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体外转录RNA系统使用说明

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2024年3月28日发(作者:淳于新曦)

实验操作过程 胡建和 共6页 第1页 2022-4-28

RiboMAX

TM

Large Scale RNA Production Systems-T7

保存方法:避免反复冻融或者经常变换温度,以防影响产品稳定性。

保存温度:-20℃

试剂组成:

ATP 100µl

CTP 100µl

GTP 100µl

UTP 100µl

RQ1 RNase-Free DNase 110U

醋酸钠 3.0M(pH 5.2) 1ml

T7线性化对照DNA 10µl

酶混合物,T7 RNA聚合酶 120µl

T7 5×转录缓冲液 240µl

无核酸酶水 1.25ml

质量控制:

32

P标记RNA除另外加入5µCi α-

32

P CTP 400Ci/mmol之外,其它参照TB166所述方案进行。在

这些条件下,经TCA沉淀计算,会有>40µg的RNA合成。

RNA完整性:

上述转录反应产物经凝胶电泳分析和放射自显影分析,最低标准应当有90%的RNA按预期大小迁

移成一条单一的带。

I.概述

体外转录反应广泛用于从重组DNA模板合成微克量的RNA探针。大多数用于生产RNA探针的转

录反应多用于放射标记核糖核酸的合成,而不是合成大量的RNA。但体外转录也用于需要大量具生物

活性RNA的时候。大量的RNA产物可用于体外翻译、合成tRNA、rRNA或其它小的功能性RNA、

RNA病毒基因组和核酶, 亦用于RNA拼接的底物、RNA的二级结构、反义RNA以及RNA-蛋白相

互作用的研究。

RiboMAX

TM

Large Scale RNA Production Systems可产生微克量的RNA,转录产物可达14kb;但是,

通常用于生产5~6kb的转录产物。RiboMAX

TM

Systems在1ml反应体系中可稳定地合成2~5mg RNA,

大约比标准Riboprobe

®

System转录反应多10~20倍。RiboMAX

TM

Systems不同于Riboprobe

®

System之

处主要有三个基本方面:(1) 使用HEPES(pH 7.5)缓冲液而不是Tris-HCl(pH 7.9)缓冲液,rNTP和镁浓

度调整到接近T7 RNA聚合酶活性浓度。(2) 反应中添加了酵母无机焦磷酸酶(pyrophosphatese)。(3) 体

系中含有rRNasein

®

RNA酶抑制剂。RiboMAX

TM

Systems另外的优点是,合成高质量的RNA可用于兔

网状细胞翻译系统的体外翻译。增强的翻译能力尤其体现在高RNA浓度通常抑制体外翻译的时候。尽

管影响RNA产物的改良和翻译效率的原因还不太清楚,RiboMAX

TM

Systems对希望合成大量用于体外

翻译RNA的研究工作者来说是有用的。成分中对翻译抑制作用的减少,可能对其它需要应用生物活性

RNA的工作来说,亦是极为有利的。

因为RiboMAX

TM

Systems产生大量的RNA,这些系统不推荐用于生产高特异活性的RNA探针。

产生此种探针的放射标记核苷酸的量将会极为昂贵。

II.定货信息

RiboMAX

TM

Large Scale RNA Production Systems-T7 P1300

每个系统中含足够的试剂用于1ml反应或50个标准的20µl反应体系。包括:

实验操作过程 胡建和 共6页 第2页 2022-4-28

 酶混合物(RNA聚合酶、RNA酶抑制剂、酵母无机焦磷酸酶) 120µl

 5×转录缓冲液 240µl

 各种rNTP,100mM 100µl

 线性对照DNA,1mg/ml 10µl

 3M醋酸钠,pH 5.2 1ml

 无核酸酶水 1.25ml

 技术材料 1份

保存:所有试剂存放于-20℃。长期使用或使用不频繁时,可存放在-70℃。RiboMAX

TM

Systems存

放和使用合适时,至少可保持6个月稳定。注意避免多次冻融。

III.DNA模板的准备

用户自备的试剂:

(溶液组成见VI部分)

 氯仿:异戊醇(24:1)

 TE饱和酚(pH 8.0):氯仿:异戊醇(25:24:1)

 乙醇(70%和95%)

