2024年4月23日发(作者:胡梓珊)
肿瘤基因突变检测
癌症是一类难以预防的疾病,中晚期癌症治愈的可能性又很小,而早期癌症的治愈率可
达65%以上,有些肿瘤可达90%以上,因此,战胜癌症的关键是早期发现癌症。由于癌症
早期常无特殊症状,甚至毫无症状,故癌症的早期发现、早期诊断主要是通过定期健康体检
和人群筛查完成。目前筛查癌症的方法主要是通过化验血肿瘤指标及B超、CT、MRI、PET-CT
等检查,但这些方法的敏感性和特异性均不高,发现有异常时往往已是中晚期。
研究表明,癌症是环境因素与细胞遗传物质相互作用的结果,是多因素、多阶段与多
基因作用的结果,是基因突变累积的结果,因此癌症是基因病。在人类众多的基因中,原
癌基因和抑癌基因与癌症的发生发展密切相关。原癌基因和或抑癌基因的突变可引起细胞
癌变。癌症在形成实性肿块以前,与癌症相关的基因突变的过程已经发生,而且这个过程可
能已长达十余年、甚至更长时间。在这期间,癌细胞还没有形成明显的肿块,但已有微量肿
瘤DNA释放到循环血液中。通过高通量基因测序技术检测循环血液中这些基因的突变,可
以筛查早期或超早期癌症,评估放化疗的疗效,预测靶向药物的疗效,监测术后早期复发
等;对肿瘤组织进行基因突变检测,有助于了解肿瘤的产生、发展过程,判断肿瘤的类型
和预后
;
有助于预测原癌基因相关抗肿瘤药物的疗效。基因突变常表现为杂合突变、缺失
或插入突变等,突变检测对测序的质量要求很高。通过应用基因分析仪进行突变分析,
可
准确判断出杂合、缺失、插入突变等各种突变类型,结果准确客观。
17种常见高发肿瘤,包括乳腺癌(breast cancer)、结肠癌(colorectalcancer)、子宫癌
(endometrial cancer)、脑胶质瘤(glioma)、白血病(leukemia)、肺癌(lungcancer)、淋巴
癌(lymphoma)、成神经管细胞瘤(medulloblastoma)、黑色素癌(melanoma)、间皮瘤
(mesothelioma) 、多性骨髓瘤(multiple myeloma) 、卵巢癌(ovarian cancer)、胰腺癌(pancreatic
cancer) 、真性红细胞增多(polycythemia vera) 、前列腺癌(prostatecancer) 、肾细胞癌(renal cell
cancer)和恶性内瘤(sarcoma),其发病机制涉及与多种肿瘤发生共同相关的肿瘤易感基因群介
导的分子改变,参与了肿瘤发生的早期分子事件。系统寻找和探讨它们在肿瘤发生发展过
程中的遗传学变异,对阐明肿瘤早期发生机制及寻找肿瘤早期预警、早期诊断和早期治疗
的分子靶标都具有重要的现实意义。利用高通量分子测序技术平台,可同时开展多个肿瘤
基因突变检测项目,如EGFR、K-RAS 、N-RAS、B-RAF、PI3K 、p53、p16、BRCA1、
BRCA2等。
基因的突变检测应用:⑴ 了解肿瘤的发病机制;⑵ 预测原癌基因相关药物疗效;⑶
了解肿瘤的恶性化程度,预测肿瘤发展;⑷ 细胞株稳定性筛选。
K-RAS 基因(K-ras,p21)突变检测
KRAS基因(K-ras,p21)检测是目前医生了解大肠癌患者癌基因状况最直接、最有效的
方法,通过检测不仅可以深入了解癌基因的情况,更重要的是筛选出针对抗表皮生长因子受
体靶向药物治疗有效的大肠癌患者,帮助医生选择对肿瘤病人最有效的治疗方法。
RAS基因家族与人类肿瘤相关的基因有三种——HRAS、KRAS
和NRAS,分别定位在
11、12和1号染色体上。在RAS基因中,KRAS对人类癌症影响最大,正常时,它能控制
调控细胞生长的路径;发生异常时,则导致细胞持续生长,并阻止细胞自我毁灭,不能产
生正常RAS蛋白,使细胞内信号传导紊乱,细胞增殖失控而癌变。
原癌基因(K-ras)突变发生于多种癌症,例如结肠癌、肺癌、甲状腺癌、胰腺癌、胆
