2024年5月16日发(作者:圭语诗)
实验一 动物组织和细胞中核酸的提取和测定
第一部分 动物组织和细胞中DNA和RNA的提取
【
实验目的
】
学习从组织和细胞中提取DNA和RNA的方法
【
实验原理
】
1
.从动物组织和细胞中提取DNA
DNA存在于细胞核中。提取DNA的方法首先需要温和裂解细胞及溶解DNA的技术,接着需采
用化学和酶学方法,除去杂蛋白、RNA及其他的大分子。本实验在EDTA(螯合二价阳离子以抑制
Dnase)存在的情况下,用蛋白酶K消化真核细胞和组织,用去垢剂(如SDS,十二烷基磺酸钠)
溶解细胞膜并使蛋白质变性。核酸通过有机溶剂抽提得以纯化,污染的RNA通过RNase消化清除。
这个方法可产生十微克至数百微克的DNA,适用于标准琼脂糖凝胶上的Southern分析,可用作PCR
反应的模板,以及用于构建基因组DNA文库。
2.从动物组织和细胞中提取RNA
RNA存在于细胞质及核中,是一种极易降解的核酸分子。为了快速从细胞中分离完整的RNA,
许多方法都用到了高浓度的强变性剂硫氰酸胍使细胞破裂。高浓度的硫氰酸胍还使细胞内的各种
RNA酶失活,使释放出的RNA不被降解。细胞裂解后存在于裂解溶液内的有RNA,核DNA,蛋
白质和细胞残片,通过酚,氯仿等有机溶剂处理,离心,使RNA最终与其它细胞组分分离开来。
【
实验材料
】
1. 实验器材
材料:小牛胸腺或动物肝脏;研钵和研棒,匀浆机,橡胶刮棒,低温冷冻离心机,恒温水浴,宽
口移液管,锤子,塑料袋,涡旋等。
2.实验试剂
(1)裂解缓冲液:10mmol/L Tris-Cl (PH8.0),0.1mol/L EDTA (PH8.0),0.5%(m/V) SDS,20µg/mg无
Dnase的胰RNase,裂解缓冲液的前三种成分可预先混合并于室温保存。RNase在用前适量加入。
(2)溶液D(变性液):4 mol/L 硫氰酸胍,25mmol/L 柠檬酸钠. 2H
2
0,0.5%(m/V)月桂基肌酸钠,
0.1mol/L β-巯基乙醇,将250g硫氰酸胍、0.75mol/L(PH7.0)柠檬酸钠17.6ml和26.4ml10%(m/V )月桂
基肌酸钠溶于293 ml水中.加入搅拌子于磁力搅拌器上65℃混匀,直至完全溶解。室温贮存溶液D,每
次使用前加入14.4 mol/L的β-巯基乙醇,每50ml溶液D加0.36ml。溶液D可在室温下避光保存数月。
(3)平衡酚:用0.5mol/L Tris-Cl (PH8.0)平衡的苯酚
(4)TBS:在800 ml蒸馏水中溶解8gNaCl、0.2gKCl和3gTris碱、加入0.015g酚红并用HCl调节
溶液的PH值至7.4,加水定容至1L,分装后在15 lbf/in
2
(1.034×10
5
Pa)高压下蒸汽灭菌20分钟。保存于
室温。
(5)PBS:在800 ml蒸馏水中溶解8gNaCl、0.2gKCl、1.44gNa
2
HPO
4
和0.24gKH
2
PO
4
, 用HCl调节
溶液的PH值至7.4, 加水定容至1L, 在15 lbf/in
2
(1.034×10
5
Pa)高压下蒸汽灭菌20分钟。保存于室温。
(6)TE(PH8.0):10mmol/L (PH8.0),1 mmol/LEDTA(PH8.0)
(7) 蛋白酶K(20mg/ml),10mol/L醋酸铵,2mol/L的醋酸钠 (pH4.0),0.1%DEPC(焦碳酸二
乙酯)
(8)无水乙醇,70%乙醇,氯仿—异戊醇(49:1,V/V),异丙醇,酚
(9) 液氮
1
【
实验操作
】
(一) 用蛋白酶K和苯酚从哺乳动物组织和细胞中分离DNA
1. 组织样品和培养细胞的裂解
(1)组织样品
① 将lg新鲜切取的组织在液氮中速冻,并用液氮预冷的研钵研磨。
② 液氮挥发,将组织粉末一点一点地加入盛有10倍体积裂解液的烧杯中,使其分散于裂
解液表面,后振摇烧杯使粉末浸没。
③ 将悬液转移至50ml三角瓶中,并于37℃温育1h,立即进行步骤1.2.。
(2)培养细胞
①单层培养细胞
i. 从孵箱中取出长满单层细胞的培养皿,迅速吸去培养液,用冰冷的TBS洗2次,加
入1ml新鲜的冰冷的TBS。
ii. 用橡胶刮棒将细胞刮入1ml TBS中,用吸管将细胞悬液转移到冰上的离心管中。用
0.5 ml冰冷的TBS冲洗培养皿,后并入离心管的细胞悬液。
iii. 于4℃3000r/min离心10min以收集细胞。
