2024年6月14日发(作者:端俨雅)
・
70・ 生物学教学2017年(第42卷)第1期
关于磷酸二酯键、磷酸键和高能磷酸键的辨析
徐 乐 李胜杰 (湖北省长江大学农学院荆州434025)
摘要本文对3 ,5 一磷酸二酯键、磷酸键及高能磷酸键的来源、含义和关系进行辨析。
磷酸二酯键磷酸键高能磷酸键辨析 关键词
1 化学键
在人教版高中生物学教材中,对高能磷酸键的描
述是:“ATP的分子结构式可以写成A—P—P—P,其中
A代表腺苷,P代表磷酸基团,一代表一种特殊的化学
化学键是一种分子内原子间或者离子间的相互作
用力,本质是电子绕原子核运动的结果。常见的化学
键类型包括离子键、金属键、共价键和配位键。
键,叫做高能磷酸键。”通过分析ATP的结构(图2),可
2磷酸二酯键
知ATP中含有两个高能磷酸键,这里的高能磷酸键实
在辨析酯键之前,先要了解什么是酯化反应。它 际是磷酸分子之间脱水形成的磷酸酐键。而对于磷酸
是醇羟基跟羧酸或含氧无机酸(如磷酸)生成酯和水
键,可以理解为磷酸参与形成的各种化学键的总称(因
的反应。在该过程中形成的连接醇和酸的共价键即为 为查阅化学专业书籍,发现“磷酸键”这个词在化学术
酯键。在DNA的脱氧核糖和RNA的核糖中的3号位
语中并不存在)。因此,A—P—P~P中的“一”表示的
和5号位的碳上都有羟基,它们与磷酸之间发生酯化 也是一个磷酸键,不过它是一个磷酸酯键,和图1中的
反应生成的化学键都是酯键(图1中的①和②),而中
②是完全一样的。
间的磷酸即参与形成了化合物磷酸二酯,习惯上把这
两个键统称为3 ,5 一磷酸二酯键。
⑦
高能
图2 ATP结构模式图
需要指出的是,由于化学键的断裂不仅不释放化
①
学能,还需要吸收化学能,高能磷酸键断裂时,释放的
②
能量实际是来自于整个分子结构的变化,因此,高能磷
酸键的概念在许多教材中已经弃用,取而代之的是高
能磷酸化合物。高能磷酸化合物是指化合物进行标准
图1 核苷酸链部分结构模式图
代谢反应(水解成磷酸或羧酸衍生物)时伴随的标准
3高能磷酸键
自由能变化(指负的数值)等于或大于ATP水解成ADP
●
并没有取得突破性的进展,瓶颈就在于当时的基因编
Parasite exposure drives selective evolution of constitutive versus in-
辑技术操作过程太过复杂、耗费昂贵等,而这一切都将
ducible defense.Current Biology,25(8):1043—1049
因为CRISPR技术的出现而发生巨大的改变。
[5]Kamens J.2014.Addgene:Making materials sharing“science as u—
(基金项目:国家自然科学基金项目,No.
sual”.PLOS Biology,12(11):e1001991
[6]Tsai SQ,wy、rekens N,Khayter C,et a1.2014.Dimeric CRISPR
31171182、U1204305、31301252;:lc通讯作者)
RNA—-guided FokI nueleases for highly specific genome editing.Na-
主要参考文献
ture Biotechnology,32(6):569—576
[1]Wiedenheft B.2013.In defense of phage:Viral suppressors of
[7]Wang H,Yang H,Shivalila CS,et a1.2013.One—step genemfion
CRISPR—mediated adapti, ̄e immuuit2/ bacteria.RNA Biolo ̄.10
fomice caryrir ̄mutations in multiple genes by CRISPR/Cas media-
(5):886~890
ted genome engineering.Cell,153(4):910—918
[2]Pauwels K,Podevin N,Breyer D,et a1.2014.Engineering nuclea-
[8]Shan Q,Wang Y,Li J,et a1.2013.Targeted genome modiifcation
ses for gene targeting:safety and regulatory considerations.New Bio・
fo crop plants using a CRISPR—Cas system.Nature Biotechnology,
technology,31(1):18~27
3l(8):686—688
[3]Pennisi E.2013.The CRISPR craze.Science,341(6148):833~
[9]Platt RJ,Chetr S,Zhou Y,et a1.2014.CRISPR—Cas9 knockin
836
mice for genome ediitng nad cancer modeling.Cell,159(2):44O一
[4]Westral ER,van Houte S,Oyesiku—Blakemorel S,et a1.2015.
