2024年6月14日发(作者：赛鸿风)

第二代测序转录组的定量指标

第二代测序技术的出现使得转录组学研究能够更加全面和准确

地定量基因表达水平。转录组是指一个生物体在特定生理或环境条件

下的所有转录RNA的总体。通过测序技术，可以对转录组进行全面的

分析，以了解基因表达的动态变化。

第二代测序技术主要包括Illumina的RNA-seq和Ion Torrent的

RNA-seq等。这些技术可以对RNA分子进行高通量测序，并通过计算

机算法将测序结果转化为定量指标。这些定量指标可以用于比较不同

样本之间的基因表达差异，以及在同一样本中不同基因的表达水平。

其中，常用的定量指标包括基因表达水平（RPKM或FPKM）和基因差

异表达比较（Fold Change）等。

基因表达水平是指在给定的条件下，一个基因所产生的转录本数量。

RPKM（Reads Per Kilobase of transcript per Million mapped reads）

或FPKM（Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped

reads）是常用的基因表达水平的定量指标。它们通过计算每个基因

的转录本数量与总转录本数量的比例，校正了基因长度和测序深度的

影响，从而使不同样本之间的基因表达水平可以进行比较。

基因差异表达比较是指在不同条件下，一个基因的表达水平是否有显

著差异。通过计算不同样本之间的基因表达水平的比值，可以确定哪

些基因在不同条件下表达水平发生了变化。常用的差异表达比较指标

是Fold Change，它是两个样本之间基因表达水平的比值。一般来说，

Fold Change大于2或小于0.5的基因被认为是显著差异表达的基因。

除了基因表达水平和差异表达比较，第二代测序技术还可以提供其他

定量指标，如基因的外显子覆盖率、剪接变异的检测、非编码RNA的

表达量等。这些定量指标可以进一步深入研究基因的功能和调控机制。

总之，第二代测序技术为转录组学研究提供了全面和准确的定量指标，

使得我们能够更好地了解基因的表达调控和功能。这些定量指标不仅

仅可以用于基础科学研究，还可以在疾病诊断和治疗中发挥重要作用。

2024年6月14日发(作者：赛鸿风)

第二代测序转录组的定量指标

第二代测序技术的出现使得转录组学研究能够更加全面和准确

地定量基因表达水平。转录组是指一个生物体在特定生理或环境条件

下的所有转录RNA的总体。通过测序技术，可以对转录组进行全面的

分析，以了解基因表达的动态变化。

第二代测序技术主要包括Illumina的RNA-seq和Ion Torrent的

RNA-seq等。这些技术可以对RNA分子进行高通量测序，并通过计算

机算法将测序结果转化为定量指标。这些定量指标可以用于比较不同

样本之间的基因表达差异，以及在同一样本中不同基因的表达水平。

其中，常用的定量指标包括基因表达水平（RPKM或FPKM）和基因差

异表达比较（Fold Change）等。

基因表达水平是指在给定的条件下，一个基因所产生的转录本数量。

RPKM（Reads Per Kilobase of transcript per Million mapped reads）

或FPKM（Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped

reads）是常用的基因表达水平的定量指标。它们通过计算每个基因

的转录本数量与总转录本数量的比例，校正了基因长度和测序深度的

影响，从而使不同样本之间的基因表达水平可以进行比较。

基因差异表达比较是指在不同条件下，一个基因的表达水平是否有显

著差异。通过计算不同样本之间的基因表达水平的比值，可以确定哪

些基因在不同条件下表达水平发生了变化。常用的差异表达比较指标

是Fold Change，它是两个样本之间基因表达水平的比值。一般来说，

Fold Change大于2或小于0.5的基因被认为是显著差异表达的基因。

除了基因表达水平和差异表达比较，第二代测序技术还可以提供其他

定量指标，如基因的外显子覆盖率、剪接变异的检测、非编码RNA的

表达量等。这些定量指标可以进一步深入研究基因的功能和调控机制。

总之，第二代测序技术为转录组学研究提供了全面和准确的定量指标，

使得我们能够更好地了解基因的表达调控和功能。这些定量指标不仅

仅可以用于基础科学研究，还可以在疾病诊断和治疗中发挥重要作用。