2024年5月27日发(作者：督光启)
小木虫-Diamond-软件问题集锦
小木虫 Diamond 软件问题集锦
1. Diamond出图时怎么设置dpi数目
我在使用Diamond出图时分辨率并不算小,可是编辑说我的图只有 96dpi,但杂志要
求 至少 600dpi,请问我该怎么设置? 答: 在/对话框的Targets中选择
Bitmap,然后就可以自己输入需要的分辨 率了.要保存为位图格式才可以.如果是JPG格式,
还是 96dpi. 答: 呵呵,发现在 tools 下拉菜单的 option 里.
2. Diamond椭球图阴影画图 如图中所示,怎么画出每个椭球中的阴影部分?我用的是
3.1d版本.
答 : 这 个 是 在 diamond 中 的 ' 原 子 设 置 中 ' 中 选 的 , 具 体 如 下 : picture---
----atoms design-------style and colors-------style 中选择 octant 即可.
3.怎样建立氢键 我这儿有一个 cif 文件,一个 tab 文件和两个已经用 diamond 作好
的图,但不知道这两 个图是怎么画出来的,想知道作图过程,请 diamond 高手用 word 或
pdf 写出作图过程.
答:没什么技术含量的吧,堆积一下,删掉多余的原子,创建氢键就好.
4.怎样建立单个分子
diamond 一打开 cif,就是堆积图,怎么才能显示一个分子.
答:好像最新的更新包已经改过这个 bug 了.但是因为没有对应的破解程序,所以俺还
是用以前的 3.0,经常遇到这个问题.如果你的分子间没有作用,即:没有乱七八糟的 键连在一
起,选中一个原子,然后,ctrol+M, 选中一个分子,然后,反选,即选中除该 分子之外的所有分子,
然后一键 delete, 就 ok 了.如果分子连成片,就删吧. 对于非中心分子,即含反离子的分子结
构要小心,不要把反离子漏掉了.当然,如果不 用画就没问题了.以上拙见,仅供参考.
答:diamond 打开 cif 时选"建立单个分子",然后点完成,不要点下一步. 请教diamond画
C60 遇到的问题 (1)我这个 C60 在画多面体的时候,中间 inset 的 atom 的半径 在每个面
上都要自己 一个一个去设定 radium,有没有同类原子半径一起设置的?里面没有找到. (2)
当我把中间的 dummy 原子(就是为了画多面体的时候新加入的)的半径设为 0 后,如果想
改 C60 的每个面的颜色的画,这个怎么改的? (3)最后问一下,我保存的图片中背景
的 diamond demonstrator 如何去掉. 另献上我第一幅 diamond 图,如下. 6. 7. 答:1. 可
以在 atom 设置里找到假原子直接设置 2. 以假原子为中心画多面体 3. 你用的 应该是未
破解版本. diamond中如何在螺旋链中插入一根棒 diamond 中如何在螺旋链中插入一
根棒,以及如何看结构是单螺旋还是双螺旋结构,如 何画出单,双螺旋结构? 答:插入几个哑原
子,然后连键,进行一些设置就可以了.前段时间有人传了一些 Diamond 的说明,其中有一
个文件就是详细说明这个棒怎么画的. 找到了这个文件,感谢原作者 Crystalsnet,我把它上
传到纳米盘,你自己下载下来看看 就知道怎么做了. 答:在孔道两侧虚拟两个原子,然后在这
两个原子间成建,设置一下键参数就可以了! 答:具体说,选择两端的几个院子,再找这几个的
中心位置,分别 insert atoms , 再 连 接心连接, insert bond, 在按你的意思 edit the
bond. 如何去掉 M-C,M-H 连接 打开一个晶体数据后,在 connectivity 中把 M-C,M-H 去
掉后.再点 complete fragments 第 3 页 共 13 页
小木虫 Diamond 软件问题集锦 8. 9. 10. 11. 12. 13. 后,这些 M-C,M-H 又连上了,求助高
手. 答:点下 connect now 再确定试试. diamond里面如何定义元素化合价 怎么样定义元
素的化合价,然后使半径比例随之改变??默认设置好像都是原子半径. 答:问题解决了,在
atomic parameter 里面. diamond画配位环境时到一定程度原子就长不出来了,是怎么
回事 今天用 diamond 画配位环境时画到一定程度(配位环境没画完)原子就长不出来了,
不 知是怎么回事?请高手指点,谢谢! 答:试试在"Type of sphere"中把 Rmax 值设大一些.
