2024年4月7日发(作者：颜硕)
19. 玫瑰球菌属(
Roseococcus
)
20. 玫瑰单胞菌属(
Roseomonas
)
21. (
Rubritepida
)
22. (
Saccharibacter
)
23. (
Stella
)
24. (
Swaminathania
)
25. (
Teichococcus
)
26. (
Zavarzinia
)
2. 红螺菌科(Rhodospirillaceae)
1. 固氮螺菌属(
Azospirillum
)
2. (
Conglomeromonas
)
3. (
Defluviicoccus
)
4. (
Inquilinus
)
5. 磁螺菌属(
Magnetospirillum
)
6. (
Phaeospirillum
)
7. (
Rhodocista
)
8. 红螺旋菌属(
Rhodospira
)
9. 红螺菌属(
Rhodospirillum
)
10. 红弧菌属(
Rhodovibrio
)
11. 玫瑰螺旋菌属(
Roseospira
)
12. (
Skermanella
)
13. (
Telmatospirillum
)
14. (
Thalassospira
)
15. (
Tistrella
)
7. 立克次体目(Rickettsiales)
1. 无形体科(Anaplasmataceae)
1. (
Aegyptianella
)
2. 无形体属(
Anaplasma
)
3. (
Cowdria
)
4. 埃里希体属(
Ehrlichia
)
5. 新立克次体属(
Neorickettsia
)
6. 沃巴赫体属(
Wolbachia
)
7. (
Xenohaliotis
)*
2. 全孢菌科(Holosporaceae)
1. 全孢菌属(
Holospora
)
3. 立克次体科(Rickettsiaceae)
1. (
Orientia
)
2. 立克次体属(
Rickettsia
)
4. SAR 11群*
1. 远洋杆菌属(
Pelagibacter
)*
5. 科未定
1. (
Lyticum
)
2. (
Odyssella
)*
3. (
Pseudocaedibacter
)
4. (
Symbiotes
)
5. (
Tectibacter
)
8. 鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)
1. 赤杆菌科(Erythrobacteraceae)
1. (
Altererythrobacter
)
2. 赤杆菌属(
Erythrobacter
)
3. 赤微菌属(
Erythromicrobium
)
4. 紫杆菌属(
Porphyrobacter
)
2. 鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
9. 目未定
芽单胞菌属(
Blastomonas
)
柠檬酸微菌属(
Citromicrobium
)*
赤单胞菌属(
Erythromonas
)
新鞘脂菌属(
Novosphingobium
)
(
Sandaracinobacter
)
(
Sandaracinorhabdus
）
鞘脂菌属(
Sphingobium
)
鞘脂单胞菌属(
Sphingomonas
)
(
Sphingopyxis
)
(
Sphingosinicella
)
发酵单胞菌属(
Zymomonas
)
1. (
Albimonas
)
2. (
Caenispirillum
)
3. (
Insolitispirillum
)
4. (
Novispirillum
)
[编辑] β-变形菌纲(Betaproteobacteria)
1. 伯克氏菌目(Burkholderiales)
1. 产碱菌科(Alcaligenaceae)
1. 无色杆菌属(
Achromobacter
)
2. (
Advenella
)
3. 产碱菌属(
Alcaligenes
)
4. (
Azohydromonas
)
5. 博德氏菌属(
Bordetella
)
6. (
Brackiella
)
7. (
Castellaniela
)
8. 德克斯氏菌属(
Derxia
)
9. (
Kerstersia
)
10. (
Oligella
)
11. (
Pelistega
)
12. (
Pigmentiphaga
)
13. (
Pusillimonas
)
14. (
Sutterella
)
15. (
Taylorella
)
16. (
Tetrathiobacter
)
2. 伯克氏菌科(Burkholderiaceae)
1. 伯克氏菌属(
Burkholderia
)
2. (
Chitinimonas
)
3. (
Cupriavidus
)
4. (
Lautropia
)
5. (
Limnobacter
)
6. (
Pandoraea
)
7. (
Paucimonas
)
8. (
Polynucleobacter
)
9. 青枯菌属(
Ralstonia
)
10. (
Thermothrix
)
11. 沃特氏菌属(
Wautersia
)
3. 丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)
1. 食酸菌属(
Acidovorax
)
2. (
Alcycliphilus
)
3. (
Brachymonas
)
4. (
Caenibacterium
)
5. (
Caldimonas
)
6. 丛毛单胞菌属(
Comamonas
)
7. (
Curvibacter
)
8. 代尔夫特菌属(
Delftia
)
9. (
Diaphorobacter
)
10. (
Giesbergeria
)
11. 噬氢菌属(
Hydrogenophaga
)
12. (
Hylemonella
)
13. (
Lampropedia
)
14. (
Macromonas
)
15. (
Malikia
)
16. (
Ottowia
)
17. (
Pelomonas
)
18. (
Polaromonas
)
19. (
Ramlibacter
)
20. 红育菌属(
Rhodoferax
)
21. (
Schlegelella
)
22. (
Simplicispira
)
23. 贪食菌属(
Variovorax
)
24. (
Xenophilus
)
4. 草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)
1. (
Collimonas
)
2. (
Duganella
)
3. (
Herbaspirillum
)
4. (
Herminiimonas
)
5. (
Janthinobacterium
)
6. (
Massilia
)
7. (
Naxibacter
)
8. (
Oxalicibacterium
)
9. 草酸杆菌属(
Oxalobacter
)
10. (
Telluria
)
11. (
Undibacterium
)
5. 科未定
1. (
Aquabacterium
)
2. (
Aquincola
)
3. (
Ideonella
)
4. 纤发菌属(
Leptothrix
)
5. (
Methylibium
)
6. (
Mitsuaria
)
7. (
Paucibacter
)
8. (
Roseateles
)
9. 红长命菌属(
Rubrivivax
)
10. (
Sphaerotilus
)
11. (
Tepidicella
)
12. (
Tepidimonas
)
13. (
Thiobacter
)
14. 硫单胞菌属(
Thiomonas
)
15. (
Xylophilus
)
2. 嗜氢菌目(Hydrogenophilales)
1. 嗜氢菌科(Hydrogenophilaceae)
1. 嗜氢菌属(
Hydrogenophilus
)
2. (
Petrobacter
)
3. (
Tepidiphilus
)
4. 硫杆状菌属(
Thiobacillus
)
3. 嗜甲基菌目(Methylophilales)
1. 嗜甲基菌科(Methylophilaceae)
1. (
Methylobacillus
)
2. 嗜甲基菌属(
Methylophilus
)
3. (
Methylotenera
)
4. (
Methylovorus
)
4. 奈瑟菌目(Neisseriales)
1. 奈瑟菌科(Neisseriaceae)
1. (
Alysiella
)
2. (
Andreprevotia
)
3. 水螺菌属(
Aquaspirillum
)
4. (
Aquitalea
)
5. (
Bergeriella
)
6. (
Chitinibacter
)
7. (
Chitinilyticum
)
8. 色杆菌属(
Chromobacterium
)
9. (
Conchiformibius
)
10. (
Deefgea
)
11. 艾肯氏菌属(
Eikenella
)
12. (
Formivibrio
)
13. (
Gulbenkiania
)
14. (
Iodobacter
)
15. 金氏菌属(
Kingella
)
16. 鸥杆菌属(
Laribacter
)
17. (
Leeia
)
18. (
Microvirgula
)
19. (
Morococcus
)
20. 奈瑟菌属(
Neisseria
)
21. (
Paludibacterium
)
22. (
Prolinoborus
)
23. (
Silvimonas
)
24. (
Simonsiella
)
25. (
Uruburuella
)
26. (
Vitreoscilla
)
27. (
Vogesella
)
5. 亚硝化单胞菌目(Nitrosomonadales)
1. 嘉利翁氏菌科(Gallionellaceae)
1. 嘉利翁氏菌属(
Gallionella
)
2. 亚硝化单胞菌科(Nitrosomonadaceae)
1. 亚硝化叶菌属(
Nitrosolobus
)
2. 亚硝化单胞菌属(
Nitrosomonas
)
3. 亚硝化螺旋菌属(
Nitrosospira
)
3. 螺菌科(Spirillaceae)
1. 螺菌属(
Spirillum
)
6. 普罗卡杆菌目(Procabacteriales)*
