2024年5月28日发(作者:畅闲静)
基因组学与应用生物学,2020年,第39卷,第12期,第5660-5668页
研究报告
Research
Report
大刍草
&4MS7
基因克隆与生物信息学分析
张玉荣1杨雅舒1申圣圣1王陆军2郭虹霞2邓妍2王创云2•杨利艳”
1山西师范大学生命科学学院,临汾,041004; 2山西省农业科学院作物科学研究所,太原,030031
* 共同通信作者,*************;**********************
摘要
S
-腺苷甲硫氨酸合成酶(&4
M
AM
S
)基因催化甲硫氨酸和
A
S
TP
合成
S
-腺苷甲硫氨酸,这是目前研究发
现的体内
S
-腺苷甲硫氨酸(
S
)合成的唯一途径,从
M
基因在植物生长发育、新陈代谢以及逆境胁迫响应
过程中有着十分重要的作用。本研究对大刍草&4
A
/
S
/基因进行了克隆,并利用生物信息学工具分
析了
BtSAMSl
蛋白及与其基因序列相似性超过85%的7种其他物种
SAMS
蛋白。结果显示,&
S
/1
MS
7基因
全长1 185
bp
,编码394个氨基酸残基,是位于细胞质中的稳定亲水性蛋白。二级结构主要由无规则卷曲组
成,比例大于50%。从三级结构模型来看,蛋白质的结构为四聚体。其他7种蛋白质与
BtSAMSl
蛋白在理化
性质及结构中都存在较高的相似性,表明
S
关键词大刍草
,S
4
MS
AMS
蛋白具有高度保守性。
,基因克隆,生物信息学
Cloning and Bioinformatics Analysis of SAMS1 Gene in Balsas Teosinte
Zhang
Yurong
1
Yang
Yashu
1
Shen
Shengsheng
1
Wang
Lujun
2
Guo
Hongxia
2
Deng
Yan
2
Wang
Chuangyun
2*
030031
*Co-correspondingauthors,*************;**********************
DOI: 10.13417/.039.005660
Abstract
S-Adenosylmethionine
Synthase
(
Yang
Liyan
1 School of Life Sciences, Shanxi Normal University, Linfen, 041004; 2 Institute of Crop Science, Shanxi Academy of Agricultural Sciences, Taiyuan,
SAMS
)
gene
catalyzes
the
synthesis
of
S-Adenosylmethionine
with
me
thionine
and
ATP
as
substrate
,
which
is
the
only
way
to
synthesize
S-Adenosylmethionine
(
SAM
)
in
vivo
.
SAMS
plays
an
important
role
in
plant
growth
and
development
,
metabolism
and
stress
response
.
In
this
study
,
the
SAMS
1
gene
of
Balsas
teosinte
{
BtSAMSl
)
was
cloned
,
and
the
BtSAMSl
protein
and
other
SAMS
proteins
from
7
species
,
,
were
analyzed
with
bioinformatics
tool
.
The
results
showed
that
BtSAMSl
was
1 185
bp
,
encoding
394
amino
acid
residues
,
and
the
protein
was
a
stable
hydrophilic
whose
sequences
are
more
than
85%
similar
to
BtSAMS
protein
located
in
cytoplasm
.
Its
secondary
structure
is
mainly
composed
of
irregular
curls
and
the
proportion
is
more
than
50%.
According
to
the
tertiary
structure
model
,
the
structure
of
protein
is
tetramer
.
The
other
seven
proteins
are
highly
similar
to
BtSAMSl
proteins
in
their
physical
and
chemical
properties
and
structures
,
which
indicates
that
SAMS
proteins
are
highly
conserved
.
Keywords
Balsas
teosinte
,
SAMS
,
Gene
cloning
,
Bioinformatics
mb
大会草
(Zea
mays
ssp
.
pa
/
rig
/
u
)为禾本科植实验证明,大会草是现代栽培玉米的最直接的野生近
物蜀黍属的一年生草本植物。系统进化分析以及分子缘种(
Matsnolcaetal
.,2002)。大刍草有许多优良性状,
基金项目:本研究由山西省重点研发计划项目
(201703D22100
卜
2)
、院士工作站项目
(TYYSZ201707)
、公益性行业
(
农业)科研专
项
(201503124)
、院农业科技创新研究课题
(YCX2018404)
和三晋学者支持计划专项
(2090101
)共同资助
引用格式
:Zhang Y.R.,Yang Y.S.,Shen S.S., Wang LJ” Guo H.X_, Deng Y.,Wang C.Y” and Yang L.Y., 2020, Cloning and bioin-
formatics analysis
of SA MSI
gene clone in Balsas teosinte, Jiyinzuxue Yu Yingyong Shengwuxue (Genomics and Applied Biology), 39
(12): 5660-5668 (
张玉荣,杨雅舒,申圣圣,王陆军,郭虹霞,邓妍,王创云,杨利艳
,2020,
大刍草从
MS
/基因克隆与生物信息学分
析,基因组学与应用生物学,
39(12): 5660-5668)
大刍草基因克隆与生物信息学分析5661
如耐盐、抗病虫害
(Bemal
et
al
.,2015),是玉米遗传改
结合,从而调节
DNA
、
RNA
和蛋白质的生物合成,有
良的珍贵种质资源。在前期对大刍草响应粘虫的研究
促进生长、稳定膜结构、延缓衰老和增强抗逆性的作
中,发现
S
_腺昔甲硫氨酸合成酶1(8-3(^1105>^111611^0- 用。王欣(2007)以不同品种白菜进行抗虫性分析时发
nine
synthase
,
SAMS
1)基因表达量在粘虫取食后显著
现白菜的抗虫性强弱与腐胺含量呈正相关,抗虫品种
上调,因此推测其可能参与了对害虫的防御响应。本
腐胺含量高,感虫材料腐胺含量偏低,而多胺的其他
研究克隆获得了大刍草&4
MS
7基因,并对&4
MS
7的
两个成分亚精胺和精胺的含量与抗虫性之间无规律
生物信息学进行了分析。
性。张志春(2009)发现多胺对小菜蛾嗅觉相关蛋白基
S
-腺苷甲硫氨酸合成酶(
S-adenosylmethionine
因表达量存在影响,且交配前后的小菜蛾对精胺、亚
synthase
,
S/l
MS
)基因以甲硫氨酸(
Met
)与
ATP
为底物
精胺、腐胺均存在显著的趋避行为。
催化合成
S
-腺苷甲硫氨酸(
SAM
),这是目前研究发
乙烯是一种植物激素,参与植株的各个生命周期
现的体内
S
-腺苷甲硫氨酸(
SAM
)合成的唯一途径
生长发育以及各种应激反应,包括细胞伸展、果实成
(Mato
et
al
.,1997)。
SAM
在植物生理代谢中发挥着
熟、叶片脱落、花衰老、病原体侵染、机械创伤、盐胁
重要的作用,它在甲基转移酶(
MT
)的作用下为
DNA
、
迫和低温胁迫等。当植物遭受生物胁迫,如病原体、虫
蛋白质提供甲基基团,参与转硫过程从而合成谷胱
害时,能加速乙烯生物合成速率,导致乙烯释放速率
甘肽,也是转氨丙基过程中合成多胺的前体分子,还参
增加,并且诱导多种植物病程相关蛋白基因的表达,
与乙烯的分子合成(图1),这些物质均与植物的抗虫
对植物抗病原防御有非常重要的作用
(Ohtsubo
et
al
.,
响应有关。
1999)。番茄被黄单胞菌侵染时,乙烯释放量和乙烯
多胺是一类具有生物活性的低分子脂肪族含氮
合成关键基因
AC
0 (1-氨基环丙烷-1-羧酸氧化
碱,普遍存在于植物的根、茎、叶、花、果实、种子、块
酶)表达量增加,但在甲基杆菌和黄单胞菌同时侵染
茎和胚中,其主要合成前体是精氨酸、赖氨酸和甲硫
时,乙烯释放量和
ACO
基因表达量降低
(Yim
et
al
.,
氨酸(
Paiketal
.,1975)。多胺在生理
pH
值下以多聚阳
2014),即不同的生物胁迫对乙烯合成量和合成关键
离子状态存在的,极易与带负电荷的核酸和蛋白质相
基因表达量存在不同影响。
胱硫醚裂解酶
亚精胺.精胺
Spermidine, spermidine
图
1 SAM
的代谢途径
Figure 1 Metabolic pathway of SAM
5662 基因组学与应用生物学
研究发现,在乙烯信号传导途径中,
EIN
2蛋白对
激发乙烯相关的防卫反应是必需的。
Liu
等
poll
)报
道,拟南芥
EIN
2功能缺失突变体在病原菌侵染或害
虫侵染时,其生长发育比对照组矮小。
Kettles
等(2013)
发现乙烯
EIN
2突变体植株上蚜虫虫口数较多,蚜虫
对突变体植株偏好性强于普通植株,说明乙烯相关防
卫信号通路对于植物抗虫性有一定的调控作用。
本研究将通过生物信息学的方法对大刍草
S
/4
MS
/及与其序列相似性大于85%的其他7个