答:或者试试用小太阳符号"Fill coordination directly". 修改 Diamond 的默认单胞数 我
不知道动了什么参数让 Diamond的默认单胞数为 2 了,也就是说每次一打开就是两 个单
胞里的不对称结构单元,在哪改回去吖? 答:菜单栏的 picture-->guidance-->picture
creation assistant-->destroy all atoms, bonds 项 选勾,下一步-->在 fill cell range
with 项里选择需要的单胞数,按完成.OK!每次用 diamond 打开 cif 文件时,在引导项中注
意选择单胞数,就可以控制显示的单胞数了. 在 diamond 里怎么让所有一定键长的原子连
起来呢 如题.我怎么选 connectivity,设上 DMAX,按 OK,不管用呢? 答:我这么做也不管用,
后来就在读入 cif 之后先不生成图,先在 connectivity 里设定要 的健长范围就可以了. 答:
那是没有设上,该了之后要再点一下需设原子才行. 答:管用的,应该是你操作有问题. 怎么取
消透视图 我用的是 3.0 读完 cif 之后出现的直接是透视图,怎么取消啊? 答:应该是用
Representation Settings. 答:用 central projection 命令! 绘制黄色和蓝色矩形 请高手帮
忙看一下图中的黄色和蓝色矩形区域如何画?通过原子建立平面时, 所得的矩 形太大,不知
道如何调整到所要的大小. 答: 好像Diamond 里没法加这样的矩形框, 这个图好像中的矩
形框应该是在其它软件中 加的,或者不是用 Diamond 绘制的,比如,可以在 Word 里加矩
形框,然后设置透明度 或许可以. 答:在 Diamond 里加平面是很大,因为平面是无限延伸的,
像这种有限的平面实际是些 多面体,通过共面的点建立的,像拓扑图里经常出现一些表示两
个面夹角的情况,就是 这么做出来的,你可以尝试一下. 答:不错,用加多面体的方法,借助哑原
子可以做的. 第 4 页 共 13 页
小木虫 Diamond 软件问题集锦 14. Diamond 结构图寻求完美的颜色对比 见识一下各
位高手所作的 MS 或 Diamond 做晶体的结构图,主要想参照一下颜色搭配! 答:在
polyhedra designs 和 atom designs 里面改成你想要的颜色就行了呀. 第 5 页 共 13 页
小木虫 Diamond 软件问题集锦 15. 如何去掉 Diamond 中画的图Diamond 背景字样
求助Diamond 中画的图copy到word中总有Diamond 背景字样,如何去掉呀? 答:你
用的那个版本没有破解. 16. 溶剂水没加氢如何画氢键 我最近想画个氢键堆积图, 可是溶剂
水没加氢, diamond 画时溶剂水和羧酸氧上的氢 用 键显示不出来,求助高手我应该怎么办
啊? 答:先加上氢了,或者你把所有的氢都删掉,直接把 O-O 之间用虚线连起来就可以了. 答:
不加 H 直接连接 O..O 键容易被审稿人质疑的.最好还是想办法加加 H. . 答:给溶剂水加氢,
先要从残余峰里面找到和氧的距离比较合适的,然后再去固定住一 般就可以的. 答:我都是
参照文献的氢键数值,直接在 Diamond 里设定 D...A 距离然后连接. 实在想做的完美,可以
在解析结构时,使用 envi X 2,找出原子 X 周围较为合理的 H, 然后将其固定, 后者先
在 Diamond 里找出形成氢键 D...A 的原子对, 然后在解析结构时 在这两个原子之间加入
Dummy,并将 Dummy 定义为 H,然后对 H 进行固定,这样可能就 合适了. 答:具体的情况
很复杂,加 H 的技巧很多,实在一言难尽. 17. diamond 中怎么画堆积图 diamond中怎么
画堆积图啊?有机配体要怎么删除啊? 答:啥样的堆积图?把原子半径改大一点不行吗? 答:估
计是你填充单胞不够. 18. 原子坐标 图中的错误是怎么回事?怎样避免?谢谢. 答: 你那个弹
出的错误提示正好把后面的挡住了, 不能移开一点再贴上来吗?只能帮你 猜谜了,估计是原
子坐标没给,因为其它地方不会提示这个错误的. 答:他好像不是从文件读入的结构信息,而
是自己手动输入的,一般绘图软件都可以手 动输入的. 19. 如想构造多面体 请问如想构造多
面体,中心原子有两个如 CeVO4,中心原子为 Ce 和 V 以配位原子为 第 6 页 共 13 页
小木虫Diamond 软件问题集锦 O 来构造两套多面体用什么办法? 答:先选中中心原子,然
后在 object 里选 polyhedra,然后选 ligand 做边,如此重复 两次就能得到两个多面体. 答:
一般 XP 都是画配位环境图,基本上所有的图都能用 Diamond 做. 答:CeVO4 多面体骨架
图: 20. 怎样美化 diamond 图 实在没办法,自己对照着说明第一次画图,是 LiYF4 晶体. 白
钨矿型四方晶系,空间点群 C6 4h-I4 1/a,晶胞参数 a=5.167,c=10.794 我自己画得不知道
是什么,求哪位帮帮忙啊. 第7 页 共 13 页
小木虫 Diamond 软件问题集锦 21. 22. 23. 24. 25. 26. 答:原子比例不太合适,原子小些
棍粗些会比较美观;还有坐标上的箭头最好去掉然后 把 abc 字体改大点,不然这样的图放到
文章上字会看不清楚. 画拓扑重在选择节点,看你选择什么作为结构单元,如果是选某种原子
那很方便,在 diamond 菜单中改变这种原子之间的默认键长; 如果选择的是两个原子的中
心或者多个 原子的中心,那就需要在 shelx 程序中添加原子(cent/x 命令) ,然后再
在 diamond 中 改变默认键长.首先自己要了解清楚你的结构,然后选择合适的节点,有的时
候从不同 角度理解结构,可能会选择不同的节点. 答:画拓扑的话,做好用一下 olex,可以自动
简化节点. diamond保存图片时可以设置分辨率吗 用 diamond 画图,保存图片选择 tif
格式直接保存后,像素很低,感觉不清楚.diamond 里可以设置,像素,分辨率,再保存吗? 答:
当然可以.在 layout 里设置一下,600 最好. 答:一般 300 就可以了. 答: "当然可以.在
layout 里设置一下,600 最好. "这个好象是对 bmp 起作用. 关于diamond中氢键粗线设
置问题 如题,在 diamond 中,由 build-create h-bond 产生的氢键为较细的虚线,如何把
氢键设 置得粗一点 我试了一下, 如果在 picture-bond design 设置粗细, 则氢键也会变成
实线, 与其他的化学键分不开.麻烦大家指导如何把氢键设粗又还是保持虚线的形式? 答:首
先进入 edit,选 edit bonds,然后选中你要设置的氢键类型,比如NO键,选中 design, 通过
调节radius可以调节键的粗细, 然后在fragmenta tion里输入大于1的数字线就成虚线
了,我一般选4,你可以自己调节. 答:你可以全选键然后加粗,点应用,不点确定. 控制晶体的层
状结构数目 Diamond 画单晶的结构图,把 CIF 文件导入后,用 grow 命令的话,晶体的层状
结构会 一下长很多层,用什么命令才能实现我让它长两层就长两层?我想让它长三层就长三
层? 答:用对称操作一个一个加,对称操作码在 platon 里面. 答; structure/fill/cell range
里面可以控制大小. 使用 diamond 生成氢键 在使用 diamond 画图时, craete H-bonds
总是不成功, 没有氢键产生; 实际上存在氢键, 有哪位虫友也遇到过类似问题,帮小弟一把!