A.模板线性化

理想RNA合成依赖于使用高质量的DNA模板,氯化铯纯化和Wizard

®

Plus Minipreps DNA

Purification System(A7100)方法获得的DNA均适用于转录反应。在DNA中不含RNA酶至关重要。如

果可疑含有RNA酶,用蛋白激酶K(100µg/ml)和SDS(0.5%)在50mM Tris-HCl(pH 7.5)和5mM CaCl

2

中,

37℃处理30min(6),再用酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)抽提,再用乙醇沉淀(见IV. B第3~6步)。

DNA模板通常在体外转录合成特定长度RNA之前先线性化,用合适的限制性内切酶线性化DNA,

再进行纯化,例如酚抽提后,乙醇沉淀或者用Wizard® DNA Clean-Up System(A7280)纯化。最好比转录

反应量DNA多30%用于补偿DNA纯化或凝胶电泳观察时的损失。

严格避免使用产生3’游离端的限制性内切酶(见表1),使用这样的模板在转录时,除预期转录产物

之外,还会有额外的转录产物(7),额外的转录产物会包含与预期转录产物互补的序列,也会产生和载

体DNA相应的序列。如果必须使用这些酶,可以用DNA聚合酶I大Klenow片段(M2201)在转录前钝

化线性模板。

Table 1.通常产生3’游离端的限制酶

PCR合成的含合适噬菌体转录启动子的DNA可用于转录反应。噬菌体启动子序列可以用带有噬菌

体启动子序列的载体或5’端带有启动子寡核苷酸在PCR反应时与DNA连接。PCR合成的DNA可以用

Wizard® PCR Preps DNA Purification System(A7170)进行纯化。

纯化的线性DNA在转录前应当用琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,核实完全线性化且保证

出现一个干净(未降解的)与预期大小相附的DNA片段。

B.3’游离端的钝化。

IV.转录方案

本方案依据2个发表的用HEPES缓冲液(1)和酵母无机焦磷酸酶方案修改而成。与标准转录方案(8)

相比,本系统进行了改进,文献3资料表明,本系统合成的RNA翻译能力有所增强。

提供的线性化对照DNA,含有一个荧光素酶基因在T7启动子控制之下,这个DNA可产生一个

1800bp含有poly(A)尾巴的转录产物,因为荧光素酶必须全长才能表现活性,对照DNA的转录和翻译

用荧光素酶分析是一个极为方便的方法以核实是否为全长转录。

2024年3月28日发(作者:淳于新曦)

实验操作过程 胡建和 共6页 第1页 2022-4-28

RiboMAX

TM

Large Scale RNA Production Systems-T7

保存方法:避免反复冻融或者经常变换温度,以防影响产品稳定性。

保存温度:-20℃

试剂组成:

ATP 100µl

CTP 100µl

GTP 100µl

UTP 100µl

RQ1 RNase-Free DNase 110U

醋酸钠 3.0M(pH 5.2) 1ml

T7线性化对照DNA 10µl

酶混合物,T7 RNA聚合酶 120µl

T7 5×转录缓冲液 240µl

无核酸酶水 1.25ml

质量控制:

32

P标记RNA除另外加入5µCi α-

32

P CTP 400Ci/mmol之外,其它参照TB166所述方案进行。在

这些条件下,经TCA沉淀计算,会有>40µg的RNA合成。

RNA完整性:

