2024年8月14日发(作者：次春海)
ICM-Pro进行蛋白-蛋白对接研究
前言
本实验以枯草杆菌蛋白酶和胰凝乳蛋白酶的复合物晶体结构（PDB code：
2sni）为例，将其中的配体分子（PDB code：2ci2）对接到受体分子（PDB code：
2st1）中，比较对接构象与复合物晶体结构中配体的位置和构象，熟悉蛋白-蛋白
对接操作流程。
一、准备工作
1. 打开ICM-Pro软件
2. File>>open读入（配体分子），（受体分子）和（复
合物，用作对照）的晶体结构，进行观察分析。（或直接搜索）
3. 观察完成后，在相应的分子点击鼠标右键选择Convert PDB，
将这三个PDB分子都转换为ICM-pro软件默认格式（ICM objects），点击OK。
4. 单击菜单栏Docking>>Protein-protein>>Legacy Protocol>>Set Project，输入
Project的名称（eg. DOCK1），给此次对接工作命名。
二、蛋白-蛋白中受体设置
1. 菜单栏Docking>>Protein-protein>>Legacy Protocol>>Receptor setup，输
入Project名称DOCK1，指定受体分子a_2st1.m（如果想包含所有的分子
如钙离子等，也可以选择a_2st1.*），点击OK。
三、蛋白-蛋白中配体设置
1. 菜单栏Docking>>Protein-protein>>Legacy Protocol>>Ligand setup，输
入Project名称DOCK1，指定配体分子（eg. a_2ci2.i），点击OK。
四、蛋白表位选择（此步操作非必需，视具体情况
选择）
蛋白-蛋白可能的结合位点可通过查阅实验数据、参考复合物晶体结构信息或
软件预测得到，然后在受体上选择感兴趣的点作为对接起始点，以缩小对接
时结合位点的搜索范围。（此操作非必需，视具体情况而定。可直接跳到下一
步操作Make Maps Selection）
1. 蛋白表位选择
Docking>>Protein-protein>>Legacy Protocol>>Epitope selection
2. 依次点击感兴趣的结合点（选中时小球颜色由紫色变为黄色），确认后点
击Apply。
3. 表位选择完成后，在终端点击quit，退出操作。
五、蛋白-蛋白生成受体位图
1. 寻找蛋白-蛋白可能的结合位点，定义格点搜索范围。
Docking>>Protein-protein>>Legacy Protocol>>Make Receptor Maps
2. 输入project名称DOCK1。
3. 键入格点范围，默认值0.5。
4. 输入最大范德瓦尔斯值，默认值1.0。
六、蛋白-蛋白对接（在本机下运行作业）
1. 对接参数设置完成后，提交作业。
Docking>>Protein-protein>>Legacy Protocol>>Docking Batch>>Local
Machine
2. 输入project名称DOCK1；
3. 指定配体初始位置：0表示搜索受体表位上的所有位置；
4. 输入构象集名称DOCK1_gd；
七、对接结果分析
对接完成后，会自动生成如下表格。里面保存了配体对接后输出的全部构象
以及打分详情：
1. 打开表单，左键单击Energy（ener）栏对得到的分子构象进行排序；
2. 在表单中，单击任意一行，在工作区域显示配体的对接构象，观察蛋白-蛋白
间结合模式；
3. 检查RMSD栏的值，比较对接前后构象、位置差异；
表征函数：
i: 输出的分子构象编号；
ener：分子对接构象的能量值；
rmsd：对接前后分子构象的距离
v1 to v6：定义配体分子位置和旋转的虚拟变量
ey_gh：范德瓦尔斯格点能—H探针；
ey_gc：范德瓦尔斯格点能—C探针；
ey_gb：氢键格点能；
ey_ge：静电格点能；
hydrophobic potential：疏水性能
ey sfPola：溶剂化能中的极性项
Ey_sfAl：溶剂化能中的脂肪族项
Ey_sfAr：溶剂化能中的芳香环项
Ey_compSol：溶剂化能的权重打分制
对接完成后，结果保存:File>>Save Project。关闭软件后，如果想要再次查
看对接结果，可File>>Open。