管癌。 K-RAS 基因是所有肿瘤中突变频率最高的致癌基因, 约有10%-20%的肿瘤与
K-RAS 的异常激活有关,参与EGFR信号传导通路。结直肠癌患者中K-RAS 基因的突变率
约为35-40%, 而且90%的突变发生在12、13位密码子,可导致p21-ras蛋白的生长信号的异
常变化。该基因是TKI治疗的靶分子,携带有K-RAS基因突变的患者对TKI治疗不敏感。
过度的生长信号可刺激细胞生长和增殖从而导致了癌症的发生。
目前KRAS基因检测已被欧美地区列为大肠癌患者内科治疗前必做的常规检查。大量
临床研究表明,靶向药物(如爱必妥和帕尼单抗)对于未发生KRAS基因突变的患者有效率可
达到60%,而对已发生KRAS基因突变的患者则完全无效。KRAS基因检测是目前医生了
解大肠癌患者癌基因状况最直接、最有效的方法。通过检测KRAS基因有没有突变,可以
筛选出抗EGFR(表皮生长因子受体)靶向药物治疗有效的大肠癌患者,实现肿瘤病人的
个体化治疗,从而延长患者生存 期。对于没有突变的患者,则能减少不必要的治疗费用和
毒副作用。
最新的靶向治疗方法是通过利用肿瘤细胞受体分子进行的药物开发,这种药物能够作
用于肿瘤特异靶标,达到特异杀伤抑制肿瘤细胞的目的。目前这种靶向治疗的药物主要有爱
必妥(默克公司)和帕尼单抗(安进公司),然而靶向药物在不同患者中有不同的疗效,有
效率约为20-50%。通过对结肠癌患者进行靶标检测,能够科学的判断该病人能否适应靶向
药物治疗,指导病人用药,实现病人的个体化医疗。
K-ras基因检测(K-ras,p21)临床意义:
检测K-ras基因突变是深入了解癌基因的情况,
了解各种癌症的发展预后,放化疗疗效的重要指标。⑴ K-ras基因突变发生在肿瘤恶变的早
期,并且原发灶和转移灶的K-ras基因高度保持一致,一般认为,K-ras基因状态不会因治
疗而发生变化。⑵ K-ras基因突变见于20%的非小细胞肺癌(NSCLC),其中肺腺癌占30%~
50%。 大肠癌患者K-ras突变率为30%~35%。
【检测位点】
突变 外显子 碱基变化 Cosmic ID
Gly12Asp 12 GGT>GAT 521
Gly12Val 12 GGT>GTT 520
Gly12Ser 12 GGT>AGT 517
Gly12Cys 12 GGT>TGT 516
Gly12Ala 12 GGT>GCT 522
Gly12Arg 12 GGT>CGT 518
Gly13Asp 13 GGC>GAC 532
BRAF V600E基因突变检测
BRAF是一种癌基因,它编码一种丝/苏氨酸特异性激酶,是RAS/RAF/MEK/ ERK/MAPK通路重
要的转导因子,参与调控细胞内多种生物学事件,如细胞生长、分化和凋亡等。研究表明,在多
种人类恶性肿瘤中,如恶性黑色素瘤、结直肠癌、肺癌、甲状腺癌、肝癌及胰腺癌等均存在不同
比例的BRAF基因突变,约66%恶性黑色素瘤和15%的结肠癌中BRAF基因存在体细胞错义突变。
大约80-90%的BRAF基因突变发生在exon15的1799核苷酸上,T突变为A,导致其编码的谷氨
酸由缬氨酸取代(V600E)
。目前认为,V600E突变可模拟T599和S602两个位点的磷酸化过程,
从而使BRAF蛋白异常激活。BRAF突变状态与多种肿瘤的发生、发展及临床结局有关。
随着BRAF
突变研究的深入,可望为阐明肿瘤发生的分子机制,寻找新的治疗途径与靶点提供思路。
BRAF基因突变作为乳头状甲状腺癌(PTC)发生的驱动性突变
,已经成为PTC 细针穿刺细
胞学标本诊断和病情预后的一个重要指标。BRAF 基因突变率在PTC 中高达44%,具有很好的诊
断意义。BRAF 基因突变阳性的甲状腺癌病人较突变阴性病人预后不良。在黑色素瘤的治疗方面,