1. 普罗卡杆菌科(Procabacteriaceae)*
1. 普罗卡杆菌属(
Procabacter
)*
7. 红环菌目(Rhodocyclales)
1. 红环菌科(Rhodocyclaceae)
1. 固氮弓菌属(
Azoarcus
)
2. (
Azonexus
)
3. (
Azospira
)
4. (
Azovibrio
)
5. (
Dechloromonas
)
6. (
Dechlorosoma
)
7. (
Denitratisoma
)
8. (
Ferribacterium
)
9. (
Methyloversatilis
)
10. 丙酸杆菌属(
Propionibacter
)
11. (
Propionivibrio
)
12. (
Quatrionicoccus
)
13. 红环菌属(
Rhodocyclus
)
14. (
Shinella
)
15. (
Sterolibacterium
)
16. 陶厄氏菌属(
Thauera
)
17. (
Uliginosibacterium
)
18. 动胶菌属(
Zoogloea
)
[编辑] δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)
1. 蛭弧菌目(Bdellovibrionales)
1. (Bacteriovoracaceae)
1. (
Bacteriovorax
)
2. (
Peredibacter
)
2. 蛭弧菌科(Bdellovibrionaceae)
1. 蛭弧菌属(
Bdellovibrio
)
2. (
Micavibrio
)
3. (
Vampirovibrio
)
2. 脱硫盒菌目(Desulfarculales)
1. 脱硫盒菌科(Desulfarculaceae)
1. 脱硫盒菌属(
Desulfarculus
)
3. 脱硫杆菌目(Desulfobacterales)
1. 脱硫杆菌科(Desulfobacteraceae)
1. (
Desulfatibacillum
)
2. (
Desulfatiferula
)
3. (
Desulfatirhabdium
)
4. 脱硫杆菌属(
Desulfobacter
)
5. (
Desulfobacterium
)
6. (
Desulfobacula
)
7. (
Desulfobotulus
)*
8. (
Desulfocella
)
9. (
Desulfococcus
)
10. (
Desulfofaba
)
11. (
Desulfofrigus
)
12. (
Desulfomusa
)
13. (
Desulfonema
)
14. (
Desulforegula
)
15. (
Desulfosarcina
)
16. (
Desulfospira
)
17. (
Desulfotignum
)
2. (Desulfobulbaceae)
1. (
Desulfobulbus
)
2. (
Desulfocapsa
)
3. (
Desulfofustis
)
4. (
Desulfopila
)
5. (
Desulforhopalus
)
6. (
Desulfotalea
)
3. (Nitrospinaceae)
1. (
Nitrospina
)
4. 脱硫弧菌目(Desulfovibrionales)
1. (Desulfohalobiaceae)
1. (
Desulfohalobium
)
2. (
Desulfonatronovibrio
)
3. (
Desulfonauticus
)
4. (
Desulfothermus
)
5. (
Desulfovermiculus
)
2. (Desulfomicrobiaceae)
1. (
Desulfomicrobium
)
3. (Desulfonatronaceae)
1. (
Desulfonatronum
)
4. 脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)
1. (
Bilophila
)
2. (
Desulfomonas
)
3. 脱硫弧菌属(
Desulfovibrio
)
4. (
Lawsonia
)
5. 硫还原菌目(Desulfurellales)
1. 硫还原菌科(Desulfurellaceae)
1. 硫还原菌属(
Desulfurella
)
2. (
Hippea
)
6. 除硫单胞菌目(Desulfuromonadales)
1. 除硫单胞菌科(Desulfuromonadaceae)
1. 除硫单胞菌属(
Desulfuromonas
)
2. (
Desulfuromusa
)
3. (
Malonomonas
)
4. (
Pelobacter
)
2. 地杆菌科(Geobacteraceae)
1. (
Geoalkalibacter
)
2. 地杆菌属(
Geobacter
)
3. (
Geopsychrobacter
)
4. (
Geothermobacter
)
5. (
Trichlorobacter
)
7. 黏球菌目(Myxococcales)
1.
1.
1.
2.
3.
4.
5.
6.
2.
1.
2.
3.
4.
孢囊杆菌亚目(Cystobacterineae)
孢囊杆菌科(Cystobacteraceae)
(
Anaeromyxobacter
)
(
Archangium
)
孢囊杆菌属(
Cystobacter
)
(
Hyalangium
)
(
Melittangium
)
(
Stigmatella
)
黏球菌科(Myxococcaceae)
(
Angiococcus
)
(
Corallococcus
)
黏球菌属(
Myxococcus
)
(
Pyxidicoccus
)
2. 侏囊菌亚目(Nannocystineae)
1. (Haliangiaceae)
1. (
Haliangium
)
2. (Kofleriaceae)
1. (
Kofleria
)
3. 侏囊菌科(Nannocystaceae)
1. (
Enhygromyxa
)
2. 侏囊菌属(
Nannocystis
)
3. (
Plesiocystis
)
3. 堆囊菌亚目(Sorangineae)
1. 多囊菌科(Polyangiaceae)
1. (
Byssovorax
)
2. (
Chondromyces
)
3. (
Haploangium
)*
4. (
Jahnella
)
5. 多囊菌属(
Polyangium
)
6. 堆囊菌属(
Sorangium
)
8. 互营杆菌目(Syntrophobacterales)
1. 互营菌科(Syntrophaceae)
1. (
Desulfobacca
)
2. (
Desulfomonile
)
3. (
Smithella
)
4. 互营菌属(
Syntrophus
)
2. 互营杆菌科(Syntrophobacteraceae)
1. (
Desulfacinum
)
2. (
Desulfoglaeba
)
3. (
Desulforhabdus
)
4. (
Desulfovirga
)
5. 互营杆菌属(
Syntrophobacter
)
6. (
Thermodesulforhabdus
)
[编辑] ε-变形菌纲(Epsilonproteobacteria)
1. 弯曲菌目(Campylobacterales)
1. 弯曲菌科(Campylobacteraceae)
1. 弓形杆菌属(
Arcobacter
)
2. 弯曲菌属(
Campylobacter
)
3. (
Dehalospirillum
)
4. 硫磺单胞菌属(
Sulfurospirillum
)
2. 螺杆菌科(Helicobacteraceae)
1. 螺杆菌属(
Helicobacter
)
2. (
Sulfuricurvum
)
3. (
Sulfurimonas
)
4. (
Sulfurovum
)
5. (
Thiovulum
)
6. 沃林氏菌属(
Wolinella
)
3. 氢单胞菌科(Hydrogenimonadaceae)
1. 氢单胞菌属(
Hydrogenimonas
)
2. (Nautiliales
)
1. (Nautiliaceae)
1. (
Caminibacter
)
2. (
Lebetimonas
)
3. (
Nautilia
)
4. (
Nitratifractor
)
5. (
Nitratiruptor
)
6. (
Thioreductor
)
[编辑] γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)
1. 酸硫杆状菌目(Acidithiobacillales)
1. 酸硫杆状菌科(Acidithiobacillaceae)
1. 酸硫杆状菌属(
Acidithiobacillus
)
2. 热硫杆状菌科(Thermithiobacillaceae)
1. 热硫杆状菌属(
Thermithiobacillus
)
2. 气单胞菌目(Aeromonadales)
1. 气单胞菌科(Aeromonadaceae)
1. 气单胞菌属(
Aeromonas
)
2. (
Oceanimonas
)
3. (
Oceanisphaera
)
4. (
Tolumonas
)
5. (
Zobellella
)
2. 琥珀酸弧菌科(Succinivibrionaceae)
1. 厌氧螺菌属(
Anaerobiospirillum
)
2. 反刍杆菌属(
Ruminobacter
)
3. 琥珀酸单胞菌属(
Succinimonas
)
4. 琥珀酸弧菌属(
Succinivibrio
)
3. 交替单胞菌目(Alteromonadales)
1. 交替单胞菌科(Alteromonadaceae)
1. (
Aestuariibacter
)
2. (
Agarivorans
)
3. (
Alishewanella
)
4. 交替单胞菌属(
Alteromonas
)
5. (
Glaciecola
)
6. (
Marinimicrobium
)
7. 海杆菌属(
Marinobacter
)
8. 海细菌属(
Marinobacterium
)
9. 产微球茎菌属(
Microbulbifer
)
10. (
Saccharophagus
)
11. (
Salinimonas
)
2. (Colwelliaceae)
