2024年4月22日发(作者：摩歌韵)
利用高密度SNP对猪血糖和糖基化血清蛋白性状的全基因组
关联分析
曾治君;刘晨龙;杨慧;杨斌;杨竹青;陈从英
【期刊名称】《中国农业科学》
【年(卷),期】2014(000)018
【摘 要】【目的】测定苏太猪和白色杜洛克×二花脸 F2资源家系240 d 血糖
（glucose，GLU）和糖基化血清蛋白（glycosylated serum proteins，GSP）
浓度，采用全基因组关联分析定位影响GLU和GSP的染色体位点，为最终鉴别影
响该性状的因果基因奠定基础，同时为人类低血糖症和糖尿病的遗传学研究提供参
考。【方法】分别将435头苏太猪和760头白色杜洛克×二花脸F2资源家系F2
个体在相同条件下饲养至240日龄进行统一屠宰，收集血液后分离血清，利用全
自动生化分析仪测定GLU和GSP浓度。采集猪只耳组织提取DNA并测定DNA
浓度。将质检合格的DNA样品利用Illumina porcine 60K SNP芯片判定基因型。
运用PLINK软件对SNP判型结果进行质控，将合格的SNP标记用于后续的关联
性分析，利用广义混合线性模型及R语言GenABEL软件包进行全基因组关联分析，
定位影响苏太猪和白色杜洛克×二花脸F2资源家系240 d血清GLU和GSP含量
的染色体位点。根据全基因组关联分析结果从Ensembl或NCBI网站上分析可能
的位置候选基因。【结果】全基因组关联分析共检测到5个与血清GLU和GSP
达染色体显著水平相关的SNP位点。其中白色杜洛克×二花脸F2资源群体在10
号染色体（SSC10）24.67Mb处定位到与血清GSP含量显著相关的SNP
（ALGA0057739，P=1.58×10-5），解释表型变异为3.72%。苏太猪群体共检
测到2个与血清GSP显著相关的SNP（ALGA0108699和DRGA0017552，
P=1.45×10-5），解释表型变异均为3.72%。使用猪参考基因组序列（10.2版
本），无法定位到具体的染色体位置。通过人、猪比较基因组分析，这两个SNP
都位于SSC8，距STPG2基因3’端约180.0-193.0 kb。将两个群体进行Meta
分析，未发现新的与GSP显著相关的SNP；在1号染色体250.32Mb处
（DRGA0002016，P=2.48×10-5）和14号染色体43.97Mb处
（ASGA0062984， P=1.29×10-5），定位到与血清GLU显著相关的SNP。通
过搜寻显著相关SNP所在染色体区域内的注释基因，发现ASPM、TRPM3和
KCTD10等基因是影响血清GSP和GLU的重要候选基因。【结论】检测到5个
显著影响猪血清GLU和GSP的SNP位点。这些SNP位点所处染色体区域内的
ASPM、TRPM3、STPG2和KCTD10基因是影响血清GSP和GLU的重要候选基
因。
【总页数】8页(P3700-3707)
【作 者】曾治君;刘晨龙;杨慧;杨斌;杨竹青;陈从英
【作者单位】江西农业大学动物生物技术国家重点实验室培育基地，南昌 330045;
江西农业大学动物生物技术国家重点实验室培育基地，南昌 330045;江西农业大
学动物生物技术国家重点实验室培育基地，南昌 330045;江西农业大学动物生物
技术国家重点实验室培育基地，南昌 330045;江西农业大学动物生物技术国家重
点实验室培育基地，南昌 330045;江西农业大学动物生物技术国家重点实验室培
育基地，南昌 330045
【正文语种】中 文
【相关文献】
1.杜长大猪、二花脸猪和莱芜猪3个群体25种血液性状的全基因组关联分析 [J],
刘晨龙;杨慧;张慧;张志燕;段艳宇
2.利用高密度SNP遗传图谱定位小麦穗部性状基因 [J], 刘凯;邓志英;李青芳;张莹;
孙彩铃;田纪春;陈建省
3.利用SNP芯片构建甘蓝型油菜高密度遗传连锁图谱及含油量性状QTL分析 [J],
俎峰; 赵凯琴; 张云云; 原小燕; 田正书; 贺斌; 奚俊玉; 束正齐; 符明联
4.利用猪1.4M高密度SNP芯片检测巴马香猪全基因组拷贝数变异 [J], 邱恒清;肖
石军;郭源梅
5.基于50K SNP芯片技术对金华猪和嵊县花猪繁殖性状的全基因组关联分析 [J],
蔡薇;罗才玉;项云;章啸君;徐宁迎;郭晓令
因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买