答:你设置供体和受体之间的距离了吗?先设置好氢键的距离. 答:必须有氢,否则无法 craete
H-bonds. Diamond里面如何选择一个分子 请问在 Diamond 里面有没有简单的方法直
接选择一个分子?(除了 destroy 的时候选中 分子中的一个原子就可以删除全部之外) 就像
xp 里面的 uniq 命令那样,谢谢. 答:右键有一个"select molecule" . 如何用 diamond 画
C-H……pai 和 pai……pai 堆积 如何用 diamond 画 C-H……pai 和 pai……pai 堆积,请多
指教. 答:用假原子,可以完成. 答: picture 中的 bond designs, 用 出现复选框, Atom
groups 中选择对象, style 在 在 and colors 中有一个 fragmetation 选项,在它的旁边有
一个可供选择的小箭头,按向 上的箭头,选择你想要的虚线度,数字越大,虚线的长度越小. 先
选定原子,在 Diamond(一般是左下角)的 picture 工具栏里有一个图标,中间是个 第 8 页
共 13 页
小木虫 Diamond 软件问题集锦 27. 28. 29. 30. 31. 棕黄色的小圆球,外面有一圈虚线,按
一下那个图标试试看,应该可以. 或者在 build 中的 fix spere 即可. 或者 click built---fill--
--Rectangular---Area. 怎么插入假原子 请教 DIAMOND 里,怎么在两原子中心插入一个
假原子.谢谢! 答:选定两个原子 insert 就好啦,呵呵. 如何看两个原子间的距离 请问
用 DIAMOND 画图时,如何看两个原子间的距离.期待高手指点. 答:在 build 功能里,连及
INSERT--bond 两个原子,右键点击即可察看. 答:tool -----measure distance,然后在分别
点击你所测的两个原子,将鼠标放到一 个原子上就会出现距离. 怎样在diamond里测面与
面之间的距离 想通过测面面之间的距离来说明 π-π 堆积,可是在 diamond 里面怎样测啊?
答:Diamond 的帮助文件里都有详细说明,自己查一下.平行平面之间的距离实际上就 是点
到面的距离.Diamond 可以非常方便的测出,用 Tools/Measure Planes etc 命令. 答:先选
中一个平面中所需原子, Objects->planes-> creat plane from atoms;同样 建立第二个
平面.;tools->calculate->distance from d里面原子符号的上标怎么弄
想标原子名称,而且有对称符号,如i, ii, iii之类的,请问在Diamond里面怎么把他们弄 成
上标啊?谢谢! 答:可 object--->text 然后打 i, 加入后移动到某原子那, 比如 Cd1i (i 为上
标). 答:要标某原子, 点到那原子, right click, add--->label. 答:画完图后在 photoshop
中处理就行. 答:点右键 add: atom label;点右键 edit atom label 中 content 的下拉菜单,
找到 (individual type) ;然后在下面 ndividual 对话中输入你要表达的内容,点 OK 就行 了.
答:我一般在微软的画图工具中进行标记. 如何用diamond画纳米空心管 最近看到了一篇
关于纳米管的文献, 很好奇里面的空心管是如何画出来的, 我用diamond 画出了那种圆柱
管,但不知道怎样把它弄成空心的,因此在这里请教一下高手了. 答:可以参考,photoshop 画
空心圆 第 9 页 共 13 页
小木虫 Diamond 软件问题集锦 32. 33. 34. 35. 36. 用椭圆选择工具画圆,然后"描边" ,选
择好描边的宽度,颜色,位置就可以了.其中, 描边的位置有居内,居中,局外三种,我们把描边宽
度设的宽点就可以清楚的看到这三 种位置有什么区别. 但是描边的宽度大到一定像素(比如
30)就不圆了.这时候的方法是,新建图层上做 圆形选区,填充一个颜色,然后变换选区,删掉多
余的. 具体做法:Alt+Delete 填充前景色——右键"变换选区"——Shift+Alt+鼠标拖动角
部控制块,以中心为固定点等比缩小合适大小——按下 Enter 键确定——按下 Delete 键
删除移动后的选区内容. 变换选区也可以通过按键"Alt+s+t" (Alt+s 是键盘打开"选择"菜
单的方式,T是选 择菜单下的"变换选区" )实现. 如果使用快捷键"Ctrl+T" ,这是"自由变换"
快捷键.它是对被选中的对象进行变换, 不针对选区自身. 如果使用"Ctrl+Alt+T" ,则是对选
中对象的复制并进行自由变换.这个当它出现和变 换选区一样的手柄框时, 可以用鼠标拖动
来看到是复制了一个出来了, 而且是对复制的 对象进行变换,也不是对该选区进行变换. 怎
样去掉不合理的键 有些键是不合理的键连,怎样才能去掉这些键? 答:build---
>connectivity 可以改吧. 答:如果你要删除的是一类键,可以在右侧下拉框找到 table of
bond group,上面会 有键的列表,找到你要删的一类键,右键 select by group,发现图片上
所有的这类键 的会被选中.然后再图片上对准选中的其中一个键,右键选删除便可. 答:在
buil——connectivity 里,上面是键的类型,下面的框是键长,在上面把你不 想要的键的类型
前面的框里的对勾去掉,下面的键长可以输入你认为合适的范围. 怎样在grow的时候添加
上非键的原子 我在用diamond 的时候,在使用grow 的时候不知道为什么非键的原子未
被增加,请问 这个问题怎么解决啊? 答:grow 只会将已经存在的并且成键的原子向外延伸,
非键的原子当然就不会增加了. 如果要非键原子一同产生的话可以用 fill 功能.diamond
画图如何只长几个分子 我用diamond画图,是多核的配合物,我想只长出几个分子,怎样可
以实现呢,如果把 一个晶胞都填充了再删好像很麻烦啊. 答:用 GET MOLECULES 命令就可
