2024年4月7日发(作者：叔惜香)
分子模型实验报告
篇一：分子模拟实验实验报告生物大分子
分子模拟实验作业——生物大分子
一、实验部分
12-3-1获得PDB号为“1HCK”的蛋白
（human-cyclin-dependent kinase 2,i,e.,CKD2和ATP的
结合晶体结构），并采用不同的模型观察其特点
①分别用卡通模型和丝带模型显示生物大分子结构，并
用球棍模型、棒状模型显示其中小分子、金属离子等。
参考文献：
Analysis of CDK2 Active-Site
Hydration: A Method to Design New Inhibitors Zdeneˇ
k Krˇ?′z
PROTEINS: Structure, Function, and
Bioinformatics 55:258–274 (XX)
12.2 分子对接
①聚合物对接前效果图
②聚合物对接后效果图
对接后实际距离和设置的最优值
12-3-2在样本文件中，创建冰的晶体结构，分别做温度
为260K，273K，298K，373K下的分子动力学模拟（10 ps），
观察晶体机构的变化情况，并做定性解释。
1格式已调整，word版本可编辑.
①不同温度下冰晶体结构图：
原始冰晶体结构图
由冰晶体在不同温度下的结构可见，随温度升高，冰
晶体的各个水分子之间的距离不断增加，晶体结构趋向于分
散无序状。
②不同温度下，冰晶体分子动力学模拟图
③不同温度下体系的总能量与势能
由曲线形状可见，经过分子动力学模拟之后，体系的能
量降低，变得更加稳定。
由计算结果可见，体系的总能量和势能随温度的升高而
增大。因为当温度升高时，分子的热运动加剧，使分子的伸
缩、转动、振动势能增加从而使分子总能量增加，而体系的
是能增加是因为非键相互作用尤其是分子间氢键相互作用
减弱。
二、实验心得与体会
本次实验主要进行了生物大分子的模拟。生物大分子一
般包含上千个原子，目前还不能应用量子化学从头计算方法
模拟，常用的方法有QM/MM方法，和纯粹的分子动力学模型。
1.关于分子力学要求掌握四点内容：（1）分子力学中，
离子间的相互作用势能函数是什么？（2）势函数中存在特
定的参数，怎么给参数赋初值？（3）原子类型怎样确定？
（4）力场有哪些？各自的适用范围是什么？下面详细解释：
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2024年4月7日发(作者：叔惜香)
分子模型实验报告
篇一：分子模拟实验实验报告生物大分子
分子模拟实验作业——生物大分子
一、实验部分
12-3-1获得PDB号为“1HCK”的蛋白
（human-cyclin-dependent kinase 2,i,e.,CKD2和ATP的
结合晶体结构），并采用不同的模型观察其特点
①分别用卡通模型和丝带模型显示生物大分子结构，并
用球棍模型、棒状模型显示其中小分子、金属离子等。
参考文献：
Analysis of CDK2 Active-Site
Hydration: A Method to Design New Inhibitors Zdeneˇ
k Krˇ?′z
PROTEINS: Structure, Function, and
Bioinformatics 55:258–274 (XX)
12.2 分子对接
①聚合物对接前效果图
②聚合物对接后效果图
对接后实际距离和设置的最优值
12-3-2在样本文件中，创建冰的晶体结构，分别做温度
为260K，273K，298K，373K下的分子动力学模拟（10 ps），
观察晶体机构的变化情况，并做定性解释。
1格式已调整，word版本可编辑.
①不同温度下冰晶体结构图：
原始冰晶体结构图
由冰晶体在不同温度下的结构可见，随温度升高，冰
晶体的各个水分子之间的距离不断增加，晶体结构趋向于分
散无序状。
②不同温度下，冰晶体分子动力学模拟图
③不同温度下体系的总能量与势能
由曲线形状可见，经过分子动力学模拟之后，体系的能
量降低，变得更加稳定。
由计算结果可见，体系的总能量和势能随温度的升高而
增大。因为当温度升高时，分子的热运动加剧，使分子的伸
缩、转动、振动势能增加从而使分子总能量增加，而体系的
是能增加是因为非键相互作用尤其是分子间氢键相互作用
减弱。
二、实验心得与体会
本次实验主要进行了生物大分子的模拟。生物大分子一
般包含上千个原子，目前还不能应用量子化学从头计算方法
模拟，常用的方法有QM/MM方法，和纯粹的分子动力学模型。
1.关于分子力学要求掌握四点内容：（1）分子力学中，
离子间的相互作用势能函数是什么？（2）势函数中存在特
定的参数，怎么给参数赋初值？（3）原子类型怎样确定？
（4）力场有哪些？各自的适用范围是什么？下面详细解释：
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