iv. 将细胞重悬于5倍~10倍体积的冰冷TBS中并再度离心。
v. 用1 ml TE(PH8.0)重新悬浮细胞,转移至50 ml三角瓶中。
vi. 每毫升细胞悬液加10 ml裂解缓冲液,于37℃温育1h,立即进行步骤1.2.。
②悬浮培养的细胞
i. 将细胞转移至离心管,于4℃3000r/min离心10min以收集细胞,吸去上清。
ii. 用1倍体积冰冷的TBS重悬细胞并再度离心,吸去上清,小心地再次重悬细胞于冰
冷的TBS中,离心收集细胞。
iii. 去上清,用1ml TE(PH8.0)重新悬浮细胞,转移至50 ml三角瓶中。
iv. 每毫升细胞悬液加10 ml裂解缓冲液,于37℃温育1h,立即进行步骤1.2.。
2.将裂解液转移至离心管中,裂解液不能超过1/3体积。
3.加入蛋白酶K(20mg/ml)至终浓度100µg/ml。用一灭菌玻璃棒温和地将酶混入细胞裂解液
中。
4.将细胞裂解液置于50℃水浴中保温3 h,并不时振摇。
5.将溶液冷却至室温,加入等体积的平衡酚,将离心管置于涡旋器上,使离心管缓慢颠转10min
以温和地混合两相。
6.室温下,6500r/min离心15 min以分离两相。
7.用宽口移液管将黏滞的水相转移至另一离心管。
8.苯酚抽提两次,收集水相。
9.加入0.2倍体积10mol/L醋酸铵及2倍体积无水乙醇,旋转离心管直至溶液彻底混匀为止。
随即形成沉淀,在室温下6500r/min离心5 min,收集沉淀。
11.用70%乙醇洗涤DNA沉淀2次,按步骤1.10.离心收集DNA。
12.尽可能吸去残余乙醇,于室温下,将DNA沉淀置于敞开的管内,直至乙醇挥发殆尽。
13.按每0.1m1细胞(步骤1.1)加入1ml TE溶解DNA,将DNA溶液储存于4℃。
14.用紫外分光光度法或二苯胺显色法检测DNA含量。详见本实验第二部分。
(二)酸性酚-硫氰酸胍-氯仿提取法纯化组织和细胞中的RNA
1.组织样品和培养细胞的处理
(1) 组织样品
2
① 分离组织在液氮中速冻。
② 将冰冻的组织放入塑料袋中,用锤子砸碎。
③ 将组织碎末移入含3ml溶液D的管中。
④ 用匀浆机室温下匀浆15s ~30s。
(2)培养细胞
①单层培养细胞
i. 吸出培养基用5ml~10ml冰冷的PBS洗细胞一次。
ii. 吸出PBS加入溶液D覆盖细胞,90mm培养皿加2ml (60mm培养皿加1 ml)。
iii. 将细胞溶解物转移至管中。
iv. 用匀浆机室温下匀浆15s ~30s。
②悬浮培养的细胞
i. 室温下1000r/min~3000r/min离心5min~10min收获细胞。
ii. 吸出培养基将细胞重悬于1ml~2ml冰预冷的PBS中。
iii. 离心收获细胞,彻底吸尽PBS,加2ml溶液D。
iv. 用匀浆机室温下匀浆15s ~30s。
2.将混合物移至一管中,在每毫升溶液D中立即加入0.1ml 2mol/L的醋酸钠 (pH4.0),1m1
酚,0.2m1氯仿—异戊醇。加入每种组分后,盖上管盖,倒置混匀。
3.将匀浆剧烈振荡10s。冰浴15min使核蛋白质复合体彻底裂解。
4.10000r/min用4℃离心20min,将上层含RNA的水相移入一新管中。
5.加入与提取的RNA等量的异丙醇,充分混合液体,并在-20℃沉淀RNA lh或更长时间。
6.10000r/min用4℃离心30min,收集沉淀的RNA。
7. 轻轻倒出异丙醇加入溶液D溶解RNA颗粒,每1ml第一步所使用的溶液加0.3m1溶液D。
8. 将溶液移至一微量离心管,涡旋混匀,并在-20℃用等量异丙醇沉淀RNA 1h或更长时间。
9. 在微量离心机上,于4℃ 12000r/min离心10min收集RNA沉淀。用75%的乙醇洗涤沉淀2
次,重复离心。用—次性使用的吸头吸出残存的乙醇。将离心管盖打开,在实验台放置几分钟,
以便乙醇蒸发。RNA不可完全干燥。
10. 加50µl ~100µl DEPC处理过的水使RNA沉淀溶解。将RNA溶液贮存于-70℃。
11. 用紫外分光光度法或地衣酚显色方法检测RNA含量。详见本实验第二部分。
【
实验结果讨论
】
1.提取的DNA若有一定程度的解聚,不会影响鉴定。
2.用上述方法所得到的是组织或细胞中的总RNA,若要得到mRNA须利用大多数真核生物
,
mRNA3带有多聚腺苷酸残基的特点,使其通过挂有寡聚d(T)的纤维素亲和而纯化。
【
思考题
】
在提取核酸过程中,要注意哪些问题?