针对BRAF基因突变所研发的新型靶向药物威罗菲尼(Vemurafenib)对BRAF基因V600E 突变的
患者疗效显著。在结直肠癌中,BRAF基因突变的患者对EGFR 靶向药物可能存在原发耐药,因
此,美国国家癌症综合治疗联盟(NCCN)《结直肠癌临床实践指南》(2013)建议,在使用爱
必妥(Cetuximab)或帕尼单抗(Panitumumab)等靶向药物时,对KRAS 基因野生型患者进一步
检测BRAF 基因状态。
威罗菲尼(Zelboraf, vemuragenib, PLX 4032)获准用于治疗不可手术且经FDA批准的BRAF
V600E突变检测呈阳性的转移性黑色素瘤患者。在批准该药的同时,FDA还同时批准了用于黑色
素瘤患者相应突变检测的BRAF V600E突变检测。临床研究发现,EGFR信号通路中的BRAF基因
V600E突变的病人对EGFR单抗原发耐药。因此,推荐肿瘤患者接受EGFR靶向药物治疗前,进行
BRAF基因V600E突变的检测。而且,2011年版《NCCN结直肠癌临床实践指南》中明确指出结直
肠癌患者应进行BRAF基因V600E突变的检测,如果患者存在V600E突变时,一线治疗进展后使
用抗EGFR单抗治疗是无效的。BRAF基因突变检测能提高临床治疗的针对性,指导靶向药物的合
理使用,避免无效或治疗不当造成的病人病情延误,降低治疗风险。
有研究证明,在野生型KRAS肿瘤当中,发生BRAF V600E
突变的个体,对Panitumumab/帕
尼单抗和Cetuximab/西妥昔单抗完全不反应,而没发生BRAF突变的野生型个体,32%有反应,
68%没反应。这提示今后重点检测BRAF的突变可为今后结肠癌临床用药给予指导
,BRAF基因突
变的患者接受EGFR-TKI药物治疗的有效率低。而且,BRAF V600E突变可导致部分KRAS基因野
生型患者对EGFR-TKI及EGFR单抗药物治疗不敏感。因此检测肿瘤患者B-RAF基因突变情况可
用于指导 EGFR-TKI的靶向用药。
检测位点:V600E。
B-raf基因突变检测实例
A. BRAF第600密码子野生型测序图谱
B. BRAF第600密码子突变型测序图谱
EGFR基因突变检测
肺癌是当今世界各国常见的恶性肿瘤,并已成为绝大多数国家癌症死亡的主要原因。其中以
非小细胞肺癌(NSCLC)最常见。目前靶向治疗已经成为NSCLC临床治疗的重要手段。易瑞
沙(Iressa/吉非替尼/Gefitinib,阿斯利康)和特罗凯(Tarceva/厄罗替尼/Erlotinib,罗氏制药)
作为表皮生长因子受体(EGFR)酪氨酸激酶抑制剂(TKI),是美国FDA批准用于NSCLC
靶向治疗的主要药物。易瑞莎和特罗凯是近年来开发的两种特异性较高的治疗NSCLC的肿
瘤靶向治疗药物,该类药物通过抑制肿瘤发生、发展中必须的表皮生长因子受体酪氨酸激酶
活性,从而达到抑制肿瘤细胞的增生、侵袭、转移、血管生成并促进肿瘤细胞的调亡。但是,
临床试验表明易瑞沙和特罗凯仅对10-30%的NSCLC病人有显著疗效。进一步的研究发现
EGFR基因突变与NSCLC靶向治疗的疗效具有相关性,绝大多数携带EGFR基因突变的
病人疗效显著。
大量研究资料表明EGFR基因突变主要集中在酪氨酸激酶区(tyrosine kinase coding domain,
18-2l外显子) 外显子18-21上,其中19外显子多为框内缺失(746-753)性突变,约占所有突
变的45%;21外显子多为替代突变(主要是L858R),约占所有突变的40%。目前普遍认为,
这两个热点突变可以增强肿瘤细胞对TKI的敏感性,并且可作为TKI治疗的有效预测指标。
因此,检测EGFR基因突变对于指导NSCLC病人临床用药具有重要的参考价值。
临床实践显示易瑞莎和特罗凯这两种药物疗效存在很大的个体差异,仅有10%-20%的个体