以做到. 答:你的如果不是多核应该很好画的,选中任意一个原子,按住 ctrl+alt+S 就可以长
出该原子附件的所有原子,叙述不大清楚,楼主试试就可以吧. 答:选中一原子--build---
fixed spheres--设置数值. 如何改变背景颜色 背景色是黑色怎么变成白色啊? 答:在
picture-layout-background 里,也可以刚进去软件时设置. 用diamond输出黑白图 因
为投稿彩图收费的问题,所以我打算用黑白图画晶体,可是我只会画彩图,不知道怎 么弄成黑
白的,请高手指点,不胜感激! 答:这个问题很好解决.你将 Diamond 图片贴到 Word 里后,
在设置对象格式里将图片 颜色设为灰度就可以了. 答:你也可以在用 Diamond 绘图时就
把它绘成灰白的,因为原子的颜色等在 Diamond 第 10 页 共 13 页
小木虫Diamond 软件问题集锦 里是可以调整的. 37. 用diamond计算MOF微孔 得到
一个MOF,但不知道怎么算孔有多大? 答:孔隙率还是孔直径?孔隙率的话用 PLATON 算,孔
直径的话就直接量距离再减范德 华半径. d的legend问题 在diamond中如
何把右下角legend中图中没有的原子隐藏起来 而只显示图中有的原子. 答:这个没法隐藏
的,不过你可以在 Structure/Atomic Parameters 对话框里将你不需 要的原子删除, 然后
再绘图就可以了. 还有一个办法就是做好图后在 Build/Atom Groups 对话框中将你计划
要隐藏的原子 Assign 给其它原子就可以了. 答:可以隐藏,在编辑 legend 里面最下面的
Select 里,将需要隐藏的原子勾掉就可以 了. 答:把鼠标放在 legend 上面.点右键,弹出对话
框,在 display 前的筐子里的钩子去 掉即可. 第 11 页 共 13 页
小木虫 Diamond 软件问题集锦 39. 请问怎样在diamond里面看配位数 我的理解是这
样的,把某目标原子的配位多面体做出来,查顶点个数就行了.但是在 diamond 里面,做配位
多面体的自由度很大,我可以设定配位多面体顶点与目标原子的最 大距离,这样一来配位多
面体就很主观了,我不知道这个问题怎么办? 答:你应该现在 Build/Connectivity 调整键长,
然后再做多面体就可以了. 答:这就要依据你的金属原子和配位原子之间的键长了,一般的金
属(如主族金属,过 渡金属,稀土金属)与常见的配位原子(O 和 N)之间的键长都不超过 3.0.
有的文章 即使报道超过 3.0 的也不称之为键长, 而是叫做弱作用. 这种弱作用也可以参与
多面体 的形成.个人意见,仅供参考. 40. Diamond 3 里面如何画示意箭头 Diamond 3 里
面如何画示意箭头 答:我都是先画好图再在 PPT 里加的. 答:画好后,转为 .tif 文件后用画图
软件添加. 41. Diamond 中晶胞的白线如何去除 Diamond 中晶胞的白线如何去除
答:Build/Destroy/All Cell Edges. 答:可以在快截菜单栏点那个 X,然后选择 cell edge. 42.
求助-如何在diamond中画π相互作用图 急求助高手指点,如何在diamond中画
π相互作用图啊,非常感谢! 答: 你先找到芳香环的中心并给出一个 dummy,然后连接
H 与 dummy, 再把 dummy 设置为 invisible 就行了. 43. diamond和XP画图及处理图
片问题 用diamond和Xp画图画完图后,大家用什么方法处理成符合发表要求的图片的?
我们是 画完图后存成.bmp格式(diamond 画图时) ,然后用HyperSnap-DX 5(一种截图
软件) 将图片截出来,再直接复制到word文档中,可是这样处理的图像虽然看起来很清楚,
但是打印出来的图像质量很不好(虚) ,请教一下高手,怎么处理才能使打印出来的图 像不虚?
答:diamond可以调分辨率的 同时我们一般保存为tif 不要bmp 不知道别人如何. 答:直
接在 pdf 中截图贴进 word 也可以啊.要看杂志的,有的杂志要求你提供 pdf, 有的是
ps,tif,bmp 等不同的. 44. diamond 里面的坐标 我 的 diamond 里 面 的 坐 标 看 不 见
了 , 我 设 置 好 的 为 什 么 看 不 见 呢 , objects—— coordination system,但是还是看
不见无论是在边上还是在中心,都看不见,郁闷. 答:在 objects-coordination system 里面
将 X, Y 的值改一下,可能会找到. 第 12 页 共 13 页
小木虫Diamond 软件问题集锦 45. 讨论一下Diamond ,XP以及Mercury中哪一个画
出的图是真实的 Diamond ,XP以及Mercury中哪一个画出的图是真实的,这个不太明白
啊.大家来讨论一 下吧!例如我的一个晶体数据用XP画时,显示高氯酸根中的氧原子与Cu
之间有虚线 连接(即弱的相互作用) ,而用Mercury看时高氯酸根中的氧原子与Cu则是之
间连接了 起来,当用Diamond 画时单核的Cu则由高氯酸根中的氧原子连接成了一维的
链,到 底以哪一为准啊? 答:看一下距离吧~和经典键长对比下 个人觉得以 xp 为准. 答: 主
要是设置的键长不同画出来的结构就不同 看一下 Cu 与 O 之间的距离再与经典键 长比较
看是否成键. 答:diamond 的键长也是设置的,在编辑(edit)中就可以随意设置,你所说的问
题是 diamond 默认的. 第 13 页 共 13 页
2024年5月27日发(作者：督光启)
小木虫-Diamond-软件问题集锦
小木虫 Diamond 软件问题集锦
1. Diamond出图时怎么设置dpi数目
我在使用Diamond出图时分辨率并不算小,可是编辑说我的图只有 96dpi,但杂志要
求 至少 600dpi,请问我该怎么设置? 答: 在/对话框的Targets中选择
Bitmap,然后就可以自己输入需要的分辨 率了.要保存为位图格式才可以.如果是JPG格式,
还是 96dpi. 答: 呵呵,发现在 tools 下拉菜单的 option 里.