455
生物学教学2017年(第42卷)第1期
・
71・
基因库、基因组、基因文库的概念辨析
全 刚 (浙江省湖州中学313000)
摘要本文从概念、分类和应用领域三方面对基因库、基因组和基因文库这三个名词进行简要介绍。
基因库基因组基因文库概念辨析 关键词
1 基因库
布,可将基因组分为真核生物基因组、原核生物基因组
基因库,就是基因的“仓库”,它 和病毒基因组。真核生物基因组又分为核基因组和细 1.1基因库的概念
是指一个种群中全部个体所带有的全部基因(包括全
胞器基因组,前者是指单倍体的细胞核内整套染色体
部等位基因)的总和…。对基因库这个概念的注意要
点是:①是一个完整独立的种群;②是种群中所有存活
的个体;③是全部基因,包括中性的基因、有利的基因
与有害的基因。所以,若携带某种基因的个体全部死
亡,那么这种基因将在该种群基因库中消失。
1.2基因库的应用领域基因库这一概念属于种群
遗传学范畴,它研究的对象不是细胞和个体,而是由一
群可交配繁殖的个体组成的群体,该群体中的个体具
有共同的基因库。一个种群基因库中的基因不会因为
个体死亡而丢失,可以通过种群中雌雄个体的有性生
殖进行基因交流,从而将基因保留。种群基因库常用
基因频率和基因型频率来描述。在一个自然环境中,
种群中某个基因的频率和基因型的频率总是在发生变
化的,进而影响种群基因库的变化,实质上就是这一种
群的进化。因此,研究种群基因库的变化有助于了解
生物进化的机制。
2基因组
2.1 基因组的概念基因组的早期译名为染色体组,
指的是单倍体细胞中所包含的整套染色体。近年来,
学术界用基因组这个名词替代了染色体组。在遗传学
中对基因组的定义是:一个单倍体细胞核中、一个细胞
器(动、植物细胞质中的线粒体,植物细胞质中的叶绿
体)中或一个病毒毒粒中所含的全部DNA(或RNA)分
子的总称 j。基因组包括编码序列和非编码序列在
内的全部DNA分子,是某个特定物种细胞全部遗传信
息的集合。
2.2基因组的分类根据DNA在不同生物中的分
的标准自由能变化的化合物。除了ATP之外还有诸
如磷酸肌酸、磷酸烯醇式丙酮酸也都属于高能磷酸化
合物。
综合所述,3 ,5 一磷酸二酯键是由一个磷酸参与
形成的两个磷酸酯键的统称,其与ATP中腺苷与磷酸
之间形成的酯键一样,都是普通的磷酸键,而常说的高
能磷酸键所释放的能量是高能磷酸化合物水解反应过
程释放的总能量。
所含的DNA分子;后者则区分为线粒体基因组和叶绿
体基因组。原核生物基因组就是原核细胞内的拟核和
质粒,一大一小两个环状DNA分子。从上可知,不同
生物的基因组差别很大。例如,人类核基因组包括22
条常染色体和x或Y两条 染色体中的全部DNA分
子;而霍乱弧菌的基因组只由一大一小两个环状DNA
分子构成。从整体上看,同种生物的不同个体的基因
组是相同的,因此,可以说“一个物种只有一个基因
组”,但由于不同个体可能拥有不同的等位基因,这就
决定了个体之间的差异。
2.3基因组的应用领域基因组研究主要包括两个
方面:①以全基因组进行测序为目标的结构基因组学,
它的目的是建立生物体高分辨率遗传、物理和转录图
谱。结构基因组学是通过基因作图,核苷酸序列分析
以确定基因组成、基因定位的一门科学,它代表基因组
分析的早期阶段 J。②功能基因组学相关的研究包
括基因功能发现、基因表达分析及突变检测。它以高
通量、大规模实验方法及计算机统计分析为特征,对成
千上万的基因表达进行分析和比较,力图从基因组整
体水平上对基因的活动规律进行阐述。自从1990年
正式启动人类基因组计划以来,基因组学的研究已发
展成生命科学研究的前沿和热点领域。
3基因文库
3.1 基因文库的概念指将某种生物的全部基因组
的遗传信息贮存在可以长期保存的稳定的重组体中,
以备需要时能够随时从中分离出所需要的目的基因,
这种保存基因遗传信息的材料,就称为基因文库又称
DNA文库L4 J。基因文库由外源DNA片段、载体和宿
主细胞组成。通常是将某生物不同基因用适当的工具
酶剪切后拼接到低等微生物如细菌的质粒、噬菌体等
载体上,将这些载体导人到受体细菌或细胞中,使得
各受体细胞中分别含有这种生物的不同基因;经过繁
殖扩增,许多细胞一起包含了该生物全部基因组序列,
建构成该生物的基因文库。例如,带有人类所有基因
克隆的大肠杆菌细胞构成了人类基因文库,可从这个
文库中筛选、鉴定和研究人类的各种基因。
2024年6月14日发(作者:端俨雅)
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70・ 生物学教学2017年(第42卷)第1期
关于磷酸二酯键、磷酸键和高能磷酸键的辨析
徐 乐 李胜杰 (湖北省长江大学农学院荆州434025)
摘要本文对3 ,5 一磷酸二酯键、磷酸键及高能磷酸键的来源、含义和关系进行辨析。
磷酸二酯键磷酸键高能磷酸键辨析 关键词
1 化学键
