2024年2月20日发(作者：牟星剑)
2100仪器检测文库质量（片段尺寸是否符合要求）
表1：安捷伦高灵敏度DNA试剂盒
安捷伦高灵敏度DNA试剂盒（订货数量：5067－4626）
DNA芯片
10高灵敏度DNA芯片
1电极清洗器
注射器套件
注射器
涡旋混合器
表2：物理和分析规格
类型
分析运行总时间
可测定样品数量
样品用量
样品DNA浓度范围
试剂盒稳定性
测定DNA尺寸范围
样品最大盐离子浓度
1．芯片工作站
1) 用新的注射器替换旧的注射器；
2）注射器紧密连接芯片工作站；
3）连接完成后，注射器气密性检测；
4）调整基部面板及注射器套件，准备上样检测文库质量。
2．生物分析器（调整芯片选择器）
1）打开仪器盖子，检查电极盒是否在仪器内；
规格/安捷伦高灵敏度DNA分析
45分钟
每个芯片可测定11个样品
1µl
0.005ng/µl~0.5 ng/µl
4个月
50～7000bp
10mM Tris，1mMEDTA
安捷伦高灵敏度DNA试剂（订货数量：5067－4627）
高灵敏度DNA Ladder（黄色盖子）
高灵敏度DNA Markers（35/10380 bp）（4管，绿色盖子）
高灵敏度DNA染色溶液（1管，蓝色盖子）
高灵敏度DNA胶混合物（2管，红色盖子）
2）移除使用过的芯片，调整芯片选择器的位置。
3．涡旋混合器
调整涡旋混合器的速度为2400rpm，每个芯片使用时间为1min。
4．启动2100仪器软件（双击桌面仪器控制软件图标）
5．注意事项
1）试剂和样品避免灰尘及其它污染，试剂在4℃存放；
2) 试剂使用前，先在室温条件下平衡30分钟；
3）DNA染色试剂（蓝色盖子）存放及使用时均应避光；
4) 加样时墙头尖端接触加样槽底端，避免接触加样槽边缘，加样时尽量避免产生气泡；
5) 加样完毕，5分钟内立即进行上机测试，避免放置较长的时间；
6）仪器运行过程中，避免触摸仪器硬件，放置仪器的桌面保持静止状态，避免震动；
7) 放置芯片、清洗电极及开关2100仪器盖子时动作要轻，避免出现较大的碰撞或震动而导致损坏电极。
安捷伦高灵敏度DNA分析流程：
一．制作胶、染色混合物（Preparing the Gel-Dye Mix）
1．高灵敏度DNA染色溶液（1管，蓝色盖子）、高灵敏度DNA胶混合物（2管取1管，红色盖子）室温热平衡30min；
2．低速涡旋高灵敏度DNA染色溶液10秒，确保DMSO完全融化；
3．取15µl高灵敏度DNA染色溶液（1管，蓝色盖子）加到高灵敏度DNA胶混合物（1管，红色盖子），剩余DNA染色液放置到4℃避光保存；
4．盖好管盖，涡旋10秒，使胶混合物与染色液充分混匀；
5．上述胶、染色液混合物全部转移至过滤管中，室温2240g（6000rpm）离心
10min；
6．弃过滤管，离心下来的胶、染色液混合物标记备用。
注意事项：
（1） 制作一次胶、染色液混合物可供5次DNA测定用量，并且在6周内使用完毕；
（2） 制作的胶、染色液混合物使用时避光，多余的胶、染色混合物放置在4℃、避光保存。
二、装载胶、染色混合物
1．胶、染色混合物使用前室温热平衡30min，同时进行避光处理；
2．取新的高灵敏度DNA芯片（一次性使用），向第3排第4个样品槽（标记号码为G）底端加9µl胶、染色混合物，注意不能产生气泡；
3．取新的注射器，连接到芯片工作站；并将使用过的DNA芯片，正确放置在芯片工作站内，将注射器活塞拉到1ml位置，关闭扣紧芯片工作站，将活塞压至注射器底端，扣紧夹子；
4．60秒后松开夹子，约5～10秒，活塞能够恢复到0.8～1ml位置，表明气密性良好；若不能恢复到该位置，考虑可能漏气，需检查漏气原因，并进行校正；