3
第二部分 核酸含量测定
(一)紫外分光光度法
【
实验目的
】
学习紫外分光光度法测定核酸含量的原理和操作方法
【
实验原理
】
核酸、核苷酸及其衍生物都具有共轭双键系统,能吸收紫外光,RNA和DNA的紫外吸收峰在
260nm波长处。一般在260nm波长下,每1ml含1µg RNA溶液的光吸收值为0.022~0.024,每1m1
含1µg DNA溶液的光吸收值约为0.020,故测定未知浓度RNA或DNA溶液在260nm的光吸收值即
可计算出其中核酸的含量。此法操作简便,迅速。若样品内混杂有大量的核苷酸或蛋白质等能吸收
紫外光的物质,则测光误差较大,故应设法事先除去。
【
实验材料
】
1.实验器材
离心机, 离心管,外分光光度计;
2.实验试剂
(1)钼酸氨—高氯酸试剂(沉淀剂):如配制200ml,可在193ml蒸馏水中加入7ml高氯酸和0.5g
钼酸氨。
(2)5%~6%氨水
【
实验操作
】
1.用分析天平准确称取待测的核酸样品500mg,加少量蒸馏水调成糊状,再加入少量水稀释。然
后用5%~6%氨水调至pH7加蒸馏水定容到50ml。于紫外分光光度计上测定260nm光吸收值,计算
核酸浓度:
A
260
× N
RNA浓度(µg/ml)=
0.024×L
A
260
× N
DNA浓度(µg/ml)=
0.020×L
式中,A
260
——260nm波长处光吸收读数;
L——比色皿的厚度,1cm;
N——稀释倍数
2.如果待测的核酸样品中含有大分子核酸,需加钼酸氨—高氯酸沉淀剂,沉淀除去,测定上清液
260nm波长处A值作为对照。
取两支离心管,向第一支管内加入2m1样品溶液和2m1蒸馏水,向第二支管内加入2m1样品溶
液和2m1沉淀剂(以除去大分子核酸)作为对照。混匀,在冰浴中放置,30min后离心(3000rpm),从
第一、第二管中分别吸取0.5m1上清液,用蒸馏水定容到50m1。用光程为lcm的石英比色杯于260nm
波长处测其光吸收值(A
l
和A
2
)。计算核酸浓度:
l
-A
2
A
×N
RNA或DNA浓度µg/ml =
0.024(或0.020)×L
1ml待测液中测得的核酸微克数
核酸%=
1ml待测液中制品的微克数
4
×100
【
实验结果讨论
】
蛋白质由于含有芳香族氨基酸,因此也能吸收紫外光。通常蛋白质的吸收高峰在280nm处,在
260nm处的吸收值仅为核酸的十分之一或更低,故核酸样品中蛋白质含量较低时对核酸的紫外测定
影响不大。RNA在260nm与280nm处的吸收比值在2.0以上,DNA的比值>1.8;当样品中蛋白质
含量较高时比值即下降。
【
思考题
】
1.若样品中含有蛋白质,应如何排除干扰?
2.若样品中含有核苷酸类杂质,应如何校正?
(二)二苯胺法测定DNA含量
【
实验目的
】
掌握二苯胺法测定DNA含量的原理和方法
【
实验原理
】
DNA分子中2-脱氧核糖残基在酸性溶液中加热降解,产生2-脱氧核糖并形成ω-羟基-γ-酮基戊
酸,后者与二苯胺试剂反应产生蓝色化合物,其反应为:
DNA(脱氧核糖残基)
H
+
HO
CH
2
C
O
CH
2
CH
2
CHO
二苯胺
兰色化合物
蓝色化合物在595nm处有最大吸收,且DNA在40µg ~400µg范围内时,吸光度与DNA浓度成正比。
在反应液中加入少量乙醛,可以提高反应灵敏度。
【
实验材料
】
1.实验器材
恒温水浴,721分光光度计。
2.实验试剂
(1)DNA标准溶液:准确称取小牛胸腺DNA10mg,以0.1mol/L NaOH溶液溶解,转移至50ml
容量瓶中,用0.1mol/L NaOH溶液稀释至刻度。浓度为200µg/m1;
(2) DNA样品液:用上述实验方法提取的DNA样品
(3)二苯胺试剂:使用前称取1g结晶二苯胺,溶于100m1分析纯冰醋酸中,加60%过氯酸10m1
混匀。临用前加入1m1 1.6%乙醛溶液。此溶剂应为无色。
【
实验操作
】
1.标准曲线的绘制
取干燥试管6支,编号,按表所示加入试剂。
试剂
DNA标准溶液,ml
蒸馏水,ml
二苯胺试剂,ml
A
595
管号
0
0.0
2.0
4.0
1
0.4
1.6
4.0
2
0.8
1.2
4.0
3
1.2
0.8
4.0
4
1.6
0.4
4.0
5
2.0
0
4.0
加完毕,混匀,于60℃恒温水浴中保温1h,冷却后于595nm处测定吸光度,以零号管作对照,
5
绘制标准曲线。
2.样品测定
取试管3支,两支为样品管,—支为对照管。对照管操作与标准曲线零号管相同。向每支样品
管中加入2m1样品液及4ml二苯胺试剂,60℃保温1h,冷却后于595nm测定吸光度,以对照管调
零点。根据测得的吸光度,从标准曲线上查出相应吸光度的DNA含量。
【
实验结果讨论
】
1.该反应灵敏度较低,但方法简便,目前仍广泛使用。
2.其他糖及糖的衍生物、芳香醛、羟基醛和蛋白质等,对此反应由干扰,测定前应尽量除去。
【
思考题
】
二苯胺法测定DNA含量应注意哪些事项?