在人教版高中生物学教材中,对高能磷酸键的描
述是:“ATP的分子结构式可以写成A—P—P—P,其中
A代表腺苷,P代表磷酸基团,一代表一种特殊的化学
化学键是一种分子内原子间或者离子间的相互作
用力,本质是电子绕原子核运动的结果。常见的化学
键类型包括离子键、金属键、共价键和配位键。
键,叫做高能磷酸键。”通过分析ATP的结构(图2),可
2磷酸二酯键
知ATP中含有两个高能磷酸键,这里的高能磷酸键实
在辨析酯键之前,先要了解什么是酯化反应。它 际是磷酸分子之间脱水形成的磷酸酐键。而对于磷酸
是醇羟基跟羧酸或含氧无机酸(如磷酸)生成酯和水
键,可以理解为磷酸参与形成的各种化学键的总称(因
的反应。在该过程中形成的连接醇和酸的共价键即为 为查阅化学专业书籍,发现“磷酸键”这个词在化学术
酯键。在DNA的脱氧核糖和RNA的核糖中的3号位
语中并不存在)。因此,A—P—P~P中的“一”表示的
和5号位的碳上都有羟基,它们与磷酸之间发生酯化 也是一个磷酸键,不过它是一个磷酸酯键,和图1中的
反应生成的化学键都是酯键(图1中的①和②),而中
②是完全一样的。
间的磷酸即参与形成了化合物磷酸二酯,习惯上把这
两个键统称为3 ,5 一磷酸二酯键。
⑦
高能
图2 ATP结构模式图
需要指出的是,由于化学键的断裂不仅不释放化
①
学能,还需要吸收化学能,高能磷酸键断裂时,释放的
②
能量实际是来自于整个分子结构的变化,因此,高能磷
酸键的概念在许多教材中已经弃用,取而代之的是高
能磷酸化合物。高能磷酸化合物是指化合物进行标准
图1 核苷酸链部分结构模式图
代谢反应(水解成磷酸或羧酸衍生物)时伴随的标准
3高能磷酸键
自由能变化(指负的数值)等于或大于ATP水解成ADP
●
并没有取得突破性的进展,瓶颈就在于当时的基因编
Parasite exposure drives selective evolution of constitutive versus in-
辑技术操作过程太过复杂、耗费昂贵等,而这一切都将
ducible defense.Current Biology,25(8):1043—1049
因为CRISPR技术的出现而发生巨大的改变。
[5]Kamens J.2014.Addgene:Making materials sharing“science as u—
(基金项目:国家自然科学基金项目,No.
sual”.PLOS Biology,12(11):e1001991
[6]Tsai SQ,wy、rekens N,Khayter C,et a1.2014.Dimeric CRISPR
31171182、U1204305、31301252;:lc通讯作者)
RNA—-guided FokI nueleases for highly specific genome editing.Na-
主要参考文献
ture Biotechnology,32(6):569—576
[1]Wiedenheft B.2013.In defense of phage:Viral suppressors of
[7]Wang H,Yang H,Shivalila CS,et a1.2013.One—step genemfion
CRISPR—mediated adapti, ̄e immuuit2/ bacteria.RNA Biolo ̄.10
fomice caryrir ̄mutations in multiple genes by CRISPR/Cas media-
(5):886~890
ted genome engineering.Cell,153(4):910—918
[2]Pauwels K,Podevin N,Breyer D,et a1.2014.Engineering nuclea-
[8]Shan Q,Wang Y,Li J,et a1.2013.Targeted genome modiifcation
ses for gene targeting:safety and regulatory considerations.New Bio・
fo crop plants using a CRISPR—Cas system.Nature Biotechnology,
technology,31(1):18~27
3l(8):686—688
[3]Pennisi E.2013.The CRISPR craze.Science,341(6148):833~
[9]Platt RJ,Chetr S,Zhou Y,et a1.2014.CRISPR—Cas9 knockin
836
mice for genome ediitng nad cancer modeling.Cell,159(2):44O一
[4]Westral ER,van Houte S,Oyesiku—Blakemorel S,et a1.2015.