&4
A
/
S
基因的氨基酸组成,疏水性,亚细胞定位,二级
结构以及三级结构等进行预测和分析,为进一步探索
基因的功能提供理论依据。
10 000 bp
8 000 bp
6 000 bp
5
(KK) bp
4 000 bp
3 500 bp
3 000 bp
2 500 bp
2 000 bp
1
500
bp
1 200 bp
1 (KH) bp
900
bp
S00 bp
700 bp
600
bp
500 bp
400 bp
3(H) bp
200 bp
100 bp
图
3
份基因全长克隆
Figure 3 Full-length cloning of
BtSA MSI
SbSAMSl
关系较近,与
PpSAMS
丨关系最远。
1.3
BtSAMSl
tSAMSl
蛋白结构的分析
蛋白的一级结构和理化性质分析
1结果与分析
1.1
B
/&4
MS
1.3.1
B
7基因的克隆
NA
将所提取的
R
以1%的琼脂糖凝胶进行检测
NA
蛋白质的基本性质主要包括其相对分子质量、等
电点和氨基酸组成等(蒋彦,2003,清华大学出版社,
pp
.1-255)。利用在线程序
ProtParam
对
(图2),并使用超微量紫外分光光度计对
R
cDNA
CDS
进行浓
8个
SAMS
度定量测定,其中
A
260/
A
280均在1.9〜2.1之间。以
为模板,利用设计好的引物对份&4
MS
7基因
进行巢氏
PCR
克隆扩增,获得基因
CDS
,之后
基因
CDS
蛋白质理化性质进行预测分析(表1),结果表明,价-
S/l
MS
将
BtS
/
lMSV
K
序列上传至
NCBI,GenBank
CR
/、
MS
/、
MS
2 这 8 个
S/l
MS
基因的等
电点均小于6,因此为酸性氨基酸从主要氨基酸组成
登录号为
M
894430。巢氏
P
产物以1%的琼脂糖
看出,8种蛋白质中均是甘氨酸
Gly
含量最高。这8个
蛋白质的不稳定系数均小于40,均为稳定蛋白,平均
凝胶进行检测,出现一条单一的条带(图
即均为亲水性蛋白。
基因片段采用柱式
DNA
胶回收试剂盒回收纯化,
亲水系数都为负值,
之后将其与
PMD
-18
T
载体连接转化后进行菌落
1.3.2
SAMS
蛋白的疏水性分析
PCR
MS
鉴定,送往上海生工进行测序,测序结果与及-
/基因序列一致(图4)。
tSAMSl
利用
ExPASy
分析氨基酸序列的疏水性,对氨基
酸序列进行疏水性分析采用
Kyte
&
Doolittle
方法。观
1.2
B
的同源性分析及系统发育树的构建
ww
.
ncbi
.
njm
.
nih
.
gov
/)的
Blast
察疏水峰值和亲水峰值的氨基酸所长的百分率,疏
水峰值大于0的氨基酸所占的比例超过50%,可以认
为氨基酸合成的整个蛋白质表现出疏水性,反之为亲
水性。由平均亲水系数可得,8个
SAMS
蛋白均为亲水
蛋白,其中
,PdSAMS
1平均亲水系数最小
,BdSAMS
1
的平均亲水系数最大,说明
P
BdSAMSl
dSAMSl
通过
NCBI
(
https
://
w
比对,这7个不同物种的
S
<4
MS
基因与及
S
/4
MS
7基因
序列相似性不低于85%。利用
MEGA
5.0构建系统发
育树(图5),这8个不同&4
M
ZmSAMSI
S
基因中,
BtSAMSl
与
属于一个分支,亲缘关系最近。其次,与
的亲水性最强,
的亲水性最弱(图6)。
蛋白亚细胞定位分析
T
1.3.3
SAMS
利用在线程序
PS
0
R
对8种
SAMS
蛋白进行
亚细胞定位分析(表2),这8种蛋白质均主要在细胞
质中发挥其作用。对8种蛋白质进行信号肽和跨膜结
构域进行检测,发现这8种蛋白质既不是分泌蛋白,
也不是膜蛋白,它在细胞中合成,这和亚细胞定位分
析结果一致,表明其主要功能场所为细胞质。
图
2 RNA
的检测
Figure 2 Detection of RNA
1.3.4
SAMS
蛋白的二级结构预测
蛋白质的二级结构是指蛋白质多肽链本身的折
大刍草基因克隆与生物信息学分析5663
R
|||||||||^|
a
|||||||||||
a
||1|||
a
|||||||
aa
||
a
|||||
a
|||||
a
|
aa
||||||||
a
||
a
||1|||||
a
||||||
图
4 BtSAMSl
的菌落
PCR
鉴定
Figure 4 Identification of BtSAMSl by colony PCR amplificaion
表
1 SAMS
蛋白质的理化性质分析
Table 1 Analysis of physical and chemical properties of SAMS proteins
蛋白名称
分子量
(kD)
理论等电点
主要氨基酸
(%)
不稳定系数
脂肪系数
平均亲水性
Protein
Molecular
Theoretical pi
Amino acid (%)
Instability
AliphaticGrand average of
name
weight (kD)
index
index
hydropathicity
BtSAMSl
42 776.485.57
Gly (9.6) Val (9.1) Ala (8.1) 22.63
83.12-0.229
Asp (8.1) Thr (7.1)Lys (6.9)
ZmSAMSl
42 772.475.59
Gly (9.6) Val (9.1) Ala (8.1)
23.74
81.14
-0.250
Asp (7.9) Thr (7.4) Lys (6.9)
SiSAMSl
48 163.88
5.98
Gly (8.8) Ala (8.6) Val (8.1) 26.74
83.39-0.243
Asp (7.5) Leu (7.0) Thr (7.0)
SbSAMSl
42 785.505.50
Gly (9.6) Val (9.1) Ala (8.1) 24.0682.13
-0.237
Asp (8.1) Thr (7.1) Lys (6.9)
BdSAMSl
42 776.585.52
Giy (9.6) Ala (8.4) Asp (8.4)
23.25
84.39-0.205
Val (8.1) lie (7.4) Thr (7.4)
PdSAMSl
43 368.08
5.68
Gly (9.1) Val (9.1) Asp (7.9) 24.61
79.39
-0.356
Thr (7.6) Ala (7.4)
PpSAMSl
43 222.125.60
Gly (9.7) Val(8.4) Thr (7.9)
25.04
78.12-0.322
Asp (7.6) Lys (7.4) Ala (7.1)
ObSAMS2
43 970.735.37
Gly (9.5) Asp (8.0) Ala (7.7)
28.72
79.53-0.306
Thr (7.5) Glu (6.7)
1001— BtSAMSl
L. ZmSAMSl
的排布位置。蛋白质的结构决定功能,因此预测和分
94 I------------- SbSAMAl
析蛋白质的三级结构对理解其结构与功能之间的关
I-------------------------- ObSAMS2
8
〇
l-------------- SiSAMSl
系有重大作用(汪家政和范明,2000)。通过在线程序
_________*----------------------------------- BdSAMSl
99l----------------------------------------------------------------------------- PdSAMSl
SWISS
MODEL
对这8种蛋白质的三维结构进行模拟
---------------------------------------------------------------------------------------------PpSAMSl
构建。这8种蛋白质的三维结构较为相似,表明
SAMS
0.02
蛋白具有较高的保守性,也进一步说明这些蛋白质的
图
5 SdWS7
基因的系统发育树
功能也具有一定的相似性(图8)。
Figure 5 Phylogenetic tree of
BtSAMSl
gene
2
讨论
叠和盘绕的方式,主要有
a
-螺旋、延伸链、无规则卷
曲三种形式,可利用
SOPMA
对其进行预测分析(表3)。
本研究对大刍草
S
4
A
/
S
7基因进行了克隆,获得
结果显示,8种蛋白质均是无规则卷曲所占比例最
了该基因的
CDS
序列。通过对同源性较高的8种
高。由8个
SAMS
蛋白二级结构预测结果(图7)可见,
SAMS
分析表明,
BtSAMSl
与
ZmSAMSl
属于一个
这8种蛋白质的二级结构具有较高的相似性,由此我
分支,亲缘关系最为接近。8种蛋白质的亲水值都为
们可以推断,
SAMS
蛋白的二级结构是比较保守的。
负值,均为容易接近水分子的水溶性蛋白,主要功能
BtSAMSl
与
ZmSAMSl
两者发生二级结构的氨基
场所为细胞质。对大肠杆菌
SAMS
蛋白结构研究发
酸残基位置最为接近,与
SbSAMSl
的氨基酸残基位
现,其蛋白质结构为六方体,由4个相同亚基组成:
置也比较接近^
两个亚基聚合成类似球形的二聚体,两个二聚体聚合
蛋白质的三级结构是指整条肽链中全部氨基酸
形成一个四聚体。每个二聚体都有两个活性位点,这
残基的相对空间位置,即肽链中所有原子在三维空间
两个活性位点位于两亚基之间。
5664基因组学与应用生物学
1
位置
Position
A
位置
Position
B
-Hphob. / Kyte & Doolittle
位置
Position
C
Hphob. / Kyle & Doolittle
位置
Position
位置
Position
位置
Position
• Hphob. / Kytc & Doolittle
Hphob. / Kyle & Doolittle
u
3
O
J
-
O
10
5
C/3
-
1
0
-
.