2024年8月14日发(作者：次春海)
ICM-Pro进行蛋白-蛋白对接研究
前言
本实验以枯草杆菌蛋白酶和胰凝乳蛋白酶的复合物晶体结构（PDB code：
2sni）为例，将其中的配体分子（PDB code：2ci2）对接到受体分子（PDB code：
2st1）中，比较对接构象与复合物晶体结构中配体的位置和构象，熟悉蛋白-蛋白
对接操作流程。
一、准备工作
1. 打开ICM-Pro软件
2. File>>open读入（配体分子），（受体分子）和（复
合物，用作对照）的晶体结构，进行观察分析。（或直接搜索）
3. 观察完成后，在相应的分子点击鼠标右键选择Convert PDB，
将这三个PDB分子都转换为ICM-pro软件默认格式（ICM objects），点击OK。
4. 单击菜单栏Docking>>Protein-protein>>Legacy Protocol>>Set Project，输入
Project的名称（eg. DOCK1），给此次对接工作命名。
二、蛋白-蛋白中受体设置
1. 菜单栏Docking>>Protein-protein>>Legacy Protocol>>Receptor setup，输
入Project名称DOCK1，指定受体分子a_2st1.m（如果想包含所有的分子
如钙离子等，也可以选择a_2st1.*），点击OK。
三、蛋白-蛋白中配体设置
1. 菜单栏Docking>>Protein-protein>>Legacy Protocol>>Ligand setup，输
入Project名称DOCK1，指定配体分子（eg. a_2ci2.i），点击OK。
四、蛋白表位选择（此步操作非必需，视具体情况
选择）
蛋白-蛋白可能的结合位点可通过查阅实验数据、参考复合物晶体结构信息或
软件预测得到，然后在受体上选择感兴趣的点作为对接起始点，以缩小对接
时结合位点的搜索范围。（此操作非必需，视具体情况而定。可直接跳到下一
步操作Make Maps Selection）
1. 蛋白表位选择
Docking>>Protein-protein>>Legacy Protocol>>Epitope selection
2. 依次点击感兴趣的结合点（选中时小球颜色由紫色变为黄色），确认后点
击Apply。
3. 表位选择完成后，在终端点击quit，退出操作。
五、蛋白-蛋白生成受体位图
1. 寻找蛋白-蛋白可能的结合位点，定义格点搜索范围。
Docking>>Protein-protein>>Legacy Protocol>>Make Receptor Maps
2. 输入project名称DOCK1。
3. 键入格点范围，默认值0.5。
4. 输入最大范德瓦尔斯值，默认值1.0。
六、蛋白-蛋白对接（在本机下运行作业）
1. 对接参数设置完成后，提交作业。
Docking>>Protein-protein>>Legacy Protocol>>Docking Batch>>Local
Machine
2. 输入project名称DOCK1；
3. 指定配体初始位置：0表示搜索受体表位上的所有位置；
4. 输入构象集名称DOCK1_gd；
七、对接结果分析
对接完成后，会自动生成如下表格。里面保存了配体对接后输出的全部构象
以及打分详情：
1. 打开表单，左键单击Energy（ener）栏对得到的分子构象进行排序；
2. 在表单中，单击任意一行，在工作区域显示配体的对接构象，观察蛋白-蛋白
间结合模式；
3. 检查RMSD栏的值，比较对接前后构象、位置差异；
表征函数：
i: 输出的分子构象编号；
ener：分子对接构象的能量值；
rmsd：对接前后分子构象的距离
v1 to v6：定义配体分子位置和旋转的虚拟变量
ey_gh：范德瓦尔斯格点能—H探针；
ey_gc：范德瓦尔斯格点能—C探针；
ey_gb：氢键格点能；
ey_ge：静电格点能；
hydrophobic potential：疏水性能
ey sfPola：溶剂化能中的极性项
Ey_sfAl：溶剂化能中的脂肪族项
Ey_sfAr：溶剂化能中的芳香环项
Ey_compSol：溶剂化能的权重打分制
对接完成后，结果保存:File>>Save Project。关闭软件后，如果想要再次查
看对接结果，可File>>Open。