2024年3月28日发(作者:淳于新曦)
实验操作过程 胡建和 共6页 第1页 2022-4-28
RiboMAX
TM
Large Scale RNA Production Systems-T7
保存方法:避免反复冻融或者经常变换温度,以防影响产品稳定性。
保存温度:-20℃
试剂组成:
ATP 100µl
CTP 100µl
GTP 100µl
UTP 100µl
RQ1 RNase-Free DNase 110U
醋酸钠 3.0M(pH 5.2) 1ml
T7线性化对照DNA 10µl
酶混合物,T7 RNA聚合酶 120µl
T7 5×转录缓冲液 240µl
无核酸酶水 1.25ml
质量控制:
32
P标记RNA除另外加入5µCi α-
32
P CTP 400Ci/mmol之外,其它参照TB166所述方案进行。在
这些条件下,经TCA沉淀计算,会有>40µg的RNA合成。
RNA完整性:
上述转录反应产物经凝胶电泳分析和放射自显影分析,最低标准应当有90%的RNA按预期大小迁
移成一条单一的带。
I.概述
体外转录反应广泛用于从重组DNA模板合成微克量的RNA探针。大多数用于生产RNA探针的转
录反应多用于放射标记核糖核酸的合成,而不是合成大量的RNA。但体外转录也用于需要大量具生物
活性RNA的时候。大量的RNA产物可用于体外翻译、合成tRNA、rRNA或其它小的功能性RNA、
RNA病毒基因组和核酶, 亦用于RNA拼接的底物、RNA的二级结构、反义RNA以及RNA-蛋白相
互作用的研究。
RiboMAX
TM
Large Scale RNA Production Systems可产生微克量的RNA,转录产物可达14kb;但是,
通常用于生产5~6kb的转录产物。RiboMAX
TM
Systems在1ml反应体系中可稳定地合成2~5mg RNA,
大约比标准Riboprobe
®
System转录反应多10~20倍。RiboMAX
TM
Systems不同于Riboprobe
®
System之
处主要有三个基本方面:(1) 使用HEPES(pH 7.5)缓冲液而不是Tris-HCl(pH 7.9)缓冲液,rNTP和镁浓
度调整到接近T7 RNA聚合酶活性浓度。(2) 反应中添加了酵母无机焦磷酸酶(pyrophosphatese)。(3) 体
系中含有rRNasein
®
RNA酶抑制剂。RiboMAX
TM
Systems另外的优点是,合成高质量的RNA可用于兔
网状细胞翻译系统的体外翻译。增强的翻译能力尤其体现在高RNA浓度通常抑制体外翻译的时候。尽
管影响RNA产物的改良和翻译效率的原因还不太清楚,RiboMAX
TM
Systems对希望合成大量用于体外
翻译RNA的研究工作者来说是有用的。成分中对翻译抑制作用的减少,可能对其它需要应用生物活性
RNA的工作来说,亦是极为有利的。
因为RiboMAX
TM
Systems产生大量的RNA,这些系统不推荐用于生产高特异活性的RNA探针。
产生此种探针的放射标记核苷酸的量将会极为昂贵。
II.定货信息
RiboMAX
TM
Large Scale RNA Production Systems-T7 P1300
每个系统中含足够的试剂用于1ml反应或50个标准的20µl反应体系。包括:
实验操作过程 胡建和 共6页 第2页 2022-4-28
酶混合物(RNA聚合酶、RNA酶抑制剂、酵母无机焦磷酸酶) 120µl
5×转录缓冲液 240µl
各种rNTP,100mM 100µl
线性对照DNA,1mg/ml 10µl
3M醋酸钠,pH 5.2 1ml
无核酸酶水 1.25ml
技术材料 1份
保存:所有试剂存放于-20℃。长期使用或使用不频繁时,可存放在-70℃。RiboMAX
TM
Systems存
放和使用合适时,至少可保持6个月稳定。注意避免多次冻融。
III.DNA模板的准备
用户自备的试剂:
(溶液组成见VI部分)
氯仿:异戊醇(24:1)
TE饱和酚(pH 8.0):氯仿:异戊醇(25:24:1)
乙醇(70%和95%)
A.模板线性化
理想RNA合成依赖于使用高质量的DNA模板,氯化铯纯化和Wizard
®
Plus Minipreps DNA
Purification System(A7100)方法获得的DNA均适用于转录反应。在DNA中不含RNA酶至关重要。如