2
5
-
0
.
.5
2
图
6 8
种
SAMS
蛋白疏水性预测分析
ft: A: BtSAMSl; B: ZmSAMSl; C: SiSAMSl; D: SbSAMSl; E: BdSAMSl; F: PdSAMSl; G: PpSAMSl; H: ObSAMS2
Figure 6 Prediction and analysis of hydrophobicity of 8 SAMS proteins
Note: A: BtSAMSl; B: ZmSAMSl; C: SiSAMSl; D: SbSAMSl; E: BdSAMSl; F: PdSAMSl; G: PpSAMSl; H: 0bSAMS2
表
2 8
种
SAMS
蛋白的亚细胞定位
Table 2 Subcellular localization of 8 SAMS protein
蛋白名称
Protein
name
BtSAMSl
ZmSAM 1
SiSAMSl
SbSAMSI
BdSAMSl
PdSAMSl
PpSAMSl
ObSAM2
域,
C
端结构域)组成,这三个域对称折叠成一个伪三超家族。二级结构主要由无规则卷曲组成,比例均大
倍的结构。对这8个蛋白质的保守结构域进行检测,发于50%。从三级结构模型来看,这8种蛋白质的结构
T
-1
-
I
II
位置
Position
G
位置
Position
H
细胞质
Cytoplasmic
细胞骨架
Cytoskeletal
细胞核
Nuclear
过氧化物酶体
Peroxisomal
线粒体
Mitochondrial
内质网
Endoplasmic
reticulum
56.5
56.5
69.6
56.5
65.2
52.2
52.2
56.5
17.4
17.4
13.0
17.4
17.4
17.4
13.0
17.4
13.0
4.3
4.3
4.3
4.3
4.3
4.3
4.3
17.4
13.0
17.4
21.7
17.4
21.7
17.4
17.4
4.3
4.3
4.3
4.3
4.3
4.3
每个亚基都是由3个域(
N
端结构域,中间结构现都拥有典型的
PLN
02243结构域,属于
PLN
02243
大刍草
SAMS
/基因克隆与生物信息学分析5665
表
3 8
种
SAMS
蛋白质的二级结构预测
Table 3 Prediction of secondary structure of 8 SAMS proteins
蛋白名称
a
螺旋
(%)
延伸链
(%)
无规则卷曲
(%)
ProteinAlpha helix (%)ExtendedRandom coil (%)
namestrand (%)
BtSAMSl24.1123.10
52.79
ZmSAMSl
23.6022.5953.81
SiSAMSl25.11
21.27
53.62
SbSAMSl24.3723.10
52.54
BdSAMS 124.6223.10
52.28
PdSAMS 1
22.5922.3455.08
PpSAMSl
28.24
20.61
51.15
ObSAMS223.6322.14
54.23
_ HI ■ ■
■,
丨
T^^
0 50 100 150 200 250 300 350
I~
1 ■ill
~r
■!
llhlBl H
i i
I
i
■liNl f
^
0 50 100 150 200 250 300 350
B
图
88
个蛋白质的三维结构
A: BtSAMSl; B: ZmSAMSl; C: SiSAMSl; D: SbSAMSl; E:
iniftn
-.
i
"_十
BdSAMSl; F: PdSAMSl; G: PpSAMSl; H: ObSAMS2
0 50 100 150 200 250 300 353500 400
Figure 8 Three-dimensional structure of 8 proteins
C
i
il
~~
»
i
H
~
ij
Note: A: BtSAMSl; B: ZmSAMSl; C: SiSAMSl; D: SbSAMSl;
E: BdSAMSl; F: PdSAMSl; G: PpSAMSl; H: ObSAMS2
r
i ll
I
! >i
0 50
100
150 200 250 300 350
D
均为四聚体,表明
SAMS
蛋白结构具有保守性,这也
符合
Takusagawa
等(1996)的研究,即大多数
SAMS
i
mm
i
~
H
I
i
tW
r
HB
r
l
ii
蛋白质都是作为四聚体存在的。
0 50 100 150 200 250 300 350
E
近年来,
SAMS
基因己经在多个物种中发现
(Izhaki
etal
.,1995),植物体内存在多种类型的
SAMS
编码
基因
(Thomas
and
Surdin
, 1987),它们的表达方式不
100
150 200 250 300 350
F
同,在植物代谢中也发挥着不同的生理功能。玉米数
据库中有4个
S
4
MS
基因,
SAMS
家族基因在不同的
I 1 llhlt |4f-.
植物组织中表达量不同,根茎中的表达高于叶片中,
0 50 100 150 200 250 300 350
G
其中
SAMS
1、
SAMS
2、
SAMS
4的表达量在盐胁迫下
降低,
SAMS
3表达量在盐胁迫下几乎不发生变化(朱
♦■ItiB ■! iBliiif-w-4-
晶莹等,2011)。拟南芥
SAMS
家族中也存在4个成员
0 50 100 150 200 250 300 350
H
(Peleman
et
al
., 1989
a
; 1989
b
;
Goto
et
al
., 2002;
Mao
et
图
7 SAMS
蛋白的二级结构
al
., 2015),它们的氨基酸序列相似程度接近90%,但其
注:中线:延伸链;短线:无规则卷曲;长线:
ex
螺旋;
A: Bt-
生理功能不尽相同
(Shen
and
Tarczynski
., 2002;
Lin
-
SAMS1; B: ZmSAMSl; C: SiSAMSl; D: SbSAMSl; E: Bd-
dermayr
et
al
., 2006)。
SAMS1; F: PdSAMSl; G: PpSAMSl; H: ObSAMS2
SAMS
1、
SAMS
2、
SAMS
3在植物所有组织中均
Figure 7 Secondary structure of SAMS proteins
Note: Median: Extended strand; Stub: Random coil; Long-line: Al
有表达,而
SAMS
4主要在花粉中发挥作用
(Chen
et
pha helix ; A: BtSAMSl; B: ZmSAMSl; C: SiSAMSl; D: SbSA-
al
.,2016)。
SAMS
家族这4个成员在植株细胞内可以
MS1; E: BdSAMS 1; F: PdSAMS 1; G: PpS AMS 1; H: ObSAMS2
形成同源物或异源物。
Meng
等(2018)证明
SAMS
3的
5666基因组学与应用生物学
启动子可以驱动
SAM
翻译表达
,SAMS
1、
SA
植株相似。但
SAMS
SAMS
S
M
1、
SAMS
2、
SAMS
4的
CDNA
S
2、
SAMS
4的表达量与对照
MS
步骤提取大刍草叶片的总
RNA
,以1%的琼脂糖凝胶
NA
电泳以及超微量分光光度计检测
R
3.4引物设计
的质量。
1、
SA
AMS
2、
SAMS
4的启动子对
MS
3的
cDNA
翻译表达有抑制,
SA
3的表达
量低于对照植株,即
S
SAMS
3的表达模式与其他三个
利用引物设计软件
(Primer
Premier
5.0)设计
cD
-
BtSAMSl
巢氏
PCR
的两
成员不同。烟草中目前发现两种
S
/1/
WS
基因,
NA
的反转引物(3'
adaptor
),
对引物(5.3’
oute
、5.3'
inner
;
FI
,
F
2),利用设计好的弓丨
在不同条件下两种
S
/1
MS
基因的表达量不同。
用乙烯利处理烟草,
SAMS
1在植株叶片中有表
物进行反转录以及
PCR
扩增目的基因片段,利用
PM
-
达,
SAMS
2在植株中几乎没有表达。
SAMS
1对氧化
胁迫及盐胁迫不敏感,但对乙烯利和高温胁迫很敏
感,
SAMS
2受氧化胁迫、盐胁迫、高温以及乙烯利显
著诱导,可见
SAMS
1和
SAMS
2在表达模式上存在
较大的差异,这表明二者在功能上可能存在分工的不
同,它们可能从不同代谢途径来提高植物的抗逆能力
(余涛等,2004),因而分离
S
-腺苷甲硫氨酸合成酶基
因并分析其表达对于理解其在植物生长发育和逆境
胁迫中的作用具有重要意义。
目前,对大刍草基因的功能研究尚未见
诸报道,作为玉米遗传改良的珍贵种质资源,对大刍
草中基因的克隆及生物信息学的分析,将为后
续了解
MMS
基因的功能及在植物防御中的利用提
供有用的信息。
3材料与方法
3.1实验材料
大刍草种子(
Packet
#42833,
l
3
GH
-
GH
45-6
OP
)由
威斯康星州立大学遗传系知
F
.
