可以用了。

(27.28k)

hbchendl wrote:

走后门弄来一个可以用在IPP6.0的版本,大家回去试一下吧。希望无论好不好用都回来说

一声。

附件中的文件,也要对execl路径进行修改。

hbchendl老师您好:

谢谢您的好贴让我受益匪浅,我用的是Version 4.0 for windows 95/NT/98版本的

MicroImage,下载安装软件后出现这个错误,是不是版本不对不能用啊?我该怎么办?谢

谢!

出错.doc (45.0k)

7

不是同一个软件,不能用。

hbchendl老师

我是yuly1,谢谢您的回复,我按照您的帖子操作还是可以的,我们这个软件是好几年以前

买的,IPP软件下载的网站您能提供吗?4.0,5.0,6.0都可以,不胜感激,.

谢谢

hbchendl老师,一直拜读您的系列贴,获益非浅,同楼上,您能提供个下载网址吗,试用

版的也可以,谢谢您了!

thank you very much

陈老师好,我刚接触到IPP软件,要分析一批免疫组化的片子,请问一张片子要分析几个视野

比较合适?有没有已发表的外文文献?多谢了!!

hbchendl wrote:

走后门弄来一个可以用在IPP6.0的版本,大家回去试一下吧。希望无论好不好用都回来说

一声。

请问这个macro测量时 怎么所有的照片的area(sum)都一样呢?

是整张照片的面积,而不是阳性面积。

烦请老师解决一下啊

能不能在这个宏里加上这一项?

在测量时,先选择“user define area”这个选项,再点击single measure,会立即弹出

“area select”,对话框。此时别着急点OK。先使用irregular工具在图上画出测量区域的

边界,点右键使边界线变成绿色。再回头点area select对话框里的OK。就能继续下去了。

为了能批量自动处理这类图片。可是先把图片中不需测量的区域填上纯白色。就能自动扣除

这些白色区域的面积。

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