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如何理解测序蜂图解读

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2024年3月29日发(作者:军君昊)

测序峰图

测序方法

现代DNA序列测序可分为一二三代。

一代测序

第一代测序技术包括链终止法和化学降解法,其主要特点是以待测 DNA为模板,根据碱

基互补规则采用DNA聚合酶体外合成新链。由于新链中渗入了带有标记的碱基类似物,可用于制 备末端带有标记的 DNA单

链。这些末端带有标记的 DNA单链是一个群体,在凝胶电泳时可以形 成彼此仅差一个碱基的梯形条带。根据末端碱基的特

有标记可以读取待测 DNA的序列组成。

链终止法(Sanger法)

反应分别在4个试管中进行,每一试管中都含有:

1. 待测的DNA单链片段,作为模板;

2. DNA聚合酶;

3. 序列已知且与模板3'端互补的引物;

4. 四种脱氧核苷三磷酸(dATP、dGTP dCTP和dTTP);

5. 四种双脱氧核苷酸中的一种,作为 DNA链合成的末端终止剂。

在适当条件下进行互补链的合成,由于新掺入的核苷酸只能同新生链 3端的-OH连接,而

2' 3'-双脱氧核苷三磷酸核糖基的 2' 3位-OH的氧已脱掉,失去了和后来的核苷酸连接的可能 性,这时碱基的掺入就

有两种可能性:

1. dNTP掺入新生链,使链继续延伸。

2. 2'3'-ddNTP掺入,使新生链的合成终止

由于两者掺入的几率不同,就形成一套长度不一的 DNA片段。最后通过A、T、G和C四

组反应的凝胶电泳放射自显影图谱,即可读出所测样品互补链的核苷酸序列。

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要求测序时使用的DNA聚合酶不能有5'-3外切酶活性(可将新合成 DNA链的5'末端除去 核苷酸而改变链的长

度)、

这两种活性会产生干扰条带。

3 '-5'外切酶活性(可将错配的碱基除去,再补上正确配对的核苷酸)。

1小比余合将合成1)3

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外切様酸酣活性便UNA ・合・可切

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荧光染料标记物在San ger法中的应用

目前已发现具有不同荧光色彩的标记化合物,可将其分别与指定的 ddNTP结合,如ddATP

标记绿色荧光,ddCTP蓝色荧光,ddTTP红色荧光,ddGTP黑色荧光。这四种标记的 ddNTP混合 加入到一个反应中,聚合链

终止反应完成后,可以获得末端分别带有 A、C、T和G的DNA单链。

毛细管电泳

带电粒子在电场力的驱动下,在毛细管中按其分配系数不同进行高效、快速分离的电泳技 术。

样品心电琳 液中泳动,根 抠物厉利荷/ 质

比差异来 进行分离, 出值愈人,圖 即康

2024年3月29日发(作者:军君昊)

测序峰图

测序方法

现代DNA序列测序可分为一二三代。

一代测序

第一代测序技术包括链终止法和化学降解法,其主要特点是以待测 DNA为模板,根据碱

基互补规则采用DNA聚合酶体外合成新链。由于新链中渗入了带有标记的碱基类似物,可用于制 备末端带有标记的 DNA单

链。这些末端带有标记的 DNA单链是一个群体,在凝胶电泳时可以形 成彼此仅差一个碱基的梯形条带。根据末端碱基的特

有标记可以读取待测 DNA的序列组成。

链终止法(Sanger法)

反应分别在4个试管中进行,每一试管中都含有:

1. 待测的DNA单链片段,作为模板;

2. DNA聚合酶;

3. 序列已知且与模板3'端互补的引物;

4. 四种脱氧核苷三磷酸(dATP、dGTP dCTP和dTTP);

5. 四种双脱氧核苷酸中的一种,作为 DNA链合成的末端终止剂。

在适当条件下进行互补链的合成,由于新掺入的核苷酸只能同新生链 3端的-OH连接,而

2' 3'-双脱氧核苷三磷酸核糖基的 2' 3位-OH的氧已脱掉,失去了和后来的核苷酸连接的可能 性,这时碱基的掺入就

有两种可能性:

1. dNTP掺入新生链,使链继续延伸。

2. 2'3'-ddNTP掺入,使新生链的合成终止

由于两者掺入的几率不同,就形成一套长度不一的 DNA片段。最后通过A、T、G和C四

组反应的凝胶电泳放射自显影图谱,即可读出所测样品互补链的核苷酸序列。

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这两种活性会产生干扰条带。

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1小比余合将合成1)3

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荧光染料标记物在San ger法中的应用

目前已发现具有不同荧光色彩的标记化合物,可将其分别与指定的 ddNTP结合,如ddATP

标记绿色荧光,ddCTP蓝色荧光,ddTTP红色荧光,ddGTP黑色荧光。这四种标记的 ddNTP混合 加入到一个反应中,聚合链

终止反应完成后,可以获得末端分别带有 A、C、T和G的DNA单链。

毛细管电泳

带电粒子在电场力的驱动下,在毛细管中按其分配系数不同进行高效、快速分离的电泳技 术。

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