1. (
Colwellia
)
2. (
Thalassomonas
)
3. (Ferrimonadaceae)
1. (
Ferrimonas
)
2. (
Paraferrimonas
)
4. (Idiomarinaceae)
1. (
Idiomarina
)
2. (
Pseudidiomarina
)
5. (Moritellaceae)
1. (
Moritella
)
6. 假交替单胞菌科(Pseudoalteromonadaceae)
1. (
Algicola
)
2. 假交替单胞菌属(
Pseudoalteromonas
)
7. 冷单胞菌科(Psychromonadaceae)
1. 冷单胞菌属(
Psychromonas
)
8. 希万氏菌科(Shewanellaceae)
1. 希万氏菌属(
Shewanella
)
9. 科未定
1. (
Teredinibacter
)
2. (
Endobugula
)*
4. 心杆菌目(Cardiobacteriales)
1. 心杆菌科(Cardiobacteriaceae)
1. 心杆菌属(
Cardiobacterium
)
2. (
Dichelobacter
)
3. (
Suttonella
)
5. 着色菌目(Chromatiales)
1. 着色菌科(Chromatiaceae)
1. (
Allochromatium
)
2. (
Amoebobacter
)
3. 着色菌属(
Chromatium
)
4. 盐着色菌属(
Halochromatium
)
5. (
Isochromatium
)
6. (
Lamprobacter
)
7. (
Lamprocystis
)
8. (
Marichromatium
)
9. 亚硝化球菌属(
Nitrosococcus
)
10. 芬尼氏菌属(
Pfennigia
)
11. 棍着色菌属(
Rhabdochromatium
)
12. (
Rheinheimera
)
13. 热着色菌属(
Thermochromatium
)
14. 硫碱球菌属(
Thioalkalicoccus
)
15. 硫橄榄菌属(
Thiobaca
)
16. 硫匣菌属(
Thiocapsa
)
17. 硫球菌属(
Thiococcus
)
18. 硫囊菌属(
Thiocystis
)
19. 硫网菌属(
Thiodictyon
)
20. 硫黄球菌属(
Thioflavicoccus
)
21. 硫盐匣菌属(
Thiohalocapsa
)
22. (
Thiolamprovum
)
23. (
Thiopedia
)
24. 硫红球菌属(
Thiorhodococcus
)
25. 硫红弧菌属(
Thiorhodovibrio
)
26. 硫螺菌属(
Thiospirillum
)
2. 外硫红螺旋菌科(Ectothiorhodospiraceae)
1. 碱湖生菌属(
Alkalilimnicola
)
2. 碱螺菌属(
Alkalispirillum
)
3. (
Aquisalimonas
)
4. (
Arhodomonas
)
5. (
Ectothiorhodosinus
)
6. 外硫红螺旋菌属(
Ectothiorhodospira
)
7. 盐红螺旋菌属(
Halorhodospira
)
8. (
Natronocella
)
9. 硝化球菌属(
Nitrococcus
)
10. 硫碱螺旋菌属(
Thioalkalispira
)
11. 硫碱弧菌属(
Thialkalivibrio
)
12. 硫红螺旋菌属(
Thiorhodospira
)
3. 颗粒状球菌科(Granulosicoccaceae)
1. 颗粒状球菌属(
Granulosicoccus
)
4. 盐硫杆状菌科(Halothiobacillaceae)
1. 盐硫杆状菌属(
Halothiobacillus
)
2. (
Thiovirga
)
6. 肠杆菌目(Enterobacteriales)
1. 肠杆菌科(Enterobacteriaceae)
1. (
Arsenophonus
)
2. (
Brenneria
)
3. 布赫纳氏菌属(
Buchnera
)
4. (
Budvicia
)
5. 布丘氏菌属(
Buttiauxella
)
6. (
Calymmatobacterium
)
7. 西地西菌属(
Cedecea
)
8. 柠檬酸杆菌属(
Citrobacter
)
9. (
Dickeya
)
10. 爱德华氏菌属(
Edwardsiella
)
11. 肠杆菌属(
Enterobacter
)
12. 欧文氏菌属(
Erwinia
)
13. 埃希氏菌属(
Escherichia
) （包含大肠杆菌）
14. (
Ewingella
)
15. 哈夫尼菌属(
Hafnia
)
16. 克雷伯氏菌属(
Klebsiella
)
17. 克吕沃氏菌属(
Kluyvera
)
18. (
Leclercia
)
19. (
Leminorella
)
20. (
Levinea
)
21. (
Moellerella
)
22. (
Morganella
)
23. (
Obesumbacterium
)
24. 泛菌属(
Pantoea
)
25. (
Pectobacterium
)
26. (
Phlomobacter
)*
27. (
Photorhabdus
)
28. 邻单胞菌属(
Plesiomonas
)
29. (
Pragia
)
30. 变形杆菌属(
Proteus
) （注：或译作“变形菌属”，此处把“变形菌”一
词留给Proteobacteria）
31. 普罗维登斯菌属(
Providencia
)
32. (
Rahnella
)
33. (
Raoultella
)
34. 糖杆菌属(
Saccharobacter
)
35. 沙门氏菌属(
Salmonella
)
36. (
Samsonia
)
37. 沙雷氏菌属(
Serratia
)
38. 志贺氏菌属(
Shigella
)
39. (
Sodalis
)
40. (
Tatumella
)
41. (
Thorsellia
)
42. (
Trabulsiella
)
43. (
Wigglesworthia
)
44. 致病杆菌属(
Xenorhabdus
)
45. 耶尔辛氏菌属(
Yersinia
) （包含鼠疫杆菌）
46. (
Yokenella
)
7. 军团菌目(Legionellales)
1. 柯克斯体科(Coxiellaceae)
1. (
Aquicella
)
2. 柯克斯体属(
Coxiella
)
3. 立克次小体属(
Rickettsiella
)
2. 军团菌科(Legionellaceae)
1. (
Fluoribacter
)
2. 军团菌属(
Legionella
)
3. (
Sarcobium
)
4. (
Tatlockia
)
8. 甲基球菌目(Methylococcales)
1. 甲基球菌科(Methylococcaceae)
1. 甲基杆菌属(
Methylobacter
)
2. 甲基暖菌属(
Methylocaldum
)
3. 甲基球菌属(
Methylococcus
)
4. 甲基盐菌属(
Methylohalobius
)
5. 甲基微菌属(
Methylomicrobium
)
6. 甲基单胞菌属(
Methylomonas
)
7. 甲基八叠球菌属(
Methylosarcina
)
8. (
Methylosoma
)
9. 甲基球形菌属(
Methylosphaera
)
10. 甲基热菌属(
Methylothermus
)
9. 海洋螺菌目(Oceanospirillales)
1. 食碱菌科(Alcanivoraceae)
1. 食碱菌属(
Alcanivorax
)
2. (
Fundibacter
)
3. (
Kangiella
)
2. 河氏菌科(Hahellaceae)
1. (
Endozoicomonas
)
2. 河氏菌属(
Hahella
)
3. (
Halospina
)
4. (
Zooshikella
)
3. 盐单胞菌科(Halomonadaceae)
1. (
Carnimonas
)
2. 色盐杆菌属(
Chromohalobacter
)
3. (
Cobetia
)
4. (
Deleya
)
5. 盐单胞菌属(
Halomonas
)
6. (
Halotalea
)
7. (
Halovibrio
)
8. (
Modicisalibacter
)
9. (
Salicola
)
10. (
Volcaniella
)
11. 发酵杆菌属(
Zymobacter
)
4. 岸生菌科(Litoricolaceae)
1. 岸生菌属(
Litoricola
)
5. 海洋螺菌科(Oceanospirillaceae)
1. (
Amphritea
)
2. 巴氏发菌属(
Balneatrix
)
3. 海单胞菌属(
Marinomonas
)
4. 海螺菌属(
Marinospirillum
)
5. (
Neptuniibacter
)
6. (
Neptunomonas
)
7. (
Nitrincola
)
8. 海洋杆菌属(
Oceanobacter
)
9. 海洋螺菌属(
Oceanospirillum
)
10. 油螺旋菌属(
Oleispira
)
11. 假螺菌属(
Pseudospirillum
)
12. (
Reinekea
)
13. (
Thalassolituus
)
6. 嗜油菌科(Oleiphilaceae)
1. 嗜油菌属(
Oleiphilus
)
7. 糖螺菌科(Saccharospirillaceae)
1. 糖螺菌属(
Saccharospirillum
)
10. 巴斯德氏菌目(Pasteurellales)
1. 巴斯德氏菌科(Pasteurellaceae)
1. 放线杆菌属(
Actinobacillus
)
2. (
Aggregatibacter
)
3. (
Avibacterium
)
4. (
Bibersteinia
)
5. (
Gallibacterium
)
6. 嗜血菌属(
Haemophilus
)
7. (
Histophilus
)
8. (
Lonepinella
)
9. (
Mannheimia
)
10. (
Nicoletella
)
11. 巴斯德氏菌属(
Pasteurella
)
