2024年3月1日发(作者：赫灵珊)

用MEGA4做进化树的步骤

1、由BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 搜索 ，获得所需要的序列，并保存为txt格式。

2.对所搜到的序列名称进行修改：注意种名保留例如：H2-8。

利用CLUSTAL X 软件进行多序列比对，同时进行修饰序列，去掉突出的前段序列和后部序列，使序列变整齐。如下图所示

对序列名称进行修改

修饰后如下：

3、修饰好保存，会有两个格式的文件.aln、.dnd保存，打开MEGA4。

4、MEGA4只能打开meg格式的文件，但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来，我们在这里用aln格式（Clustal的输出文件）转换meg文件。点File:Convert to 打开转换文件对话框，如下图所示：

5、选择文件和转换文件对话框，选择aln文件，点OK。如下图所示：

6、转换好的meg文件，点存盘保存meg文件，meg文件会和aln文件保存在同一个目录，如下图所示：

保存到文件夹

7、关闭转换窗口，回到主窗口，现在点面板上的“Click me to

activate a data file”打开刚才的meg文件 。如下图所示：

8、程序会自动识别序列的类型，如果识别错误，请手工选择数据类型。然后点OK就行了。如下图所示：

有错误的地方可手工删除：

可删除

9、数据输入之后的样子，窗口下面有序列文件名和类型

10、现在可以开始做系统进化树了，MEGA的主要功能就是做Bootstrap验证的进化树分析，Bootstrap验证是对进化树进行统计验证的一种方法，可以作为进化树可靠性的一个度量。各种算法虽然不同，但是操作方法基本一致。如下图所示：

所得系统树如下：

也可以切换树的显示模式

调整树显示选项，比如树枝的粗细，字体以及字体大小等

最后通过得出的系统进化树进行分析，可看出物种之间的亲缘关系，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，节点间的线段长度对应演化距离。距离越近，同源性越高，距离越远，同源性越远。

11、保存emf文件，这种格式的图像可以直接paste到Word文档

2024年3月1日发(作者：赫灵珊)

用MEGA4做进化树的步骤

1、由BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 搜索 ，获得所需要的序列，并保存为txt格式。

2.对所搜到的序列名称进行修改：注意种名保留例如：H2-8。

利用CLUSTAL X 软件进行多序列比对，同时进行修饰序列，去掉突出的前段序列和后部序列，使序列变整齐。如下图所示

对序列名称进行修改

修饰后如下：

3、修饰好保存，会有两个格式的文件.aln、.dnd保存，打开MEGA4。

4、MEGA4只能打开meg格式的文件，但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来，我们在这里用aln格式（Clustal的输出文件）转换meg文件。点File:Convert to 打开转换文件对话框，如下图所示：

5、选择文件和转换文件对话框，选择aln文件，点OK。如下图所示：

6、转换好的meg文件，点存盘保存meg文件，meg文件会和aln文件保存在同一个目录，如下图所示：

保存到文件夹

7、关闭转换窗口，回到主窗口，现在点面板上的“Click me to

activate a data file”打开刚才的meg文件 。如下图所示：

8、程序会自动识别序列的类型，如果识别错误，请手工选择数据类型。然后点OK就行了。如下图所示：

有错误的地方可手工删除：

可删除

9、数据输入之后的样子，窗口下面有序列文件名和类型

10、现在可以开始做系统进化树了，MEGA的主要功能就是做Bootstrap验证的进化树分析，Bootstrap验证是对进化树进行统计验证的一种方法，可以作为进化树可靠性的一个度量。各种算法虽然不同，但是操作方法基本一致。如下图所示：

所得系统树如下：

也可以切换树的显示模式

调整树显示选项，比如树枝的粗细，字体以及字体大小等

最后通过得出的系统进化树进行分析，可看出物种之间的亲缘关系，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，节点间的线段长度对应演化距离。距离越近，同源性越高，距离越远，同源性越远。

11、保存emf文件，这种格式的图像可以直接paste到Word文档