上述转录反应产物经凝胶电泳分析和放射自显影分析,最低标准应当有90%的RNA按预期大小迁

移成一条单一的带。

I.概述

体外转录反应广泛用于从重组DNA模板合成微克量的RNA探针。大多数用于生产RNA探针的转

录反应多用于放射标记核糖核酸的合成,而不是合成大量的RNA。但体外转录也用于需要大量具生物

活性RNA的时候。大量的RNA产物可用于体外翻译、合成tRNA、rRNA或其它小的功能性RNA、

RNA病毒基因组和核酶, 亦用于RNA拼接的底物、RNA的二级结构、反义RNA以及RNA-蛋白相

互作用的研究。

RiboMAX

TM

Large Scale RNA Production Systems可产生微克量的RNA,转录产物可达14kb;但是,

通常用于生产5~6kb的转录产物。RiboMAX

TM

Systems在1ml反应体系中可稳定地合成2~5mg RNA,

大约比标准Riboprobe

®

System转录反应多10~20倍。RiboMAX

TM

Systems不同于Riboprobe

®

System之

处主要有三个基本方面:(1) 使用HEPES(pH 7.5)缓冲液而不是Tris-HCl(pH 7.9)缓冲液,rNTP和镁浓

度调整到接近T7 RNA聚合酶活性浓度。(2) 反应中添加了酵母无机焦磷酸酶(pyrophosphatese)。(3) 体

系中含有rRNasein

®

RNA酶抑制剂。RiboMAX

TM

Systems另外的优点是,合成高质量的RNA可用于兔

网状细胞翻译系统的体外翻译。增强的翻译能力尤其体现在高RNA浓度通常抑制体外翻译的时候。尽

管影响RNA产物的改良和翻译效率的原因还不太清楚,RiboMAX

TM

Systems对希望合成大量用于体外

翻译RNA的研究工作者来说是有用的。成分中对翻译抑制作用的减少,可能对其它需要应用生物活性

RNA的工作来说,亦是极为有利的。

因为RiboMAX

TM

Systems产生大量的RNA,这些系统不推荐用于生产高特异活性的RNA探针。

产生此种探针的放射标记核苷酸的量将会极为昂贵。

II.定货信息

RiboMAX

TM

Large Scale RNA Production Systems-T7 P1300

每个系统中含足够的试剂用于1ml反应或50个标准的20µl反应体系。包括:

实验操作过程 胡建和 共6页 第2页 2022-4-28

 酶混合物(RNA聚合酶、RNA酶抑制剂、酵母无机焦磷酸酶) 120µl

 5×转录缓冲液 240µl

 各种rNTP,100mM 100µl

 线性对照DNA,1mg/ml 10µl

 3M醋酸钠,pH 5.2 1ml

 无核酸酶水 1.25ml

 技术材料 1份

保存:所有试剂存放于-20℃。长期使用或使用不频繁时,可存放在-70℃。RiboMAX

TM

Systems存

放和使用合适时,至少可保持6个月稳定。注意避免多次冻融。

III.DNA模板的准备

用户自备的试剂:

(溶液组成见VI部分)

 氯仿:异戊醇(24:1)

 TE饱和酚(pH 8.0):氯仿:异戊醇(25:24:1)

 乙醇(70%和95%)

A.模板线性化

理想RNA合成依赖于使用高质量的DNA模板,氯化铯纯化和Wizard

®

Plus Minipreps DNA

Purification System(A7100)方法获得的DNA均适用于转录反应。在DNA中不含RNA酶至关重要。如

果可疑含有RNA酶,用蛋白激酶K(100µg/ml)和SDS(0.5%)在50mM Tris-HCl(pH 7.5)和5mM CaCl

2

中,

37℃处理30min(6),再用酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)抽提,再用乙醇沉淀(见IV. B第3~6步)。

DNA模板通常在体外转录合成特定长度RNA之前先线性化,用合适的限制性内切酶线性化DNA,

再进行纯化,例如酚抽提后,乙醇沉淀或者用Wizard® DNA Clean-Up System(A7280)纯化。最好比转录

反应量DNA多30%用于补偿DNA纯化或凝胶电泳观察时的损失。

严格避免使用产生3’游离端的限制性内切酶(见表1),使用这样的模板在转录时,除预期转录产物

之外,还会有额外的转录产物(7),额外的转录产物会包含与预期转录产物互补的序列,也会产生和载

体DNA相应的序列。如果必须使用这些酶,可以用DNA聚合酶I大Klenow片段(M2201)在转录前钝

化线性模板。

Table 1.通常产生3’游离端的限制酶

PCR合成的含合适噬菌体转录启动子的DNA可用于转录反应。噬菌体启动子序列可以用带有噬菌

体启动子序列的载体或5’端带有启动子寡核苷酸在PCR反应时与DNA连接。PCR合成的DNA可以用

Wizard® PCR Preps DNA Purification System(A7170)进行纯化。

纯化的线性DNA在转录前应当用琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,核实完全线性化且保证

出现一个干净(未降解的)与预期大小相附的DNA片段。

B.3’游离端的钝化。

IV.转录方案

本方案依据2个发表的用HEPES缓冲液(1)和酵母无机焦磷酸酶方案修改而成。与标准转录方案(8)

相比,本系统进行了改进,文献3资料表明,本系统合成的RNA翻译能力有所增强。

提供的线性化对照DNA,含有一个荧光素酶基因在T7启动子控制之下,这个DNA可产生一个

1800bp含有poly(A)尾巴的转录产物,因为荧光素酶必须全长才能表现活性,对照DNA的转录和翻译

用荧光素酶分析是一个极为方便的方法以核实是否为全长转录。

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