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流式常用荧光染料
2024年4月4日发(作者：丑兴腾)
如何选择流式细胞仪测定常用的荧光染料
流式细胞仪测定常用的荧光染料有很多种,我们如何来选择流式细胞仪测定的常用荧光染料呢？
首先要考虑，他们分子结构不同,激发光谱和发射光谱也不同,选择荧光染料时，必须依据流
式细胞仪所配备的激光光源的发射光波长做为重点考虑。
发射光波长，如：氩离子气体激光管,它的发射光波488nm；
氦氖离子气体激光管发射光波长633nm；
488nm激光光源常用的荧光染料有FITC（异硫氰酸荧光素）；
PE（藻红蛋白）
PI（碘化丙啶）
CY5（化青素）
preCP(叶绿素蛋白)
ECD(藻红蛋白-得克萨斯红)等。
激发光和发射光波长，如下：
FITC
PE
PI
ECD
CY5
PreCP
激发光波长（nm）
488
488
488
488
488
488
发射光峰值（nm）
525（绿）
575（橙红）
630（橙红）
610（红）
675（深红）
675（深红）
流式细胞仪中常用的荧光染料光学特征以及需要的激光器
名 称
Ex波长(nm)
Em波长(nm)
备 注
激光器
Hoechst 33342
355
Hoechst 33258
365
DAPI
Indo-1
FITC
R_PE
PE_CY5
PE_CY5.5
PerCP
372
350
490
480
480
480
490
465
465
456
405
520
578
670
695
675
517
613
540
526
501
510
615
640
660
668
667
DNA染色
线粒体标记
标记抗体
488nm
氩
离
细胞内钙离子标记
DNA染色
核酸标记
351nm
紫外激光器
Alexa Fluor 488
494
PE_Texas Red
480
Rhodamine 123
500
Fluo-3
DiOC6(3)
YOYO-1
506
480
490
子
激
细胞内钙离子标记
光
内质网标记
器
Propidium Iodide
530
Acridine Orange
490
APC
650
核酸标记
Alexa Fluor 647
650
CY5
650
标记抗体
633nm
氦氖激光器
流式•细胞仪交流论坛
：
/
ml
荧光染料谱
染料名称
Excitation(nm) Emission(nm)
分子量 备注信息
Reactive and conjugated probes
325 386
33
1
33
0
31
7
59
6
40
6
29
4
24
0 k
NBD-X
Maleimide
Hydrazide
Succinimidyl ester
Succinimidyl ester
Succinimidyl ester Hydroxycoumarin
Aminocoumarin
350 445
Methoxycoumarin
360 410
Cascade Blue
(375);401 423
Pacific Blue
403 455
Pacific Orange
Lucifer yellow
403
425
551
528
NBD
466 539
R-Phycoerythrin (PE)
480;565 578
480;565;6
PE-Cy5 conjugates
50
480;565;7
PE-Cy7 conjugates
43
480;565
490
490,675
670
aka Cychrome, R670, Tri-Color, Quantum
Red
767
Red 613
PerCP
TruRed
613
675
695
PE-Texas Red
Peridinin chlorphyll protein
PerCP-Cy5.5 conjugate
FluorX
494 520
58
7
38
9
44
4
54
8
XRITC
TRITC
FITC; pH sensitive
GE Healthcare
Fluorescein
495 519
BODIPY-FL
503 512
TRITC
547 572
X-Rhodamine
570 576
Lissamine
Rhodamine B
570 590
Texas Red
589 615
62
5
10
4 k
Sulfonyl chloride
Allophycocyanin
(APC)
APC-Cy7 conjugates
650 660
650;755 767
PharRed
Alexa Fluor系列荧光染料
41
0
10
28
70
2
64
3
70
0
71
4
72
4
QY 0.61
QY 0.92
Alexa Fluor 350
343 442
Alexa Fluor 405
401 421
Alexa Fluor 430
434 540
Alexa Fluor 488
499 519
Alexa Fluor 500
503 525
Alexa Fluor 514
517 542
Alexa Fluor 532
530 555
Alexa Fluor 546
561 572
10QY 0.79
79
12
50
79
2
82
0
12
85
12
00
13
00
11
00
11