12. (
Phocoenobacter
)
13. (
Volucribacter
)
11. 假单胞菌目(Pseudomonadales)
1. 莫拉菌科(Moraxellaceae)
1. 不动杆菌属(
Acinetobacter
)
2. (
Alkanindiges
)
3. 布兰汉氏菌(
Branhamella
)
4. (
Enhydrobacter
)
5. 莫拉菌属(
Moraxella
)
6. (
Perlucidibaca
)
7. 冷杆菌属(
Psychrobacter
)
2. 假单胞菌科(Pseudomonadaceae)
1. (
Azomonas
)
2. (
Azomonotrichon
)
3. (
Azorhizophilus
)
4. (
Azotobacter
)
5. 纤维弧菌属(
Cellvibrio
)
6. (
Chryseomonas
)
7. (
Flavimonas
)
8. (
Mesophilobacter
)
9. 假单胞菌属(
Pseudomonas
)
10. 根瘤杆菌属(
Rhizobacter
)
11. 皱纹单胞菌属(
Rugamonas
)
12. 蛇形菌属(
Serpens
)
12. 咸水球形菌目(Salinisphaerales)
1. 咸水球形菌科(Salinisphaeraceae)
1. 咸水球形菌属(
Salinisphaera
)
13. 硫发菌目(Thiotrichales)
1. (Francisellaceae)
1. (
Francisella
)
2. 鱼立克次体科(Piscirickettsiaceae)
1. (
Cycloclasticus
)
2. (
Hydrogenovibrio
)
3. (
Methylophaga
)
4. 鱼立克次体属(
Piscirickettsia
)
5. (
Sulfurivirga
)
6. (
Thioalkalimicrobium
)
7. (
Thiomicrospira
)
3. 硫发菌科(Thiotrichaceae)
1. 无色菌属(
Achromatium
)
2. 贝扎托菌属(
Beggiatoa
)
3. 亮发菌属(
Leucothrix
)
4. 硫杆菌属(
Thiobacterium
)
5. 硫珠菌属(
Thiomargarita
)
6. 硫辫菌属(
Thioploca
)
7. 硫螺旋菌属(
Thiospira
)
8. 硫发菌属(
Thiothrix
)
4. 科未定
1. (
Caedibacter
)
2. (
Fangia
)
14. 弧菌目(Vibrionales)
1. 弧菌科(Vibrionaceae)
1. (
Aliivibrio
)
2. 异单胞菌属(
Allomonas
)
3. (
Beneckea
)
4. 链状球菌属(
Catenococcus
)
5. 肠弧菌属(
Enterovibrio
)
6. (
Grimontia
)
7. (
Listonella
)
8. (
Lucibacterium
)
9. 发光杆菌属(
Photobacterium
)
10. (
Salinivibrio
)
11. 弧菌属(
Vibrio
)
15. 黄色单胞菌目(Xanthomonadales)
1. 华杆菌科(Sinobacteraceae)
1. (
Hydrocarboniphaga
)
2. (
Nevskia
)
3. 华杆菌属(
Sinobacter
)
2. 黄色单胞菌科(Xanthomonadaceae)
1. 水单胞菌属(
Aquimonas
)
2. (
Arenimonas
)
3. (
Aspromonas
)
4. (
Dokdonella
)
5. (
Dyella
)
6. (
Frateuria
)
7. (
Fulvimonas
)
8. (
Ignatzschineria
)
9. (
Luteibacter
)
10. (
Luteimonas
)
11. (
Lysobacter
)
12. 假黄色单胞菌属(
Pseudoxanthomonas
)
13. (
Rhodanobacter
)
14. (
Silanimonas
)
15. (
Stenotrophomonas
)
16. 热单胞菌属(
Thermomonas
)
17. 黄色单胞菌属(
Xanthomonas
)
18. (
Xylella
)
16. 目未定
1. 碱单胞菌属(
Alkalimonas
)
2. (
Bowmanella
)
3. 聚集杆菌属(
Congregibacter
)*
4. (
Methylohalomonas
)
5. (
Methylonatrum
)
6. (
Sedimenticola
)
7. (
Solimonas
)
8. (
Thiohalomonas
)
9. (
Thiohalophilus
)
[编辑] 螺旋体门(Spirochaetes)
[编辑] 螺旋体纲(Spirochaetes)
1. 螺旋体目(Spirochaetales)
1. 短螺旋体科(Brachyspiraceae)
1. 短螺旋体属(
Brachyspira
)
2. 小蛇菌属(
Serpulina
)
2. 钩端螺旋体科(Leptospiraceae)
1. 纤线菌属(
Leptonema
)
2. 钩端螺旋体属(
Leptospira
)
3. (
Turneriella
)
3. 螺旋体科(Spirochaetaceae)
1. 疏螺旋体属(
Borrelia
)
2. (
Brevinema
)
3. (
Clevelandina
)
4. (
Cristispira
)
5. (
Diplocalyx
)
6. (
Hollandina
)
7. (
Pillotina
)
8. 螺旋体属(
Spirochaeta
)
9. 密螺旋体属(
Treponema
)
[编辑] 柔膜菌门(Tenericutes)
注：此处Tenericutes不同于原先基于形态分类的“软壁菌门”，而仅包括支原体及其
基于分子演化分类的亲属
[编辑] 柔膜菌纲(Mollicutes)
1. 无胆甾原体目(Acholeplasmatales)
1. 无胆甾原体科(Acholeplasmataceae)
1. 无胆甾原体属(
Acholeplasma
)
2. 植原体属(
Phytoplasma
)*
2. 厌氧原体目(Anaeroplasmatales)
1. 厌氧原体科(Anaeroplasmataceae)
1. 厌氧原体属(
Anaeroplasma
)
2. 无甾醇原体属(
Asteroleplasma
)
3. 虫原体目(Entomoplasmatales)
1. 虫原体科(Entomoplasmataceae)
1. 虫原体属(
Entomoplasma
)
2. 中间原体属(
Mesoplasma
)
2. 螺原体科(Spiroplasmataceae)
1. 螺原体属(
Spiroplasma
)
4. 支原体目(Mycoplasmatales)
1. 支原体科(Mycoplasmataceae)
1. (
Allobaculum
)
2. (
Eperythrozoon
)
3. (
Haemobartonella
)
4. 支原体属(
Mycoplasma
)
5. 脲原体属(
Ureaplasma
)
5. 目未定
1. 丹毒丝菌科(Erysipelothrichaceae)
1. (
Bulleidia
)
2. 丹毒丝菌属(
Erysipelothrix
)
3. (
Holdemania
)
4. (
Solobacterium
)
[编辑] 热脱硫杆菌门(Thermodesulfobacteria)
[编辑] 热脱硫杆菌纲(Thermodesulfobacteria)
1. 热脱硫杆菌目(Thermodesulfobacteriales)
1. 热脱硫杆菌科(Thermodesulfobacteriaceae)
1. (
Thermodesulfatator
)
2. 热脱硫杆菌属(
Thermodesulfobacterium
)
[编辑] 热微菌门(Thermomicrobia)
[编辑] 热微菌纲(Thermomicrobia)
1. 热微菌目(Thermomicrobiales)
1. 热微菌科(Thermomicrobiaceae)
1. 热微菌属(
Thermomicrobium
)
[编辑] 热袍菌门(Thermotogae)
[编辑] 热袍菌纲(Thermotogae)
1. 热袍菌目(Thermotogales)
1. 热袍菌科(Thermotogaceae)
1. (
Fervidobacterium
)
2. (
Geotoga
)
3. (
Marinitoga
)
4. (
Petrotoga
)
5. (
Thermosipho
)
6. 热袍菌属(
Thermotoga
)
[编辑] 疣微菌门(Verrucomicrobia)
[编辑] 丰祐菌纲(Opitutae)
（注：正确形式似应为Opituti）
1. 丰祐菌目(Opitutales)
1. 丰祐菌科(Opitutaceae)
1. 交替球菌属(
Alterococcus
)
2. 丰祐菌属(
Opitutus
)
2. 紫红球菌目(Puniceicoccales)
1. 紫红球菌科(Puniceicoccaceae)
1. (
Cerasicoccus
)
2. (
Coraliomargarita
)
3. (
Pelagicoccus
)
4. 紫红球菌属(
Puniceicoccus
)
[编辑] 疣微菌纲(Verrucomicrobiae)
1. 疣微菌目(Verrucomicrobiales)
1. 疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)
1. (
Akkermansia
)
2. 突柄杆菌属(
Prosthecobacter
)
3. (
Rubritalea
)
4. 疣微菌属(
Verrucomicrobium
)
2. (Xiphinematobacteraceae)*
1. (
Xiphinematobacter
)*
[编辑] 门未定
1. (
Jonquetella
)
[编辑] 纤线杆菌纲(Ktedonobacteria)
1. 纤线杆菌目(Ktedonobacterales)
1. 纤线杆菌科(Ktedonobacteraceae)
1. 纤线杆菌属(
Ktedonobacter
)