2. Diamond椭球图阴影画图 如图中所示,怎么画出每个椭球中的阴影部分?我用的是
3.1d版本.
答 : 这 个 是 在 diamond 中 的 ' 原 子 设 置 中 ' 中 选 的 , 具 体 如 下 : picture---
----atoms design-------style and colors-------style 中选择 octant 即可.
3.怎样建立氢键 我这儿有一个 cif 文件,一个 tab 文件和两个已经用 diamond 作好
的图,但不知道这两 个图是怎么画出来的,想知道作图过程,请 diamond 高手用 word 或
pdf 写出作图过程.
答:没什么技术含量的吧,堆积一下,删掉多余的原子,创建氢键就好.
4.怎样建立单个分子
diamond 一打开 cif,就是堆积图,怎么才能显示一个分子.
答:好像最新的更新包已经改过这个 bug 了.但是因为没有对应的破解程序,所以俺还
是用以前的 3.0,经常遇到这个问题.如果你的分子间没有作用,即:没有乱七八糟的 键连在一
起,选中一个原子,然后,ctrol+M, 选中一个分子,然后,反选,即选中除该 分子之外的所有分子,
然后一键 delete, 就 ok 了.如果分子连成片,就删吧. 对于非中心分子,即含反离子的分子结
构要小心,不要把反离子漏掉了.当然,如果不 用画就没问题了.以上拙见,仅供参考.
答:diamond 打开 cif 时选"建立单个分子",然后点完成,不要点下一步. 请教diamond画
C60 遇到的问题 (1)我这个 C60 在画多面体的时候,中间 inset 的 atom 的半径 在每个面
上都要自己 一个一个去设定 radium,有没有同类原子半径一起设置的?里面没有找到. (2)
当我把中间的 dummy 原子(就是为了画多面体的时候新加入的)的半径设为 0 后,如果想
改 C60 的每个面的颜色的画,这个怎么改的? (3)最后问一下,我保存的图片中背景
的 diamond demonstrator 如何去掉. 另献上我第一幅 diamond 图,如下. 6. 7. 答:1. 可
以在 atom 设置里找到假原子直接设置 2. 以假原子为中心画多面体 3. 你用的 应该是未
破解版本. diamond中如何在螺旋链中插入一根棒 diamond 中如何在螺旋链中插入一
根棒,以及如何看结构是单螺旋还是双螺旋结构,如 何画出单,双螺旋结构? 答:插入几个哑原
子,然后连键,进行一些设置就可以了.前段时间有人传了一些 Diamond 的说明,其中有一
个文件就是详细说明这个棒怎么画的. 找到了这个文件,感谢原作者 Crystalsnet,我把它上
传到纳米盘,你自己下载下来看看 就知道怎么做了. 答:在孔道两侧虚拟两个原子,然后在这
两个原子间成建,设置一下键参数就可以了! 答:具体说,选择两端的几个院子,再找这几个的
中心位置,分别 insert atoms , 再 连 接心连接, insert bond, 在按你的意思 edit the
bond. 如何去掉 M-C,M-H 连接 打开一个晶体数据后,在 connectivity 中把 M-C,M-H 去
掉后.再点 complete fragments 第 3 页 共 13 页
小木虫 Diamond 软件问题集锦 8. 9. 10. 11. 12. 13. 后,这些 M-C,M-H 又连上了,求助高
手. 答:点下 connect now 再确定试试. diamond里面如何定义元素化合价 怎么样定义元
素的化合价,然后使半径比例随之改变??默认设置好像都是原子半径. 答:问题解决了,在
atomic parameter 里面. diamond画配位环境时到一定程度原子就长不出来了,是怎么
回事 今天用 diamond 画配位环境时画到一定程度(配位环境没画完)原子就长不出来了,
不 知是怎么回事?请高手指点,谢谢! 答:试试在"Type of sphere"中把 Rmax 值设大一些.
