2024年3月13日发(作者：公冶学)

OmicShareForum专业的生物信息学论坛

问1：转录因子指的是蛋白质？

答：是的。

问2：这种图用什么软件可以画出来？

答：MEME、weblogo都可以。

MEME:

Weblogo:

如果想要得到更好看的图片，可以试试LATEX

问3：转录因子怎么预测靶基因？

答：转录因子结合到什么区域具有保守性的，如果已经知道转录因子结合的序列是什

么特点，可以在基因上游2K区域找这段序列，如果可以找到，那么这段序列就是潜在的

能够被该转录因子结合。

问4：转录因子怎么找启动子序列?

答：首先，启动子序列没有很严格的定义，通常认为定义基因上游2K左右为潜在的

启动子区，而到底转录因子结合到什么区域，要具体做靶基因预测。

问5：怎么知道是序列是转录因子？

答：使用序列在转录因子数据库进行blast 比对。

问6：请问JASPAR能分析细菌的转录因子么?

答：JASPAR数据库是由开发的转录因子结合位点（TFBS）数据库 链接：

对于JASPAR数据库，包括脊椎动物，线虫纲，昆虫，植物，真菌，TF结构分类。

问7：JASPAR结果 strand 有正有负怎么取舍？

答：为什么要取舍呢，转录的时候，其实两条链都可以转录的。

问8：请问用什么方法可以在寻找已知蛋白的结合蛋白时，假阳性最小？是blast比

对吗？

答：是的。蛋白与蛋白的相互作用应该是PPI的相互作用。

问9：PPI的结果是预测的吗？可信度多高？

答：是预测的，可信度问题无法很好定义，所以后续要做酵母双杂交或免疫共沉淀实

验验证；预测是无法解决问题的，只是给我们提供一些筛选结果，缩小验证范围。

问10：转录因子找到的靶基因的启动子结合位点，是不是我们研究基因的启动子？

2024年3月13日发(作者：公冶学)

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问1：转录因子指的是蛋白质？

答：是的。

问2：这种图用什么软件可以画出来？

答：MEME、weblogo都可以。

MEME:

Weblogo:

如果想要得到更好看的图片，可以试试LATEX

问3：转录因子怎么预测靶基因？

答：转录因子结合到什么区域具有保守性的，如果已经知道转录因子结合的序列是什

么特点，可以在基因上游2K区域找这段序列，如果可以找到，那么这段序列就是潜在的

能够被该转录因子结合。

问4：转录因子怎么找启动子序列?

答：首先，启动子序列没有很严格的定义，通常认为定义基因上游2K左右为潜在的

启动子区，而到底转录因子结合到什么区域，要具体做靶基因预测。

问5：怎么知道是序列是转录因子？

答：使用序列在转录因子数据库进行blast 比对。

问6：请问JASPAR能分析细菌的转录因子么?

答：JASPAR数据库是由开发的转录因子结合位点（TFBS）数据库 链接：

对于JASPAR数据库，包括脊椎动物，线虫纲，昆虫，植物，真菌，TF结构分类。

问7：JASPAR结果 strand 有正有负怎么取舍？

答：为什么要取舍呢，转录的时候，其实两条链都可以转录的。

问8：请问用什么方法可以在寻找已知蛋白的结合蛋白时，假阳性最小？是blast比

对吗？

答：是的。蛋白与蛋白的相互作用应该是PPI的相互作用。

问9：PPI的结果是预测的吗？可信度多高？

答：是预测的，可信度问题无法很好定义，所以后续要做酵母双杂交或免疫共沉淀实

验验证；预测是无法解决问题的，只是给我们提供一些筛选结果，缩小验证范围。

问10：转录因子找到的靶基因的启动子结合位点，是不是我们研究基因的启动子？