2024年4月7日发(作者：颜硕)
19. 玫瑰球菌属(
Roseococcus
)
20. 玫瑰单胞菌属(
Roseomonas
)
21. (
Rubritepida
)
22. (
Saccharibacter
)
23. (
Stella
)
24. (
Swaminathania
)
25. (
Teichococcus
)
26. (
Zavarzinia
)
2. 红螺菌科(Rhodospirillaceae)
1. 固氮螺菌属(
Azospirillum
)
2. (
Conglomeromonas
)
3. (
Defluviicoccus
)
4. (
Inquilinus
)
5. 磁螺菌属(
Magnetospirillum
)
6. (
Phaeospirillum
)
7. (
Rhodocista
)
8. 红螺旋菌属(
Rhodospira
)
9. 红螺菌属(
Rhodospirillum
)
10. 红弧菌属(
Rhodovibrio
)
11. 玫瑰螺旋菌属(
Roseospira
)
12. (
Skermanella
)
13. (
Telmatospirillum
)
14. (
Thalassospira
)
15. (
Tistrella
)
7. 立克次体目(Rickettsiales)
1. 无形体科(Anaplasmataceae)
1. (
Aegyptianella
)
2. 无形体属(
Anaplasma
)
3. (
Cowdria
)
4. 埃里希体属(
Ehrlichia
)
5. 新立克次体属(
Neorickettsia
)
6. 沃巴赫体属(
Wolbachia
)
7. (
Xenohaliotis
)*
2. 全孢菌科(Holosporaceae)
1. 全孢菌属(
Holospora
)
3. 立克次体科(Rickettsiaceae)
1. (
Orientia
)
2. 立克次体属(
Rickettsia
)
4. SAR 11群*
1. 远洋杆菌属(
Pelagibacter
)*
5. 科未定
1. (
Lyticum
)
2. (
Odyssella
)*
3. (
Pseudocaedibacter
)
4. (
Symbiotes
)
5. (
Tectibacter
)
8. 鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)
1. 赤杆菌科(Erythrobacteraceae)
1. (
Altererythrobacter
)
2. 赤杆菌属(
Erythrobacter
)
3. 赤微菌属(
Erythromicrobium
)
4. 紫杆菌属(
Porphyrobacter
)
2. 鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
9. 目未定
芽单胞菌属(
Blastomonas
)
柠檬酸微菌属(
Citromicrobium
)*
赤单胞菌属(
Erythromonas
)
新鞘脂菌属(
Novosphingobium
)
(
Sandaracinobacter
)
(
Sandaracinorhabdus
）
鞘脂菌属(
Sphingobium
)
鞘脂单胞菌属(
Sphingomonas
)
(
Sphingopyxis
)
(
Sphingosinicella
)
发酵单胞菌属(
Zymomonas
)
1. (
Albimonas
)
2. (
Caenispirillum
)
3. (
Insolitispirillum
)
4. (
Novispirillum
)
[编辑] β-变形菌纲(Betaproteobacteria)
1. 伯克氏菌目(Burkholderiales)
1. 产碱菌科(Alcaligenaceae)
1. 无色杆菌属(
Achromobacter
)
2. (
Advenella
)
3. 产碱菌属(
Alcaligenes
)
4. (
Azohydromonas
)
5. 博德氏菌属(
Bordetella
)
6. (
Brackiella
)
7. (
Castellaniela
)
8. 德克斯氏菌属(
Derxia
)
9. (
Kerstersia
)
10. (
Oligella
)
11. (
Pelistega
)
12. (
Pigmentiphaga
)
13. (
Pusillimonas
)
14. (
Sutterella
)
15. (
Taylorella
)
16. (
Tetrathiobacter
)
2. 伯克氏菌科(Burkholderiaceae)
1. 伯克氏菌属(
Burkholderia
)
2. (
Chitinimonas
)
3. (
Cupriavidus
)
4. (
Lautropia
)
5. (
Limnobacter
)
6. (
Pandoraea
)
7. (
Paucimonas
)
8. (
Polynucleobacter
)
9. 青枯菌属(
Ralstonia
)
10. (
Thermothrix
)
11. 沃特氏菌属(
Wautersia
)
3. 丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)
1. 食酸菌属(
Acidovorax
)
2. (
Alcycliphilus
)
3. (
Brachymonas
)
4. (
Caenibacterium
)
5. (
Caldimonas
)
6. 丛毛单胞菌属(
Comamonas
)
7. (
Curvibacter
)
8. 代尔夫特菌属(
Delftia
)
9. (
Diaphorobacter
)
10. (
Giesbergeria
)
11. 噬氢菌属(
Hydrogenophaga
)
12. (
Hylemonella
)
13. (
Lampropedia
)
14. (
Macromonas
)
15. (
Malikia
)
16. (
Ottowia
)
17. (
Pelomonas
)
18. (
Polaromonas
)
19. (
Ramlibacter
)
20. 红育菌属(
Rhodoferax
)
21. (
Schlegelella
)
22. (
Simplicispira
)
23. 贪食菌属(
Variovorax
)
24. (
Xenophilus
)
4. 草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)
1. (
Collimonas
)
2. (
Duganella
)
3. (
Herbaspirillum
)
4. (
Herminiimonas
)
5. (
Janthinobacterium
)
6. (
Massilia
)
7. (
Naxibacter
)
8. (
Oxalicibacterium
)
9. 草酸杆菌属(
Oxalobacter
)
10. (
Telluria
)
11. (
Undibacterium
)
5. 科未定
1. (
Aquabacterium
)
2. (
Aquincola
)
3. (
Ideonella
)
4. 纤发菌属(
Leptothrix
)
5. (
Methylibium
)
6. (
Mitsuaria
)
7. (
Paucibacter
)
8. (
Roseateles
)
9. 红长命菌属(
Rubrivivax
)
10. (
Sphaerotilus
)
11. (
Tepidicella
)
12. (
Tepidimonas
)
13. (
Thiobacter
)
14. 硫单胞菌属(
Thiomonas
)
15. (
Xylophilus
)
2. 嗜氢菌目(Hydrogenophilales)
1. 嗜氢菌科(Hydrogenophilaceae)
1. 嗜氢菌属(
Hydrogenophilus
)
2. (
Petrobacter
)
3. (
Tepidiphilus
)
4. 硫杆状菌属(
Thiobacillus
)
3. 嗜甲基菌目(Methylophilales)
1. 嗜甲基菌科(Methylophilaceae)
1. (
Methylobacillus
)
2. 嗜甲基菌属(
Methylophilus
)
3. (
Methylotenera
)
4. (
Methylovorus
)
4. 奈瑟菌目(Neisseriales)
1. 奈瑟菌科(Neisseriaceae)
1. (
Alysiella
)
2. (
Andreprevotia
)
3. 水螺菌属(
Aquaspirillum
)
4. (
Aquitalea
)
5. (
Bergeriella
)
6. (
Chitinibacter
)
7. (
Chitinilyticum
)
8. 色杆菌属(
Chromobacterium
)
9. (
Conchiformibius
)
10. (
Deefgea
)
11. 艾肯氏菌属(
Eikenella
)
12. (
Formivibrio
)
13. (
Gulbenkiania
)
14. (
Iodobacter
)
15. 金氏菌属(
Kingella
)
16. 鸥杆菌属(
Laribacter
)
17. (
Leeia
)
18. (
Microvirgula
)
19. (
Morococcus
)
20. 奈瑟菌属(
Neisseria
)
21. (
Paludibacterium
)
22. (
Prolinoborus
)
23. (
Silvimonas
)
24. (
Simonsiella
)
25. (
Uruburuella
)
26. (
Vitreoscilla
)
27. (
Vogesella
)
5. 亚硝化单胞菌目(Nitrosomonadales)
1. 嘉利翁氏菌科(Gallionellaceae)
1. 嘉利翁氏菌属(
Gallionella
)
2. 亚硝化单胞菌科(Nitrosomonadaceae)
1. 亚硝化叶菌属(
Nitrosolobus
)
2. 亚硝化单胞菌属(
Nitrosomonas
)
3. 亚硝化螺旋菌属(
Nitrosospira
)
3. 螺菌科(Spirillaceae)
1. 螺菌属(
Spirillum
)
6. 普罗卡杆菌目(Procabacteriales)*
