2024年4月21日发(作者:戢颖颖)
关于pEASY T载体
摘自<小木虫>科学卫士 论坛发言
pEASY-T1、T3从Invitrogen的pCRII而来,pEASY-T5 zero来自Invitrogen
的pCR4topo zero,Invitrogen已经换了抗生素,不用Amp + Kan, 新一代
载体用Kan + Zeocin (博来霉素)。 根据我们院校使用pEASY-T or B 的结果,
发现两个问题: 1) 白斑常常只能在一种抗生素中生长,而另一种抗生素中不长,
这些克隆是M13不能测序的污染质粒;如果Kan里生长,你可以试一试用T7
去测序,然后将序列拿到 NCBI 网上Blast 或者与 Transgen的网页上的所有
载体进行比对(Alignment,可以下载Genecode的 Sequencher 4 或 5
demo版本来做比对,非常好用,100个序列一眨眼就完成),你可能会发现他
们的污染是怎么来的、什么载体污染。
Transgen (全式金)的pEASY-T5 克隆区两侧测出来的序列与他们网上提供的序
列是完全不一样的,实际测出来的序列是pCR4blunt zero (美国英骏公司)的
克隆区序列,不知为什么要隐瞒,可其余序列100%与之相同啊?!另外,
pEASY-T5 zero中,用了ccdB基因,可ccdB本身在载体的UV5 Promoter
下不能抑制空载体生长(蓝斑),Invitrogen只是炒了个ccdB自杀基因的概念,
买了专利使用权限,有苦说不出,不好向股民交待。不信你拿Invitrogen的
pCR4topo zero, 或 pCRblunt zero, 用她的载体1ul, 用T4 DNA连接酶连接
(Vector 1 ul,10XT4 buffer 1 ul, H2O 7 ul, T4 DNA ligase 1 ul, 22度,2小
时),然后转化感受态,IPTG + X-gal 显示蓝白斑。你会发现大量蓝斑,因为载
体自连,LacZa 表达了,与LacZa 融合的ccdB也应该表达了,但不能压制
空载体(蓝斑菌落)。这种情况下,Invitrogen还在打什么“Zero Background’
岂不是有些欺骗科学界的意味? Transgen的快速克隆试剂盒用的是英骏的第
一代拓扑异构酶技术,里面会有不少于10%的空载体,Invitrogen用Hind3酶
切后加识别接头,全式金只是改成EcoR1酶切后加接头。所以,我们用全式金
的载体试用装,用T4 连接酶自连过,居然有很多白斑,知道为什么吗? 要想
零背景,您可以:
1)不用IPTG和X-Gal, 自然就全是白斑,--零背景了;
2)Not in-frame with LacZa, 让T载体自连也不会与LacZa的读码框一致;
2024年4月21日发(作者:戢颖颖)
关于pEASY T载体
摘自<小木虫>科学卫士 论坛发言
pEASY-T1、T3从Invitrogen的pCRII而来,pEASY-T5 zero来自Invitrogen
的pCR4topo zero,Invitrogen已经换了抗生素,不用Amp + Kan, 新一代
载体用Kan + Zeocin (博来霉素)。 根据我们院校使用pEASY-T or B 的结果,
发现两个问题: 1) 白斑常常只能在一种抗生素中生长,而另一种抗生素中不长,
这些克隆是M13不能测序的污染质粒;如果Kan里生长,你可以试一试用T7
去测序,然后将序列拿到 NCBI 网上Blast 或者与 Transgen的网页上的所有
载体进行比对(Alignment,可以下载Genecode的 Sequencher 4 或 5
demo版本来做比对,非常好用,100个序列一眨眼就完成),你可能会发现他
们的污染是怎么来的、什么载体污染。
Transgen (全式金)的pEASY-T5 克隆区两侧测出来的序列与他们网上提供的序
列是完全不一样的,实际测出来的序列是pCR4blunt zero (美国英骏公司)的
克隆区序列,不知为什么要隐瞒,可其余序列100%与之相同啊?!另外,
pEASY-T5 zero中,用了ccdB基因,可ccdB本身在载体的UV5 Promoter
下不能抑制空载体生长(蓝斑),Invitrogen只是炒了个ccdB自杀基因的概念,
买了专利使用权限,有苦说不出,不好向股民交待。不信你拿Invitrogen的
pCR4topo zero, 或 pCRblunt zero, 用她的载体1ul, 用T4 DNA连接酶连接
(Vector 1 ul,10XT4 buffer 1 ul, H2O 7 ul, T4 DNA ligase 1 ul, 22度,2小
时),然后转化感受态,IPTG + X-gal 显示蓝白斑。你会发现大量蓝斑,因为载
体自连,LacZa 表达了,与LacZa 融合的ccdB也应该表达了,但不能压制
空载体(蓝斑菌落)。这种情况下,Invitrogen还在打什么“Zero Background’
岂不是有些欺骗科学界的意味? Transgen的快速克隆试剂盒用的是英骏的第
一代拓扑异构酶技术,里面会有不少于10%的空载体,Invitrogen用Hind3酶
切后加识别接头,全式金只是改成EcoR1酶切后加接头。所以,我们用全式金
的载体试用装,用T4 连接酶自连过,居然有很多白斑,知道为什么吗? 要想
零背景,您可以:
1)不用IPTG和X-Gal, 自然就全是白斑,--零背景了;
2)Not in-frame with LacZa, 让T载体自连也不会与LacZa的读码框一致;