2024年5月11日发(作者：盛飞燕)
Gaussian 09计算溶剂化能量
使用scrf=(solvent=toluene,cpcm）命令在G09下计算溶剂化能量（使用气态优化的结构）！但是由
于与使用G03时输出文件不一样（没有Total free energy in solution这一项）！请教使用G09怎么
计算溶剂化能量？
Mcdull 发表于 2010-11-14 20:26:55
那就直接用文件结束时给出的能量好了。方便的话，也可以把output放box上让大家帮忙分析下。
yangxz 发表于 2010-11-17 08:30:20
做一个包含溶剂的频率计算，总自由能就自动加上了溶剂效应修正。
caipingl 发表于 2010-11-17 12:21:53
用smd模型来计算：scrf=(solvent=toluene,smd），不需要指定半径。
单点算出来的能量E加上气态计算的自由能修正，结果比较合理。
不过我一般使用G09得到气态优化结构，然后用G03计算溶剂效应。
hgp2006 发表于 2010-11-19 20:09:49
用smd模型来计算：scrf=(solvent=toluene,smd），不需要指定半径。
单点算出来的能量E加上气态计算的自由能 ...
caipingl 发表于 2010-11-17 12:21 /bbs/images/common/
那你这种情况发文章时怎么说呢？03和09的溶剂化计算相差还是很大的！
gaoyp0114 发表于 2010-11-22 17:08:59
请问你是如何算溶剂化能的，对应高斯输出文件的哪项？
caipingl 发表于 2010-12-22 07:36:37
回复 5# hgp2006
G03和G09的参考文献都写上，溶剂化效应说明部分指出采用G03计算就可以吧。
我对比过一些G03和G09优化结果，差别很小。我想这样做应该是合理的吧。相对于某些体系，G09的
SMD模型会得到比较奇怪的结果。
个人感觉G09不如G03，有时有些体系用G09优化就会出错，而G03就能正常运行，而且IRC计算时
也经常会出错。感觉还是G03用起来得心应手。
yangxz 发表于 2011-1-5 02:21:31
使用G09可以直接优化包含溶剂化效应的结构，在此基础上做频率计算就可以了。SMD模型比较新，但
个人感觉不太成功。Bondi Radii应该更稳定一些。
Dice 发表于 2012-4-6 08:39:25
本帖最后由 Dice 于 2012-4-6 08:41 编辑
做一个包含溶剂的频率计算，总自由能就自动加上了溶剂效应修正。
yangxz 发表于 2010-11-17 08:30 /images/common/
如果要溶剂化能的话，是不是做一个溶液相的计算（opt + freq）和一个气相的计算（opt + freq），然
后用 Gsol - Ggas ？
Dice 发表于 2012-4-6 09:16:47
DoVacuum performs the first iteration in the gas phase; this option is required in order to
compute a ΔG of solvation.
我用 scrf=(smd,solvent=toluene,DoVacuum)，没有见到 ΔG of solvation这个问题我也很疑惑，
希望跟大家讨论下。
G03中，溶剂化主要是以PCM系列为主，溶剂化的计算自动包括了静电项（elec）和非静电项（non-elec
= cav+dis+rep），如果使用scrf=（solvent=溶剂名称，pcm，read）最后来一个scfvac，那么会在.log
文件中给出你详细的数据，其中有ΔG（sol）=E（elec）+G（non-elec）（据很多文献的描述，溶剂化
自由能包括这两项）。
G09中的溶剂化有点烦锁有点坑。首先，它取消了scfvac这个命令，无法直接给出ΔG（sol），PCM的
默认计算不再包括non-elec。如果想要计算和输出non-elec并且同时给出ΔG（sol），需要scrf=
（solvent=溶剂名称，pcm，externaliteration，dovacuum，read），在gjf最后使用cav（回车）dis
（回车）rep，那么你会在.log文件中得到与03一样的结果。
其次，这个版本包括了很新的SMD溶剂化模型（Truhlar课题组做的，由很早的SM5演变过来的吧），
这个模型的特点主要是对non-elec的改动，它等于CDS=cav+dis+struc，但其elec项依然是PCM做
的。并且SMD的计算结果会直接就把non-elec加到所得到的SCF done的能量中。由于non-elec=CDS，
故该模型不支持cav（回车）dis（回车）rep这种输入模式。如此时想得到ΔG（sol），方法同上，只是
最后不用加任何命令。值得注意的是，SMD is the recommended choice for computing ΔG of
solvation in G09。
以上为个人的一点认识。G09的优点在于给出了大量的溶剂可供使用，SMD由于的不需要Rsolv，使得
这一方法可以使用G09中所有给出的溶剂。
以下一些疑问，也希望大家能帮忙。
1. G09的PCM默认不计算non-elec，是否可以直接不用在计算，只需计算elec即可？（G09对PCM
的算法有所优化，已经到了不用考虑non-elec？？此处我没搞明白）；并且，1,4-dioxane只能计算其
elec，一旦计算non-elec便会因为vmol和Rsol冲突导致无法计算dis和rep，即便只计算cav所得结
果也是Na，错误的结果。
2. SMD很不错，其所得结果在很多时候也较为合理，通常它得到的结果要比PCM的更低一些。直接使用
2024年5月11日发(作者：盛飞燕)
Gaussian 09计算溶剂化能量
使用scrf=(solvent=toluene,cpcm）命令在G09下计算溶剂化能量（使用气态优化的结构）！但是由
于与使用G03时输出文件不一样（没有Total free energy in solution这一项）！请教使用G09怎么
计算溶剂化能量？
Mcdull 发表于 2010-11-14 20:26:55
那就直接用文件结束时给出的能量好了。方便的话，也可以把output放box上让大家帮忙分析下。
yangxz 发表于 2010-11-17 08:30:20
做一个包含溶剂的频率计算，总自由能就自动加上了溶剂效应修正。
caipingl 发表于 2010-11-17 12:21:53
用smd模型来计算：scrf=(solvent=toluene,smd），不需要指定半径。
单点算出来的能量E加上气态计算的自由能修正，结果比较合理。
不过我一般使用G09得到气态优化结构，然后用G03计算溶剂效应。
hgp2006 发表于 2010-11-19 20:09:49
用smd模型来计算：scrf=(solvent=toluene,smd），不需要指定半径。
单点算出来的能量E加上气态计算的自由能 ...