(三)地衣酚显色法测定RNA含量
【
实验目的
】
掌握地衣酚显色法测定RNA含量的原理和方法
【
实验原理
】
RNA与浓盐酸共热时发生降解,产生的戊糖又可转变为糠醛,在FeCl
3
或CuCl
2
催化下,糠醛
与地衣酚(3,5—二羟基甲苯)反应形成绿色复合物,该产物在670nm处有最大吸收。当RNA浓度
为20μg/m1~250μg/m1时,吸光度与RNA浓度成正比。
【
实验材料
】
1.实验器材
恒温水浴,721分光光度计。
2.实验试剂
(1)RNA标准液:称取10mgRNA(需先定磷确定其纯度)用少量水溶解(若不溶可用2mol/L NaOH
溶液调至pH7.0),定容至100m1,浓度为100µg/ml。
(2) RNA样品液:用上述实验方法提取的RNA样品
(3) 地衣酚试剂:取0.1g地衣酚溶于100ml浓盐酸,再加入0.1gFeCl
3
·6H
2
0。该溶液使用前新
鲜配制。
【
实验操作
】
1.标准曲线的绘制
取干燥试管6支,编号,按表所示加入试剂。
试剂
RNA标准溶液,ml
蒸馏水,ml
地衣酚试剂,ml
A
670
管号
0
0.0
1.0
3.0
1
0.1
0.9
3.0
2
0.2
0.8
3.0
3
0.3
0.7
3.0
4
0.4
0.6
3.0
5
0.5
0.5
3.0
加样完毕后混匀,于沸水浴中加热20min,取出置自来水中冷却,以零号管为对照,670nm处
测吸光度。以吸光度为纵坐标,RNA浓度为横坐标作图,绘制标准曲线。
2.样品测定
取试管3支,两支为样品管,—支为空白管,在样品管中加入1.0m1样品液,再加3.0m1地衣
6
酚试剂,混匀,置沸水浴中加热20min,取出冷却。空白管操作与标准曲线制作中零号管相同。以
空白管调零点,于670nm处测吸光度,根据吸光度值从标准曲线上查出相应的RNA含量。
【
实验结果讨论
】
1.地衣酚反应特异性较差,凡戊糖均有此反应,DNA及其他杂质也有影响。故一般测定RNA时,
可先测定样品中DNA含量,再算出RNA含量。
2.本法较灵敏。样品中蛋白质含量高时,应先用5%三氯醋酸溶液将蛋白质沉淀后再测定,否则
将发生干扰。
【
思考题
】
配制地衣酚试剂时,为什么要加FeCl
3
,6H
2
0
?
(四)定磷法测定核酸的含量
【
实验目的
】
掌握定磷法测定核酸含量的原理和方法
【
实验原理
】
核酸分子结构中含有一定比例的磷(RNA含磷量约为8.5%~9.0%,DNA含磷量约为9.2%),测
定其含磷量即可求出核酸的量。
核酸分子中的有机磷经强酸消化后形成无机磷,在酸性条件下,无机磷与钼酸铵结合形成黄色磷
钼酸铵沉淀,其反应为:
+
PO
4
3-
+3NH
4
+12MoO
4
+24H
+
(NH
4
)
3
PO
4
. +12Mo0
3
·6H
2
0+6H
2
0
在还原剂存在的情况下,黄色物质变成蓝黑色,称为钼蓝。在一定浓度范围内,蓝色的深浅与磷含
量成正比,可用比色法测定。若样品中尚含有无机磷,需作对照测定,消除无机磷的影响,以提高
准确性。
【
实验材料
】
1.实验器材
恒温水浴,721分光光度计
2.实验试剂
(1)标准磷溶液:将磷酸二氢钾于110℃烘至恒重,准确称取0.8775g溶于少量蒸馏水中,转移
至500ml容量瓶中,加入5ml 5mol/L硫酸溶液及氯仿数滴,用蒸馏水稀释至刻度。此溶液每1m1
含磷400µg,临用时准确稀释20倍(20µg/m1)。
(2)定磷试剂
① 17%硫酸:17m1浓硫酸(相对密度l.84)缓缓加入到83m1水中。
②2.5%钼酸铵溶液:2.5g钼酸铵溶于100ml水。
③10%抗坏血酸溶液:10g抗坏血酸溶于100ml水,并贮存于棕色瓶中,溶液呈淡黄色尚可
使用,呈深黄甚至棕色即失效。
临用时将上述三种溶液与水按如下比例混合:溶液(1):溶液(2): 溶液(3):水=1:1:1:2(V: V)
(3)5%氨水, 27%硫酸
【
实验操作
】
1.磷标准曲线的绘制
取干燥试管7支编号,按表所示加入试剂。
7
试剂
磷标准溶液,ml
蒸馏水,ml
定磷试剂,ml
A
660
管号
0
0.0
3.0
3.0
1
0.05
2.95
3.0
2
0.1
0.9
3.0
3
0.2
2.8
3.0
4
0.3
0.7
3.0
5
0.4
2.6
3.0
6
0.5
2.5
3.0
加毕摇匀,在45℃水浴中保温10min,冷却,以零号管调零点,于660nm处测吸光度。以磷含
量为横坐标,吸光度为纵坐标作图。
2.总磷的测定
称粗核酸0.1g,用少量水溶解(若不溶,可滴加5%氨水至pH7.0),待全部溶解后,移至50ml
容量瓶中,加水至刻度(此溶液含样品2mg/m1),即配成核酸溶液。
吸取上述核酸溶液1.0ml,置大试管中,加入2.5m1 27%硫酸及一粒玻璃珠,于通风橱内直火加
热至溶液透明(切勿烧干),表示消化完成。冷却后取下,将消化液移入100ml容量瓶中,以少量蒸
馏水洗涤试管两次,洗涤液一并倒入容量瓶,再加蒸溜水至刻度,混匀后吸取3m1溶液置试管中,
加3m1定磷试剂,45℃水浴保温10min后取出, 测A
660
。
3.无机磷的测定
吸取核酸溶液1ml,置于100ml容量瓶中,加水至刻度,混匀后吸取3.0ml置试管中,加定磷试
剂3.0m1,45℃水浴中保温10min后取出, 测A
660
。
4.结果处理
总磷A
660
-无机磷A
660
=有机磷A
660
从标准曲线上查出有机磷微克数(X),按下式计算样品中核酸百分含量:
X
× 稀释倍数×11
测定时取样毫升数
× 100%
核酸(%) =
样品重量(微克)
【
实验结果讨论
】
定磷法即可以测定DNA的含量又可以测定RNA的含量,若DNA中混有RNA或RNA中混有
DNA,都会影响结果的准确性。
【
思考题
】
定磷法操作中有哪些关键环节
?