答:或者试试用小太阳符号"Fill coordination directly". 修改 Diamond 的默认单胞数 我
不知道动了什么参数让 Diamond的默认单胞数为 2 了,也就是说每次一打开就是两 个单
胞里的不对称结构单元,在哪改回去吖? 答:菜单栏的 picture-->guidance-->picture
creation assistant-->destroy all atoms, bonds 项 选勾,下一步-->在 fill cell range
with 项里选择需要的单胞数,按完成.OK!每次用 diamond 打开 cif 文件时,在引导项中注
意选择单胞数,就可以控制显示的单胞数了. 在 diamond 里怎么让所有一定键长的原子连
起来呢 如题.我怎么选 connectivity,设上 DMAX,按 OK,不管用呢? 答:我这么做也不管用,
后来就在读入 cif 之后先不生成图,先在 connectivity 里设定要 的健长范围就可以了. 答:
那是没有设上,该了之后要再点一下需设原子才行. 答:管用的,应该是你操作有问题. 怎么取
消透视图 我用的是 3.0 读完 cif 之后出现的直接是透视图,怎么取消啊? 答:应该是用
Representation Settings. 答:用 central projection 命令! 绘制黄色和蓝色矩形 请高手帮
忙看一下图中的黄色和蓝色矩形区域如何画?通过原子建立平面时, 所得的矩 形太大,不知
道如何调整到所要的大小. 答: 好像Diamond 里没法加这样的矩形框, 这个图好像中的矩
形框应该是在其它软件中 加的,或者不是用 Diamond 绘制的,比如,可以在 Word 里加矩
形框,然后设置透明度 或许可以. 答:在 Diamond 里加平面是很大,因为平面是无限延伸的,
像这种有限的平面实际是些 多面体,通过共面的点建立的,像拓扑图里经常出现一些表示两
个面夹角的情况,就是 这么做出来的,你可以尝试一下. 答:不错,用加多面体的方法,借助哑原
子可以做的. 第 4 页 共 13 页
小木虫 Diamond 软件问题集锦 14. Diamond 结构图寻求完美的颜色对比 见识一下各
位高手所作的 MS 或 Diamond 做晶体的结构图,主要想参照一下颜色搭配! 答:在
polyhedra designs 和 atom designs 里面改成你想要的颜色就行了呀. 第 5 页 共 13 页
小木虫 Diamond 软件问题集锦 15. 如何去掉 Diamond 中画的图Diamond 背景字样
求助Diamond 中画的图copy到word中总有Diamond 背景字样,如何去掉呀? 答:你
用的那个版本没有破解. 16. 溶剂水没加氢如何画氢键 我最近想画个氢键堆积图, 可是溶剂
水没加氢, diamond 画时溶剂水和羧酸氧上的氢 用 键显示不出来,求助高手我应该怎么办
啊? 答:先加上氢了,或者你把所有的氢都删掉,直接把 O-O 之间用虚线连起来就可以了. 答:
不加 H 直接连接 O..O 键容易被审稿人质疑的.最好还是想办法加加 H. . 答:给溶剂水加氢,
先要从残余峰里面找到和氧的距离比较合适的,然后再去固定住一 般就可以的. 答:我都是
参照文献的氢键数值,直接在 Diamond 里设定 D...A 距离然后连接. 实在想做的完美,可以
在解析结构时,使用 envi X 2,找出原子 X 周围较为合理的 H, 然后将其固定, 后者先
在 Diamond 里找出形成氢键 D...A 的原子对, 然后在解析结构时 在这两个原子之间加入
Dummy,并将 Dummy 定义为 H,然后对 H 进行固定,这样可能就 合适了. 答:具体的情况
很复杂,加 H 的技巧很多,实在一言难尽. 17. diamond 中怎么画堆积图 diamond中怎么
画堆积图啊?有机配体要怎么删除啊? 答:啥样的堆积图?把原子半径改大一点不行吗? 答:估
计是你填充单胞不够. 18. 原子坐标 图中的错误是怎么回事?怎样避免?谢谢. 答: 你那个弹
出的错误提示正好把后面的挡住了, 不能移开一点再贴上来吗?只能帮你 猜谜了,估计是原
子坐标没给,因为其它地方不会提示这个错误的. 答:他好像不是从文件读入的结构信息,而
是自己手动输入的,一般绘图软件都可以手 动输入的. 19. 如想构造多面体 请问如想构造多
面体,中心原子有两个如 CeVO4,中心原子为 Ce 和 V 以配位原子为 第 6 页 共 13 页
小木虫Diamond 软件问题集锦 O 来构造两套多面体用什么办法? 答:先选中中心原子,然
后在 object 里选 polyhedra,然后选 ligand 做边,如此重复 两次就能得到两个多面体. 答:
一般 XP 都是画配位环境图,基本上所有的图都能用 Diamond 做. 答:CeVO4 多面体骨架
图: 20. 怎样美化 diamond 图 实在没办法,自己对照着说明第一次画图,是 LiYF4 晶体. 白
钨矿型四方晶系,空间点群 C6 4h-I4 1/a,晶胞参数 a=5.167,c=10.794 我自己画得不知道
是什么,求哪位帮帮忙啊. 第7 页 共 13 页
小木虫 Diamond 软件问题集锦 21. 22. 23. 24. 25. 26. 答:原子比例不太合适,原子小些
棍粗些会比较美观;还有坐标上的箭头最好去掉然后 把 abc 字体改大点,不然这样的图放到
文章上字会看不清楚. 画拓扑重在选择节点,看你选择什么作为结构单元,如果是选某种原子
那很方便,在 diamond 菜单中改变这种原子之间的默认键长; 如果选择的是两个原子的中
心或者多个 原子的中心,那就需要在 shelx 程序中添加原子(cent/x 命令) ,然后再
在 diamond 中 改变默认键长.首先自己要了解清楚你的结构,然后选择合适的节点,有的时
候从不同 角度理解结构,可能会选择不同的节点. 答:画拓扑的话,做好用一下 olex,可以自动
简化节点. diamond保存图片时可以设置分辨率吗 用 diamond 画图,保存图片选择 tif
格式直接保存后,像素很低,感觉不清楚.diamond 里可以设置,像素,分辨率,再保存吗? 答:
当然可以.在 layout 里设置一下,600 最好. 答:一般 300 就可以了. 答: "当然可以.在
layout 里设置一下,600 最好. "这个好象是对 bmp 起作用. 关于diamond中氢键粗线设
置问题 如题,在 diamond 中,由 build-create h-bond 产生的氢键为较细的虚线,如何把
氢键设 置得粗一点 我试了一下, 如果在 picture-bond design 设置粗细, 则氢键也会变成
实线, 与其他的化学键分不开.麻烦大家指导如何把氢键设粗又还是保持虚线的形式? 答:首
先进入 edit,选 edit bonds,然后选中你要设置的氢键类型,比如NO键,选中 design, 通过
调节radius可以调节键的粗细, 然后在fragmenta tion里输入大于1的数字线就成虚线
了,我一般选4,你可以自己调节. 答:你可以全选键然后加粗,点应用,不点确定. 控制晶体的层
状结构数目 Diamond 画单晶的结构图,把 CIF 文件导入后,用 grow 命令的话,晶体的层状
结构会 一下长很多层,用什么命令才能实现我让它长两层就长两层?我想让它长三层就长三
层? 答:用对称操作一个一个加,对称操作码在 platon 里面. 答; structure/fill/cell range
里面可以控制大小. 使用 diamond 生成氢键 在使用 diamond 画图时, craete H-bonds
总是不成功, 没有氢键产生; 实际上存在氢键, 有哪位虫友也遇到过类似问题,帮小弟一把!