Doebley
教授赠送。
菌株与载体:大肠杆菌
Top
10,克隆载体
PM
-
D
-18
T
。
3.2序列来源
通过
NCBI
(
https
://
www
.
ncbi
.
nlm
.
nih
.
gov
/)的
BLA
ST
比对,选择与份 基因序列相似性超过 85% 的
不同植物的
S
/
IA/S
基因,并下载其氨基酸序列:玉米
(Zea
map
) (
ZmSAMSl
)
NM
_001139395.2,谷子(
Se/oWa
"
a
/
fca
)(
SiSAMSl
)
XM
_004968603.3,尚梁(5〇厂§/*1<77)6/-
c
〇")
r
) (
SbSAMSl
)
XM
021456550.1
,
二穗短柄草咖-
chypodium
distachyon
)
(
BdSAMSl
)
XM
_010232547.3 >
小立碗蘇(/%;^(;〇;7!"广6//(1/)〇^?«)(卩口8八1181)?(11_02-
4505267.1,海率(
PdSAMSl
)
XM
_
008802422.3,短花药野生稻
(Oryza
6
rac
/!_
yan
!
a
) (
Ob
-
SAMS
2)
XM
_006644063.2。
3.3大刍草叶片总
RNA
提取
采用
Trizol
提取试剂盒(上海生工),根据试剂盒
D
-18
T
的通用引物(
F
,
R
)进行菌落
PCR
鉴定(表4)。
表
4
引物序列
Table 4 Primer sequence
名称
序列
(5’-3')
Name Sequence (5’-3
’)
3'adaptor GCTGTCAACGATACGCTACGTAACGG
CATGACAGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTT
5.3'outer GCTGTCAACGATACGCTACGTAAC
5.3'inner GCTACGTAACGGCATGACAGTG
FI GC ACC AAG ACG A AC ATGGTGATGGT
F2 AAGGCGAGCGTGGACTACGAGAAGA
F(M13+) TGTAAAACGACGGCCAGT
R(M13 ) CAGGAAACAGCTATGACC
3.5
cDNA
的合成
反应步骤为先在0.2
mL
PCR
管中加入以下试
剂:5
jxLtotal
RNA
, 1
mL
随机引物,丨(
xLddH2
0,轻
轻混匀后离心3~5
s
,反应混合物在70°
C
温浴5
min
后,冰浴2
min
。然后,短暂离心加入以下试剂:2
(xL
5
xFirst-Strand
Buffer
, 0.5
(xL
10
mmol
dNTP
,0.25
|xL
Rnase
inhibitor
, 0.25
|
jl
L
M
-
M
u
LV
Reverse
Transcrip
-
tase
,总体系为10
pL
。轻轻混匀后短暂离心,在
PCR
仪上进行反转录反应,
cDNA
合成42°
C
持续6
min
,
72
°C
10
min
进行终止反应。
3.6巢氏
PCR
的扩增
以3'
adaptor
为反转引物的
cDNA
为模板,第1轮
的反应体系包括:7
V«y
酶 0.2 (
jl
L
,2
x
GC
Buffer
112.5 #,
dNTP
(2.5
mmol
/
L
)4
pL
,上下引物各 0.5 (
xL
,模板
1
pLL
,
ddH
:0补足至25
jxL
。第2轮以第一轮
PCR
扩
增产物为模板,反应体系包括
TV
/酶0.5
jjl
L
,2
x
GC
Buffer
I
25
(xLdNTP
(2.5
mmol
/
L
) 8 |
xL
,上下引物各
I
jjl
L
,模板1
pL
,
ddH
20补足至50(
xL
。
PCR
仪设置程
序为95°
C
预变性3
min
,94°
C
变性30
s
,58°
C
退火30
s
,
72°
C
延伸90
s
,33个循环,72°
C
延伸7
min
。
PCR
扩增
产物以1 %琼脂糖凝胶进行检测,扮基因片段
大刍草&4
KS
/基因克隆与生物信息学分析5667
使用柱式
DNA
胶回收试剂盒(上海生工)进行回收。
tages for fall armyworm larvae from feeding on maize rela
tive to its ancestor balsas teosinte may not be reflected in their
mother's host choice, Entomol. Exp. Appl., 155(3): 206-217
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Goto D.B., Ogi M., Kijima F., Kumagai T., Werven F., Onouchi
H., and Naito S., 2002, A single-nucleotide mutation in a
3.7
目的基因的转化连接
将回收到的基因片段与PMD18-T载
体进行连接,构成重组质粒DNA(PMD18_T:SAMS),
在16°C连接过夜。然后将重组DNA转化到
DH
5
ct
感受态细胞中,将细菌涂布于含有IPTG(100mmol/L)
和X-gal (20 mg/mL)的氨苄青霉素固体培养基上,
于37
°C
倒置培养过夜。
3.8
菌落PCR的鉴定
第二天挑取单菌落进行摇菌,提质粒
DNA
进行
PCR
鉴定。反应体系为 10
x
7^
Buffer
2.5 (
xL
, 酶
0.2 |
jLL,dNTP
(10
mmol
/
L
) 0.5 (
xL
,模板 1
pL
,前后引
物均0.5
pL
,
ddH
20 19.8 |
jl
L
,总体系为25 |
jl
L
。反应程
序设置为94°(:预变性3〇1丨11,941:变性3〇5,55°(:退
火3〇8,72°(:延伸6〇8,25个循环,72°0延伸1〇111丨11。将
PCR
反应产物送上海生工进行测序。
3.9
生物信息学分析
8个SAMS蛋白质的氨基酸序列组成及编码蛋
白的理化性质采用
ProtParam
在线工具完成,系统进化
树使用MEGA 5.0软件构建,疏水性分析、亚细胞定位、
信号肽、跨膜域检测分别使用
expasy
、
psort、Signal
P
、
TMHMM在线程序完成,蛋白质二级及三级结构的预
测利用
Prabi
和
Swiss
-
model
等在线工具完成。
作者贡献
张玉荣是本研宄的实验设计者和实验研究的执
行人;张玉荣和杨雅舒完成数据分析,论文初稿的写
作;张玉荣、申圣圣、王陆军、郭虹霞和邓妍参与实验
设计,试验结果分析;杨利艳和王创云是项目的构思
者及负责人,指导实验设计、数据分析、论文写作与修
改。全体作者都阅读并同意最终的文本。
致谢
本研究由山西省重点研发计划项目(201703D-
221001-2)、院 士工作站项目
(
TYYSZ201707
)、
公益
性行业(农业)科研专项(201503124
)、
院农业科技创新
研究课题(YCX2018404)和三晋学者支持计划专项
(2090101)资助。
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A., and Wang M.Q., pp.54-72 (
张志春,
2009
,多胺对小菜
tella xylostella),
Thesis for M.S., Chinese Academy of Agri
cultural Sciences, Supervisors: Li X.X., and Wu Q.J., pp.