会有很好效果。研究发现,EGFR 基因酪氨酸激酶区域存在多种突变,这些突变能够很好
预测易瑞莎和特罗凯的治疗效果,为肿瘤用药提供指导依据。
EGFR基因29种突变:
EGFR第18外显子
片段长度为437bp,核苷酸2155G>A突变(G719S);
EGFR第19外显子
片断长度为411bp,主要突变有:
核苷酸2235-2249Del(E746-A750del)
核苷酸2236-2250Del(E746-A750del)
核苷酸2254-2277Del(S752-I759del)
其它核苷酸片段缺失、插入、重复现象,如L747-T75linsA,L747-P753insS(747位亮
氨酸至第753位苯丙氨酸缺失,插入丝氨酸)和L747-A750del。
EGFR第21外显子,片段长度为399bp,主要突变有:
核苷酸2576T-G(L858R)
核苷酸2497T-G(L833V)
核苷酸2504A-T(H835L)
核苷酸2556位插入碱基G(q852)
采用临床突变检测公认的“金标准”——Sanger测序法进行检测:
1、 个体化指导:选出对患者效果最佳的药物,为医生提供个体化用药的科学依据;
2、 指导EGFR-TKI类药物的合理使用,帮助医生为患者选择最优的治疗方案;
3、 避免不合适药物无效治疗造成的病情延误,降低治疗风险,节省医疗资源。
【检测位点】
突变 外显子 碱基变化 Cosmic ID
6239
6252
6253
6223
6225
G719A 18 2156G>C
G719S 18 2155G>A
G719C 18 2155G>T
E746-A750del(1) 19
E746-A750del(2) 19
L747-P753>S 19
E746-A750>I 19
E746-A750del 19
E746-A750>A 19
E746-S752>A 19
E746-S752>V 19
E746-S752>D 19
L747-A750>P 19
L747-T751>Q 19
L747-E749del 19
L747-T751del 19
L747-S752del 19
L747-A750>P 19
L747-P753>Q 19
L747-T751>S 19
L747-T751del 19
2235-2249del15
2236-2250del15
2240-2257del18 12370
2235-2252>AAT(complex) 13551
2235-2253del18
2237-2251 del15
2237-2254 del18
12728
12678
12367
2237-2250 >T(complex) 12384
2238-2255 del18 6220
2238-2248 >GC(complex) 12422
2238-2252 >GCA(complex) 12419
2239-2247del9
2239-2253del15
2239-2256del18
6218
6254
6255
2239-2248TTAAGAGAAG >C12382
2239-2258>CA(complex) 12387
2240-2251del12
2240-2254del15
6210
12369
L747-T751>P 19 2239-2251 >C(complex) 12383
T790M 20 2369C> T 6240
S768I 20 2303G>T
V769-D770insASV 20 2307-2308 ins GCCAGCGTG
H773-V774insH
D770-N771insG
20
20
2319-2320 ins CAC
2310-2311 ins GGT
6241
12376
12377
12378
6224
6213
L858R 21 2573T>G
L861Q 21 2582T>A