答:你设置供体和受体之间的距离了吗?先设置好氢键的距离. 答:必须有氢,否则无法 craete
H-bonds. Diamond里面如何选择一个分子 请问在 Diamond 里面有没有简单的方法直
接选择一个分子?(除了 destroy 的时候选中 分子中的一个原子就可以删除全部之外) 就像
xp 里面的 uniq 命令那样,谢谢. 答:右键有一个"select molecule" . 如何用 diamond 画
C-H……pai 和 pai……pai 堆积 如何用 diamond 画 C-H……pai 和 pai……pai 堆积,请多
指教. 答:用假原子,可以完成. 答: picture 中的 bond designs, 用 出现复选框, Atom
groups 中选择对象, style 在 在 and colors 中有一个 fragmetation 选项,在它的旁边有
一个可供选择的小箭头,按向 上的箭头,选择你想要的虚线度,数字越大,虚线的长度越小. 先
选定原子,在 Diamond(一般是左下角)的 picture 工具栏里有一个图标,中间是个 第 8 页
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小木虫 Diamond 软件问题集锦 27. 28. 29. 30. 31. 棕黄色的小圆球,外面有一圈虚线,按
一下那个图标试试看,应该可以. 或者在 build 中的 fix spere 即可. 或者 click built---fill--
--Rectangular---Area. 怎么插入假原子 请教 DIAMOND 里,怎么在两原子中心插入一个
假原子.谢谢! 答:选定两个原子 insert 就好啦,呵呵. 如何看两个原子间的距离 请问
用 DIAMOND 画图时,如何看两个原子间的距离.期待高手指点. 答:在 build 功能里,连及
INSERT--bond 两个原子,右键点击即可察看. 答:tool -----measure distance,然后在分别
点击你所测的两个原子,将鼠标放到一 个原子上就会出现距离. 怎样在diamond里测面与
面之间的距离 想通过测面面之间的距离来说明 π-π 堆积,可是在 diamond 里面怎样测啊?
答:Diamond 的帮助文件里都有详细说明,自己查一下.平行平面之间的距离实际上就 是点
到面的距离.Diamond 可以非常方便的测出,用 Tools/Measure Planes etc 命令. 答:先选
中一个平面中所需原子, Objects->planes-> creat plane from atoms;同样 建立第二个
平面.;tools->calculate->distance from d里面原子符号的上标怎么弄
想标原子名称,而且有对称符号,如i, ii, iii之类的,请问在Diamond里面怎么把他们弄 成
上标啊?谢谢! 答:可 object--->text 然后打 i, 加入后移动到某原子那, 比如 Cd1i (i 为上
标). 答:要标某原子, 点到那原子, right click, add--->label. 答:画完图后在 photoshop
中处理就行. 答:点右键 add: atom label;点右键 edit atom label 中 content 的下拉菜单,
找到 (individual type) ;然后在下面 ndividual 对话中输入你要表达的内容,点 OK 就行 了.
答:我一般在微软的画图工具中进行标记. 如何用diamond画纳米空心管 最近看到了一篇
关于纳米管的文献, 很好奇里面的空心管是如何画出来的, 我用diamond 画出了那种圆柱
管,但不知道怎样把它弄成空心的,因此在这里请教一下高手了. 答:可以参考,photoshop 画
空心圆 第 9 页 共 13 页
小木虫 Diamond 软件问题集锦 32. 33. 34. 35. 36. 用椭圆选择工具画圆,然后"描边" ,选
择好描边的宽度,颜色,位置就可以了.其中, 描边的位置有居内,居中,局外三种,我们把描边宽
度设的宽点就可以清楚的看到这三 种位置有什么区别. 但是描边的宽度大到一定像素(比如
30)就不圆了.这时候的方法是,新建图层上做 圆形选区,填充一个颜色,然后变换选区,删掉多
余的. 具体做法:Alt+Delete 填充前景色——右键"变换选区"——Shift+Alt+鼠标拖动角
部控制块,以中心为固定点等比缩小合适大小——按下 Enter 键确定——按下 Delete 键
删除移动后的选区内容. 变换选区也可以通过按键"Alt+s+t" (Alt+s 是键盘打开"选择"菜
单的方式,T是选 择菜单下的"变换选区" )实现. 如果使用快捷键"Ctrl+T" ,这是"自由变换"
快捷键.它是对被选中的对象进行变换, 不针对选区自身. 如果使用"Ctrl+Alt+T" ,则是对选
中对象的复制并进行自由变换.这个当它出现和变 换选区一样的手柄框时, 可以用鼠标拖动
来看到是复制了一个出来了, 而且是对复制的 对象进行变换,也不是对该选区进行变换. 怎
样去掉不合理的键 有些键是不合理的键连,怎样才能去掉这些键? 答:build---
>connectivity 可以改吧. 答:如果你要删除的是一类键,可以在右侧下拉框找到 table of
bond group,上面会 有键的列表,找到你要删的一类键,右键 select by group,发现图片上
所有的这类键 的会被选中.然后再图片上对准选中的其中一个键,右键选删除便可. 答:在
buil——connectivity 里,上面是键的类型,下面的框是键长,在上面把你不 想要的键的类型
前面的框里的对勾去掉,下面的键长可以输入你认为合适的范围. 怎样在grow的时候添加
上非键的原子 我在用diamond 的时候,在使用grow 的时候不知道为什么非键的原子未
被增加,请问 这个问题怎么解决啊? 答:grow 只会将已经存在的并且成键的原子向外延伸,