果可疑含有RNA酶,用蛋白激酶K(100µg/ml)和SDS(0.5%)在50mM Tris-HCl(pH 7.5)和5mM CaCl
2
中,
37℃处理30min(6),再用酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)抽提,再用乙醇沉淀(见IV. B第3~6步)。
DNA模板通常在体外转录合成特定长度RNA之前先线性化,用合适的限制性内切酶线性化DNA,
再进行纯化,例如酚抽提后,乙醇沉淀或者用Wizard® DNA Clean-Up System(A7280)纯化。最好比转录
反应量DNA多30%用于补偿DNA纯化或凝胶电泳观察时的损失。
严格避免使用产生3’游离端的限制性内切酶(见表1),使用这样的模板在转录时,除预期转录产物
之外,还会有额外的转录产物(7),额外的转录产物会包含与预期转录产物互补的序列,也会产生和载
体DNA相应的序列。如果必须使用这些酶,可以用DNA聚合酶I大Klenow片段(M2201)在转录前钝
化线性模板。
Table 1.通常产生3’游离端的限制酶
略
PCR合成的含合适噬菌体转录启动子的DNA可用于转录反应。噬菌体启动子序列可以用带有噬菌
体启动子序列的载体或5’端带有启动子寡核苷酸在PCR反应时与DNA连接。PCR合成的DNA可以用
Wizard® PCR Preps DNA Purification System(A7170)进行纯化。
纯化的线性DNA在转录前应当用琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,核实完全线性化且保证
出现一个干净(未降解的)与预期大小相附的DNA片段。
B.3’游离端的钝化。
略
IV.转录方案
本方案依据2个发表的用HEPES缓冲液(1)和酵母无机焦磷酸酶方案修改而成。与标准转录方案(8)
相比,本系统进行了改进,文献3资料表明,本系统合成的RNA翻译能力有所增强。
提供的线性化对照DNA,含有一个荧光素酶基因在T7启动子控制之下,这个DNA可产生一个
1800bp含有poly(A)尾巴的转录产物,因为荧光素酶必须全长才能表现活性,对照DNA的转录和翻译
用荧光素酶分析是一个极为方便的方法以核实是否为全长转录。
2024年3月28日发(作者:淳于新曦)
实验操作过程 胡建和 共6页 第1页 2022-4-28
RiboMAX
TM
Large Scale RNA Production Systems-T7
保存方法:避免反复冻融或者经常变换温度,以防影响产品稳定性。
保存温度:-20℃
试剂组成:
ATP 100µl
CTP 100µl
GTP 100µl
UTP 100µl
RQ1 RNase-Free DNase 110U
醋酸钠 3.0M(pH 5.2) 1ml
T7线性化对照DNA 10µl
酶混合物,T7 RNA聚合酶 120µl
T7 5×转录缓冲液 240µl
无核酸酶水 1.25ml
质量控制:
32
P标记RNA除另外加入5µCi α-
32
P CTP 400Ci/mmol之外,其它参照TB166所述方案进行。在
这些条件下,经TCA沉淀计算,会有>40µg的RNA合成。
RNA完整性:
上述转录反应产物经凝胶电泳分析和放射自显影分析,最低标准应当有90%的RNA按预期大小迁
移成一条单一的带。
I.概述
体外转录反应广泛用于从重组DNA模板合成微克量的RNA探针。大多数用于生产RNA探针的转
录反应多用于放射标记核糖核酸的合成,而不是合成大量的RNA。但体外转录也用于需要大量具生物
活性RNA的时候。大量的RNA产物可用于体外翻译、合成tRNA、rRNA或其它小的功能性RNA、
RNA病毒基因组和核酶, 亦用于RNA拼接的底物、RNA的二级结构、反义RNA以及RNA-蛋白相
互作用的研究。
RiboMAX
TM
Large Scale RNA Production Systems可产生微克量的RNA,转录产物可达14kb;但是,
通常用于生产5~6kb的转录产物。RiboMAX
TM
Systems在1ml反应体系中可稳定地合成2~5mg RNA,
大约比标准Riboprobe
®
System转录反应多10~20倍。RiboMAX
TM
Systems不同于Riboprobe
®
System之
处主要有三个基本方面:(1) 使用HEPES(pH 7.5)缓冲液而不是Tris-HCl(pH 7.9)缓冲液,rNTP和镁浓