8
2024年5月16日发(作者:圭语诗)
实验一 动物组织和细胞中核酸的提取和测定
第一部分 动物组织和细胞中DNA和RNA的提取
【
实验目的
】
学习从组织和细胞中提取DNA和RNA的方法
【
实验原理
】
1
.从动物组织和细胞中提取DNA
DNA存在于细胞核中。提取DNA的方法首先需要温和裂解细胞及溶解DNA的技术,接着需采
用化学和酶学方法,除去杂蛋白、RNA及其他的大分子。本实验在EDTA(螯合二价阳离子以抑制
Dnase)存在的情况下,用蛋白酶K消化真核细胞和组织,用去垢剂(如SDS,十二烷基磺酸钠)
溶解细胞膜并使蛋白质变性。核酸通过有机溶剂抽提得以纯化,污染的RNA通过RNase消化清除。
这个方法可产生十微克至数百微克的DNA,适用于标准琼脂糖凝胶上的Southern分析,可用作PCR
反应的模板,以及用于构建基因组DNA文库。
2.从动物组织和细胞中提取RNA
RNA存在于细胞质及核中,是一种极易降解的核酸分子。为了快速从细胞中分离完整的RNA,
许多方法都用到了高浓度的强变性剂硫氰酸胍使细胞破裂。高浓度的硫氰酸胍还使细胞内的各种
RNA酶失活,使释放出的RNA不被降解。细胞裂解后存在于裂解溶液内的有RNA,核DNA,蛋
白质和细胞残片,通过酚,氯仿等有机溶剂处理,离心,使RNA最终与其它细胞组分分离开来。
【
实验材料
】
1. 实验器材
材料:小牛胸腺或动物肝脏;研钵和研棒,匀浆机,橡胶刮棒,低温冷冻离心机,恒温水浴,宽
口移液管,锤子,塑料袋,涡旋等。
2.实验试剂
(1)裂解缓冲液:10mmol/L Tris-Cl (PH8.0),0.1mol/L EDTA (PH8.0),0.5%(m/V) SDS,20µg/mg无
Dnase的胰RNase,裂解缓冲液的前三种成分可预先混合并于室温保存。RNase在用前适量加入。
(2)溶液D(变性液):4 mol/L 硫氰酸胍,25mmol/L 柠檬酸钠. 2H
2
0,0.5%(m/V)月桂基肌酸钠,
0.1mol/L β-巯基乙醇,将250g硫氰酸胍、0.75mol/L(PH7.0)柠檬酸钠17.6ml和26.4ml10%(m/V )月桂
基肌酸钠溶于293 ml水中.加入搅拌子于磁力搅拌器上65℃混匀,直至完全溶解。室温贮存溶液D,每
次使用前加入14.4 mol/L的β-巯基乙醇,每50ml溶液D加0.36ml。溶液D可在室温下避光保存数月。
(3)平衡酚:用0.5mol/L Tris-Cl (PH8.0)平衡的苯酚
(4)TBS:在800 ml蒸馏水中溶解8gNaCl、0.2gKCl和3gTris碱、加入0.015g酚红并用HCl调节
溶液的PH值至7.4,加水定容至1L,分装后在15 lbf/in
2
(1.034×10
5
Pa)高压下蒸汽灭菌20分钟。保存于
室温。
(5)PBS:在800 ml蒸馏水中溶解8gNaCl、0.2gKCl、1.44gNa
2
HPO
4
和0.24gKH
2
PO
4
, 用HCl调节
溶液的PH值至7.4, 加水定容至1L, 在15 lbf/in
2
(1.034×10
5
Pa)高压下蒸汽灭菌20分钟。保存于室温。
(6)TE(PH8.0):10mmol/L (PH8.0),1 mmol/LEDTA(PH8.0)
(7) 蛋白酶K(20mg/ml),10mol/L醋酸铵,2mol/L的醋酸钠 (pH4.0),0.1%DEPC(焦碳酸二
乙酯)
(8)无水乙醇,70%乙醇,氯仿—异戊醇(49:1,V/V),异丙醇,酚
(9) 液氮
1
【
实验操作
】
(一) 用蛋白酶K和苯酚从哺乳动物组织和细胞中分离DNA
1. 组织样品和培养细胞的裂解
(1)组织样品
① 将lg新鲜切取的组织在液氮中速冻,并用液氮预冷的研钵研磨。
② 液氮挥发,将组织粉末一点一点地加入盛有10倍体积裂解液的烧杯中,使其分散于裂
解液表面,后振摇烧杯使粉末浸没。
③ 将悬液转移至50ml三角瓶中,并于37℃温育1h,立即进行步骤1.2.。
(2)培养细胞
①单层培养细胞
i. 从孵箱中取出长满单层细胞的培养皿,迅速吸去培养液,用冰冷的TBS洗2次,加
入1ml新鲜的冰冷的TBS。
ii. 用橡胶刮棒将细胞刮入1ml TBS中,用吸管将细胞悬液转移到冰上的离心管中。用
0.5 ml冰冷的TBS冲洗培养皿,后并入离心管的细胞悬液。
iii. 于4℃3000r/min离心10min以收集细胞。