蛾嗅觉影响机制的研究,博士学位论文,华中农业大学,
导师:张国安,王满囷,
pp.54-72)
2024年5月28日发(作者:畅闲静)
基因组学与应用生物学,2020年,第39卷,第12期,第5660-5668页
研究报告
Research
Report
大刍草
&4MS7
基因克隆与生物信息学分析
张玉荣1杨雅舒1申圣圣1王陆军2郭虹霞2邓妍2王创云2•杨利艳”
1山西师范大学生命科学学院,临汾,041004; 2山西省农业科学院作物科学研究所,太原,030031
* 共同通信作者,*************;**********************
摘要
S
-腺苷甲硫氨酸合成酶(&4
M
AM
S
)基因催化甲硫氨酸和
A
S
TP
合成
S
-腺苷甲硫氨酸,这是目前研究发
现的体内
S
-腺苷甲硫氨酸(
S
)合成的唯一途径,从
M
基因在植物生长发育、新陈代谢以及逆境胁迫响应
过程中有着十分重要的作用。本研究对大刍草&4
A
/
S
/基因进行了克隆,并利用生物信息学工具分
析了
BtSAMSl
蛋白及与其基因序列相似性超过85%的7种其他物种
SAMS
蛋白。结果显示,&
S
/1
MS
7基因
全长1 185
bp
,编码394个氨基酸残基,是位于细胞质中的稳定亲水性蛋白。二级结构主要由无规则卷曲组
成,比例大于50%。从三级结构模型来看,蛋白质的结构为四聚体。其他7种蛋白质与
BtSAMSl
蛋白在理化
性质及结构中都存在较高的相似性,表明
S
关键词大刍草
,S
4
MS
AMS
蛋白具有高度保守性。
,基因克隆,生物信息学
Cloning and Bioinformatics Analysis of SAMS1 Gene in Balsas Teosinte
Zhang
Yurong
1
Yang
Yashu
1
Shen
Shengsheng
1
Wang
Lujun
2
Guo
Hongxia
2
Deng
Yan
2
Wang
Chuangyun
2*
030031
*Co-correspondingauthors,*************;**********************
DOI: 10.13417/.039.005660
Abstract
S-Adenosylmethionine
Synthase
(
Yang
Liyan
1 School of Life Sciences, Shanxi Normal University, Linfen, 041004; 2 Institute of Crop Science, Shanxi Academy of Agricultural Sciences, Taiyuan,
SAMS
)
gene
catalyzes
the
synthesis
of
S-Adenosylmethionine
with
me
thionine
and
ATP
as
substrate
,
which
is
the
only
way
to
synthesize
S-Adenosylmethionine
(
SAM
)
in
vivo
.
SAMS
plays
an
important
role
in
plant
growth
and
development
,
metabolism
and
stress
response
.
In
this
study
,
the
SAMS
1
gene
of
Balsas
teosinte
{
BtSAMSl
)
was
cloned
,
and
the
BtSAMSl
protein
and
other
SAMS
proteins
from
7
species
,
,
were
analyzed
with
bioinformatics
tool
.
The
results
showed
that
BtSAMSl
was
1 185
bp
,
encoding
394
amino
acid
residues
,
and
the
protein
was
a
stable
hydrophilic
whose
sequences
are
more
than
85%
similar
to
BtSAMS
protein
located
in
cytoplasm
.
Its
secondary
structure
is
mainly
composed
of
irregular
curls
and
the
proportion
is
more
than
50%.
According
to
the
tertiary
structure
model
,
the
structure
of
protein
is
tetramer
.
The
other
seven
proteins
are
highly
similar
to
BtSAMSl
proteins
in
their
physical
and
chemical
properties
and
structures
,
which
indicates
that
SAMS
proteins
are
highly
conserved
.
Keywords
Balsas
teosinte
,
SAMS
,
Gene
cloning
,
Bioinformatics
mb
大会草
(Zea
mays
ssp
.
pa
/
rig
/
u
)为禾本科植实验证明,大会草是现代栽培玉米的最直接的野生近
物蜀黍属的一年生草本植物。系统进化分析以及分子缘种(
Matsnolcaetal
.,2002)。大刍草有许多优良性状,
基金项目:本研究由山西省重点研发计划项目
(201703D22100
卜
2)
、院士工作站项目
(TYYSZ201707)
、公益性行业
(
农业)科研专
项
(201503124)
、院农业科技创新研究课题
(YCX2018404)
和三晋学者支持计划专项
(2090101
)共同资助
引用格式
:Zhang Y.R.,Yang Y.S.,Shen S.S., Wang LJ” Guo H.X_, Deng Y.,Wang C.Y” and Yang L.Y., 2020, Cloning and bioin-
formatics analysis
of SA MSI
gene clone in Balsas teosinte, Jiyinzuxue Yu Yingyong Shengwuxue (Genomics and Applied Biology), 39
(12): 5660-5668 (
张玉荣,杨雅舒,申圣圣,王陆军,郭虹霞,邓妍,王创云,杨利艳
,2020,
大刍草从
MS
/基因克隆与生物信息学分
析,基因组学与应用生物学,
39(12): 5660-5668)
大刍草基因克隆与生物信息学分析5661
如耐盐、抗病虫害
(Bemal
et
al
.,2015),是玉米遗传改
结合,从而调节
DNA
、
RNA
和蛋白质的生物合成,有
良的珍贵种质资源。在前期对大刍草响应粘虫的研究
促进生长、稳定膜结构、延缓衰老和增强抗逆性的作
中,发现
S
_腺昔甲硫氨酸合成酶1(8-3(^1105>^111611^0- 用。王欣(2007)以不同品种白菜进行抗虫性分析时发
nine
synthase
,
SAMS
1)基因表达量在粘虫取食后显著
现白菜的抗虫性强弱与腐胺含量呈正相关,抗虫品种
上调,因此推测其可能参与了对害虫的防御响应。本
腐胺含量高,感虫材料腐胺含量偏低,而多胺的其他
研究克隆获得了大刍草&4
MS
7基因,并对&4
MS
7的
两个成分亚精胺和精胺的含量与抗虫性之间无规律
生物信息学进行了分析。
性。张志春(2009)发现多胺对小菜蛾嗅觉相关蛋白基
S
-腺苷甲硫氨酸合成酶(
S-adenosylmethionine
因表达量存在影响,且交配前后的小菜蛾对精胺、亚
synthase
,
S/l
MS
)基因以甲硫氨酸(
Met
)与
ATP
为底物
精胺、腐胺均存在显著的趋避行为。
催化合成
S
-腺苷甲硫氨酸(
SAM
),这是目前研究发
乙烯是一种植物激素,参与植株的各个生命周期
现的体内
S
-腺苷甲硫氨酸(
SAM
)合成的唯一途径
生长发育以及各种应激反应,包括细胞伸展、果实成
(Mato
et
al
.,1997)。
SAM
在植物生理代谢中发挥着
熟、叶片脱落、花衰老、病原体侵染、机械创伤、盐胁
重要的作用,它在甲基转移酶(
MT
)的作用下为
DNA
、
迫和低温胁迫等。当植物遭受生物胁迫,如病原体、虫
蛋白质提供甲基基团,参与转硫过程从而合成谷胱
害时,能加速乙烯生物合成速率,导致乙烯释放速率
甘肽,也是转氨丙基过程中合成多胺的前体分子,还参
增加,并且诱导多种植物病程相关蛋白基因的表达,
与乙烯的分子合成(图1),这些物质均与植物的抗虫
对植物抗病原防御有非常重要的作用
(Ohtsubo
et
al
.,
响应有关。
1999)。番茄被黄单胞菌侵染时,乙烯释放量和乙烯
多胺是一类具有生物活性的低分子脂肪族含氮
合成关键基因
AC
0 (1-氨基环丙烷-1-羧酸氧化
碱,普遍存在于植物的根、茎、叶、花、果实、种子、块
酶)表达量增加,但在甲基杆菌和黄单胞菌同时侵染
茎和胚中,其主要合成前体是精氨酸、赖氨酸和甲硫
时,乙烯释放量和
ACO
基因表达量降低
(Yim
et
al
.,
氨酸(
Paiketal
.,1975)。多胺在生理
pH
值下以多聚阳
2014),即不同的生物胁迫对乙烯合成量和合成关键
离子状态存在的,极易与带负电荷的核酸和蛋白质相
基因表达量存在不同影响。
胱硫醚裂解酶
亚精胺.精胺
Spermidine, spermidine
图
1 SAM
的代谢途径
Figure 1 Metabolic pathway of SAM
5662 基因组学与应用生物学
研究发现,在乙烯信号传导途径中,
EIN
2蛋白对
激发乙烯相关的防卫反应是必需的。
Liu
等
poll
)报
道,拟南芥
EIN
2功能缺失突变体在病原菌侵染或害
虫侵染时,其生长发育比对照组矮小。
Kettles
等(2013)
发现乙烯
EIN
2突变体植株上蚜虫虫口数较多,蚜虫
对突变体植株偏好性强于普通植株,说明乙烯相关防
卫信号通路对于植物抗虫性有一定的调控作用。
本研究将通过生物信息学的方法对大刍草