1. 普罗卡杆菌科(Procabacteriaceae)*
1. 普罗卡杆菌属(
Procabacter
)*
7. 红环菌目(Rhodocyclales)
1. 红环菌科(Rhodocyclaceae)
1. 固氮弓菌属(
Azoarcus
)
2. (
Azonexus
)
3. (
Azospira
)
4. (
Azovibrio
)
5. (
Dechloromonas
)
6. (
Dechlorosoma
)
7. (
Denitratisoma
)
8. (
Ferribacterium
)
9. (
Methyloversatilis
)
10. 丙酸杆菌属(
Propionibacter
)
11. (
Propionivibrio
)
12. (
Quatrionicoccus
)
13. 红环菌属(
Rhodocyclus
)
14. (
Shinella
)
15. (
Sterolibacterium
)
16. 陶厄氏菌属(
Thauera
)
17. (
Uliginosibacterium
)
18. 动胶菌属(
Zoogloea
)
[编辑] δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)
1. 蛭弧菌目(Bdellovibrionales)
1. (Bacteriovoracaceae)
1. (
Bacteriovorax
)
2. (
Peredibacter
)
2. 蛭弧菌科(Bdellovibrionaceae)
1. 蛭弧菌属(
Bdellovibrio
)
2. (
Micavibrio
)
3. (
Vampirovibrio
)
2. 脱硫盒菌目(Desulfarculales)
1. 脱硫盒菌科(Desulfarculaceae)
1. 脱硫盒菌属(
Desulfarculus
)
3. 脱硫杆菌目(Desulfobacterales)
1. 脱硫杆菌科(Desulfobacteraceae)
1. (
Desulfatibacillum
)
2. (
Desulfatiferula
)
3. (
Desulfatirhabdium
)
4. 脱硫杆菌属(
Desulfobacter
)
5. (
Desulfobacterium
)
6. (
Desulfobacula
)
7. (
Desulfobotulus
)*
8. (
Desulfocella
)
9. (
Desulfococcus
)
10. (
Desulfofaba
)
11. (
Desulfofrigus
)
12. (
Desulfomusa
)
13. (
Desulfonema
)
14. (
Desulforegula
)
15. (
Desulfosarcina
)
16. (
Desulfospira
)
17. (
Desulfotignum
)
2. (Desulfobulbaceae)
1. (
Desulfobulbus
)
2. (
Desulfocapsa
)
3. (
Desulfofustis
)
4. (
Desulfopila
)
5. (
Desulforhopalus
)
6. (
Desulfotalea
)
3. (Nitrospinaceae)
1. (
Nitrospina
)
4. 脱硫弧菌目(Desulfovibrionales)
1. (Desulfohalobiaceae)
1. (
Desulfohalobium
)
2. (
Desulfonatronovibrio
)
3. (
Desulfonauticus
)
4. (
Desulfothermus
)
5. (
Desulfovermiculus
)
2. (Desulfomicrobiaceae)
1. (
Desulfomicrobium
)
3. (Desulfonatronaceae)
1. (
Desulfonatronum
)
4. 脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)
1. (
Bilophila
)
2. (
Desulfomonas
)
3. 脱硫弧菌属(
Desulfovibrio
)
4. (
Lawsonia
)
5. 硫还原菌目(Desulfurellales)
1. 硫还原菌科(Desulfurellaceae)
1. 硫还原菌属(
Desulfurella
)
2. (
Hippea
)
6. 除硫单胞菌目(Desulfuromonadales)
1. 除硫单胞菌科(Desulfuromonadaceae)
1. 除硫单胞菌属(
Desulfuromonas
)
2. (
Desulfuromusa
)
3. (
Malonomonas
)
4. (
Pelobacter
)
2. 地杆菌科(Geobacteraceae)
1. (
Geoalkalibacter
)
2. 地杆菌属(
Geobacter
)
3. (
Geopsychrobacter
)
4. (
Geothermobacter
)
5. (
Trichlorobacter
)
7. 黏球菌目(Myxococcales)
1.
1.
1.
2.
3.
4.
5.
6.
2.
1.
2.
3.
4.
孢囊杆菌亚目(Cystobacterineae)
孢囊杆菌科(Cystobacteraceae)
(
Anaeromyxobacter
)
(
Archangium
)
孢囊杆菌属(
Cystobacter
)
(
Hyalangium
)
(
Melittangium
)
(
Stigmatella
)
黏球菌科(Myxococcaceae)
(
Angiococcus
)
(
Corallococcus
)
黏球菌属(
Myxococcus
)
(
Pyxidicoccus
)
2. 侏囊菌亚目(Nannocystineae)
1. (Haliangiaceae)
1. (
Haliangium
)
2. (Kofleriaceae)
1. (
Kofleria
)
3. 侏囊菌科(Nannocystaceae)
1. (
Enhygromyxa
)
2. 侏囊菌属(
Nannocystis
)
3. (
Plesiocystis
)
3. 堆囊菌亚目(Sorangineae)
1. 多囊菌科(Polyangiaceae)
1. (
Byssovorax
)
2. (
Chondromyces
)
3. (
Haploangium
)*
4. (
Jahnella
)
5. 多囊菌属(
Polyangium
)
6. 堆囊菌属(
Sorangium
)
8. 互营杆菌目(Syntrophobacterales)
1. 互营菌科(Syntrophaceae)
1. (
Desulfobacca
)
2. (
Desulfomonile
)
3. (
Smithella
)
4. 互营菌属(
Syntrophus
)
2. 互营杆菌科(Syntrophobacteraceae)
1. (
Desulfacinum
)
2. (
Desulfoglaeba
)
3. (
Desulforhabdus
)
4. (
Desulfovirga
)
5. 互营杆菌属(
Syntrophobacter
)
6. (
Thermodesulforhabdus
)
[编辑] ε-变形菌纲(Epsilonproteobacteria)
1. 弯曲菌目(Campylobacterales)
1. 弯曲菌科(Campylobacteraceae)
1. 弓形杆菌属(
Arcobacter
)
2. 弯曲菌属(
Campylobacter
)
3. (
Dehalospirillum
)
4. 硫磺单胞菌属(
Sulfurospirillum
)
2. 螺杆菌科(Helicobacteraceae)
1. 螺杆菌属(
Helicobacter
)
2. (
Sulfuricurvum
)
3. (
Sulfurimonas
)
4. (
Sulfurovum
)
5. (
Thiovulum
)
6. 沃林氏菌属(
Wolinella
)
3. 氢单胞菌科(Hydrogenimonadaceae)
1. 氢单胞菌属(
Hydrogenimonas
)
2. (Nautiliales
)
1. (Nautiliaceae)
1. (
Caminibacter
)
2. (
Lebetimonas
)
3. (
Nautilia
)
4. (
Nitratifractor
)
5. (
Nitratiruptor
)
6. (
Thioreductor
)
[编辑] γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)
1. 酸硫杆状菌目(Acidithiobacillales)
1. 酸硫杆状菌科(Acidithiobacillaceae)
1. 酸硫杆状菌属(
Acidithiobacillus
)
2. 热硫杆状菌科(Thermithiobacillaceae)
1. 热硫杆状菌属(
Thermithiobacillus
)
2. 气单胞菌目(Aeromonadales)
1. 气单胞菌科(Aeromonadaceae)
1. 气单胞菌属(
Aeromonas
)
2. (
Oceanimonas
)
3. (
Oceanisphaera
)
4. (
Tolumonas
)
5. (
Zobellella
)
2. 琥珀酸弧菌科(Succinivibrionaceae)
1. 厌氧螺菌属(
Anaerobiospirillum
)
2. 反刍杆菌属(
Ruminobacter
)
3. 琥珀酸单胞菌属(
Succinimonas
)
4. 琥珀酸弧菌属(
Succinivibrio
)
3. 交替单胞菌目(Alteromonadales)
1. 交替单胞菌科(Alteromonadaceae)
1. (
Aestuariibacter
)
2. (
Agarivorans
)
3. (
Alishewanella
)
4. 交替单胞菌属(
Alteromonas
)
5. (
Glaciecola
)
6. (
Marinimicrobium
)
7. 海杆菌属(
Marinobacter
)
8. 海细菌属(
Marinobacterium
)
9. 产微球茎菌属(
Microbulbifer
)
10. (
Saccharophagus
)
11. (
Salinimonas
)
2. (Colwelliaceae)