度调整到接近T7 RNA聚合酶活性浓度。(2) 反应中添加了酵母无机焦磷酸酶(pyrophosphatese)。(3) 体
系中含有rRNasein
®
RNA酶抑制剂。RiboMAX
TM
Systems另外的优点是,合成高质量的RNA可用于兔
网状细胞翻译系统的体外翻译。增强的翻译能力尤其体现在高RNA浓度通常抑制体外翻译的时候。尽
管影响RNA产物的改良和翻译效率的原因还不太清楚,RiboMAX
TM
Systems对希望合成大量用于体外
翻译RNA的研究工作者来说是有用的。成分中对翻译抑制作用的减少,可能对其它需要应用生物活性
RNA的工作来说,亦是极为有利的。
因为RiboMAX
TM
Systems产生大量的RNA,这些系统不推荐用于生产高特异活性的RNA探针。
产生此种探针的放射标记核苷酸的量将会极为昂贵。
II.定货信息
RiboMAX
TM
Large Scale RNA Production Systems-T7 P1300
每个系统中含足够的试剂用于1ml反应或50个标准的20µl反应体系。包括:
实验操作过程 胡建和 共6页 第2页 2022-4-28
酶混合物(RNA聚合酶、RNA酶抑制剂、酵母无机焦磷酸酶) 120µl
5×转录缓冲液 240µl
各种rNTP,100mM 100µl
线性对照DNA,1mg/ml 10µl
3M醋酸钠,pH 5.2 1ml
无核酸酶水 1.25ml
技术材料 1份
保存:所有试剂存放于-20℃。长期使用或使用不频繁时,可存放在-70℃。RiboMAX
TM
Systems存
放和使用合适时,至少可保持6个月稳定。注意避免多次冻融。
III.DNA模板的准备
用户自备的试剂:
(溶液组成见VI部分)
氯仿:异戊醇(24:1)
TE饱和酚(pH 8.0):氯仿:异戊醇(25:24:1)
乙醇(70%和95%)
A.模板线性化
理想RNA合成依赖于使用高质量的DNA模板,氯化铯纯化和Wizard
®
Plus Minipreps DNA
Purification System(A7100)方法获得的DNA均适用于转录反应。在DNA中不含RNA酶至关重要。如
果可疑含有RNA酶,用蛋白激酶K(100µg/ml)和SDS(0.5%)在50mM Tris-HCl(pH 7.5)和5mM CaCl
2
中,
37℃处理30min(6),再用酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)抽提,再用乙醇沉淀(见IV. B第3~6步)。
DNA模板通常在体外转录合成特定长度RNA之前先线性化,用合适的限制性内切酶线性化DNA,
再进行纯化,例如酚抽提后,乙醇沉淀或者用Wizard® DNA Clean-Up System(A7280)纯化。最好比转录
反应量DNA多30%用于补偿DNA纯化或凝胶电泳观察时的损失。
严格避免使用产生3’游离端的限制性内切酶(见表1),使用这样的模板在转录时,除预期转录产物
之外,还会有额外的转录产物(7),额外的转录产物会包含与预期转录产物互补的序列,也会产生和载
体DNA相应的序列。如果必须使用这些酶,可以用DNA聚合酶I大Klenow片段(M2201)在转录前钝
化线性模板。
Table 1.通常产生3’游离端的限制酶
略
PCR合成的含合适噬菌体转录启动子的DNA可用于转录反应。噬菌体启动子序列可以用带有噬菌
体启动子序列的载体或5’端带有启动子寡核苷酸在PCR反应时与DNA连接。PCR合成的DNA可以用
Wizard® PCR Preps DNA Purification System(A7170)进行纯化。
纯化的线性DNA在转录前应当用琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,核实完全线性化且保证
出现一个干净(未降解的)与预期大小相附的DNA片段。
B.3’游离端的钝化。
略
IV.转录方案
本方案依据2个发表的用HEPES缓冲液(1)和酵母无机焦磷酸酶方案修改而成。与标准转录方案(8)
相比,本系统进行了改进,文献3资料表明,本系统合成的RNA翻译能力有所增强。
提供的线性化对照DNA,含有一个荧光素酶基因在T7启动子控制之下,这个DNA可产生一个
1800bp含有poly(A)尾巴的转录产物,因为荧光素酶必须全长才能表现活性,对照DNA的转录和翻译
用荧光素酶分析是一个极为方便的方法以核实是否为全长转录。