2024年4月23日发(作者:胡梓珊)
肿瘤基因突变检测
癌症是一类难以预防的疾病,中晚期癌症治愈的可能性又很小,而早期癌症的治愈率可
达65%以上,有些肿瘤可达90%以上,因此,战胜癌症的关键是早期发现癌症。由于癌症
早期常无特殊症状,甚至毫无症状,故癌症的早期发现、早期诊断主要是通过定期健康体检
和人群筛查完成。目前筛查癌症的方法主要是通过化验血肿瘤指标及B超、CT、MRI、PET-CT
等检查,但这些方法的敏感性和特异性均不高,发现有异常时往往已是中晚期。
研究表明,癌症是环境因素与细胞遗传物质相互作用的结果,是多因素、多阶段与多
基因作用的结果,是基因突变累积的结果,因此癌症是基因病。在人类众多的基因中,原
癌基因和抑癌基因与癌症的发生发展密切相关。原癌基因和或抑癌基因的突变可引起细胞
癌变。癌症在形成实性肿块以前,与癌症相关的基因突变的过程已经发生,而且这个过程可
能已长达十余年、甚至更长时间。在这期间,癌细胞还没有形成明显的肿块,但已有微量肿
瘤DNA释放到循环血液中。通过高通量基因测序技术检测循环血液中这些基因的突变,可
以筛查早期或超早期癌症,评估放化疗的疗效,预测靶向药物的疗效,监测术后早期复发
等;对肿瘤组织进行基因突变检测,有助于了解肿瘤的产生、发展过程,判断肿瘤的类型
和预后
;
有助于预测原癌基因相关抗肿瘤药物的疗效。基因突变常表现为杂合突变、缺失
或插入突变等,突变检测对测序的质量要求很高。通过应用基因分析仪进行突变分析,
可
准确判断出杂合、缺失、插入突变等各种突变类型,结果准确客观。
17种常见高发肿瘤,包括乳腺癌(breast cancer)、结肠癌(colorectalcancer)、子宫癌
(endometrial cancer)、脑胶质瘤(glioma)、白血病(leukemia)、肺癌(lungcancer)、淋巴
癌(lymphoma)、成神经管细胞瘤(medulloblastoma)、黑色素癌(melanoma)、间皮瘤
(mesothelioma) 、多性骨髓瘤(multiple myeloma) 、卵巢癌(ovarian cancer)、胰腺癌(pancreatic
cancer) 、真性红细胞增多(polycythemia vera) 、前列腺癌(prostatecancer) 、肾细胞癌(renal cell
cancer)和恶性内瘤(sarcoma),其发病机制涉及与多种肿瘤发生共同相关的肿瘤易感基因群介
导的分子改变,参与了肿瘤发生的早期分子事件。系统寻找和探讨它们在肿瘤发生发展过
程中的遗传学变异,对阐明肿瘤早期发生机制及寻找肿瘤早期预警、早期诊断和早期治疗
的分子靶标都具有重要的现实意义。利用高通量分子测序技术平台,可同时开展多个肿瘤
基因突变检测项目,如EGFR、K-RAS 、N-RAS、B-RAF、PI3K 、p53、p16、BRCA1、
BRCA2等。
基因的突变检测应用:⑴ 了解肿瘤的发病机制;⑵ 预测原癌基因相关药物疗效;⑶
了解肿瘤的恶性化程度,预测肿瘤发展;⑷ 细胞株稳定性筛选。
K-RAS 基因(K-ras,p21)突变检测
KRAS基因(K-ras,p21)检测是目前医生了解大肠癌患者癌基因状况最直接、最有效的
方法,通过检测不仅可以深入了解癌基因的情况,更重要的是筛选出针对抗表皮生长因子受
体靶向药物治疗有效的大肠癌患者,帮助医生选择对肿瘤病人最有效的治疗方法。
RAS基因家族与人类肿瘤相关的基因有三种——HRAS、KRAS
和NRAS,分别定位在
11、12和1号染色体上。在RAS基因中,KRAS对人类癌症影响最大,正常时,它能控制
调控细胞生长的路径;发生异常时,则导致细胞持续生长,并阻止细胞自我毁灭,不能产
生正常RAS蛋白,使细胞内信号传导紊乱,细胞增殖失控而癌变。
原癌基因(K-ras)突变发生于多种癌症,例如结肠癌、肺癌、甲状腺癌、胰腺癌、胆