iv. 将细胞重悬于5倍~10倍体积的冰冷TBS中并再度离心。
v. 用1 ml TE(PH8.0)重新悬浮细胞,转移至50 ml三角瓶中。
vi. 每毫升细胞悬液加10 ml裂解缓冲液,于37℃温育1h,立即进行步骤1.2.。
②悬浮培养的细胞
i. 将细胞转移至离心管,于4℃3000r/min离心10min以收集细胞,吸去上清。
ii. 用1倍体积冰冷的TBS重悬细胞并再度离心,吸去上清,小心地再次重悬细胞于冰
冷的TBS中,离心收集细胞。
iii. 去上清,用1ml TE(PH8.0)重新悬浮细胞,转移至50 ml三角瓶中。
iv. 每毫升细胞悬液加10 ml裂解缓冲液,于37℃温育1h,立即进行步骤1.2.。
2.将裂解液转移至离心管中,裂解液不能超过1/3体积。
3.加入蛋白酶K(20mg/ml)至终浓度100µg/ml。用一灭菌玻璃棒温和地将酶混入细胞裂解液
中。
4.将细胞裂解液置于50℃水浴中保温3 h,并不时振摇。
5.将溶液冷却至室温,加入等体积的平衡酚,将离心管置于涡旋器上,使离心管缓慢颠转10min
以温和地混合两相。
6.室温下,6500r/min离心15 min以分离两相。
7.用宽口移液管将黏滞的水相转移至另一离心管。
8.苯酚抽提两次,收集水相。
9.加入0.2倍体积10mol/L醋酸铵及2倍体积无水乙醇,旋转离心管直至溶液彻底混匀为止。
随即形成沉淀,在室温下6500r/min离心5 min,收集沉淀。
11.用70%乙醇洗涤DNA沉淀2次,按步骤1.10.离心收集DNA。
12.尽可能吸去残余乙醇,于室温下,将DNA沉淀置于敞开的管内,直至乙醇挥发殆尽。
13.按每0.1m1细胞(步骤1.1)加入1ml TE溶解DNA,将DNA溶液储存于4℃。
14.用紫外分光光度法或二苯胺显色法检测DNA含量。详见本实验第二部分。
(二)酸性酚-硫氰酸胍-氯仿提取法纯化组织和细胞中的RNA
1.组织样品和培养细胞的处理
(1) 组织样品
2
① 分离组织在液氮中速冻。
② 将冰冻的组织放入塑料袋中,用锤子砸碎。
③ 将组织碎末移入含3ml溶液D的管中。
④ 用匀浆机室温下匀浆15s ~30s。
(2)培养细胞
①单层培养细胞
i. 吸出培养基用5ml~10ml冰冷的PBS洗细胞一次。
ii. 吸出PBS加入溶液D覆盖细胞,90mm培养皿加2ml (60mm培养皿加1 ml)。
iii. 将细胞溶解物转移至管中。
iv. 用匀浆机室温下匀浆15s ~30s。
②悬浮培养的细胞
i. 室温下1000r/min~3000r/min离心5min~10min收获细胞。
ii. 吸出培养基将细胞重悬于1ml~2ml冰预冷的PBS中。
iii. 离心收获细胞,彻底吸尽PBS,加2ml溶液D。
iv. 用匀浆机室温下匀浆15s ~30s。
2.将混合物移至一管中,在每毫升溶液D中立即加入0.1ml 2mol/L的醋酸钠 (pH4.0),1m1
酚,0.2m1氯仿—异戊醇。加入每种组分后,盖上管盖,倒置混匀。
3.将匀浆剧烈振荡10s。冰浴15min使核蛋白质复合体彻底裂解。
4.10000r/min用4℃离心20min,将上层含RNA的水相移入一新管中。
5.加入与提取的RNA等量的异丙醇,充分混合液体,并在-20℃沉淀RNA lh或更长时间。
6.10000r/min用4℃离心30min,收集沉淀的RNA。
7. 轻轻倒出异丙醇加入溶液D溶解RNA颗粒,每1ml第一步所使用的溶液加0.3m1溶液D。
8. 将溶液移至一微量离心管,涡旋混匀,并在-20℃用等量异丙醇沉淀RNA 1h或更长时间。
9. 在微量离心机上,于4℃ 12000r/min离心10min收集RNA沉淀。用75%的乙醇洗涤沉淀2
次,重复离心。用—次性使用的吸头吸出残存的乙醇。将离心管盖打开,在实验台放置几分钟,
以便乙醇蒸发。RNA不可完全干燥。
10. 加50µl ~100µl DEPC处理过的水使RNA沉淀溶解。将RNA溶液贮存于-70℃。
11. 用紫外分光光度法或地衣酚显色方法检测RNA含量。详见本实验第二部分。
【
实验结果讨论
】
1.提取的DNA若有一定程度的解聚,不会影响鉴定。
2.用上述方法所得到的是组织或细胞中的总RNA,若要得到mRNA须利用大多数真核生物
,
mRNA3带有多聚腺苷酸残基的特点,使其通过挂有寡聚d(T)的纤维素亲和而纯化。
【
思考题
】
在提取核酸过程中,要注意哪些问题?