50
14
00
13
00
17
50
QY 0.33
QY 0.66
QY 0.69
QY 0.1 Alexa Fluor 555
553 568
Alexa Fluor 568
579 603
Alexa Fluor 594
591 618
Alexa Fluor 610
610 629
Alexa Fluor 633
632 648
Alexa Fluor 647
652 668
Alexa Fluor 660
663 691
Alexa Fluor 680
680 702
Alexa Fluor 700
696 719
Alexa Fluor 750
752 776
Alexa Fluor 790
782 804
Cy系列荧光染料
71
4
76
7
65
8
11
02
QY 0.15
QY 0.67
QY 0.15
QY 0.12 Cy2
489 506
Cy3
(512);550 570;(615)
Cy3B
558 572;(620)
Cy3.5
581 594;(640)
Cy5
(625);650 670
79
2
11
28
81
8
QY 0.28
QY 0.23
QY 0.28
Cy5.5
675 694
Cy7
743 767
核酸相关探针染料
61
6
62
4
~4
00
12
71
39
4
~6
00
DNA
DNA
AT-selective
AT-selective Hoechst 33342
343 483
DAPI
345 455
AT-selective
Hoechst 33258
345 478
SYTOX Blue
431 480
Chromomycin A3
Mithramycin
445
445
575
575
CG-selective
YOYO-1
491 509
Ethidium Bromide
493 620
Acridine Orange
503 530/640
DNA/RNA
SYTOX Green
504 523
TOTO-1, TO-PRO-1
509 533
Vital stain, TOTO: Cyanine Dimer
TO-PRO: Cyanine Monomer
Thiazole Orange
510 530
66
8.4
47
2
Propidium Iodide (PI)
536 617
LDS 751
543;590 712;607
DNA (543ex/712em), RNA (590ex/607em)
7-AAD
546 647
~5
00
41
3
7-aminoactinomycin D, CG-selective
SYTOX Orange
547 570
DNA
TOTO-3, TO-PRO-3
642 661
DRAQ5
647 681,697
usable excitation down to 488
细胞功能探针
10
10
85
5
52
9
34
6
2'7'Dichorodihydrofluorescein, oxidized form
AM ester. pH > 6
AM ester. Low/High Ca++, Indo-1
361/330 490/405
Fluo-3
506 526
DCFH
505 535
DHR
505 534
Dihydrorhodamine 123, oxidized form,
light catalyzes oxidation
SNARF
荧光蛋白
Y66H
Y66F
548/579 587/635
pH 6/9
360
360
442
508
QY
0.
18
BR
0.
27
2
0
1
5
2
6
0.2
7
PS
EBFP
380 440
monomer
EBFP2
383 448
monomer
Azurite
383 447
monomer
GFPuv
385 508
0.
60
2
5
3
6
weak dimer
weak dimer T-Sapphire
399 511
Cerulean
433 475
62
mCFP
433 475
0.
40
0.
15
0.
51
0.
24
8
3
1
4
6
monomer
ECFP
434 477 3
CyPet
435 477
1
9
5
weak dimer
Y66W
436 485
mKeima-Red
440 620 3
monomer
TagCFP
458 480
2
9
2
9
5
4
2
5
dimer
AmCyan1
458 489
0.
75
tetramer
mTFP1
462 492
dimer
S65A
471 504
0.
9
0.
77
Midoriishi Cyan
472 495
dimer
Wild Type GFP
396,475 508
26
k
26
k 53
S65C
479 507
0.
7
3
TurboGFP
482 502
dimer
TagGFP
482 505
3
4
3
9 69
3
4 74
monomer
S65L
484 510
0.
68
0.
60
0.
weak dimer;
(Invitrogen)
1
weak dimer
Emerald
487 509
S65T
488 511
26
k
EGFP
488 507
Azami Green
492 505
0.
74
0.