455
生物学教学2017年(第42卷)第1期
・
71・
基因库、基因组、基因文库的概念辨析
全 刚 (浙江省湖州中学313000)
摘要本文从概念、分类和应用领域三方面对基因库、基因组和基因文库这三个名词进行简要介绍。
基因库基因组基因文库概念辨析 关键词
1 基因库
布,可将基因组分为真核生物基因组、原核生物基因组
基因库,就是基因的“仓库”,它 和病毒基因组。真核生物基因组又分为核基因组和细 1.1基因库的概念
是指一个种群中全部个体所带有的全部基因(包括全
胞器基因组,前者是指单倍体的细胞核内整套染色体
部等位基因)的总和…。对基因库这个概念的注意要
点是:①是一个完整独立的种群;②是种群中所有存活
的个体;③是全部基因,包括中性的基因、有利的基因
与有害的基因。所以,若携带某种基因的个体全部死
亡,那么这种基因将在该种群基因库中消失。
1.2基因库的应用领域基因库这一概念属于种群
遗传学范畴,它研究的对象不是细胞和个体,而是由一
群可交配繁殖的个体组成的群体,该群体中的个体具
有共同的基因库。一个种群基因库中的基因不会因为
个体死亡而丢失,可以通过种群中雌雄个体的有性生
殖进行基因交流,从而将基因保留。种群基因库常用
基因频率和基因型频率来描述。在一个自然环境中,
种群中某个基因的频率和基因型的频率总是在发生变
化的,进而影响种群基因库的变化,实质上就是这一种
群的进化。因此,研究种群基因库的变化有助于了解
生物进化的机制。
2基因组
2.1 基因组的概念基因组的早期译名为染色体组,
指的是单倍体细胞中所包含的整套染色体。近年来,
学术界用基因组这个名词替代了染色体组。在遗传学
中对基因组的定义是:一个单倍体细胞核中、一个细胞
器(动、植物细胞质中的线粒体,植物细胞质中的叶绿
体)中或一个病毒毒粒中所含的全部DNA(或RNA)分
子的总称 j。基因组包括编码序列和非编码序列在
内的全部DNA分子,是某个特定物种细胞全部遗传信
息的集合。
2.2基因组的分类根据DNA在不同生物中的分
的标准自由能变化的化合物。除了ATP之外还有诸
如磷酸肌酸、磷酸烯醇式丙酮酸也都属于高能磷酸化
合物。
综合所述,3 ,5 一磷酸二酯键是由一个磷酸参与
形成的两个磷酸酯键的统称,其与ATP中腺苷与磷酸
之间形成的酯键一样,都是普通的磷酸键,而常说的高
能磷酸键所释放的能量是高能磷酸化合物水解反应过
程释放的总能量。
所含的DNA分子;后者则区分为线粒体基因组和叶绿
体基因组。原核生物基因组就是原核细胞内的拟核和
质粒,一大一小两个环状DNA分子。从上可知,不同
生物的基因组差别很大。例如,人类核基因组包括22
条常染色体和x或Y两条 染色体中的全部DNA分
子;而霍乱弧菌的基因组只由一大一小两个环状DNA
分子构成。从整体上看,同种生物的不同个体的基因
组是相同的,因此,可以说“一个物种只有一个基因
组”,但由于不同个体可能拥有不同的等位基因,这就
决定了个体之间的差异。
2.3基因组的应用领域基因组研究主要包括两个
方面:①以全基因组进行测序为目标的结构基因组学,
它的目的是建立生物体高分辨率遗传、物理和转录图
谱。结构基因组学是通过基因作图,核苷酸序列分析
以确定基因组成、基因定位的一门科学,它代表基因组
分析的早期阶段 J。②功能基因组学相关的研究包
括基因功能发现、基因表达分析及突变检测。它以高
通量、大规模实验方法及计算机统计分析为特征,对成
千上万的基因表达进行分析和比较,力图从基因组整
体水平上对基因的活动规律进行阐述。自从1990年
正式启动人类基因组计划以来,基因组学的研究已发
展成生命科学研究的前沿和热点领域。
3基因文库
3.1 基因文库的概念指将某种生物的全部基因组
的遗传信息贮存在可以长期保存的稳定的重组体中,
以备需要时能够随时从中分离出所需要的目的基因,
这种保存基因遗传信息的材料,就称为基因文库又称
DNA文库L4 J。基因文库由外源DNA片段、载体和宿
主细胞组成。通常是将某生物不同基因用适当的工具
酶剪切后拼接到低等微生物如细菌的质粒、噬菌体等
载体上,将这些载体导人到受体细菌或细胞中,使得
各受体细胞中分别含有这种生物的不同基因;经过繁
殖扩增,许多细胞一起包含了该生物全部基因组序列,
建构成该生物的基因文库。例如,带有人类所有基因
克隆的大肠杆菌细胞构成了人类基因文库,可从这个
文库中筛选、鉴定和研究人类的各种基因。