1. (
Colwellia
)
2. (
Thalassomonas
)
3. (Ferrimonadaceae)
1. (
Ferrimonas
)
2. (
Paraferrimonas
)
4. (Idiomarinaceae)
1. (
Idiomarina
)
2. (
Pseudidiomarina
)
5. (Moritellaceae)
1. (
Moritella
)
6. 假交替单胞菌科(Pseudoalteromonadaceae)
1. (
Algicola
)
2. 假交替单胞菌属(
Pseudoalteromonas
)
7. 冷单胞菌科(Psychromonadaceae)
1. 冷单胞菌属(
Psychromonas
)
8. 希万氏菌科(Shewanellaceae)
1. 希万氏菌属(
Shewanella
)
9. 科未定
1. (
Teredinibacter
)
2. (
Endobugula
)*
4. 心杆菌目(Cardiobacteriales)
1. 心杆菌科(Cardiobacteriaceae)
1. 心杆菌属(
Cardiobacterium
)
2. (
Dichelobacter
)
3. (
Suttonella
)
5. 着色菌目(Chromatiales)
1. 着色菌科(Chromatiaceae)
1. (
Allochromatium
)
2. (
Amoebobacter
)
3. 着色菌属(
Chromatium
)
4. 盐着色菌属(
Halochromatium
)
5. (
Isochromatium
)
6. (
Lamprobacter
)
7. (
Lamprocystis
)
8. (
Marichromatium
)
9. 亚硝化球菌属(
Nitrosococcus
)
10. 芬尼氏菌属(
Pfennigia
)
11. 棍着色菌属(
Rhabdochromatium
)
12. (
Rheinheimera
)
13. 热着色菌属(
Thermochromatium
)
14. 硫碱球菌属(
Thioalkalicoccus
)
15. 硫橄榄菌属(
Thiobaca
)
16. 硫匣菌属(
Thiocapsa
)
17. 硫球菌属(
Thiococcus
)
18. 硫囊菌属(
Thiocystis
)
19. 硫网菌属(
Thiodictyon
)
20. 硫黄球菌属(
Thioflavicoccus
)
21. 硫盐匣菌属(
Thiohalocapsa
)
22. (
Thiolamprovum
)
23. (
Thiopedia
)
24. 硫红球菌属(
Thiorhodococcus
)
25. 硫红弧菌属(
Thiorhodovibrio
)
26. 硫螺菌属(
Thiospirillum
)
2. 外硫红螺旋菌科(Ectothiorhodospiraceae)
1. 碱湖生菌属(
Alkalilimnicola
)
2. 碱螺菌属(
Alkalispirillum
)
3. (
Aquisalimonas
)
4. (
Arhodomonas
)
5. (
Ectothiorhodosinus
)
6. 外硫红螺旋菌属(
Ectothiorhodospira
)
7. 盐红螺旋菌属(
Halorhodospira
)
8. (
Natronocella
)
9. 硝化球菌属(
Nitrococcus
)
10. 硫碱螺旋菌属(
Thioalkalispira
)
11. 硫碱弧菌属(
Thialkalivibrio
)
12. 硫红螺旋菌属(
Thiorhodospira
)
3. 颗粒状球菌科(Granulosicoccaceae)
1. 颗粒状球菌属(
Granulosicoccus
)
4. 盐硫杆状菌科(Halothiobacillaceae)
1. 盐硫杆状菌属(
Halothiobacillus
)
2. (
Thiovirga
)
6. 肠杆菌目(Enterobacteriales)
1. 肠杆菌科(Enterobacteriaceae)
1. (
Arsenophonus
)
2. (
Brenneria
)
3. 布赫纳氏菌属(
Buchnera
)
4. (
Budvicia
)
5. 布丘氏菌属(
Buttiauxella
)
6. (
Calymmatobacterium
)
7. 西地西菌属(
Cedecea
)
8. 柠檬酸杆菌属(
Citrobacter
)
9. (
Dickeya
)
10. 爱德华氏菌属(
Edwardsiella
)
11. 肠杆菌属(
Enterobacter
)
12. 欧文氏菌属(
Erwinia
)
13. 埃希氏菌属(
Escherichia
) （包含大肠杆菌）
14. (
Ewingella
)
15. 哈夫尼菌属(
Hafnia
)
16. 克雷伯氏菌属(
Klebsiella
)
17. 克吕沃氏菌属(
Kluyvera
)
18. (
Leclercia
)
19. (
Leminorella
)
20. (
Levinea
)
21. (
Moellerella
)
22. (
Morganella
)
23. (
Obesumbacterium
)
24. 泛菌属(
Pantoea
)
25. (
Pectobacterium
)
26. (
Phlomobacter
)*
27. (
Photorhabdus
)
28. 邻单胞菌属(
Plesiomonas
)
29. (
Pragia
)
30. 变形杆菌属(
Proteus
) （注：或译作“变形菌属”，此处把“变形菌”一
词留给Proteobacteria）
31. 普罗维登斯菌属(
Providencia
)
32. (
Rahnella
)
33. (
Raoultella
)
34. 糖杆菌属(
Saccharobacter
)
35. 沙门氏菌属(
Salmonella
)
36. (
Samsonia
)
37. 沙雷氏菌属(
Serratia
)
38. 志贺氏菌属(
Shigella
)
39. (
Sodalis
)
40. (
Tatumella
)
41. (
Thorsellia
)
42. (
Trabulsiella
)
43. (
Wigglesworthia
)
44. 致病杆菌属(
Xenorhabdus
)
45. 耶尔辛氏菌属(
Yersinia
) （包含鼠疫杆菌）
46. (
Yokenella
)
7. 军团菌目(Legionellales)
1. 柯克斯体科(Coxiellaceae)
1. (
Aquicella
)
2. 柯克斯体属(
Coxiella
)
3. 立克次小体属(
Rickettsiella
)
2. 军团菌科(Legionellaceae)
1. (
Fluoribacter
)
2. 军团菌属(
Legionella
)
3. (
Sarcobium
)
4. (
Tatlockia
)
8. 甲基球菌目(Methylococcales)
1. 甲基球菌科(Methylococcaceae)
1. 甲基杆菌属(
Methylobacter
)
2. 甲基暖菌属(
Methylocaldum
)
3. 甲基球菌属(
Methylococcus
)
4. 甲基盐菌属(
Methylohalobius
)
5. 甲基微菌属(
Methylomicrobium
)
6. 甲基单胞菌属(
Methylomonas
)
7. 甲基八叠球菌属(
Methylosarcina
)
8. (
Methylosoma
)
9. 甲基球形菌属(
Methylosphaera
)
10. 甲基热菌属(
Methylothermus
)
9. 海洋螺菌目(Oceanospirillales)
1. 食碱菌科(Alcanivoraceae)
1. 食碱菌属(
Alcanivorax
)
2. (
Fundibacter
)
3. (
Kangiella
)
2. 河氏菌科(Hahellaceae)
1. (
Endozoicomonas
)
2. 河氏菌属(
Hahella
)
3. (
Halospina
)
4. (
Zooshikella
)
3. 盐单胞菌科(Halomonadaceae)
1. (
Carnimonas
)
2. 色盐杆菌属(
Chromohalobacter
)
3. (
Cobetia
)
4. (
Deleya
)
5. 盐单胞菌属(
Halomonas
)
6. (
Halotalea
)
7. (
Halovibrio
)
8. (
Modicisalibacter
)
9. (
Salicola
)
10. (
Volcaniella
)
11. 发酵杆菌属(
Zymobacter
)
4. 岸生菌科(Litoricolaceae)
1. 岸生菌属(
Litoricola
)
5. 海洋螺菌科(Oceanospirillaceae)
1. (
Amphritea
)
2. 巴氏发菌属(
Balneatrix
)
3. 海单胞菌属(
Marinomonas
)
4. 海螺菌属(
Marinospirillum
)
5. (
Neptuniibacter
)
6. (
Neptunomonas
)
7. (
Nitrincola
)
8. 海洋杆菌属(
Oceanobacter
)
9. 海洋螺菌属(
Oceanospirillum
)
10. 油螺旋菌属(
Oleispira
)
11. 假螺菌属(
Pseudospirillum
)
12. (
Reinekea
)
13. (
Thalassolituus
)
6. 嗜油菌科(Oleiphilaceae)
1. 嗜油菌属(
Oleiphilus
)
7. 糖螺菌科(Saccharospirillaceae)
1. 糖螺菌属(
Saccharospirillum
)
10. 巴斯德氏菌目(Pasteurellales)
1. 巴斯德氏菌科(Pasteurellaceae)
1. 放线杆菌属(
Actinobacillus
)
2. (
Aggregatibacter
)
3. (
Avibacterium
)
4. (
Bibersteinia
)
5. (
Gallibacterium
)
6. 嗜血菌属(
Haemophilus
)
7. (
Histophilus
)
8. (
Lonepinella
)
9. (
Mannheimia
)
10. (
Nicoletella
)
11. 巴斯德氏菌属(
Pasteurella
)