91 0
1
4
monomer
ZsGreen1
493 505
10
5k
4
tetramer
TagYFP
508 524
4
7
5
1
5
7
5
3 5
5
9 9
8
0 9
1.
65
0
monomer
EYFP
514 527
26
k 61
0.6
weak dimer
Topaz
514 527
monomer
Venus
515 528
0.
57
0.
76
0.
77
0.
53
0.
65
0.
60
0.
69
0.
60
0.
67
0.
69 5
2
1
9
1
3
1
weak dimer
mCitrine
516 529
4
monomer
YPet
517 530
4
weak dimer
TurboYFP
525 538
26
k
dimer
ZsYellow1
529 539
1
tetramer
Kusabira Orange
548 559
3
monomer
mOrange
548 562
4
9
monomer
mKO
548 559
3
22
6
1
monomer
TurboRFP
553 574
26
k
dimer
tdTomato
554 581
9
8
5
0
9
tandem dimer
TagRFP
555 584
monomer
DsRed monomer
556 586
~2
8k
~1
10k 55
1
0.
5
0.
4
0.
29
0.
35 6
0.
21 3
0.
25
0.
20
0.
22
0.
03 6
6
8
6
3.
6
2
1
monomer
DsRed2 ("RFP")
563 582
mStrawberry
574 596
2
5
2
1
monomer
TurboFP602
574 602
26
k
~1
10k
~3
0k
dimer
AsRed2
576 592
1
tetramer
mRFP1
584 607
monomer
J-Red
584 610
8.
3
1
6
0.
1
dimer
mCherry
587 610
9
monomer
HcRed1
588 618
~5
2k
dimer
Katusha
588 635
2
3
1
5
2
2
dimer
mKate (TagFP635)
588 635
monomer
TurboFP635
588 635
26
k 34
0.
dimer
mPlum
590 649
0.
10 1
4.
3
5
monomer;
mRaspberry
598 625
0.
15 3
1
faster
photobleach
than mPlum
其他探针
380 461
22
6
Glutathione probe Monochlorobimane
Calcein
496 517
62
3
pH > 5
2024年4月4日发(作者：丑兴腾)
如何选择流式细胞仪测定常用的荧光染料
流式细胞仪测定常用的荧光染料有很多种,我们如何来选择流式细胞仪测定的常用荧光染料呢？
首先要考虑，他们分子结构不同,激发光谱和发射光谱也不同,选择荧光染料时，必须依据流
式细胞仪所配备的激光光源的发射光波长做为重点考虑。
发射光波长，如：氩离子气体激光管,它的发射光波488nm；
氦氖离子气体激光管发射光波长633nm；
488nm激光光源常用的荧光染料有FITC（异硫氰酸荧光素）；
PE（藻红蛋白）
PI（碘化丙啶）
CY5（化青素）
preCP(叶绿素蛋白)
ECD(藻红蛋白-得克萨斯红)等。
激发光和发射光波长，如下：
FITC
PE
PI
ECD
CY5
PreCP
激发光波长（nm）
488
488
488
488
488
488
发射光峰值（nm）
525（绿）
575（橙红）
630（橙红）
610（红）
675（深红）
675（深红）
流式细胞仪中常用的荧光染料光学特征以及需要的激光器
名 称
Ex波长(nm)
Em波长(nm)
备 注
激光器
Hoechst 33342
355
Hoechst 33258
365
DAPI
Indo-1
FITC
R_PE
PE_CY5
PE_CY5.5
PerCP
372
350
490
480
480
480
490
465
465
456
405
520
578
670
695
675
517
613
540
526
501
510
615
640
660
668
667
DNA染色
线粒体标记
标记抗体
488nm
氩
离
细胞内钙离子标记
DNA染色
核酸标记
351nm
紫外激光器
Alexa Fluor 488
494
PE_Texas Red
480
Rhodamine 123
500
Fluo-3
DiOC6(3)
YOYO-1
506
480
490
子
激
细胞内钙离子标记
光
内质网标记
器
Propidium Iodide
530
Acridine Orange
490
APC
650
核酸标记
Alexa Fluor 647
650
CY5
650
标记抗体
633nm
氦氖激光器
流式•细胞仪交流论坛
：
/
ml
荧光染料谱
染料名称
Excitation(nm) Emission(nm)
分子量 备注信息
Reactive and conjugated probes
325 386
33
1
33
0
31
7
59
6
40
6
29
4
24
0 k
NBD-X
Maleimide
Hydrazide
Succinimidyl ester
Succinimidyl ester
Succinimidyl ester Hydroxycoumarin
Aminocoumarin
350 445
Methoxycoumarin
360 410
Cascade Blue
(375);401 423
Pacific Blue
403 455