5．校正好之后（气密性较好），旧的DNA芯片取出，将加载有胶、染色混合物的DNA芯片正确放入芯片工作站中，将注射器活塞拉到1ml位置，关闭扣紧芯片工作站，将活塞压至注射器底端，扣紧夹子；
6．60秒后松开夹子，活塞立即恢复到0.3ml位置；
7．5秒以后活塞逐渐恢复到1ml位置；
8．打开芯片工作站，向DNA芯片第1、2、4排第4个样品槽中分别加入9µl胶、染色混合物，注意不能产生气泡。
注意事项：
胶、染色混合物使用过程中避光处理，多余的胶、染色混合物4℃避光保存。
三．加载Marker、Ladder和样品（Samples）
1．向其它12个样品槽中分别加5µl（绿色盖子）高灵敏度DNA Markers；
注意事项：每个样品槽不能空置，否则芯片不能正常运转。
2．向标记有ladder symbol的样品槽内加高灵敏度DNA Ladder（黄色盖子）1µl，其它11个样品槽内加1µl样品或1µl Marker（未使用的样品槽）；
3．加样完成，将DNA芯片放入涡旋混合器中，2400rpm涡旋混合1min。
注意事项：
（1） 为得到最佳实验结果，样品DNA最好融于含10mM Tris、1mM EDTA溶液中；
（2） 涡旋速度不宜太高，避免样品槽中液体溅出；
（3） 加样完成后5分钟内，尽快下一步操作步骤。
四．DNA芯片安装
1．打开2100仪器盖子，检查电极盒、芯片选择器放置是否正确；
2．将DNA芯片（加好样品）小心放入芯片选择器中；
3．关上2100仪器盖子，电极盒上电极刚好与芯片中的样品充分接触；
4．2100仪器控制软件界面显示盖子盖上及DNA芯片图标。
注意事项：打开和关上盖子时，动作轻柔，避免损坏电极；盖上盖子时，避免有样品溅出。
五．运行测定程序（Starting the Chip Run）
1．从分析菜单中选择恰当的分析方法，如DNA文库，则选择dsDNA；RNA文库，则选择RNA；
2．接受仪器命名的文件名，或手动修改File Prefix菜单中的文件名（测定数据自动保存在该文件中）；
3．输入样品信息，完成样品名称表格的填写（可不填写）；
4．点击Start按钮，开始运行测定程序；
5．运行结束，立即将DNA芯片从仪器中取出（避免电极受到污染）。
六．电极维护
（1）350 µl去离子ddH2O加入到电极清洗盒中；
（2）打开盖子将电极清洗盒放置在2100仪器中；
（3）关闭盖子（电极与去离子ddH2O充分接触），清洗10秒钟；
（4）打开盖子，拿出电极清洗盒；
（5）10秒钟后关闭盖子（让电极上的水自然蒸发）；
（6）下一次电极使用前，需要用电极清洗盒（加350 µl去离子ddH2O）清洗电极10秒钟，等待10秒钟后（让电极上的水蒸发）开始使用；
（7）电极多次使用后，需要用超声波清洗：电极从仪器中取出后放置在烧杯中（内加适量去离子ddH2O），然后将烧杯放置在超声波仪器中（内有适量蒸馏水），超声波处理15分钟，芯片放置在干燥器中干燥7天以上。
七．检测高灵敏度DNA分析结果
（1）高灵敏度DNA Ladder较好的分析结果：出现15个峰（包括lower marker和upper marker）；所有的峰具有较高的分辨率；基线平稳；lower marker和upper marker能够被正确识别；
（2）高灵敏度DNA样品较好的分析结果：所有样品峰均出现在lower marker和upper marker峰之间；基线平稳；基线读数至少5个荧光单位；Marker读数至少高于基线读数3个荧光单位；能够很好的区分marker峰和样品峰。
