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(策略篇)S5E56 大名鼎鼎的Rescue挽救实验,是个什么鬼?

IT圈 admin 30浏览 0评论

2024年5月15日发(作者:律朔)

(策略篇)S5E56 大名鼎鼎的Rescue挽救实验,是个什么鬼?

前两天在看朋友发过来的专家反馈意见的时候看到了一条建议:需设计严谨的“挽救

(rescue)”实验,看来大家对挽救实验的理解还是有些模糊的,今天小张就说一说对挽

救实验的一点理解。1

根据挽救的现象,我们把Rescue实验分为表型挽救和机制挽救。表型挽救是说A技

术回复了B技术所造成的表型,比如X基因的过表达回复了X基因的干扰所造成的表型,

这里说的表型比如细胞增殖表型、周期、自噬等等;机制挽救是说A技术回复了B技术所

造成的下游分子表达、活性或者定位,比如X基因的过表达回复了X基因的干扰所造成Y

基因的上调,P通路的激活,或者Z分子的定位。关于机制研究的三种模式,大家可看文

章(策略篇)三分天下:分子机制研究的三种模式。2

根据要解决的问题,我们把Rescue实验分为分为单因素挽救和多因素挽救。

单因素挽救是指围绕单一因素展开的A技术和B技术的回复,X基因的过表达回复了

X基因的干扰所造成的表型和表达调控,就是围绕X基因所展开的表达层次的回复。广义

来说,这里的单因素除了基因外,还可以是信号通路(比如通过对TGF-β通路进行激活和

抑制挽救细胞纤维化的表型)、表型(比如通过促进和抑制细胞自噬研究自噬对肿瘤的影

响)、菌群(比如通过菌群移植挽救菌群缺失造成的IBD) ,甚至是药物。多因素挽救就

复杂一些了,我们以两因素为例,比如为了证明M分子通过调控N分子的表达影响细胞

增殖,就可以通过干预M分子挽救N分子干预所造成的细胞增殖能力变化来证明。多因

素挽救实验是研究分子间调控关系常做的实验之一。黑箱中的“自挽救”和“旁挽救”

我们粗略总结下就是:利用对某个(些)因素的已知干预手段(加法和减法)来研究

某个(些)因素对下游结果的影响。我们在包括单因素和多因素的黑箱中研究因素之间的

“因果报应”,有点像犯罪后判刑,表现好减刑的意思。上面是理论,下面我们举例看

Rescue实验在课题设计中的应用。案例1Effects of SOX2 on Proliferation, Migration

and Adhesion of Human Dental Pulp Stem 2过表达导致DPSC细胞增殖、

侵袭和粘附能力上调,而SOX2 siRNA挽救了上述表型。单因素表型挽救。案例2miR-92b

regulates glioma cells proliferation, migration, invasion, and apoptosis via

PTEN/Akt signaling -92b抑制物(inhibitor)可以抑制胶质瘤细胞的增殖、

迁移、侵袭,并促进细胞凋亡;而miR-92b和靶基因PTEN的双敲实验(double

knockdown)挽救了miR-92b抑制物造成的上述细胞表型。双因素表型挽救。案例

3MicroRNA-663 suppresses cell invasion and migration by targeting transforming

growth factor beta 1 in papillary thyroid carcinoma.在荧光素酶报告基因实验中,

miR-663类似物(mimics)下调了靶基因 TGFβ1野生型3′-UTR的荧光素酶活性,而

TGFβ1的3′-UTR中miR-663结合位点的突变挽救(上调)了荧光素酶活性。双因素机制

(活性)挽救。案例4MiR-221 Promotes Capan-2 Pancreatic Ductal Adenocarcinoma

Cells Proliferation by Targeting -221通过激活PTEN-Akt信号通路促进

胰腺癌细胞增殖,而PTEN-Akt信号通路抑制剂LY294002挽救了miR-221过表达导致

的细胞增殖。双因素表型挽救。

案例5Targeting the Nuclear Import Receptor Kpnβ1 as an Anticancer

Therapeutic.小分子INI-43是癌基因Kpnβ1的抑制剂,Kpnβ1作为核转运受体通过转运

P65等发挥功能。INI-43抑制Kpnβ1功能导致P65核转运受阻,而Kpnβ1的过表达挽

救了P65的核转运。双因素机制(定位)挽救。

好了,挽救实验在文章中的案例就到这里了,我们看基金。在(基金篇)S5E50:基

金评审意见“人话翻译机”一文中,我们说到在基金申请中在方案设计上常遇到问题是研

究太浅,不够深入:而挽救实验就是一个增加机制研究深度的一个解决方案,比如为了说

明分子A通过激活P通路促进肿瘤增殖的时候就可以分为三部分: A对P通路分子和P

通路状态调控;(最浅)A通过与P通路中的P1分子直接作用调控激活P通路;挽救实验:

A过表达 沉默对P通路分子表达、通路激活和增殖表型的影响;P1分子干预(激活、抑

制、干扰、过表达)对A促进肿瘤增殖的影响;P通路干预(抑制剂、激活剂)对A促进

肿瘤增殖的影响;That’s all. Thank you!

