写在前面

今天分享的内容是自己遇到问题后，咨询社群里面的同学，帮忙解决的总结。

关于Cytoscape，对于做组学或生物信息学的同学基本是陌生的，可能有的同学用这个软件作图是非常溜的，做出来的网络图也是十分的好看，“可玩性”很高，就像前面分享的aPEAR包一样aPEAR包绘制功能富集网络图。自己在前面写论文的时候也是一直在使用，以前使用的版本是3.3.0的版本。但是，时间一长，很多操作都忘记。今天，在自己的台式机上使用Cytoscape软件，想要安装插件，但是发现3.3.0这个版本安装不了。随后，在社群咨询，各位同学也给出目前各自正常使用的版本。我们也就此机会，记录一下，分享一下。

注意：考虑到Cytoscape安装包下载，需要开梯子，我们这里已经下载好了对应的包，大家可以回复关键词获得链接。

后台回复关键词：20231129或Cytoscape即可获得下载链接

一、Cytoscape下载网址

https://cytoscape/

1. 下载最新版本
   
   由于最新版本，有同学反应无法下载插件，我们在这里就不安装最新的版本。
2. 下载 Old Version
   
3. 下载对应的版本
   
   我们在这里一共下载了3.8.0-3.9.1的版本.
   4.下载对应的版本
   

注意：考虑到Cytoscape安装包下载，需要开梯子，我们这里已经下载好了对应的包，大家可以回复关键词获得链接。

二、安装软件

1. 点击安装包
   
2. 下载JAVA（若你没下载Java，可点击直接下载。PS：自己开了VPN后，下载速度还是很快的）
   
   
3. 依次点击Netx进行安装
   
4. 安装位置，任何软件不建议安装在C盘
   
5. 安装成功
   

三、安装插件

1. 打开Cytoscape软件
   
2. 点击Apps-App manager
   
   目前，Cytoscape中总的有252个插件
3. 搜索自己需要安装的插件名称
   
4. 点击安装
   
5. 安装结束后，可以在Apps进行管理和查看
   
   
   

PS：若你开了梯子下载速度会更快些，不开也不影响，只是速度相对慢一点而已。

插件操作学习

对于初学者，我们这里借用SCIPainter(基迪奥)中莫北老师的教程进行操作，对于初学者很是的友好.网络图分析工具Cytoscape快速上手

1. 导入数据
   
   

2. 调整











3， 导出数据

往期文章：

1. 复现SCI文章系列专栏

2. 《生信知识库订阅须知》,同步更新，易于搜索与管理。

3. 最全WGCNA教程（替换数据即可出全部结果与图形）

• WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码一

• WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码二

• WGCNA分析 | 全流程代码分享 | 代码三

• WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码四

• WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码五(最新版本)

4. 精美图形绘制教程

• 精美图形绘制教程

5. 转录组分析教程

转录组上游分析教程[零基础]

小杜的生信筆記 ，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!!

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关于Cytoscape，对于做组学或生物信息学的同学基本是陌生的，可能有的同学用这个软件作图是非常溜的，做出来的网络图也是十分的好看，“可玩性”很高，就像前面分享的aPEAR包一样aPEAR包绘制功能富集网络图。自己在前面写论文的时候也是一直在使用，以前使用的版本是3.3.0的版本。但是，时间一长，很多操作都忘记。今天，在自己的台式机上使用Cytoscape软件，想要安装插件，但是发现3.3.0这个版本安装不了。随后，在社群咨询，各位同学也给出目前各自正常使用的版本。我们也就此机会，记录一下，分享一下。

注意：考虑到Cytoscape安装包下载，需要开梯子，我们这里已经下载好了对应的包，大家可以回复关键词获得链接。

后台回复关键词：20231129或Cytoscape即可获得下载链接

一、Cytoscape下载网址

https://cytoscape/

1. 下载最新版本
   
   由于最新版本，有同学反应无法下载插件，我们在这里就不安装最新的版本。
2. 下载 Old Version
   
3. 下载对应的版本
   
   我们在这里一共下载了3.8.0-3.9.1的版本.
   4.下载对应的版本
   

注意：考虑到Cytoscape安装包下载，需要开梯子，我们这里已经下载好了对应的包，大家可以回复关键词获得链接。

二、安装软件

1. 点击安装包
   
2. 下载JAVA（若你没下载Java，可点击直接下载。PS：自己开了VPN后，下载速度还是很快的）
   
   
3. 依次点击Netx进行安装
   
4. 安装位置，任何软件不建议安装在C盘
   
5. 安装成功
   

三、安装插件

1. 打开Cytoscape软件
   
2. 点击Apps-App manager
   
   目前，Cytoscape中总的有252个插件
3. 搜索自己需要安装的插件名称
   
4. 点击安装
   
5. 安装结束后，可以在Apps进行管理和查看
   
   
   

PS：若你开了梯子下载速度会更快些，不开也不影响，只是速度相对慢一点而已。

插件操作学习

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1. 导入数据
   
   

2. 调整











3， 导出数据

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转录组上游分析教程[零基础]

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