2024年2月20日发(作者：牟星剑)
2100仪器检测文库质量（片段尺寸是否符合要求）
表1：安捷伦高灵敏度DNA试剂盒
安捷伦高灵敏度DNA试剂盒（订货数量：5067－4626）
DNA芯片
10高灵敏度DNA芯片
1电极清洗器
注射器套件
注射器
涡旋混合器
表2：物理和分析规格
类型
分析运行总时间
可测定样品数量
样品用量
样品DNA浓度范围
试剂盒稳定性
测定DNA尺寸范围
样品最大盐离子浓度
1．芯片工作站
1) 用新的注射器替换旧的注射器；
2）注射器紧密连接芯片工作站；
3）连接完成后，注射器气密性检测；
4）调整基部面板及注射器套件，准备上样检测文库质量。
2．生物分析器（调整芯片选择器）
1）打开仪器盖子，检查电极盒是否在仪器内；
规格/安捷伦高灵敏度DNA分析
45分钟
每个芯片可测定11个样品
1µl
0.005ng/µl~0.5 ng/µl
4个月
50～7000bp
10mM Tris，1mMEDTA
安捷伦高灵敏度DNA试剂（订货数量：5067－4627）
高灵敏度DNA Ladder（黄色盖子）
高灵敏度DNA Markers（35/10380 bp）（4管，绿色盖子）
高灵敏度DNA染色溶液（1管，蓝色盖子）
高灵敏度DNA胶混合物（2管，红色盖子）
2）移除使用过的芯片，调整芯片选择器的位置。
3．涡旋混合器
调整涡旋混合器的速度为2400rpm，每个芯片使用时间为1min。
4．启动2100仪器软件（双击桌面仪器控制软件图标）
5．注意事项
1）试剂和样品避免灰尘及其它污染，试剂在4℃存放；
2) 试剂使用前，先在室温条件下平衡30分钟；
3）DNA染色试剂（蓝色盖子）存放及使用时均应避光；
4) 加样时墙头尖端接触加样槽底端，避免接触加样槽边缘，加样时尽量避免产生气泡；
5) 加样完毕，5分钟内立即进行上机测试，避免放置较长的时间；
6）仪器运行过程中，避免触摸仪器硬件，放置仪器的桌面保持静止状态，避免震动；
7) 放置芯片、清洗电极及开关2100仪器盖子时动作要轻，避免出现较大的碰撞或震动而导致损坏电极。
安捷伦高灵敏度DNA分析流程：
一．制作胶、染色混合物（Preparing the Gel-Dye Mix）
1．高灵敏度DNA染色溶液（1管，蓝色盖子）、高灵敏度DNA胶混合物（2管取1管，红色盖子）室温热平衡30min；
2．低速涡旋高灵敏度DNA染色溶液10秒，确保DMSO完全融化；
3．取15µl高灵敏度DNA染色溶液（1管，蓝色盖子）加到高灵敏度DNA胶混合物（1管，红色盖子），剩余DNA染色液放置到4℃避光保存；
4．盖好管盖，涡旋10秒，使胶混合物与染色液充分混匀；
5．上述胶、染色液混合物全部转移至过滤管中，室温2240g（6000rpm）离心
10min；
6．弃过滤管，离心下来的胶、染色液混合物标记备用。
注意事项：
（1） 制作一次胶、染色液混合物可供5次DNA测定用量，并且在6周内使用完毕；
（2） 制作的胶、染色液混合物使用时避光，多余的胶、染色混合物放置在4℃、避光保存。
二、装载胶、染色混合物
1．胶、染色混合物使用前室温热平衡30min，同时进行避光处理；
2．取新的高灵敏度DNA芯片（一次性使用），向第3排第4个样品槽（标记号码为G）底端加9µl胶、染色混合物，注意不能产生气泡；
3．取新的注射器，连接到芯片工作站；并将使用过的DNA芯片，正确放置在芯片工作站内，将注射器活塞拉到1ml位置，关闭扣紧芯片工作站，将活塞压至注射器底端，扣紧夹子；
4．60秒后松开夹子，约5～10秒，活塞能够恢复到0.8～1ml位置，表明气密性良好；若不能恢复到该位置，考虑可能漏气，需检查漏气原因，并进行校正；