2024年4月22日发(作者：摩歌韵)
利用高密度SNP对猪血糖和糖基化血清蛋白性状的全基因组
关联分析
曾治君;刘晨龙;杨慧;杨斌;杨竹青;陈从英
【期刊名称】《中国农业科学》
【年(卷),期】2014(000)018
【摘 要】【目的】测定苏太猪和白色杜洛克×二花脸 F2资源家系240 d 血糖
（glucose，GLU）和糖基化血清蛋白（glycosylated serum proteins，GSP）
浓度，采用全基因组关联分析定位影响GLU和GSP的染色体位点，为最终鉴别影
响该性状的因果基因奠定基础，同时为人类低血糖症和糖尿病的遗传学研究提供参
考。【方法】分别将435头苏太猪和760头白色杜洛克×二花脸F2资源家系F2
个体在相同条件下饲养至240日龄进行统一屠宰，收集血液后分离血清，利用全
自动生化分析仪测定GLU和GSP浓度。采集猪只耳组织提取DNA并测定DNA
浓度。将质检合格的DNA样品利用Illumina porcine 60K SNP芯片判定基因型。
运用PLINK软件对SNP判型结果进行质控，将合格的SNP标记用于后续的关联
性分析，利用广义混合线性模型及R语言GenABEL软件包进行全基因组关联分析，
定位影响苏太猪和白色杜洛克×二花脸F2资源家系240 d血清GLU和GSP含量
的染色体位点。根据全基因组关联分析结果从Ensembl或NCBI网站上分析可能
的位置候选基因。【结果】全基因组关联分析共检测到5个与血清GLU和GSP
达染色体显著水平相关的SNP位点。其中白色杜洛克×二花脸F2资源群体在10
号染色体（SSC10）24.67Mb处定位到与血清GSP含量显著相关的SNP
（ALGA0057739，P=1.58×10-5），解释表型变异为3.72%。苏太猪群体共检
测到2个与血清GSP显著相关的SNP（ALGA0108699和DRGA0017552，
P=1.45×10-5），解释表型变异均为3.72%。使用猪参考基因组序列（10.2版
本），无法定位到具体的染色体位置。通过人、猪比较基因组分析，这两个SNP
都位于SSC8，距STPG2基因3’端约180.0-193.0 kb。将两个群体进行Meta
分析，未发现新的与GSP显著相关的SNP；在1号染色体250.32Mb处
（DRGA0002016，P=2.48×10-5）和14号染色体43.97Mb处
（ASGA0062984， P=1.29×10-5），定位到与血清GLU显著相关的SNP。通
过搜寻显著相关SNP所在染色体区域内的注释基因，发现ASPM、TRPM3和
KCTD10等基因是影响血清GSP和GLU的重要候选基因。【结论】检测到5个
显著影响猪血清GLU和GSP的SNP位点。这些SNP位点所处染色体区域内的
ASPM、TRPM3、STPG2和KCTD10基因是影响血清GSP和GLU的重要候选基
因。
【总页数】8页(P3700-3707)
【作 者】曾治君;刘晨龙;杨慧;杨斌;杨竹青;陈从英
【作者单位】江西农业大学动物生物技术国家重点实验室培育基地，南昌 330045;
江西农业大学动物生物技术国家重点实验室培育基地，南昌 330045;江西农业大
学动物生物技术国家重点实验室培育基地，南昌 330045;江西农业大学动物生物
技术国家重点实验室培育基地，南昌 330045;江西农业大学动物生物技术国家重
点实验室培育基地，南昌 330045;江西农业大学动物生物技术国家重点实验室培
育基地，南昌 330045
【正文语种】中 文
【相关文献】
1.杜长大猪、二花脸猪和莱芜猪3个群体25种血液性状的全基因组关联分析 [J],
刘晨龙;杨慧;张慧;张志燕;段艳宇
2.利用高密度SNP遗传图谱定位小麦穗部性状基因 [J], 刘凯;邓志英;李青芳;张莹;
孙彩铃;田纪春;陈建省
3.利用SNP芯片构建甘蓝型油菜高密度遗传连锁图谱及含油量性状QTL分析 [J],
俎峰; 赵凯琴; 张云云; 原小燕; 田正书; 贺斌; 奚俊玉; 束正齐; 符明联
4.利用猪1.4M高密度SNP芯片检测巴马香猪全基因组拷贝数变异 [J], 邱恒清;肖
石军;郭源梅
5.基于50K SNP芯片技术对金华猪和嵊县花猪繁殖性状的全基因组关联分析 [J],
蔡薇;罗才玉;项云;章啸君;徐宁迎;郭晓令
因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买