管癌。 K-RAS 基因是所有肿瘤中突变频率最高的致癌基因, 约有10%-20%的肿瘤与
K-RAS 的异常激活有关,参与EGFR信号传导通路。结直肠癌患者中K-RAS 基因的突变率
约为35-40%, 而且90%的突变发生在12、13位密码子,可导致p21-ras蛋白的生长信号的异
常变化。该基因是TKI治疗的靶分子,携带有K-RAS基因突变的患者对TKI治疗不敏感。
过度的生长信号可刺激细胞生长和增殖从而导致了癌症的发生。
目前KRAS基因检测已被欧美地区列为大肠癌患者内科治疗前必做的常规检查。大量
临床研究表明,靶向药物(如爱必妥和帕尼单抗)对于未发生KRAS基因突变的患者有效率可
达到60%,而对已发生KRAS基因突变的患者则完全无效。KRAS基因检测是目前医生了
解大肠癌患者癌基因状况最直接、最有效的方法。通过检测KRAS基因有没有突变,可以
筛选出抗EGFR(表皮生长因子受体)靶向药物治疗有效的大肠癌患者,实现肿瘤病人的
个体化治疗,从而延长患者生存 期。对于没有突变的患者,则能减少不必要的治疗费用和
毒副作用。
最新的靶向治疗方法是通过利用肿瘤细胞受体分子进行的药物开发,这种药物能够作
用于肿瘤特异靶标,达到特异杀伤抑制肿瘤细胞的目的。目前这种靶向治疗的药物主要有爱
必妥(默克公司)和帕尼单抗(安进公司),然而靶向药物在不同患者中有不同的疗效,有
效率约为20-50%。通过对结肠癌患者进行靶标检测,能够科学的判断该病人能否适应靶向
药物治疗,指导病人用药,实现病人的个体化医疗。
K-ras基因检测(K-ras,p21)临床意义:
检测K-ras基因突变是深入了解癌基因的情况,
了解各种癌症的发展预后,放化疗疗效的重要指标。⑴ K-ras基因突变发生在肿瘤恶变的早
期,并且原发灶和转移灶的K-ras基因高度保持一致,一般认为,K-ras基因状态不会因治
疗而发生变化。⑵ K-ras基因突变见于20%的非小细胞肺癌(NSCLC),其中肺腺癌占30%~
50%。 大肠癌患者K-ras突变率为30%~35%。
【检测位点】
突变 外显子 碱基变化 Cosmic ID
Gly12Asp 12 GGT>GAT 521
Gly12Val 12 GGT>GTT 520
Gly12Ser 12 GGT>AGT 517
Gly12Cys 12 GGT>TGT 516
Gly12Ala 12 GGT>GCT 522
Gly12Arg 12 GGT>CGT 518
Gly13Asp 13 GGC>GAC 532
BRAF V600E基因突变检测
BRAF是一种癌基因,它编码一种丝/苏氨酸特异性激酶,是RAS/RAF/MEK/ ERK/MAPK通路重
要的转导因子,参与调控细胞内多种生物学事件,如细胞生长、分化和凋亡等。研究表明,在多
种人类恶性肿瘤中,如恶性黑色素瘤、结直肠癌、肺癌、甲状腺癌、肝癌及胰腺癌等均存在不同
比例的BRAF基因突变,约66%恶性黑色素瘤和15%的结肠癌中BRAF基因存在体细胞错义突变。
大约80-90%的BRAF基因突变发生在exon15的1799核苷酸上,T突变为A,导致其编码的谷氨
酸由缬氨酸取代(V600E)
。目前认为,V600E突变可模拟T599和S602两个位点的磷酸化过程,
从而使BRAF蛋白异常激活。BRAF突变状态与多种肿瘤的发生、发展及临床结局有关。
随着BRAF
突变研究的深入,可望为阐明肿瘤发生的分子机制,寻找新的治疗途径与靶点提供思路。
BRAF基因突变作为乳头状甲状腺癌(PTC)发生的驱动性突变
,已经成为PTC 细针穿刺细
胞学标本诊断和病情预后的一个重要指标。BRAF 基因突变率在PTC 中高达44%,具有很好的诊
断意义。BRAF 基因突变阳性的甲状腺癌病人较突变阴性病人预后不良。在黑色素瘤的治疗方面,