caipingl 发表于 2010-11-17 12:21 /bbs/images/common/
那你这种情况发文章时怎么说呢？03和09的溶剂化计算相差还是很大的！
gaoyp0114 发表于 2010-11-22 17:08:59
请问你是如何算溶剂化能的，对应高斯输出文件的哪项？
caipingl 发表于 2010-12-22 07:36:37
回复 5# hgp2006
G03和G09的参考文献都写上，溶剂化效应说明部分指出采用G03计算就可以吧。
我对比过一些G03和G09优化结果，差别很小。我想这样做应该是合理的吧。相对于某些体系，G09的
SMD模型会得到比较奇怪的结果。
个人感觉G09不如G03，有时有些体系用G09优化就会出错，而G03就能正常运行，而且IRC计算时
也经常会出错。感觉还是G03用起来得心应手。
yangxz 发表于 2011-1-5 02:21:31
使用G09可以直接优化包含溶剂化效应的结构，在此基础上做频率计算就可以了。SMD模型比较新，但
个人感觉不太成功。Bondi Radii应该更稳定一些。
Dice 发表于 2012-4-6 08:39:25
本帖最后由 Dice 于 2012-4-6 08:41 编辑
做一个包含溶剂的频率计算，总自由能就自动加上了溶剂效应修正。
yangxz 发表于 2010-11-17 08:30 /images/common/
如果要溶剂化能的话，是不是做一个溶液相的计算（opt + freq）和一个气相的计算（opt + freq），然
后用 Gsol - Ggas ？
Dice 发表于 2012-4-6 09:16:47
DoVacuum performs the first iteration in the gas phase; this option is required in order to
compute a ΔG of solvation.
我用 scrf=(smd,solvent=toluene,DoVacuum)，没有见到 ΔG of solvation这个问题我也很疑惑，
希望跟大家讨论下。
G03中，溶剂化主要是以PCM系列为主，溶剂化的计算自动包括了静电项（elec）和非静电项（non-elec
= cav+dis+rep），如果使用scrf=（solvent=溶剂名称，pcm，read）最后来一个scfvac，那么会在.log
文件中给出你详细的数据，其中有ΔG（sol）=E（elec）+G（non-elec）（据很多文献的描述，溶剂化
自由能包括这两项）。
G09中的溶剂化有点烦锁有点坑。首先，它取消了scfvac这个命令，无法直接给出ΔG（sol），PCM的
默认计算不再包括non-elec。如果想要计算和输出non-elec并且同时给出ΔG（sol），需要scrf=
（solvent=溶剂名称，pcm，externaliteration，dovacuum，read），在gjf最后使用cav（回车）dis
（回车）rep，那么你会在.log文件中得到与03一样的结果。
其次，这个版本包括了很新的SMD溶剂化模型（Truhlar课题组做的，由很早的SM5演变过来的吧），
这个模型的特点主要是对non-elec的改动，它等于CDS=cav+dis+struc，但其elec项依然是PCM做
的。并且SMD的计算结果会直接就把non-elec加到所得到的SCF done的能量中。由于non-elec=CDS，
故该模型不支持cav（回车）dis（回车）rep这种输入模式。如此时想得到ΔG（sol），方法同上，只是
最后不用加任何命令。值得注意的是，SMD is the recommended choice for computing ΔG of
solvation in G09。
以上为个人的一点认识。G09的优点在于给出了大量的溶剂可供使用，SMD由于的不需要Rsolv，使得
这一方法可以使用G09中所有给出的溶剂。
以下一些疑问，也希望大家能帮忙。
1. G09的PCM默认不计算non-elec，是否可以直接不用在计算，只需计算elec即可？（G09对PCM
的算法有所优化，已经到了不用考虑non-elec？？此处我没搞明白）；并且，1,4-dioxane只能计算其
elec，一旦计算non-elec便会因为vmol和Rsol冲突导致无法计算dis和rep，即便只计算cav所得结
果也是Na，错误的结果。
2. SMD很不错，其所得结果在很多时候也较为合理，通常它得到的结果要比PCM的更低一些。直接使用