3
第二部分 核酸含量测定
(一)紫外分光光度法
【
实验目的
】
学习紫外分光光度法测定核酸含量的原理和操作方法
【
实验原理
】
核酸、核苷酸及其衍生物都具有共轭双键系统,能吸收紫外光,RNA和DNA的紫外吸收峰在
260nm波长处。一般在260nm波长下,每1ml含1µg RNA溶液的光吸收值为0.022~0.024,每1m1
含1µg DNA溶液的光吸收值约为0.020,故测定未知浓度RNA或DNA溶液在260nm的光吸收值即
可计算出其中核酸的含量。此法操作简便,迅速。若样品内混杂有大量的核苷酸或蛋白质等能吸收
紫外光的物质,则测光误差较大,故应设法事先除去。
【
实验材料
】
1.实验器材
离心机, 离心管,外分光光度计;
2.实验试剂
(1)钼酸氨—高氯酸试剂(沉淀剂):如配制200ml,可在193ml蒸馏水中加入7ml高氯酸和0.5g
钼酸氨。
(2)5%~6%氨水
【
实验操作
】
1.用分析天平准确称取待测的核酸样品500mg,加少量蒸馏水调成糊状,再加入少量水稀释。然
后用5%~6%氨水调至pH7加蒸馏水定容到50ml。于紫外分光光度计上测定260nm光吸收值,计算
核酸浓度:
A
260
× N
RNA浓度(µg/ml)=
0.024×L
A
260
× N
DNA浓度(µg/ml)=
0.020×L
式中,A
260
——260nm波长处光吸收读数;
L——比色皿的厚度,1cm;
N——稀释倍数
2.如果待测的核酸样品中含有大分子核酸,需加钼酸氨—高氯酸沉淀剂,沉淀除去,测定上清液
260nm波长处A值作为对照。
取两支离心管,向第一支管内加入2m1样品溶液和2m1蒸馏水,向第二支管内加入2m1样品溶
液和2m1沉淀剂(以除去大分子核酸)作为对照。混匀,在冰浴中放置,30min后离心(3000rpm),从
第一、第二管中分别吸取0.5m1上清液,用蒸馏水定容到50m1。用光程为lcm的石英比色杯于260nm
波长处测其光吸收值(A
l
和A
2
)。计算核酸浓度:
l
-A
2
A
×N
RNA或DNA浓度µg/ml =
0.024(或0.020)×L
1ml待测液中测得的核酸微克数
核酸%=
1ml待测液中制品的微克数
4
×100
【
实验结果讨论
】
蛋白质由于含有芳香族氨基酸,因此也能吸收紫外光。通常蛋白质的吸收高峰在280nm处,在
260nm处的吸收值仅为核酸的十分之一或更低,故核酸样品中蛋白质含量较低时对核酸的紫外测定
影响不大。RNA在260nm与280nm处的吸收比值在2.0以上,DNA的比值>1.8;当样品中蛋白质
含量较高时比值即下降。
【
思考题
】
1.若样品中含有蛋白质,应如何排除干扰?
2.若样品中含有核苷酸类杂质,应如何校正?
(二)二苯胺法测定DNA含量
【
实验目的
】
掌握二苯胺法测定DNA含量的原理和方法
【
实验原理
】
DNA分子中2-脱氧核糖残基在酸性溶液中加热降解,产生2-脱氧核糖并形成ω-羟基-γ-酮基戊
酸,后者与二苯胺试剂反应产生蓝色化合物,其反应为:
DNA(脱氧核糖残基)
H
+
HO
CH
2
C
O
CH
2
CH
2
CHO
二苯胺
兰色化合物
蓝色化合物在595nm处有最大吸收,且DNA在40µg ~400µg范围内时,吸光度与DNA浓度成正比。
在反应液中加入少量乙醛,可以提高反应灵敏度。
【
实验材料
】
1.实验器材
恒温水浴,721分光光度计。
2.实验试剂
(1)DNA标准溶液:准确称取小牛胸腺DNA10mg,以0.1mol/L NaOH溶液溶解,转移至50ml
容量瓶中,用0.1mol/L NaOH溶液稀释至刻度。浓度为200µg/m1;
(2) DNA样品液:用上述实验方法提取的DNA样品
(3)二苯胺试剂:使用前称取1g结晶二苯胺,溶于100m1分析纯冰醋酸中,加60%过氯酸10m1
混匀。临用前加入1m1 1.6%乙醛溶液。此溶剂应为无色。
【
实验操作
】
1.标准曲线的绘制
取干燥试管6支,编号,按表所示加入试剂。
试剂
DNA标准溶液,ml
蒸馏水,ml
二苯胺试剂,ml
A
595
管号
0
0.0
2.0
4.0
1
0.4
1.6
4.0
2
0.8
1.2
4.0
3
1.2
0.8
4.0
4
1.6
0.4
4.0
5
2.0
0
4.0
加完毕,混匀,于60℃恒温水浴中保温1h,冷却后于595nm处测定吸光度,以零号管作对照,
5
绘制标准曲线。
2.样品测定
取试管3支,两支为样品管,—支为对照管。对照管操作与标准曲线零号管相同。向每支样品
管中加入2m1样品液及4ml二苯胺试剂,60℃保温1h,冷却后于595nm测定吸光度,以对照管调
零点。根据测得的吸光度,从标准曲线上查出相应吸光度的DNA含量。
【
实验结果讨论
】
1.该反应灵敏度较低,但方法简便,目前仍广泛使用。
2.其他糖及糖的衍生物、芳香醛、羟基醛和蛋白质等,对此反应由干扰,测定前应尽量除去。
【
思考题
】
二苯胺法测定DNA含量应注意哪些事项?