针对BRAF基因突变所研发的新型靶向药物威罗菲尼(Vemurafenib)对BRAF基因V600E 突变的
患者疗效显著。在结直肠癌中,BRAF基因突变的患者对EGFR 靶向药物可能存在原发耐药,因
此,美国国家癌症综合治疗联盟(NCCN)《结直肠癌临床实践指南》(2013)建议,在使用爱
必妥(Cetuximab)或帕尼单抗(Panitumumab)等靶向药物时,对KRAS 基因野生型患者进一步
检测BRAF 基因状态。
威罗菲尼(Zelboraf, vemuragenib, PLX 4032)获准用于治疗不可手术且经FDA批准的BRAF
V600E突变检测呈阳性的转移性黑色素瘤患者。在批准该药的同时,FDA还同时批准了用于黑色
素瘤患者相应突变检测的BRAF V600E突变检测。临床研究发现,EGFR信号通路中的BRAF基因
V600E突变的病人对EGFR单抗原发耐药。因此,推荐肿瘤患者接受EGFR靶向药物治疗前,进行
BRAF基因V600E突变的检测。而且,2011年版《NCCN结直肠癌临床实践指南》中明确指出结直
肠癌患者应进行BRAF基因V600E突变的检测,如果患者存在V600E突变时,一线治疗进展后使
用抗EGFR单抗治疗是无效的。BRAF基因突变检测能提高临床治疗的针对性,指导靶向药物的合
理使用,避免无效或治疗不当造成的病人病情延误,降低治疗风险。
有研究证明,在野生型KRAS肿瘤当中,发生BRAF V600E
突变的个体,对Panitumumab/帕
尼单抗和Cetuximab/西妥昔单抗完全不反应,而没发生BRAF突变的野生型个体,32%有反应,
68%没反应。这提示今后重点检测BRAF的突变可为今后结肠癌临床用药给予指导
,BRAF基因突
变的患者接受EGFR-TKI药物治疗的有效率低。而且,BRAF V600E突变可导致部分KRAS基因野
生型患者对EGFR-TKI及EGFR单抗药物治疗不敏感。因此检测肿瘤患者B-RAF基因突变情况可
用于指导 EGFR-TKI的靶向用药。
检测位点:V600E。
B-raf基因突变检测实例
A. BRAF第600密码子野生型测序图谱
B. BRAF第600密码子突变型测序图谱
EGFR基因突变检测
肺癌是当今世界各国常见的恶性肿瘤,并已成为绝大多数国家癌症死亡的主要原因。其中以
非小细胞肺癌(NSCLC)最常见。目前靶向治疗已经成为NSCLC临床治疗的重要手段。易瑞
沙(Iressa/吉非替尼/Gefitinib,阿斯利康)和特罗凯(Tarceva/厄罗替尼/Erlotinib,罗氏制药)
作为表皮生长因子受体(EGFR)酪氨酸激酶抑制剂(TKI),是美国FDA批准用于NSCLC
靶向治疗的主要药物。易瑞莎和特罗凯是近年来开发的两种特异性较高的治疗NSCLC的肿
瘤靶向治疗药物,该类药物通过抑制肿瘤发生、发展中必须的表皮生长因子受体酪氨酸激酶
活性,从而达到抑制肿瘤细胞的增生、侵袭、转移、血管生成并促进肿瘤细胞的调亡。但是,
临床试验表明易瑞沙和特罗凯仅对10-30%的NSCLC病人有显著疗效。进一步的研究发现
EGFR基因突变与NSCLC靶向治疗的疗效具有相关性,绝大多数携带EGFR基因突变的
病人疗效显著。
大量研究资料表明EGFR基因突变主要集中在酪氨酸激酶区(tyrosine kinase coding domain,
18-2l外显子) 外显子18-21上,其中19外显子多为框内缺失(746-753)性突变,约占所有突
变的45%;21外显子多为替代突变(主要是L858R),约占所有突变的40%。目前普遍认为,
这两个热点突变可以增强肿瘤细胞对TKI的敏感性,并且可作为TKI治疗的有效预测指标。
因此,检测EGFR基因突变对于指导NSCLC病人临床用药具有重要的参考价值。
临床实践显示易瑞莎和特罗凯这两种药物疗效存在很大的个体差异,仅有10%-20%的个体