Pacific Orange
Lucifer yellow
403
425
551
528
NBD
466 539
R-Phycoerythrin (PE)
480;565 578
480;565;6
PE-Cy5 conjugates
50
480;565;7
PE-Cy7 conjugates
43
480;565
490
490,675
670
aka Cychrome, R670, Tri-Color, Quantum
Red
767
Red 613
PerCP
TruRed
613
675
695
PE-Texas Red
Peridinin chlorphyll protein
PerCP-Cy5.5 conjugate
FluorX
494 520
58
7
38
9
44
4
54
8
XRITC
TRITC
FITC; pH sensitive
GE Healthcare
Fluorescein
495 519
BODIPY-FL
503 512
TRITC
547 572
X-Rhodamine
570 576
Lissamine
Rhodamine B
570 590
Texas Red
589 615
62
5
10
4 k
Sulfonyl chloride
Allophycocyanin
(APC)
APC-Cy7 conjugates
650 660
650;755 767
PharRed
Alexa Fluor系列荧光染料
41
0
10
28
70
2
64
3
70
0
71
4
72
4
QY 0.61
QY 0.92
Alexa Fluor 350
343 442
Alexa Fluor 405
401 421
Alexa Fluor 430
434 540
Alexa Fluor 488
499 519
Alexa Fluor 500
503 525
Alexa Fluor 514
517 542
Alexa Fluor 532
530 555
Alexa Fluor 546
561 572
10QY 0.79
79
12
50
79
2
82
0
12
85
12
00
13
00
11
00
11
50
14
00
13
00
17
50
QY 0.33
QY 0.66
QY 0.69
QY 0.1 Alexa Fluor 555
553 568
Alexa Fluor 568
579 603
Alexa Fluor 594
591 618
Alexa Fluor 610
610 629
Alexa Fluor 633
632 648
Alexa Fluor 647
652 668
Alexa Fluor 660
663 691
Alexa Fluor 680
680 702
Alexa Fluor 700
696 719
Alexa Fluor 750
752 776
Alexa Fluor 790
782 804
Cy系列荧光染料
71
4
76
7
65
8
11
02
QY 0.15
QY 0.67
QY 0.15
QY 0.12 Cy2
489 506
Cy3
(512);550 570;(615)
Cy3B
558 572;(620)
Cy3.5
581 594;(640)
Cy5
(625);650 670
79
2
11
28
81
8
QY 0.28
QY 0.23
QY 0.28
Cy5.5
675 694
Cy7
743 767
核酸相关探针染料
61
6
62
4
~4
00
12
71
39
4
~6
00
DNA
DNA
AT-selective
AT-selective Hoechst 33342
343 483
DAPI
345 455
AT-selective
Hoechst 33258
345 478
SYTOX Blue
431 480
Chromomycin A3
Mithramycin
445
445
575
575
CG-selective
YOYO-1
491 509
Ethidium Bromide
493 620
Acridine Orange
503 530/640
DNA/RNA
SYTOX Green
504 523
TOTO-1, TO-PRO-1
509 533
Vital stain, TOTO: Cyanine Dimer
TO-PRO: Cyanine Monomer
Thiazole Orange
510 530
66
8.4
47
2
Propidium Iodide (PI)
536 617
LDS 751
543;590 712;607
DNA (543ex/712em), RNA (590ex/607em)
7-AAD
546 647
~5
00
41
3
7-aminoactinomycin D, CG-selective
SYTOX Orange
547 570
DNA
TOTO-3, TO-PRO-3
642 661
DRAQ5
647 681,697
usable excitation down to 488
细胞功能探针
10
10
85
5
52
9
34
6
2'7'Dichorodihydrofluorescein, oxidized form
AM ester. pH > 6
AM ester. Low/High Ca++, Indo-1
361/330 490/405
Fluo-3
506 526
DCFH
505 535
DHR
505 534
Dihydrorhodamine 123, oxidized form,
light catalyzes oxidation
SNARF
荧光蛋白
Y66H
Y66F
548/579 587/635
pH 6/9
360
360
442
508
QY
0.