(三)地衣酚显色法测定RNA含量
【
实验目的
】
掌握地衣酚显色法测定RNA含量的原理和方法
【
实验原理
】
RNA与浓盐酸共热时发生降解,产生的戊糖又可转变为糠醛,在FeCl
3
或CuCl
2
催化下,糠醛
与地衣酚(3,5—二羟基甲苯)反应形成绿色复合物,该产物在670nm处有最大吸收。当RNA浓度
为20μg/m1~250μg/m1时,吸光度与RNA浓度成正比。
【
实验材料
】
1.实验器材
恒温水浴,721分光光度计。
2.实验试剂
(1)RNA标准液:称取10mgRNA(需先定磷确定其纯度)用少量水溶解(若不溶可用2mol/L NaOH
溶液调至pH7.0),定容至100m1,浓度为100µg/ml。
(2) RNA样品液:用上述实验方法提取的RNA样品
(3) 地衣酚试剂:取0.1g地衣酚溶于100ml浓盐酸,再加入0.1gFeCl
3
·6H
2
0。该溶液使用前新
鲜配制。
【
实验操作
】
1.标准曲线的绘制
取干燥试管6支,编号,按表所示加入试剂。
试剂
RNA标准溶液,ml
蒸馏水,ml
地衣酚试剂,ml
A
670
管号
0
0.0
1.0
3.0
1
0.1
0.9
3.0
2
0.2
0.8
3.0
3
0.3
0.7
3.0
4
0.4
0.6
3.0
5
0.5
0.5
3.0
加样完毕后混匀,于沸水浴中加热20min,取出置自来水中冷却,以零号管为对照,670nm处
测吸光度。以吸光度为纵坐标,RNA浓度为横坐标作图,绘制标准曲线。
2.样品测定
取试管3支,两支为样品管,—支为空白管,在样品管中加入1.0m1样品液,再加3.0m1地衣
6
酚试剂,混匀,置沸水浴中加热20min,取出冷却。空白管操作与标准曲线制作中零号管相同。以
空白管调零点,于670nm处测吸光度,根据吸光度值从标准曲线上查出相应的RNA含量。
【
实验结果讨论
】
1.地衣酚反应特异性较差,凡戊糖均有此反应,DNA及其他杂质也有影响。故一般测定RNA时,
可先测定样品中DNA含量,再算出RNA含量。
2.本法较灵敏。样品中蛋白质含量高时,应先用5%三氯醋酸溶液将蛋白质沉淀后再测定,否则
将发生干扰。
【
思考题
】
配制地衣酚试剂时,为什么要加FeCl
3
,6H
2
0
?
(四)定磷法测定核酸的含量
【
实验目的
】
掌握定磷法测定核酸含量的原理和方法
【
实验原理
】
核酸分子结构中含有一定比例的磷(RNA含磷量约为8.5%~9.0%,DNA含磷量约为9.2%),测
定其含磷量即可求出核酸的量。
核酸分子中的有机磷经强酸消化后形成无机磷,在酸性条件下,无机磷与钼酸铵结合形成黄色磷
钼酸铵沉淀,其反应为:
+
PO
4
3-
+3NH
4
+12MoO
4
+24H
+
(NH
4
)
3
PO
4
. +12Mo0
3
·6H
2
0+6H
2
0
在还原剂存在的情况下,黄色物质变成蓝黑色,称为钼蓝。在一定浓度范围内,蓝色的深浅与磷含
量成正比,可用比色法测定。若样品中尚含有无机磷,需作对照测定,消除无机磷的影响,以提高
准确性。
【
实验材料
】
1.实验器材
恒温水浴,721分光光度计
2.实验试剂
(1)标准磷溶液:将磷酸二氢钾于110℃烘至恒重,准确称取0.8775g溶于少量蒸馏水中,转移
至500ml容量瓶中,加入5ml 5mol/L硫酸溶液及氯仿数滴,用蒸馏水稀释至刻度。此溶液每1m1
含磷400µg,临用时准确稀释20倍(20µg/m1)。
(2)定磷试剂
① 17%硫酸:17m1浓硫酸(相对密度l.84)缓缓加入到83m1水中。
②2.5%钼酸铵溶液:2.5g钼酸铵溶于100ml水。
③10%抗坏血酸溶液:10g抗坏血酸溶于100ml水,并贮存于棕色瓶中,溶液呈淡黄色尚可
使用,呈深黄甚至棕色即失效。
临用时将上述三种溶液与水按如下比例混合:溶液(1):溶液(2): 溶液(3):水=1:1:1:2(V: V)
(3)5%氨水, 27%硫酸
【
实验操作
】
1.磷标准曲线的绘制
取干燥试管7支编号,按表所示加入试剂。
7
试剂
磷标准溶液,ml
蒸馏水,ml
定磷试剂,ml
A
660
管号
0
0.0
3.0
3.0
1
0.05
2.95
3.0
2
0.1
0.9
3.0
3
0.2
2.8
3.0
4
0.3
0.7
3.0
5
0.4
2.6
3.0
6
0.5
2.5
3.0
加毕摇匀,在45℃水浴中保温10min,冷却,以零号管调零点,于660nm处测吸光度。以磷含
量为横坐标,吸光度为纵坐标作图。
2.总磷的测定
称粗核酸0.1g,用少量水溶解(若不溶,可滴加5%氨水至pH7.0),待全部溶解后,移至50ml
容量瓶中,加水至刻度(此溶液含样品2mg/m1),即配成核酸溶液。
吸取上述核酸溶液1.0ml,置大试管中,加入2.5m1 27%硫酸及一粒玻璃珠,于通风橱内直火加
热至溶液透明(切勿烧干),表示消化完成。冷却后取下,将消化液移入100ml容量瓶中,以少量蒸
馏水洗涤试管两次,洗涤液一并倒入容量瓶,再加蒸溜水至刻度,混匀后吸取3m1溶液置试管中,
加3m1定磷试剂,45℃水浴保温10min后取出, 测A
660
。
3.无机磷的测定
吸取核酸溶液1ml,置于100ml容量瓶中,加水至刻度,混匀后吸取3.0ml置试管中,加定磷试
剂3.0m1,45℃水浴中保温10min后取出, 测A
660
。
4.结果处理
总磷A
660
-无机磷A
660
=有机磷A
660
从标准曲线上查出有机磷微克数(X),按下式计算样品中核酸百分含量:
X
× 稀释倍数×11
测定时取样毫升数
× 100%
核酸(%) =
样品重量(微克)
【
实验结果讨论
】
定磷法即可以测定DNA的含量又可以测定RNA的含量,若DNA中混有RNA或RNA中混有
DNA,都会影响结果的准确性。
【
思考题
】
定磷法操作中有哪些关键环节
?
8