S
/4
MS
/及与其序列相似性大于85%的其他7个
&4
A
/
S
基因的氨基酸组成,疏水性,亚细胞定位,二级
结构以及三级结构等进行预测和分析,为进一步探索
基因的功能提供理论依据。
10 000 bp
8 000 bp
6 000 bp
5
(KK) bp
4 000 bp
3 500 bp
3 000 bp
2 500 bp
2 000 bp
1
500
bp
1 200 bp
1 (KH) bp
900
bp
S00 bp
700 bp
600
bp
500 bp
400 bp
3(H) bp
200 bp
100 bp
图
3
份基因全长克隆
Figure 3 Full-length cloning of
BtSA MSI
SbSAMSl
关系较近,与
PpSAMS
丨关系最远。
1.3
BtSAMSl
tSAMSl
蛋白结构的分析
蛋白的一级结构和理化性质分析
1结果与分析
1.1
B
/&4
MS
1.3.1
B
7基因的克隆
NA
将所提取的
R
以1%的琼脂糖凝胶进行检测
NA
蛋白质的基本性质主要包括其相对分子质量、等
电点和氨基酸组成等(蒋彦,2003,清华大学出版社,
pp
.1-255)。利用在线程序
ProtParam
对
(图2),并使用超微量紫外分光光度计对
R
cDNA
CDS
进行浓
8个
SAMS
度定量测定,其中
A
260/
A
280均在1.9〜2.1之间。以
为模板,利用设计好的引物对份&4
MS
7基因
进行巢氏
PCR
克隆扩增,获得基因
CDS
,之后
基因
CDS
蛋白质理化性质进行预测分析(表1),结果表明,价-
S/l
MS
将
BtS
/
lMSV
K
序列上传至
NCBI,GenBank
CR
/、
MS
/、
MS
2 这 8 个
S/l
MS
基因的等
电点均小于6,因此为酸性氨基酸从主要氨基酸组成
登录号为
M
894430。巢氏
P
产物以1%的琼脂糖
看出,8种蛋白质中均是甘氨酸
Gly
含量最高。这8个
蛋白质的不稳定系数均小于40,均为稳定蛋白,平均
凝胶进行检测,出现一条单一的条带(图
即均为亲水性蛋白。
基因片段采用柱式
DNA
胶回收试剂盒回收纯化,
亲水系数都为负值,
之后将其与
PMD
-18
T
载体连接转化后进行菌落
1.3.2
SAMS
蛋白的疏水性分析
PCR
MS
鉴定,送往上海生工进行测序,测序结果与及-
/基因序列一致(图4)。
tSAMSl
利用
ExPASy
分析氨基酸序列的疏水性,对氨基
酸序列进行疏水性分析采用
Kyte
&
Doolittle
方法。观
1.2
B
的同源性分析及系统发育树的构建
ww
.
ncbi
.
njm
.
nih
.
gov
/)的
Blast
察疏水峰值和亲水峰值的氨基酸所长的百分率,疏
水峰值大于0的氨基酸所占的比例超过50%,可以认
为氨基酸合成的整个蛋白质表现出疏水性,反之为亲
水性。由平均亲水系数可得,8个
SAMS
蛋白均为亲水
蛋白,其中
,PdSAMS
1平均亲水系数最小
,BdSAMS
1
的平均亲水系数最大,说明
P
BdSAMSl
dSAMSl
通过
NCBI
(
https
://
w
比对,这7个不同物种的
S
<4
MS
基因与及
S
/4
MS
7基因
序列相似性不低于85%。利用
MEGA
5.0构建系统发
育树(图5),这8个不同&4
M
ZmSAMSI
S
基因中,
BtSAMSl
与
属于一个分支,亲缘关系最近。其次,与
的亲水性最强,
的亲水性最弱(图6)。
蛋白亚细胞定位分析
T
1.3.3
SAMS
利用在线程序
PS
0
R
对8种
SAMS
蛋白进行
亚细胞定位分析(表2),这8种蛋白质均主要在细胞
质中发挥其作用。对8种蛋白质进行信号肽和跨膜结
构域进行检测,发现这8种蛋白质既不是分泌蛋白,
也不是膜蛋白,它在细胞中合成,这和亚细胞定位分
析结果一致,表明其主要功能场所为细胞质。
图
2 RNA
的检测
Figure 2 Detection of RNA
1.3.4
SAMS
蛋白的二级结构预测
蛋白质的二级结构是指蛋白质多肽链本身的折
大刍草基因克隆与生物信息学分析5663
R
|||||||||^|
a
|||||||||||
a
||1|||
a
|||||||
aa
||
a
|||||
a
|||||
a
|
aa
||||||||
a
||
a
||1|||||
a
||||||
图
4 BtSAMSl
的菌落
PCR
鉴定
Figure 4 Identification of BtSAMSl by colony PCR amplificaion
表
1 SAMS
蛋白质的理化性质分析
Table 1 Analysis of physical and chemical properties of SAMS proteins
蛋白名称
分子量
(kD)
理论等电点
主要氨基酸
(%)
不稳定系数
脂肪系数
平均亲水性
Protein
Molecular
Theoretical pi
Amino acid (%)
Instability
AliphaticGrand average of
name
weight (kD)
index
index
hydropathicity
BtSAMSl
42 776.485.57
Gly (9.6) Val (9.1) Ala (8.1) 22.63
83.12-0.229
Asp (8.1) Thr (7.1)Lys (6.9)
ZmSAMSl
42 772.475.59
Gly (9.6) Val (9.1) Ala (8.1)
23.74
81.14
-0.250
Asp (7.9) Thr (7.4) Lys (6.9)
SiSAMSl
48 163.88
5.98
Gly (8.8) Ala (8.6) Val (8.1) 26.74
83.39-0.243
Asp (7.5) Leu (7.0) Thr (7.0)
SbSAMSl
42 785.505.50
Gly (9.6) Val (9.1) Ala (8.1) 24.0682.13
-0.237
Asp (8.1) Thr (7.1) Lys (6.9)
BdSAMSl
42 776.585.52
Giy (9.6) Ala (8.4) Asp (8.4)
23.25
84.39-0.205
Val (8.1) lie (7.4) Thr (7.4)
PdSAMSl
43 368.08
5.68
Gly (9.1) Val (9.1) Asp (7.9) 24.61
79.39
-0.356
Thr (7.6) Ala (7.4)
PpSAMSl
43 222.125.60
Gly (9.7) Val(8.4) Thr (7.9)
25.04
78.12-0.322
Asp (7.6) Lys (7.4) Ala (7.1)
ObSAMS2
43 970.735.37
Gly (9.5) Asp (8.0) Ala (7.7)
28.72
79.53-0.306
Thr (7.5) Glu (6.7)
1001— BtSAMSl
L. ZmSAMSl
的排布位置。蛋白质的结构决定功能,因此预测和分
94 I------------- SbSAMAl
析蛋白质的三级结构对理解其结构与功能之间的关
I-------------------------- ObSAMS2
8
〇
l-------------- SiSAMSl
系有重大作用(汪家政和范明,2000)。通过在线程序
_________*----------------------------------- BdSAMSl
99l----------------------------------------------------------------------------- PdSAMSl
SWISS
MODEL
对这8种蛋白质的三维结构进行模拟
---------------------------------------------------------------------------------------------PpSAMSl
构建。这8种蛋白质的三维结构较为相似,表明
SAMS
0.02
蛋白具有较高的保守性,也进一步说明这些蛋白质的
图
5 SdWS7
基因的系统发育树
功能也具有一定的相似性(图8)。
Figure 5 Phylogenetic tree of
BtSAMSl
gene
2
讨论
叠和盘绕的方式,主要有
a
-螺旋、延伸链、无规则卷
曲三种形式,可利用
SOPMA
对其进行预测分析(表3)。
本研究对大刍草
S
4
A
/
S
7基因进行了克隆,获得
结果显示,8种蛋白质均是无规则卷曲所占比例最
了该基因的
CDS
序列。通过对同源性较高的8种
高。由8个
SAMS
蛋白二级结构预测结果(图7)可见,
SAMS
分析表明,
BtSAMSl
与
ZmSAMSl
属于一个
这8种蛋白质的二级结构具有较高的相似性,由此我
分支,亲缘关系最为接近。8种蛋白质的亲水值都为
们可以推断,
SAMS
蛋白的二级结构是比较保守的。
负值,均为容易接近水分子的水溶性蛋白,主要功能
BtSAMSl
与
ZmSAMSl
两者发生二级结构的氨基
场所为细胞质。对大肠杆菌
SAMS
蛋白结构研究发
酸残基位置最为接近,与
SbSAMSl
的氨基酸残基位
现,其蛋白质结构为六方体,由4个相同亚基组成:
置也比较接近^
两个亚基聚合成类似球形的二聚体,两个二聚体聚合
蛋白质的三级结构是指整条肽链中全部氨基酸
形成一个四聚体。每个二聚体都有两个活性位点,这
残基的相对空间位置,即肽链中所有原子在三维空间
两个活性位点位于两亚基之间。
5664基因组学与应用生物学
1
位置
Position
A
位置
Position
B
-Hphob. / Kyte & Doolittle
位置
Position
C
Hphob. / Kyle & Doolittle
位置
Position
位置
Position
位置
Position
• Hphob. / Kytc & Doolittle
Hphob. / Kyle & Doolittle
u
3
O
J
-
O
10
5
C/3
-
1
0
-
.