5．校正好之后（气密性较好），旧的DNA芯片取出，将加载有胶、染色混合物的DNA芯片正确放入芯片工作站中，将注射器活塞拉到1ml位置，关闭扣紧芯片工作站，将活塞压至注射器底端，扣紧夹子；
6．60秒后松开夹子，活塞立即恢复到0.3ml位置；
7．5秒以后活塞逐渐恢复到1ml位置；
8．打开芯片工作站，向DNA芯片第1、2、4排第4个样品槽中分别加入9µl胶、染色混合物，注意不能产生气泡。
注意事项：
胶、染色混合物使用过程中避光处理，多余的胶、染色混合物4℃避光保存。
三．加载Marker、Ladder和样品（Samples）
1．向其它12个样品槽中分别加5µl（绿色盖子）高灵敏度DNA Markers；
注意事项：每个样品槽不能空置，否则芯片不能正常运转。
2．向标记有ladder symbol的样品槽内加高灵敏度DNA Ladder（黄色盖子）1µl，其它11个样品槽内加1µl样品或1µl Marker（未使用的样品槽）；
3．加样完成，将DNA芯片放入涡旋混合器中，2400rpm涡旋混合1min。
注意事项：
（1） 为得到最佳实验结果，样品DNA最好融于含10mM Tris、1mM EDTA溶液中；
（2） 涡旋速度不宜太高，避免样品槽中液体溅出；
（3） 加样完成后5分钟内，尽快下一步操作步骤。
四．DNA芯片安装
1．打开2100仪器盖子，检查电极盒、芯片选择器放置是否正确；
2．将DNA芯片（加好样品）小心放入芯片选择器中；
3．关上2100仪器盖子，电极盒上电极刚好与芯片中的样品充分接触；
4．2100仪器控制软件界面显示盖子盖上及DNA芯片图标。
注意事项：打开和关上盖子时，动作轻柔，避免损坏电极；盖上盖子时，避免有样品溅出。
五．运行测定程序（Starting the Chip Run）
1．从分析菜单中选择恰当的分析方法，如DNA文库，则选择dsDNA；RNA文库，则选择RNA；
2．接受仪器命名的文件名，或手动修改File Prefix菜单中的文件名（测定数据自动保存在该文件中）；
3．输入样品信息，完成样品名称表格的填写（可不填写）；
4．点击Start按钮，开始运行测定程序；
5．运行结束，立即将DNA芯片从仪器中取出（避免电极受到污染）。
六．电极维护
（1）350 µl去离子ddH2O加入到电极清洗盒中；
（2）打开盖子将电极清洗盒放置在2100仪器中；
（3）关闭盖子（电极与去离子ddH2O充分接触），清洗10秒钟；
（4）打开盖子，拿出电极清洗盒；
（5）10秒钟后关闭盖子（让电极上的水自然蒸发）；
（6）下一次电极使用前，需要用电极清洗盒（加350 µl去离子ddH2O）清洗电极10秒钟，等待10秒钟后（让电极上的水蒸发）开始使用；
（7）电极多次使用后，需要用超声波清洗：电极从仪器中取出后放置在烧杯中（内加适量去离子ddH2O），然后将烧杯放置在超声波仪器中（内有适量蒸馏水），超声波处理15分钟，芯片放置在干燥器中干燥7天以上。
七．检测高灵敏度DNA分析结果
（1）高灵敏度DNA Ladder较好的分析结果：出现15个峰（包括lower marker和upper marker）；所有的峰具有较高的分辨率；基线平稳；lower marker和upper marker能够被正确识别；
（2）高灵敏度DNA样品较好的分析结果：所有样品峰均出现在lower marker和upper marker峰之间；基线平稳；基线读数至少5个荧光单位；Marker读数至少高于基线读数3个荧光单位；能够很好的区分marker峰和样品峰。