2024年5月15日发(作者:律朔)

(策略篇)S5E56 大名鼎鼎的Rescue挽救实验,是个什么鬼?

前两天在看朋友发过来的专家反馈意见的时候看到了一条建议:需设计严谨的“挽救

(rescue)”实验,看来大家对挽救实验的理解还是有些模糊的,今天小张就说一说对挽

救实验的一点理解。1

根据挽救的现象,我们把Rescue实验分为表型挽救和机制挽救。表型挽救是说A技

术回复了B技术所造成的表型,比如X基因的过表达回复了X基因的干扰所造成的表型,

这里说的表型比如细胞增殖表型、周期、自噬等等;机制挽救是说A技术回复了B技术所

造成的下游分子表达、活性或者定位,比如X基因的过表达回复了X基因的干扰所造成Y

基因的上调,P通路的激活,或者Z分子的定位。关于机制研究的三种模式,大家可看文

章(策略篇)三分天下:分子机制研究的三种模式。2

根据要解决的问题,我们把Rescue实验分为分为单因素挽救和多因素挽救。

单因素挽救是指围绕单一因素展开的A技术和B技术的回复,X基因的过表达回复了

X基因的干扰所造成的表型和表达调控,就是围绕X基因所展开的表达层次的回复。广义

来说,这里的单因素除了基因外,还可以是信号通路(比如通过对TGF-β通路进行激活和

抑制挽救细胞纤维化的表型)、表型(比如通过促进和抑制细胞自噬研究自噬对肿瘤的影

响)、菌群(比如通过菌群移植挽救菌群缺失造成的IBD) ,甚至是药物。多因素挽救就

复杂一些了,我们以两因素为例,比如为了证明M分子通过调控N分子的表达影响细胞

增殖,就可以通过干预M分子挽救N分子干预所造成的细胞增殖能力变化来证明。多因

素挽救实验是研究分子间调控关系常做的实验之一。黑箱中的“自挽救”和“旁挽救”

我们粗略总结下就是:利用对某个(些)因素的已知干预手段(加法和减法)来研究

某个(些)因素对下游结果的影响。我们在包括单因素和多因素的黑箱中研究因素之间的

“因果报应”,有点像犯罪后判刑,表现好减刑的意思。上面是理论,下面我们举例看

Rescue实验在课题设计中的应用。案例1Effects of SOX2 on Proliferation, Migration

and Adhesion of Human Dental Pulp Stem 2过表达导致DPSC细胞增殖、

侵袭和粘附能力上调,而SOX2 siRNA挽救了上述表型。单因素表型挽救。案例2miR-92b

regulates glioma cells proliferation, migration, invasion, and apoptosis via

PTEN/Akt signaling -92b抑制物(inhibitor)可以抑制胶质瘤细胞的增殖、

迁移、侵袭,并促进细胞凋亡;而miR-92b和靶基因PTEN的双敲实验(double

knockdown)挽救了miR-92b抑制物造成的上述细胞表型。双因素表型挽救。案例

3MicroRNA-663 suppresses cell invasion and migration by targeting transforming

growth factor beta 1 in papillary thyroid carcinoma.在荧光素酶报告基因实验中,

miR-663类似物(mimics)下调了靶基因 TGFβ1野生型3′-UTR的荧光素酶活性,而

TGFβ1的3′-UTR中miR-663结合位点的突变挽救(上调)了荧光素酶活性。双因素机制

(活性)挽救。案例4MiR-221 Promotes Capan-2 Pancreatic Ductal Adenocarcinoma

Cells Proliferation by Targeting -221通过激活PTEN-Akt信号通路促进

胰腺癌细胞增殖,而PTEN-Akt信号通路抑制剂LY294002挽救了miR-221过表达导致

的细胞增殖。双因素表型挽救。

案例5Targeting the Nuclear Import Receptor Kpnβ1 as an Anticancer

Therapeutic.小分子INI-43是癌基因Kpnβ1的抑制剂,Kpnβ1作为核转运受体通过转运

P65等发挥功能。INI-43抑制Kpnβ1功能导致P65核转运受阻,而Kpnβ1的过表达挽

救了P65的核转运。双因素机制(定位)挽救。

好了,挽救实验在文章中的案例就到这里了,我们看基金。在(基金篇)S5E50:基

金评审意见“人话翻译机”一文中,我们说到在基金申请中在方案设计上常遇到问题是研

究太浅,不够深入:而挽救实验就是一个增加机制研究深度的一个解决方案,比如为了说

明分子A通过激活P通路促进肿瘤增殖的时候就可以分为三部分: A对P通路分子和P

通路状态调控;(最浅)A通过与P通路中的P1分子直接作用调控激活P通路;挽救实验:

A过表达 沉默对P通路分子表达、通路激活和增殖表型的影响;P1分子干预(激活、抑

制、干扰、过表达)对A促进肿瘤增殖的影响;P通路干预(抑制剂、激活剂)对A促进

肿瘤增殖的影响;That’s all. Thank you!

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