2
5
-
0
.
.5
2
图
6 8
种
SAMS
蛋白疏水性预测分析
ft: A: BtSAMSl; B: ZmSAMSl; C: SiSAMSl; D: SbSAMSl; E: BdSAMSl; F: PdSAMSl; G: PpSAMSl; H: ObSAMS2
Figure 6 Prediction and analysis of hydrophobicity of 8 SAMS proteins
Note: A: BtSAMSl; B: ZmSAMSl; C: SiSAMSl; D: SbSAMSl; E: BdSAMSl; F: PdSAMSl; G: PpSAMSl; H: 0bSAMS2
表
2 8
种
SAMS
蛋白的亚细胞定位
Table 2 Subcellular localization of 8 SAMS protein
蛋白名称
Protein
name
BtSAMSl
ZmSAM 1
SiSAMSl
SbSAMSI
BdSAMSl
PdSAMSl
PpSAMSl
ObSAM2
域,
C
端结构域)组成,这三个域对称折叠成一个伪三超家族。二级结构主要由无规则卷曲组成,比例均大
倍的结构。对这8个蛋白质的保守结构域进行检测,发于50%。从三级结构模型来看,这8种蛋白质的结构
T
-1
-
I
II
位置
Position
G
位置
Position
H
细胞质
Cytoplasmic
细胞骨架
Cytoskeletal
细胞核
Nuclear
过氧化物酶体
Peroxisomal
线粒体
Mitochondrial
内质网
Endoplasmic
reticulum
56.5
56.5
69.6
56.5
65.2
52.2
52.2
56.5
17.4
17.4
13.0
17.4
17.4
17.4
13.0
17.4
13.0
4.3
4.3
4.3
4.3
4.3
4.3
4.3
17.4
13.0
17.4
21.7
17.4
21.7
17.4
17.4
4.3
4.3
4.3
4.3
4.3
4.3
每个亚基都是由3个域(
N
端结构域,中间结构现都拥有典型的
PLN
02243结构域,属于
PLN
02243
大刍草
SAMS
/基因克隆与生物信息学分析5665
表
3 8
种
SAMS
蛋白质的二级结构预测
Table 3 Prediction of secondary structure of 8 SAMS proteins
蛋白名称
a
螺旋
(%)
延伸链
(%)
无规则卷曲
(%)
ProteinAlpha helix (%)ExtendedRandom coil (%)
namestrand (%)
BtSAMSl24.1123.10
52.79
ZmSAMSl
23.6022.5953.81
SiSAMSl25.11
21.27
53.62
SbSAMSl24.3723.10
52.54
BdSAMS 124.6223.10
52.28
PdSAMS 1
22.5922.3455.08
PpSAMSl
28.24
20.61
51.15
ObSAMS223.6322.14
54.23
_ HI ■ ■
■,
丨
T^^
0 50 100 150 200 250 300 350
I~
1 ■ill
~r
■!
llhlBl H
i i
I
i
■liNl f
^
0 50 100 150 200 250 300 350
B
图
88
个蛋白质的三维结构
A: BtSAMSl; B: ZmSAMSl; C: SiSAMSl; D: SbSAMSl; E:
iniftn
-.
i
"_十
BdSAMSl; F: PdSAMSl; G: PpSAMSl; H: ObSAMS2
0 50 100 150 200 250 300 353500 400
Figure 8 Three-dimensional structure of 8 proteins
C
i
il
~~
»
i
H
~
ij
Note: A: BtSAMSl; B: ZmSAMSl; C: SiSAMSl; D: SbSAMSl;
E: BdSAMSl; F: PdSAMSl; G: PpSAMSl; H: ObSAMS2
r
i ll
I
! >i
0 50
100
150 200 250 300 350
D
均为四聚体,表明
SAMS
蛋白结构具有保守性,这也
符合
Takusagawa
等(1996)的研究,即大多数
SAMS
i
mm
i
~
H
I
i
tW
r
HB
r
l
ii
蛋白质都是作为四聚体存在的。
0 50 100 150 200 250 300 350
E
近年来,
SAMS
基因己经在多个物种中发现
(Izhaki
etal
.,1995),植物体内存在多种类型的
SAMS
编码
基因
(Thomas
and
Surdin
, 1987),它们的表达方式不
100
150 200 250 300 350
F
同,在植物代谢中也发挥着不同的生理功能。玉米数
据库中有4个
S
4
MS
基因,
SAMS
家族基因在不同的
I 1 llhlt |4f-.