非键的原子当然就不会增加了. 如果要非键原子一同产生的话可以用 fill 功能.diamond
画图如何只长几个分子 我用diamond画图,是多核的配合物,我想只长出几个分子,怎样可
以实现呢,如果把 一个晶胞都填充了再删好像很麻烦啊. 答:用 GET MOLECULES 命令就可
以做到. 答:你的如果不是多核应该很好画的,选中任意一个原子,按住 ctrl+alt+S 就可以长
出该原子附件的所有原子,叙述不大清楚,楼主试试就可以吧. 答:选中一原子--build---
fixed spheres--设置数值. 如何改变背景颜色 背景色是黑色怎么变成白色啊? 答:在
picture-layout-background 里,也可以刚进去软件时设置. 用diamond输出黑白图 因
为投稿彩图收费的问题,所以我打算用黑白图画晶体,可是我只会画彩图,不知道怎 么弄成黑
白的,请高手指点,不胜感激! 答:这个问题很好解决.你将 Diamond 图片贴到 Word 里后,
在设置对象格式里将图片 颜色设为灰度就可以了. 答:你也可以在用 Diamond 绘图时就
把它绘成灰白的,因为原子的颜色等在 Diamond 第 10 页 共 13 页
小木虫Diamond 软件问题集锦 里是可以调整的. 37. 用diamond计算MOF微孔 得到
一个MOF,但不知道怎么算孔有多大? 答:孔隙率还是孔直径?孔隙率的话用 PLATON 算,孔
直径的话就直接量距离再减范德 华半径. d的legend问题 在diamond中如
何把右下角legend中图中没有的原子隐藏起来 而只显示图中有的原子. 答:这个没法隐藏
的,不过你可以在 Structure/Atomic Parameters 对话框里将你不需 要的原子删除, 然后
再绘图就可以了. 还有一个办法就是做好图后在 Build/Atom Groups 对话框中将你计划
要隐藏的原子 Assign 给其它原子就可以了. 答:可以隐藏,在编辑 legend 里面最下面的
Select 里,将需要隐藏的原子勾掉就可以 了. 答:把鼠标放在 legend 上面.点右键,弹出对话
框,在 display 前的筐子里的钩子去 掉即可. 第 11 页 共 13 页
小木虫 Diamond 软件问题集锦 39. 请问怎样在diamond里面看配位数 我的理解是这
样的,把某目标原子的配位多面体做出来,查顶点个数就行了.但是在 diamond 里面,做配位
多面体的自由度很大,我可以设定配位多面体顶点与目标原子的最 大距离,这样一来配位多
面体就很主观了,我不知道这个问题怎么办? 答:你应该现在 Build/Connectivity 调整键长,
然后再做多面体就可以了. 答:这就要依据你的金属原子和配位原子之间的键长了,一般的金
属(如主族金属,过 渡金属,稀土金属)与常见的配位原子(O 和 N)之间的键长都不超过 3.0.
有的文章 即使报道超过 3.0 的也不称之为键长, 而是叫做弱作用. 这种弱作用也可以参与
多面体 的形成.个人意见,仅供参考. 40. Diamond 3 里面如何画示意箭头 Diamond 3 里
面如何画示意箭头 答:我都是先画好图再在 PPT 里加的. 答:画好后,转为 .tif 文件后用画图
软件添加. 41. Diamond 中晶胞的白线如何去除 Diamond 中晶胞的白线如何去除
答:Build/Destroy/All Cell Edges. 答:可以在快截菜单栏点那个 X,然后选择 cell edge. 42.
求助-如何在diamond中画π相互作用图 急求助高手指点,如何在diamond中画
π相互作用图啊,非常感谢! 答: 你先找到芳香环的中心并给出一个 dummy,然后连接
H 与 dummy, 再把 dummy 设置为 invisible 就行了. 43. diamond和XP画图及处理图
片问题 用diamond和Xp画图画完图后,大家用什么方法处理成符合发表要求的图片的?
我们是 画完图后存成.bmp格式(diamond 画图时) ,然后用HyperSnap-DX 5(一种截图
软件) 将图片截出来,再直接复制到word文档中,可是这样处理的图像虽然看起来很清楚,
但是打印出来的图像质量很不好(虚) ,请教一下高手,怎么处理才能使打印出来的图 像不虚?
答:diamond可以调分辨率的 同时我们一般保存为tif 不要bmp 不知道别人如何. 答:直
接在 pdf 中截图贴进 word 也可以啊.要看杂志的,有的杂志要求你提供 pdf, 有的是
ps,tif,bmp 等不同的. 44. diamond 里面的坐标 我 的 diamond 里 面 的 坐 标 看 不 见
了 , 我 设 置 好 的 为 什 么 看 不 见 呢 , objects—— coordination system,但是还是看
不见无论是在边上还是在中心,都看不见,郁闷. 答:在 objects-coordination system 里面
将 X, Y 的值改一下,可能会找到. 第 12 页 共 13 页
小木虫Diamond 软件问题集锦 45. 讨论一下Diamond ,XP以及Mercury中哪一个画
出的图是真实的 Diamond ,XP以及Mercury中哪一个画出的图是真实的,这个不太明白
啊.大家来讨论一 下吧!例如我的一个晶体数据用XP画时,显示高氯酸根中的氧原子与Cu
之间有虚线 连接(即弱的相互作用) ,而用Mercury看时高氯酸根中的氧原子与Cu则是之
间连接了 起来,当用Diamond 画时单核的Cu则由高氯酸根中的氧原子连接成了一维的
链,到 底以哪一为准啊? 答:看一下距离吧~和经典键长对比下 个人觉得以 xp 为准. 答: 主
要是设置的键长不同画出来的结构就不同 看一下 Cu 与 O 之间的距离再与经典键 长比较
看是否成键. 答:diamond 的键长也是设置的,在编辑(edit)中就可以随意设置,你所说的问
题是 diamond 默认的. 第 13 页 共 13 页