18
BR
0.
27
2
0
1
5
2
6
0.2
7
PS
EBFP
380 440
monomer
EBFP2
383 448
monomer
Azurite
383 447
monomer
GFPuv
385 508
0.
60
2
5
3
6
weak dimer
weak dimer T-Sapphire
399 511
Cerulean
433 475
62
mCFP
433 475
0.
40
0.
15
0.
51
0.
24
8
3
1
4
6
monomer
ECFP
434 477 3
CyPet
435 477
1
9
5
weak dimer
Y66W
436 485
mKeima-Red
440 620 3
monomer
TagCFP
458 480
2
9
2
9
5
4
2
5
dimer
AmCyan1
458 489
0.
75
tetramer
mTFP1
462 492
dimer
S65A
471 504
0.
9
0.
77
Midoriishi Cyan
472 495
dimer
Wild Type GFP
396,475 508
26
k
26
k 53
S65C
479 507
0.
7
3
TurboGFP
482 502
dimer
TagGFP
482 505
3
4
3
9 69
3
4 74
monomer
S65L
484 510
0.
68
0.
60
0.
weak dimer;
(Invitrogen)
1
weak dimer
Emerald
487 509
S65T
488 511
26
k
EGFP
488 507
Azami Green
492 505
0.
74
0.
91 0
1
4
monomer
ZsGreen1
493 505
10
5k
4
tetramer
TagYFP
508 524
4
7
5
1
5
7
5
3 5
5
9 9
8
0 9
1.
65
0
monomer
EYFP
514 527
26
k 61
0.6
weak dimer
Topaz
514 527
monomer
Venus
515 528
0.
57
0.
76
0.
77
0.
53
0.
65
0.
60
0.
69
0.
60
0.
67
0.
69 5
2
1
9
1
3
1
weak dimer
mCitrine
516 529
4
monomer
YPet
517 530
4
weak dimer
TurboYFP
525 538
26
k
dimer
ZsYellow1
529 539
1
tetramer
Kusabira Orange
548 559
3
monomer
mOrange
548 562
4
9
monomer
mKO
548 559
3
22
6
1
monomer
TurboRFP
553 574
26
k
dimer
tdTomato
554 581
9
8
5
0
9
tandem dimer
TagRFP
555 584
monomer
DsRed monomer
556 586
~2
8k
~1
10k 55
1
0.
5
0.
4
0.
29
0.
35 6
0.
21 3
0.
25
0.
20
0.
22
0.
03 6
6
8
6
3.
6
2
1
monomer
DsRed2 ("RFP")
563 582
mStrawberry
574 596
2
5
2
1
monomer
TurboFP602
574 602
26
k
~1
10k
~3
0k
dimer
AsRed2
576 592
1
tetramer
mRFP1
584 607
monomer
J-Red
584 610
8.
3
1
6
0.
1
dimer
mCherry
587 610
9
monomer
HcRed1
588 618
~5
2k
dimer
Katusha
588 635
2
3
1
5
2
2
dimer
mKate (TagFP635)
588 635
monomer
TurboFP635
588 635
26
k 34
0.
dimer
mPlum
590 649
0.
10 1
4.
3
5
monomer;
mRaspberry
598 625
0.
15 3
1
faster
photobleach
than mPlum
其他探针
380 461
22
6
Glutathione probe Monochlorobimane
Calcein
496 517
62
3
pH > 5