植物组织中表达量不同,根茎中的表达高于叶片中,
0 50 100 150 200 250 300 350
G
其中
SAMS
1、
SAMS
2、
SAMS
4的表达量在盐胁迫下
降低,
SAMS
3表达量在盐胁迫下几乎不发生变化(朱
♦■ItiB ■! iBliiif-w-4-
晶莹等,2011)。拟南芥
SAMS
家族中也存在4个成员
0 50 100 150 200 250 300 350
H
(Peleman
et
al
., 1989
a
; 1989
b
;
Goto
et
al
., 2002;
Mao
et
图
7 SAMS
蛋白的二级结构
al
., 2015),它们的氨基酸序列相似程度接近90%,但其
注:中线:延伸链;短线:无规则卷曲;长线:
ex
螺旋;
A: Bt-
生理功能不尽相同
(Shen
and
Tarczynski
., 2002;
Lin
-
SAMS1; B: ZmSAMSl; C: SiSAMSl; D: SbSAMSl; E: Bd-
dermayr
et
al
., 2006)。
SAMS1; F: PdSAMSl; G: PpSAMSl; H: ObSAMS2
SAMS
1、
SAMS
2、
SAMS
3在植物所有组织中均
Figure 7 Secondary structure of SAMS proteins
Note: Median: Extended strand; Stub: Random coil; Long-line: Al
有表达,而
SAMS
4主要在花粉中发挥作用
(Chen
et
pha helix ; A: BtSAMSl; B: ZmSAMSl; C: SiSAMSl; D: SbSA-
al
.,2016)。
SAMS
家族这4个成员在植株细胞内可以
MS1; E: BdSAMS 1; F: PdSAMS 1; G: PpS AMS 1; H: ObSAMS2
形成同源物或异源物。
Meng
等(2018)证明
SAMS
3的
5666基因组学与应用生物学
启动子可以驱动
SAM
翻译表达
,SAMS
1、
SA
植株相似。但
SAMS
SAMS
S
M
1、
SAMS
2、
SAMS
4的
CDNA
S
2、
SAMS
4的表达量与对照
MS
步骤提取大刍草叶片的总
RNA
,以1%的琼脂糖凝胶
NA
电泳以及超微量分光光度计检测
R
3.4引物设计
的质量。
1、
SA
AMS
2、
SAMS
4的启动子对
MS
3的
cDNA
翻译表达有抑制,
SA
3的表达
量低于对照植株,即
S
SAMS
3的表达模式与其他三个
利用引物设计软件
(Primer
Premier
5.0)设计
cD
-
BtSAMSl
巢氏
PCR
的两
成员不同。烟草中目前发现两种
S
/1/
WS
基因,
NA
的反转引物(3'
adaptor
),
对引物(5.3’
oute
、5.3'
inner
;
FI
,
F
2),利用设计好的弓丨
在不同条件下两种
S
/1
MS
基因的表达量不同。
用乙烯利处理烟草,
SAMS
1在植株叶片中有表
物进行反转录以及
PCR
扩增目的基因片段,利用
PM
-
达,
SAMS
2在植株中几乎没有表达。
SAMS
1对氧化
胁迫及盐胁迫不敏感,但对乙烯利和高温胁迫很敏
感,
SAMS
2受氧化胁迫、盐胁迫、高温以及乙烯利显
著诱导,可见
SAMS
1和
SAMS
2在表达模式上存在
较大的差异,这表明二者在功能上可能存在分工的不
同,它们可能从不同代谢途径来提高植物的抗逆能力
(余涛等,2004),因而分离
S
-腺苷甲硫氨酸合成酶基
因并分析其表达对于理解其在植物生长发育和逆境
胁迫中的作用具有重要意义。
目前,对大刍草基因的功能研究尚未见
诸报道,作为玉米遗传改良的珍贵种质资源,对大刍
草中基因的克隆及生物信息学的分析,将为后
续了解
MMS
基因的功能及在植物防御中的利用提
供有用的信息。
3材料与方法
3.1实验材料
大刍草种子(
Packet
#42833,
l
3
GH
-
GH
45-6
OP
)由
威斯康星州立大学遗传系知
F
.
Doebley
教授赠送。
菌株与载体:大肠杆菌
Top
10,克隆载体
PM
-
D
-18
T
。
3.2序列来源
通过
NCBI
(
https
://
www
.
ncbi
.
nlm
.
nih
.
gov
/)的
BLA
ST
比对,选择与份 基因序列相似性超过 85% 的
不同植物的
S
/
IA/S
基因,并下载其氨基酸序列:玉米
(Zea
map
) (
ZmSAMSl
)
NM
_001139395.2,谷子(
Se/oWa
"
a
/
fca
)(
SiSAMSl
)
XM
_004968603.3,尚梁(5〇厂§/*1<77)6/-
c
〇")
r
) (
SbSAMSl
)
XM
021456550.1
,
二穗短柄草咖-
chypodium
distachyon
)
(
BdSAMSl
)
XM
_010232547.3 >
小立碗蘇(/%;^(;〇;7!"广6//(1/)〇^?«)(卩口8八1181)?(11_02-
4505267.1,海率(
PdSAMSl
)
XM
_
008802422.3,短花药野生稻
(Oryza
6
rac
/!_
yan
!
a
) (
Ob
-
SAMS
2)
XM
_006644063.2。
3.3大刍草叶片总
RNA
提取
采用
Trizol
提取试剂盒(上海生工),根据试剂盒
D
-18
T
的通用引物(
F
,
R
)进行菌落
PCR
鉴定(表4)。
表
4
引物序列
Table 4 Primer sequence
名称
序列
(5’-3')
Name Sequence (5’-3
’)
3'adaptor GCTGTCAACGATACGCTACGTAACGG
CATGACAGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTT
5.3'outer GCTGTCAACGATACGCTACGTAAC
5.3'inner GCTACGTAACGGCATGACAGTG
FI GC ACC AAG ACG A AC ATGGTGATGGT
F2 AAGGCGAGCGTGGACTACGAGAAGA
F(M13+) TGTAAAACGACGGCCAGT
R(M13 ) CAGGAAACAGCTATGACC
3.5
cDNA
的合成
反应步骤为先在0.2
mL
PCR
管中加入以下试
剂:5
jxLtotal
RNA
, 1
mL
随机引物,丨(
xLddH2
0,轻
轻混匀后离心3~5
s
,反应混合物在70°
C
温浴5
min
后,冰浴2
min
。然后,短暂离心加入以下试剂:2
(xL
5
xFirst-Strand
Buffer
, 0.5
(xL
10
mmol
dNTP
,0.25
|xL
Rnase
inhibitor
, 0.25
|
jl
L
M
-
M
u
LV
Reverse
Transcrip
-
tase
,总体系为10
pL
。轻轻混匀后短暂离心,在
PCR
仪上进行反转录反应,
cDNA
合成42°
C
持续6
min
,
72
°C
10
min
进行终止反应。
3.6巢氏
PCR
的扩增
以3'
adaptor
为反转引物的
cDNA
为模板,第1轮
的反应体系包括:7
V«y
酶 0.2 (
jl
L
,2
x
GC
Buffer
112.5 #,
dNTP
(2.5
mmol
/
L
)4
pL
,上下引物各 0.5 (
xL
,模板
1
pLL
,
ddH
:0补足至25
jxL
。第2轮以第一轮
PCR
扩
增产物为模板,反应体系包括
TV
/酶0.5
jjl
L
,2
x
GC
Buffer
I
25
(xLdNTP
(2.5
mmol
/
L
) 8 |
xL
,上下引物各
I
jjl
L
,模板1
pL
,
ddH
20补足至50(
xL
。
PCR
仪设置程
序为95°
C
预变性3
min
,94°
C
变性30
s
,58°
C
退火30
s
,
72°
C
延伸90
s
,33个循环,72°
C
延伸7
min
。
PCR
扩增
产物以1 %琼脂糖凝胶进行检测,扮基因片段
大刍草&4
KS
/基因克隆与生物信息学分析5667
使用柱式
DNA
胶回收试剂盒(上海生工)进行回收。
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3.7
目的基因的转化连接
将回收到的基因片段与PMD18-T载
体进行连接,构成重组质粒DNA(PMD18_T:SAMS),
在16°C连接过夜。然后将重组DNA转化到
DH
5
ct
感受态细胞中,将细菌涂布于含有IPTG(100mmol/L)
和X-gal (20 mg/mL)的氨苄青霉素固体培养基上,
于37
°C
倒置培养过夜。
3.8
菌落PCR的鉴定
第二天挑取单菌落进行摇菌,提质粒
DNA
进行
PCR
鉴定。反应体系为 10
x
7^
Buffer
2.5 (
xL
, 酶
0.2 |
jLL,dNTP
(10
mmol
/
L
) 0.5 (
xL
,模板 1
pL
,前后引
物均0.5
pL
,
ddH
20 19.8 |
jl
L
,总体系为25 |
jl
L
。反应程
序设置为94°(:预变性3〇1丨11,941:变性3〇5,55°(:退
火3〇8,72°(:延伸6〇8,25个循环,72°0延伸1〇111丨11。将
PCR
反应产物送上海生工进行测序。
3.9
生物信息学分析
8个SAMS蛋白质的氨基酸序列组成及编码蛋
白的理化性质采用
ProtParam
在线工具完成,系统进化
树使用MEGA 5.0软件构建,疏水性分析、亚细胞定位、
信号肽、跨膜域检测分别使用
expasy
、
psort、Signal
P
、
TMHMM在线程序完成,蛋白质二级及三级结构的预
测利用
Prabi
和
Swiss
-
model
等在线工具完成。
作者贡献
张玉荣是本研宄的实验设计者和实验研究的执
行人;张玉荣和杨雅舒完成数据分析,论文初稿的写
作;张玉荣、申圣圣、王陆军、郭虹霞和邓妍参与实验
设计,试验结果分析;杨利艳和王创云是项目的构思
者及负责人,指导实验设计、数据分析、论文写作与修
改。全体作者都阅读并同意最终的文本。
致谢
本研究由山西省重点研发计划项目(201703D-
221001-2)、院 士工作站项目
(
TYYSZ201707
)、
公益
性行业(农业)科研专项(201503124
)、
院农业科技创新
研究课题(YCX2018404)和三晋学者支持计划专项
(2090101)资助。
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