12. (
Phocoenobacter
)
13. (
Volucribacter
)
11. 假单胞菌目(Pseudomonadales)
1. 莫拉菌科(Moraxellaceae)
1. 不动杆菌属(
Acinetobacter
)
2. (
Alkanindiges
)
3. 布兰汉氏菌(
Branhamella
)
4. (
Enhydrobacter
)
5. 莫拉菌属(
Moraxella
)
6. (
Perlucidibaca
)
7. 冷杆菌属(
Psychrobacter
)
2. 假单胞菌科(Pseudomonadaceae)
1. (
Azomonas
)
2. (
Azomonotrichon
)
3. (
Azorhizophilus
)
4. (
Azotobacter
)
5. 纤维弧菌属(
Cellvibrio
)
6. (
Chryseomonas
)
7. (
Flavimonas
)
8. (
Mesophilobacter
)
9. 假单胞菌属(
Pseudomonas
)
10. 根瘤杆菌属(
Rhizobacter
)
11. 皱纹单胞菌属(
Rugamonas
)
12. 蛇形菌属(
Serpens
)
12. 咸水球形菌目(Salinisphaerales)
1. 咸水球形菌科(Salinisphaeraceae)
1. 咸水球形菌属(
Salinisphaera
)
13. 硫发菌目(Thiotrichales)
1. (Francisellaceae)
1. (
Francisella
)
2. 鱼立克次体科(Piscirickettsiaceae)
1. (
Cycloclasticus
)
2. (
Hydrogenovibrio
)
3. (
Methylophaga
)
4. 鱼立克次体属(
Piscirickettsia
)
5. (
Sulfurivirga
)
6. (
Thioalkalimicrobium
)
7. (
Thiomicrospira
)
3. 硫发菌科(Thiotrichaceae)
1. 无色菌属(
Achromatium
)
2. 贝扎托菌属(
Beggiatoa
)
3. 亮发菌属(
Leucothrix
)
4. 硫杆菌属(
Thiobacterium
)
5. 硫珠菌属(
Thiomargarita
)
6. 硫辫菌属(
Thioploca
)
7. 硫螺旋菌属(
Thiospira
)
8. 硫发菌属(
Thiothrix
)
4. 科未定
1. (
Caedibacter
)
2. (
Fangia
)
14. 弧菌目(Vibrionales)
1. 弧菌科(Vibrionaceae)
1. (
Aliivibrio
)
2. 异单胞菌属(
Allomonas
)
3. (
Beneckea
)
4. 链状球菌属(
Catenococcus
)
5. 肠弧菌属(
Enterovibrio
)
6. (
Grimontia
)
7. (
Listonella
)
8. (
Lucibacterium
)
9. 发光杆菌属(
Photobacterium
)
10. (
Salinivibrio
)
11. 弧菌属(
Vibrio
)
15. 黄色单胞菌目(Xanthomonadales)
1. 华杆菌科(Sinobacteraceae)
1. (
Hydrocarboniphaga
)
2. (
Nevskia
)
3. 华杆菌属(
Sinobacter
)
2. 黄色单胞菌科(Xanthomonadaceae)
1. 水单胞菌属(
Aquimonas
)
2. (
Arenimonas
)
3. (
Aspromonas
)
4. (
Dokdonella
)
5. (
Dyella
)
6. (
Frateuria
)
7. (
Fulvimonas
)
8. (
Ignatzschineria
)
9. (
Luteibacter
)
10. (
Luteimonas
)
11. (
Lysobacter
)
12. 假黄色单胞菌属(
Pseudoxanthomonas
)
13. (
Rhodanobacter
)
14. (
Silanimonas
)
15. (
Stenotrophomonas
)
16. 热单胞菌属(
Thermomonas
)
17. 黄色单胞菌属(
Xanthomonas
)
18. (
Xylella
)
16. 目未定
1. 碱单胞菌属(
Alkalimonas
)
2. (
Bowmanella
)
3. 聚集杆菌属(
Congregibacter
)*
4. (
Methylohalomonas
)
5. (
Methylonatrum
)
6. (
Sedimenticola
)
7. (
Solimonas
)
8. (
Thiohalomonas
)
9. (
Thiohalophilus
)
[编辑] 螺旋体门(Spirochaetes)
[编辑] 螺旋体纲(Spirochaetes)
1. 螺旋体目(Spirochaetales)
1. 短螺旋体科(Brachyspiraceae)
1. 短螺旋体属(
Brachyspira
)
2. 小蛇菌属(
Serpulina
)
2. 钩端螺旋体科(Leptospiraceae)
1. 纤线菌属(
Leptonema
)
2. 钩端螺旋体属(
Leptospira
)
3. (
Turneriella
)
3. 螺旋体科(Spirochaetaceae)
1. 疏螺旋体属(
Borrelia
)
2. (
Brevinema
)
3. (
Clevelandina
)
4. (
Cristispira
)
5. (
Diplocalyx
)
6. (
Hollandina
)
7. (
Pillotina
)
8. 螺旋体属(
Spirochaeta
)
9. 密螺旋体属(
Treponema
)
[编辑] 柔膜菌门(Tenericutes)
注：此处Tenericutes不同于原先基于形态分类的“软壁菌门”，而仅包括支原体及其
基于分子演化分类的亲属
[编辑] 柔膜菌纲(Mollicutes)
1. 无胆甾原体目(Acholeplasmatales)
1. 无胆甾原体科(Acholeplasmataceae)
1. 无胆甾原体属(
Acholeplasma
)
2. 植原体属(
Phytoplasma
)*
2. 厌氧原体目(Anaeroplasmatales)
1. 厌氧原体科(Anaeroplasmataceae)
1. 厌氧原体属(
Anaeroplasma
)
2. 无甾醇原体属(
Asteroleplasma
)
3. 虫原体目(Entomoplasmatales)
1. 虫原体科(Entomoplasmataceae)
1. 虫原体属(
Entomoplasma
)
2. 中间原体属(
Mesoplasma
)
2. 螺原体科(Spiroplasmataceae)
1. 螺原体属(
Spiroplasma
)
4. 支原体目(Mycoplasmatales)
1. 支原体科(Mycoplasmataceae)
1. (
Allobaculum
)
2. (
Eperythrozoon
)
3. (
Haemobartonella
)
4. 支原体属(
Mycoplasma
)
5. 脲原体属(
Ureaplasma
)
5. 目未定
1. 丹毒丝菌科(Erysipelothrichaceae)
1. (
Bulleidia
)
2. 丹毒丝菌属(
Erysipelothrix
)
3. (
Holdemania
)
4. (
Solobacterium
)
[编辑] 热脱硫杆菌门(Thermodesulfobacteria)
[编辑] 热脱硫杆菌纲(Thermodesulfobacteria)
1. 热脱硫杆菌目(Thermodesulfobacteriales)
1. 热脱硫杆菌科(Thermodesulfobacteriaceae)
1. (
Thermodesulfatator
)
2. 热脱硫杆菌属(
Thermodesulfobacterium
)
[编辑] 热微菌门(Thermomicrobia)
[编辑] 热微菌纲(Thermomicrobia)
1. 热微菌目(Thermomicrobiales)
1. 热微菌科(Thermomicrobiaceae)
1. 热微菌属(
Thermomicrobium
)
[编辑] 热袍菌门(Thermotogae)
[编辑] 热袍菌纲(Thermotogae)
1. 热袍菌目(Thermotogales)
1. 热袍菌科(Thermotogaceae)
1. (
Fervidobacterium
)
2. (
Geotoga
)
3. (
Marinitoga
)
4. (
Petrotoga
)
5. (
Thermosipho
)
6. 热袍菌属(
Thermotoga
)
[编辑] 疣微菌门(Verrucomicrobia)
[编辑] 丰祐菌纲(Opitutae)
（注：正确形式似应为Opituti）
1. 丰祐菌目(Opitutales)
1. 丰祐菌科(Opitutaceae)
1. 交替球菌属(
Alterococcus
)
2. 丰祐菌属(
Opitutus
)
2. 紫红球菌目(Puniceicoccales)
1. 紫红球菌科(Puniceicoccaceae)
1. (
Cerasicoccus
)
2. (
Coraliomargarita
)
3. (
Pelagicoccus
)
4. 紫红球菌属(
Puniceicoccus
)
[编辑] 疣微菌纲(Verrucomicrobiae)
1. 疣微菌目(Verrucomicrobiales)
1. 疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)
1. (
Akkermansia
)
2. 突柄杆菌属(
Prosthecobacter
)
3. (
Rubritalea
)
4. 疣微菌属(
Verrucomicrobium
)
2. (Xiphinematobacteraceae)*
1. (
Xiphinematobacter
)*
[编辑] 门未定
1. (
Jonquetella
)
[编辑] 纤线杆菌纲(Ktedonobacteria)
1. 纤线杆菌目(Ktedonobacterales)
1. 纤线杆菌科(Ktedonobacteraceae)
1. 纤线杆菌属(
Ktedonobacter
)