会有很好效果。研究发现,EGFR 基因酪氨酸激酶区域存在多种突变,这些突变能够很好
预测易瑞莎和特罗凯的治疗效果,为肿瘤用药提供指导依据。
EGFR基因29种突变:
EGFR第18外显子
片段长度为437bp,核苷酸2155G>A突变(G719S);
EGFR第19外显子
片断长度为411bp,主要突变有:
核苷酸2235-2249Del(E746-A750del)
核苷酸2236-2250Del(E746-A750del)
核苷酸2254-2277Del(S752-I759del)
其它核苷酸片段缺失、插入、重复现象,如L747-T75linsA,L747-P753insS(747位亮
氨酸至第753位苯丙氨酸缺失,插入丝氨酸)和L747-A750del。
EGFR第21外显子,片段长度为399bp,主要突变有:
核苷酸2576T-G(L858R)
核苷酸2497T-G(L833V)
核苷酸2504A-T(H835L)
核苷酸2556位插入碱基G(q852)
采用临床突变检测公认的“金标准”——Sanger测序法进行检测:
1、 个体化指导:选出对患者效果最佳的药物,为医生提供个体化用药的科学依据;
2、 指导EGFR-TKI类药物的合理使用,帮助医生为患者选择最优的治疗方案;
3、 避免不合适药物无效治疗造成的病情延误,降低治疗风险,节省医疗资源。
【检测位点】
突变 外显子 碱基变化 Cosmic ID
6239
6252
6253
6223
6225
G719A 18 2156G>C
G719S 18 2155G>A
G719C 18 2155G>T
E746-A750del(1) 19
E746-A750del(2) 19
L747-P753>S 19
E746-A750>I 19
E746-A750del 19
E746-A750>A 19
E746-S752>A 19
E746-S752>V 19
E746-S752>D 19
L747-A750>P 19
L747-T751>Q 19
L747-E749del 19
L747-T751del 19
L747-S752del 19
L747-A750>P 19
L747-P753>Q 19
L747-T751>S 19
L747-T751del 19
2235-2249del15
2236-2250del15
2240-2257del18 12370
2235-2252>AAT(complex) 13551
2235-2253del18
2237-2251 del15
2237-2254 del18
12728
12678
12367
2237-2250 >T(complex) 12384
2238-2255 del18 6220
2238-2248 >GC(complex) 12422
2238-2252 >GCA(complex) 12419
2239-2247del9
2239-2253del15
2239-2256del18
6218
6254
6255
2239-2248TTAAGAGAAG >C12382
2239-2258>CA(complex) 12387
2240-2251del12
2240-2254del15
6210
12369
L747-T751>P 19 2239-2251 >C(complex) 12383
T790M 20 2369C> T 6240
S768I 20 2303G>T
V769-D770insASV 20 2307-2308 ins GCCAGCGTG
H773-V774insH
D770-N771insG
20
20
2319-2320 ins CAC
2310-2311 ins GGT
6241
12376
12377
12378
6224
6213
L858R 21 2573T>G
L861Q 21 2582T>A